introduction

La protéomique a pour but d’identifier et de quantifier les
protéines présentes dans un échantillon biologique afin
de mieux comprendre les mécanismes moléculaires dans
une cellule. L’électrophorèse différentielle sur un gel
unique a été largement utilisée pour analyser des
échantillons biologiques et a évoluée pour devenir un
outil indispensable pour la recherche en protéomique.

2D-DIGE (Fluorescence In Gel
Electrophoresis)
• Le principe de cette technique réside en la comparaison
de deux profils électrophorétiques 2D, par l’utilisation
de marqueurs fluorescents spécifiques servant à
marquer les protéines pour chacun des échantillons. Le
marquage est de type covalent par une
réaction spécifique, sur les groupement ε amines des
chaînes latérales des lysines par des fluorochromes
cyanines ( Cy3,Cy5 et Cy2).

• La procédure expérimentale de la DIGE se divise en sept
étapes. Les deux échantillons protéiques à analyser sont
marqués par les cyanines, l’un Cy3 et l’autre Cy5 ainsi qu’un
standard interne avec le Cy2. Après le marquage, les trois
échantillons sont déposés sur un même gel 2D ou les protéines
seront séparées dans une dimension en fonction de leur point
isoélectrique et ensuite dans une deuxième dimension en
fonction de leur taille. Notons que les deux échantillons
migrent sur le même gel. L’analyse se fait dans un premier
temps par excitation de fluorescence du gel aux longueurs
d’ondes d’excitation des marqueurs Cy3, Cy5 et Cy2

• Lasuperposition des deux colorations révèlera l’expression
protéique globale de chaque
échantillons. L’analyse quantitative se fait par imagerie, elle
est effectuée généralement à
l’aide de logiciel spécifique (Decyder™ software
(Amersham), elle consistera dans un premier temps en la
mesure de la différence de quantité de protéines de chaque
spots présents sur le gel et enfin chaque spot sera excisé,
digéré et analysé par MS pour identifier la protéine
quantifiée correspondantes.

C’est quoi la méthodes MS ( spectre de
masse)?

La spectrométrie de masse est une technique d'analyse
physico-chimique permettant de détecter, d'identifier et
de quantifier des molécules d’intérêt par mesure de leur
masse.
Son principe réside dans la séparation de molécules
chargées (ions) en fonction de leur rapport masse/charge
(m/z)

• L'identification par SM repose sur une mesure précise
de la masse de peptides ionisés. D’une façon très
générale les protéines sont digérés par une
endopeptidase (le plus souvent la trypsine) et, ensuite
analysées par SM.
• Une des approches utilisée est l’établissement de cartes
peptidiques massiques (« peptide mass
fingerprinting »). La masse des peptides obtenus après
digestion protéasique est comparée aux cartes de
masses théoriques des protéines répertoriées dans les
banques de données.

Autre méthodes quantitatives:
• Itraq: les peptides sont marqués avec des molécules de
même propriété physico-chimique, la différence est la
position et le nombre des isotopes 13C, 18O… puis
identiefier par ms
• Icat: Le réactif ICAT se greffe sur les groupements
thiols des résidus cystéines, c’est une alkylation par la
fonction iodoacétamide puis identifier par ms

Application:
• biologie du développement ,neuroscience ,
Néphrologie ,la protéomique végétale, de nombreuses
zones de recherche de maladies, par ex. Recherche sur
le cancer et les maladies cardiovasculaires.
• par exemple, les effets de la cocaïne sur l’expression du
neuroproteome a
été étudié.
des marqueurs potentiels de l’irritation des poumons
par la fumée de cigarette ont pu être mis en évidence

conclusion
• La complexité des échantillons à analyser et à quantifier
en protéomique quantitative rend cette méthode
indispensable pour l’étude protéomique.

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