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introduction

La protomique a pour but didentifier et de quantifier les


protines prsentes dans un chantillon biologique afin
de mieux comprendre les mcanismes molculaires dans
une cellule. Llectrophorse diffrentielle sur un gel
unique a t largement utilise pour analyser des
chantillons biologiques et a volue pour devenir un
outil indispensable pour la recherche en protomique.

2D-DIGE (Fluorescence In Gel


Electrophoresis)
Le principe de cette technique rside en la comparaison
de deux profils lectrophortiques 2D, par lutilisation
de marqueurs fluorescents spcifiques servant
marquer les protines pour chacun des chantillons. Le
marquage est de type covalent par une
raction spcifique, sur les groupement amines des
chanes latrales des lysines par des fluorochromes
cyanines ( Cy3,Cy5 et Cy2).

La procdure exprimentale de la DIGE se divise en sept


tapes. Les deux chantillons protiques analyser sont
marqus par les cyanines, lun Cy3 et lautre Cy5 ainsi quun
standard interne avec le Cy2. Aprs le marquage, les trois
chantillons sont dposs sur un mme gel 2D ou les protines
seront spares dans une dimension en fonction de leur point
isolectrique et ensuite dans une deuxime dimension en
fonction de leur taille. Notons que les deux chantillons
migrent sur le mme gel. Lanalyse se fait dans un premier
temps par excitation de fluorescence du gel aux longueurs
dondes dexcitation des marqueurs Cy3, Cy5 et Cy2

Lasuperposition des deux colorations rvlera lexpression


protique globale de chaque
chantillons. Lanalyse quantitative se fait par imagerie, elle
est effectue gnralement
laide de logiciel spcifique (Decyder software
(Amersham), elle consistera dans un premier temps en la
mesure de la diffrence de quantit de protines de chaque
spots prsents sur le gel et enfin chaque spot sera excis,
digr et analys par MS pour identifier la protine
quantifie correspondantes.

Cest quoi la mthodes MS ( spectre de


masse)?

La spectromtrie de masse est une technique d'analyse


physico-chimique permettant de dtecter, d'identifier et
de quantifier des molcules dintrt par mesure de leur
masse.
Son principe rside dans la sparation de molcules
charges (ions) en fonction de leur rapport masse/charge
(m/z)

L'identification par SM repose sur une mesure prcise


de la masse de peptides ioniss. Dune faon trs
gnrale les protines sont digrs par une
endopeptidase (le plus souvent la trypsine) et, ensuite
analyses par SM.
Une des approches utilise est ltablissement de cartes
peptidiques massiques (peptide mass
fingerprinting). La masse des peptides obtenus aprs
digestion protasique est compare aux cartes de
masses thoriques des protines rpertories dans les
banques de donnes.

Autre mthodes quantitatives:


Itraq: les peptides sont marqus avec des molcules de
mme proprit physico-chimique, la diffrence est la
position et le nombre des isotopes 13C, 18O puis
identiefier par ms
Icat: Le ractif ICAT se greffe sur les groupements
thiols des rsidus cystines, cest une alkylation par la
fonction iodoactamide puis identifier par ms

Application:
biologie du dveloppement ,neuroscience ,
Nphrologie ,la protomique vgtale, de nombreuses
zones de recherche de maladies, par ex. Recherche sur
le cancer et les maladies cardiovasculaires.
par exemple, les effets de la cocane sur lexpression du
neuroproteome a
t tudi.
des marqueurs potentiels de lirritation des poumons
par la fume de cigarette ont pu tre mis en vidence

conclusion
La complexit des chantillons analyser et quantifier
en protomique quantitative rend cette mthode
indispensable pour ltude protomique.