Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
dan
Geometri Obat-Reseptor
Oleh,
Najiah Rahmatun Nisa 31113086
Farmasi 4B
Struktur Air
Ruahan
Sifat Melarut
Air
Zat terlarut atau linurat mengubah sifat air karena bungkus hidrat yang terbentuk di
sekeliling ion teratur dan karena itu lebih mantap dibandingkan dengan kelompokberkelipan pada air bebas.
Antaraksi antara linarut dengan suatu fase padat misalnya obat dengan reseptor
lipoprotein dipengaruhi juga oleh air dan sering dapat menunjang perubahan
konformasi pada reseptor obat makromolekul dan akhirnya menunjang peristiwa
faali
Kelarutan
Struktur
Molekul
Kelarutan adalah fungsi sejumlah parameter molekul. Pengionan, struktur dan
ukuran molekul, stereokimia, dan struktur elektronik, semuanya akan
mempengaruhi antaraksi dasar antara pelarut dan linarut. Karena sebagaian besar
struktur hidup terdiri atas air, semua reaksi biokimia didasarkan pada molekul kecil
yang terlarut dalam fase air (seperti sitosol) atau pada makromolekul yang
terdispersi dalam fase ini, biasanya pada keduanya
Gambar 2. Konsentrasi bakterisid alkohol alifatik primer lawan kelarutannya dalam air. Karena kedua sumbu berskala sama, maka
garis jenuh putus-putus mempunyai kemiringan satu. (Data dari J. Ferguson (1939), Proc. Roy. Soc. [B] 127:387)
Koefisien
Partisi Obat
Koefisien partisi suatu obat didefinisikan sebagai tetapan kesetimbangan kadar obat
dalam kedua fase. biasanya ditentukan in vitro dengan menggunakan n-oktanol
sebagai fase lipid dan dapar fosfat dengan pH 7,4 sebagai fase air. Koefisien partisi
sangat mempengaruhi ciri pengangkutan obat, cara obat mencapai sisi kerjanya dari
sisi pemakaiannya (misalnya tempat suntik, saluran cerna, dsb.)
Hipotesis OvertonMeyer Tentang
Aktivitas Anestetik
Anestetik mengacu pada hilangnya kesadaran somatik secara sempurna. Dia dan
H.H. Meyer menyatakan bahwa:
1. Semua zat netral yang larut lipid mempunyai sifat depresi terhadap saraf;
2. Aktivitas ini paling nyata dalam sel kaya lipid;
3. Efek itu naik dengan naiknya koefisien partisi, tanpa menghiraukan struktur zat
tersebut.
Kadar kecebong
Oleil Alkohol/air
Etanol
0,10
0,33
0,033
n-Butanol
0,65
0,03
0,020
Valeramida
0,30
0,07
0,021
Benzamida
2,50
0,013
0,033
Salisilamida
5,90
0,0033
0,021
o-Nitroanilina
14,0
0,0025
0,035
Timol
950,0
4,7 x 10-5
0,045
Zat
Kaidah
Ferguson
Ferguson (1939) mengamati bahwa tanpa memperhatikan hakikat biofase yaitu sisi
kerja anestetik atau konsentrasi mutlak zat itu dalam fase gas atau cair, efeknya
terjadi dalam rentang aktivitas termodinamik yang cukup konstan.
Ps (tekanan uap
Pt/Ps (kejenuhan
pada 15 C, mm)
Monometilanilina
3,7
0,22
0,3
Dimetilanilina
6,6
0,28
0,4
Piridina
76
10,4
0,1
Bromoform
94
3,2
0,5
Tetrakloroetana
141
4,2
0,6
Klorobenzena
200
6,8
0,5
Toluena
420
17,0
0,4
Benzena
775
58
0,2
Heptana
800
27
0,5
Kloroform
1040
128
0,2
Trikloroetilena
1200
52
0,4
1600
73
0,4
3000
96
0,6
16600
320
0,9
Karbon
tetraklorida
Heksana
Pentana
Tabel
tersebut
memperlihatkan
korelasi untuk bebagai zat yang
tekenal beracun bagi hama tanaman.
Terlihat bahwa tanpa menghiraukan
konsentrasi toksiknya, yang berbeda
sebesar faktor 4000, semua zat itu
beracun pada kira-kira nilai setengah
jenuhnya dalam udara.
Anestetik
Umum
Kelompok obat tak khas yang terpenting adalah kelompok anestetik umum.
Senyawa tak khas ini strukturnya sangat beragam, mulai dari gas mulia seperti Ar
atau Xe sampai steroid yang rumit.
Farmakologi anestesi sifatnya rumit dan luas; menyangkut kecepatan terjadinya
narkosis, kecepatan pulih kembali dan setiap efek samping yang mungkin terjadi.
Antaraksi
Permukaan dan
Detergen
Semua molekul dalam fase cair berantaraksi sesamanya dan mendesak molekul
tetangganya. Akan tetapi, molekul air pada antarmuka gas cairan dipengaruhi
oleh sejumlah gaya yang tak sama dan tertarik kearah air ruahan pada fase cair
itu karena tidak ada tarikan yang dilakukan terhadapnya dari arah fase gas.
Zat Antibakteri
Aktif-Permukaan
Membran hayati sangat mutlak untuk berfungsinya semua sel dengan baik,
termasuk bakteri dan jamur. Karena itu setiap zat dapat merusak membran atau
dengan cara lain mengganggu keutuhannya atau fungsinya, merupakan bahaya
besar bagi kehidupan sel itu. Karena Alkohol alifatik berfifat bakterisid (membunuh
bakteri) maka zat itu dapat merusak membran bakteri, fenol dan kresol merupakan
desinfektan ampuh dan digunakan dalam sediaan misalnya Lysol
Zat Antijamur
yang aktif pada
Membran
Bebrapa spesies Streptomyces menghasilkan senyawa makrosiklik (cincin besar)
yang mengandung sejumlah (tiga sampai tujuh) ikatan rangkap dan bahkan lebih
banyak gugus hidroksil yang biasanya terletak pada satu salah sisi molekul itu.
Antibiotik dengan struktur demikian, misalnya amfoterisin B dan nistatin yang
sangat mirip, dapat berantaraksi dengan streol dalam membran plasma mikroba
Antibiotika
Penghantar Ion
Beberapa bakteri menghasilkan senyawa yang dapat bergabung didalam membran
lipid dan memudahkan pengangkutan ion terutama ion K+. Karena itu, senyawa ini
disebut dinamakan ionofor atau pengangkut ion. Antibiotika ionofor dapat bekerja
sebagai pengangkut sangkar ion atau pembentuk saluran. Contoh ionofor yang
merupakan pengangkut sangkar adalah valinomisin
Ionofor Sintetik
Struktur ionofor sintetik yang dikenal sebagai senyawa mahkota diberi nama
menurut jumlah atom dalam cuncin makrosiklik dan jumlah atom hetero dalm
cincin. Kelompok kriptat (misalnya 1-28 dan 1-29) senyawa yang mirip tetapi
mengandung atom nitrogen, mampu membentuk sangkar trimata. Beberapa ionofor
asam sintetik mempunyai sifat farmakologi yang menarik karena berpengaruh
terhadap pengangkutan Ca2+, mereka meningkatkan kontraksi jantung, diuresis dan
aliran darah koroner dan menurunkan tahanan pembuluh perifer
Isomer Optik
Isomerisme optik adalah akibat dissimetri pada subsirusi molekul. Dissimetri
mengandung ari hilangnya atau tidak adanya kesimetrian. Isomer optik
(enansiomer) dapat mempunyai aktivitas faali yang salin berlainan asalkan
antaraksinya dengan reseptor atau dengan struktur efektor lain melibatkan atom
karbon asimetri pada molekul enansiomer dan ketiga subsituen yang berbeda pada
sistem atom karbon itu berantaraksi dengan reseptor.
Isomer Geomtri
Isomer cis/trans adalah hasil rotasi terbatas sepanjang ikatan kimia yang
ditimbulkan oleh ikatan rangkap atau sistem cincin kaku dalam molekul isomer.
Isomer cis/trans bukan bayangan cermin dan mempunyai sifat fisikokimia berlainan,
yang tercermin pada aktivitas farmakologinya karena gugus-gugus fungsi pada
molekul ini terpisah pada jarak berbeda-beda dalam berbagai isomer itu, maka
menurut aturan, gugus-gugus itu tidak mungkin terikat pada reseptor yang sama.
Isomer
Komformasional
Isomerisme dapat juga terlihat pada senyawa yang rotasi bebas atom-atomnya
disekitar ikatan kimia tidak terlalu terhalang Untuk senyawa alifatik, proyeksi
Newman yang terkenal digunakan untuk memperlihatkan kedudukan nisbi berbagai
substituen pada dua atom yang saling berhubungan (seperti pada turunan etana).
Misalnya gambar ini memperlihatkan beberapa kemungkinan conformer asetilkolin.
Pengionan Obat
Pengionan adalah fungsi lain struktur elektronik molekul obat. pK a obat
merupakan hal penting bagi aktivitas farmakologinya, karena berpengaruh
pada penyerapan dan penghantaran obat melalui membran sel. Dalam
beberapa hal, yang aktif pada kenyataan hayati hanyalah bentyuk ion
suatu obat.
pH-pKa
% Terion
Asam
Basa
-4,0
0,01
99,99
-3,0
0,10
99,90
-2,0
0,99
99,01
-1,0
9,09
90,91
-0,5
24,03
75,97
50,00
50,00
0,5
75,97
24,03
1,0
90,91
9,09
2,0
99,01
0,99
3,0
99,90
0,10
4,0
99,99
0,01
tingkat pengionan
asam atau basa
Antraksi
Hidrofob
Ikatan hidrofob mempunyai peranan penting antara lain untuk
memantapkan konformasi protein, dalam pengangkutan lipid oleh
protein plasma, dan untuk meningkatkan streoid pada
reseptornya.
Ikatan Hidrogen
Ikatan hidrogen penting sekali untuk memantapkan struktur dengan cara
membentk ikatan intramolekul. Contoh klasik ikatan tersebut terdapat pada
-heliks protein dengan pasangan basa ADN. Ikatan hidrogen mungkin
kurang penting pada ikatan antar molekul antara dua struktur dalam
larutan air karena gugus polar struktur itu membentuk ikatan hidrogen
dengan air.
Alih Muatan
Alih muatan mengacu pada antraksi berturut-turut
antara dua molekul; dapat berkisar mulai dari antraksi
dipolar donor-akseptor yang sangat lemah sampai
kepada antarksi yang menghasilkan pembentian
pasangan ion.
Dipol
Ikatan Ion
Ikatan Kovalen
Pada umumnya ikatan kovalen sangat penting, dalam ikatan obatreseptor kurang penting dibandingkan dengan antaraksi
nonkovalen.
Penyebaran Elektron
Dalam Molekul
Penyebaran electron dalam molekul dapat ditentukan dengan
percobaan pengukuran momen-dipol, metode RMI, dan difraksi sinar-x.
Metode terakhir ini menghasilkan peta kerapatan-elektron yang sangat
tepat, tetapi hanya untuk molekul dalam keadaan padat; tidak dapat
dipakai untuk memperoleh peta conformer tak-seimbang bagi molekul
dalam larutan.
Telaah Konformasi
dengan Metode
Kimia Kuantum
Panjang ikatan dan sudut ikatan pada molekul dapat diperoleh dari data kristalografi
yang diberikan oleh difraksi sinar-x. Panjang dan sudut ikatan ini selanjutnya dapat
digunakan untuk menghitung energy potensial konformasi sejumlah besar conformer.
Pada penghitungan berulang, masing-masing sudut ikatan, terutama yang
kelihatannya paling peka terhadap keanekaan energi, berubah dalam beberapa
langkah, dan energy konformasinya dihitung untuk masing-masing langkah. Dengan ini
dapat dibuat peta tentang energi potensial bagi suatu komformasi sebagai fungsi dua
sudut (seperti telah dibuat untuk sejumlah neurotransmitter golongan ariletilamina misalnya dopamine, nerofineprin, serotonin, histamine, dsb).
Metode Free-Wilson
Metode ini mengandaikan bahwa aktivitas hayati dapat diterangkan dengan
sifat aditif sejumlah substituen pada struktur dasar molekul. Pada modifikasi
terhadap metode Free-Wilson oleh Fujita-Ban, tidak diadakan pengandaian
tentang sangkut-paut parameter model dengan aktivitas hayati molekul. Efek
setiap substituent dianggap bebas satu sama lain, dan masing-masing
memberikan sumbangan tetap untuk seluruh aktivitas molekul. Karena itu,
metode tersebut dapat diterapkan pada senyawa yang memiliki lebih dari
satu gugus perubah.
Struktur Makromolekul
Struktur Sinar X
pada Protein
Globular
Protein globular merupakan bentuk sterik yang kasar dan cenderung
larut dalam air. Banyak enzin ekstraseluler asam protein globular.
Mungkin bentuknya, protein ini mudah dikristalkan. Sifat yang terakhir
ini yang telah merek buat maka menjadi popular/terkenal dengan para
kritalografer sinar X
Protein Membran
Mempertimbangkan empat kemungkinan hal itu bagi
putaran dalam membrane protein:
Putaran tetap berkarakter polar dan bagian luar terdapat
dalam protein globular.
1. Putaran polar tetapi terletak dibagian dalam
2. Putaran bersifat nonpolar dan terletak pada permukaan
protein
3. Putaran bersifat nonpolar dan terletak dibagian dalam.
Protein yag tidak merentang masuk melalui membrane
akan menimbulkan konsep permasalahan yang lebih sukar
Struktur Asam
Nukleat
Dinamika
Makromolekul
MetotreksatDihidrofolat-Reduktase
Metotreksat (aminopterin) merupakan agen antitumor yang beraksi
menghambat inhibisi spesifik enzim dihidrofolat reduktase. Enzim
mengkatalisis reduksi dihidrofolat menjadi tetra hidrofolat, senyawa
penting di dalam biosintesis dari purin dan pirimidin dan dalam hal
tertentu merupakan prekursor yang esensial dan timidilat.
Memblokir reduktase menyebabkan percepatan defleksi dari
timidilat sel yang sebaliknya menghentikan sintesis sel DNA.
Metotreksat mengikat enzim hampi 1000 kali lebih baik daripada
dihidrofolat dari substrat yang normal.
Reseptor Asetilkholin
Reseptor astilkholin nikotinik memainkan peranan penting dalam transmisi
infus saraf melintasi simpangan sinapsis, molekul reseptor bertindak
sebagai sisi pengikat utama bagi pelepasan asetilkholin selama pemacuan
dalam sinapsis, pada pengikatan asetilkholin reseptor bertindak untuk
menaikn permeabilitas ion dari jaringan postinapsis (setelah sinapsis),
molekul reseptor yang merupakan sebagian membran protein yang tidak
larut pada air yang belum dapat di kristalkan denga cara biasa.steroud dan
kawan sekerjanya telah mempersiapkan lembaran tipis yang kaya akan
preparat reseptor yang menunukan orde 2 dimensi, sampel seperti itu
sangatlah baik untuk penelitian defraksi sinar x maupun penelitian.
Interaksi Obat-Nukleotida
dari komplek merupakan hasil langsung dari dua lipatan simetris dari aktinomisin.
Aktinomisisn
Komplek kristalin yang mengandung 1 mlekul aktinomisin 2
dioksiguanosin dan 12 molekul air (gambar 6,17) berinteraksi guanosin
dengan rantai siklis pentapolipeptida dari aktinomisin mauoun timbunan
pada sisi yang berlawanan dari cincin fenosason. Ikatan hidrogen
berhubungan dengan gugus guanin 2 meonin dan guanin N-3 diikat
pada NH dari stereonin yang sama, kedua deoksiguanosin merupakan anti
konformasi. Satu residu tersusun c3-endoc2 endo c2, ekso dn yang lain
adalah c2 endo dan c3 ekso stkiometris satu berbanding dua dari
komplek merupakan hasil langsung dari dua lipatan simetris dari
aktinomisin
dari komplek merupakan hasil langsung dari dua lipatan simetris dari aktinomisin.
9-Amino Akridin
Unit sel dari kompleks 9-amino akrodin berisi empat akridin, 4
sitidil guanosin dan 24 molekul air, dua interaksi geometris zat
warna dari pasangan basa C-G yang kedua adalah posisi
asimetris dari akridin dengan memperhatikan (gambar 6,18b),.
Interaksi simetris akan menjadi penyisipan normal ke dalam
heliks ganda. Geometrik asimetrik akam cenderung bagi untaian
tunggal dan akan cenderung bagi untaian tunggal dan mungkin
bertanggung jawab bagi stabilisasi dari putaran butiran tunggal
dari DNA yang dipikirkan menjadi sumber kerangka lapisan
mutasi
ari aktinomisin mauoun timbunan pada sisi yang berlawanan dari cincin fenosason. Ikatan hidrogen berhubungan dengan gugus guanin 2 meonin dan guanin N-3 diikat pada NH dari stereonin yang sam
dari komplek merupakan hasil langsung dari dua lipatan simetris dari aktinomisin.
Editium Bromid
Sel basis berisi dua iodouidil adenosin, bergandengan bersama oleh
pasangan basa watson-crick. Dua
molekul etidium didapatkan
dalam lingkungan yang berbeda, satu tersisipkan, yang lain
tertimbun di antara basa di dalam dinukleotid yang terpisah, etidium
yang tersisip di jabarkan sehingga gugus fenil dan etil terletak dalam
lubang yang sempit dari heliks miniatur (gambar 6,19) gugus amino
pada etidium adalah dekat dengan adenosin 0-5 fosfodieter
oksigen, molekul etidium yang tertimbun terletak berlawanan arah
dengan iodium atom pada urasil.