Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
Developmental Genetics
Topics :
I. Genetic Basis of Differentiation
II. Control of Gene Expression in
Differentiation
III. Nature of Determination
2
Development ของ organism
การเจริญพ ัฒนา Single fertilized egg cell เป็น embryo
และไปเป็น adult
Adult ประกอบด้วย cells จำนวนหลาย trillions (1012)
ซงึ่ ถูกจ ัดเป็นองค์กรได้ organs ต่าง ๆ
Organ ประกอบด้วย tissues กลุม ่ ต่าง ๆ ทีม่ ห
ี น้าที่
และความชำนาญต่างก ัน
Tissue คือ กลุม่ เซลล์ทม
ี่ รี ป
ู ร่างและ หน้าที่
คล้ายก ัน
3
Cell
Differentiation
4
Embryonic d
evelopment
ของ
Amphioxus
5
Differentiation
การแสดงออกของ คุณล ักษณะพิเศษ
(specialized characteristics) ของเซลล์ type ต่าง
ๆ
Specialized cellular functions ขึน ้ ก ับ
1) Proteins : structural proteins for cell shapes
2) Enzymes : specific chemical reactions
3) Hormones : signals from cell to cell
6
Genetics ของ Developmental Pathway
8
I. Genetic Basis
of
Differentiation
9
I. Genetic Basis of Differentiation
1. Theory of development
1.1 Theory of Mosaic Development
1.2 Theory of Regulative Development
2. Substances of development
2.1 Determinants
2.2 Inducers
2.3 Morphogens
10
Genetic Basis ของ Cell Differentiation
Early embryonic cells: จำนวนมากเหมือนก ันทงั้
รูปร่างและหน้าที่
Differentiated cells : ผลิต specialized products 2
กลุม ่ ใหญ่
1) Fundamental proteins ทีจำ ่ เป็น (vital) ต่อชวี ต
ิ
โดย
Housekeeping genes : RNA polymerases &
ribosomal proteins
2) Specialized cell products สำหร ับบาง organs โดย
Luxury genes : hemoglobin, insulin
11
12
1. Theory of Development
มี 2 ทฤษฏี อธิบายให้รว ู้ า
่ Expression ของ genes
ระหว่าง development ในเซลล์แต่ละชนิดไม่
เหมือนก ัน
gene หนึง ่ express ในเซลล์ชนิดหนึง่
gene อืน
่ express ในเซลล์อก ี ชนิดอืน ่
1.1 Theory of Mosaic Development
1.2 Theory of Regulative Development
13
1.1 Theory of Mosaic Development
Differentiation ของ embryonic cells เกิดจาก
การสูญเสย ี genetic potential ตงแต่
ั้ เริม
่ ต้น
ไปเรือ ่ ย ๆ ระหว่างการเปลีย ่ นแปลง
ในแต่ละ cell cycle ระหว่าง development
เซลล์ลก ู จะไม่ได้ genetic material เท่าก ัน
--> เซลล์ไม่เหมือนก ัน
เมือ่ รวมเซลล์ทงหมดใน ั้ organism จึงมี
เซลล์หลายแบบคละก ันเป็นกระ (mosaic)
Embryo เรียกว่า Mosaic embryo
14
นน ่ ั คือ ระหว่างแบ่งเซลล์ Genes ถูกแบ่งเป็น
สว่ น
genes สว่ นมากสูญเสย ี potential ระหว่าง
differentiation คง เหลือแต่
1. Housekeeping genes และ
2. Luxury genes
ใน invertebrate พบความแตกต่างของเซลล์ใน
embryo ตงแต่ ั้ ระยะ 2 เซลล์ ขึน ้ ไป และ
พบว่าถูก programmed มาแล้ว เชน ่ สว่ นที่
differentiate ไปเป็น ระบบประสาท หรือ กล้าม
เนือ ้
15
1.2 Theory of Regulative Development
เซลล์ embryo ของ eukaryote ชนสู ั้ งติดอยูร่ วมก ัน
จนถึงระยะ 8 cells จึงแยกก ันเป็นแต่ละเซลล์
ทงั้ 8 เซลล์สามารถ develop เป็น 8 organisms
แสดงว่าแต่ละเซลล์ของทงั้ 8 ถูกควบคุม (regulated)
ให้มค ี ณ
ุ สมบ ัติ Totipotent คือ ย ังคงมี genetic materials
ครบทงหมด ั้ สามารถแยกให้เจริญเป็น 8 ต ัวปกติ
ได้
Embryo เรียกว่า Regulative embryo
16
นน ่ ั คือ เซลล์ embryo ร ักษา genetic materials ไม่
ให้สญ ู เสยี เป็นเวลานานถึง 3 cell division cyc
les ซงึ่ เป็นเวลานานกว่า mosaic development
พ ัฒนาการแบบนี้ เรียกว่า Regulative
development
่ embryo ของ humans ทีเ่ กิดแฝดเหมือน
เชน
ได้หลายคน (ถึง 8 คน)
17
ผ่านระยะนีแ ้ ล้ว totipotency ไม่แน่นอน อาจ
คง totipotent เชน ่ stem cells/ precursor cells ของ
เซลล์เม็ดเลือดในใขกระดูก
สูญเสย ี genetic potential สว่ นมากไป เชน ่
muscle cells และ nerve cells
ในพืช adult cell เพียง 1 เชลล์ เป็น totipotent
differentiated cells สามารถเจริญเป็นพืชทงั้
ต้นได้ ซงึ่ ใชป ้ ระโยชน์ในการทำ tissue
culture
18
โดยสรุป : animals & plants
บางชนิดมี totipotent differentiated cells บางชนิด
ไม่ม ี
ด ังนนการสู
ั้ ี genetic material ใน
ญเสย
differentiation ของเซลล์ จึงไม่จำเป็น และ
ไม่มห ี ล ักฐานการสูญเสย ี genes ระหว่าง
cell differentiation
แต่มห ี ล ักฐานแสดงว่า cell differentiation มี
สาเหตุจาก Epigenetic changes ซงึ่ เป็นการ
เปลีย ่ นใน
gene expression ไม่ใชท ่ ต
ี่ ัว genes โดยตรง
19
20
2. 1 Determinant
ก่อนเซลล์ differentiate และ express specific function
เซลล์ตอ ้ งผ่านกระบวนการ Determination
Determination เป็นระยะทีเ่ ซลล์ผา่ น point of no
return หรือ irreversible commitment ใน Development
program หรือ fate หรือต ัดสน ิ ชนิดของเซลล์
พบว่ามี สาร Effector substances ใน cytoplasm
ในใข่ เป็น Determinants
21
Gradient of determinatio
ns
determinants อยูใ่ น
egg และกระจาย
ไม่เท่าก ัน
กระจายจาก
มากไปหาน้อย
เป็นระด ับ (gradient
) จาก บน --> ล่าง
(animal pole --> vegetal
pole) และจาก side -
-> side
22
Determinants อาจเป็น Maternal messages
ั
mRNA สงเคราะห์ ขน ึ้ จำนวนมากแล้วเก็บ
สะสมไว้ระหว่าง การเจริญของ egg
(developing egg) หรือ
Determinants อาจเป็น Transcription factors ซงึ่ จะ
ไม่พบใน egg
ั
แต่สงเคราะห์ โดย embryonic cells ของ
embryo ในระยะหล ัง
23
2.2 Inducers
Substance ทีเ่ ซลล์หนึง่ ผลิตขึน ้ ให้ไปมีอทิ ธิพล
ต่อ
การพ ัฒนาการของอีกเซลล์หนึง่ หรือ เป็น
Signal จาก cell ถึง cell เชน่
้ เยือ
เนือ ่ embryo 3 ชน ั้ Mesoderm จะ induce
development ของ Ectoderm
กล้ามเนือ ้ induce พ ัฒนาการของ ระบบ
ประสาท
24
2.3 Morphogens
เป็น subsets ของ determinant และ inducer
Morphogen ต ัดสน ิ รูปร่าง (morphology) ของ
embryo ทีกำ่ ล ังพ ัฒนา
Morphogen สามารถชกนำให้ ั เกิดการ
เปลีย ่ นรูปร่างในต่าง embryo ได้ในการทำ
transplantation
เชน ่ ใน chick limb bud มี Retinoic acid กำหนด
ั
และชกนำให้ พ ัฒนา เป็นนิว้ (digits)
25
พบว่า Retinoic acid เป็น morphogen ใน
พ ัฒนาการของหลายเนือ ้ เยือ
่ และหลาย
สงิ่ มีชวี ต
ิ รวมทงคนั้
Retinoic acid ย ังสามารถทำงานร่วมก ับ
hormones อืน ่ ใน differentiation ได้ดว้ ย
26
II. Control of Gene Expression
in
Differentiation
27
II. Control of Gene Expression in Differentiation
Differentiation เกิดโดยการ turn-on ของ genes
ทีเ่ ลือกแล้ว
เป็น control ของ structural gene expression
ระด ับ •
Transcription,
• Posttranscription,
• Translation และ
• Posttranslation
28
Control ใน Prokaryote
มีการเปลีย ่ นแปลงอย่างมากใน
gene expression และ cellular activity
เชน ่ ใน bacteria เจริญจาก Sporulation
--> Vegetative
พบการเปลีย ่ นที่ sigma () factor ของ
RNA polymerase และ เปลีย ่ นตามเวลา
29
Control ใน Eukaryote
Expression ของ luxury genes
1. Hormone activation of genes
2. Hormone-responsive elements
3. Light-induction of plant genes
30
1. Hormone Activation on Genes
Hormone ทำงานโดย turn on transcription ของ
specific genes ใน target cells ได้
1. โดยตรง โดย เข้าไปจ ับก ับ genes ใน
nucleus
2. โดยอ้อม โดยผ่าน second messenger ที่ cell
membrane หรือใน cytoplasm
Hormone action เป็น complex process ทงั้ 2 วิธ ี
ต้องมี receptor เฉพาะชนิด hormone
31
Steroid Hormone
Steroid hormone มีบทบาทสำค ัญใน development
และ differentiation
Steroid hormone ซม ึ ผ่าน cell membrane เข้า
cytoplasm เข้า nucleus ไปจ ับก ับ receptor ใน
nucleus
Hormone-receptor complex ไปจ ับ chromatin ไป activate
genes ทีเ่ กีย
่ วข้องให้ม ี Transcription
32
Effect
ของ
Steroid
Hormone
ต่อ Gene
Expression
33
Activation ของ Estrogen ต่อ Ovalbumin Gene
ใน chick oviduct
estrogen-receptor complex มี binding site ทีร่ ะหว่าง
250-300 base pairs upstream จาก TATA box
hormone-receptor complex ก็คอ ื transcription factor ที่ bi
nd และ stimulate ทีตำ่ แหน่ง enhancer ของ gene
34
Hormone อีกหลาย family ทีม
่ ี receptor ใน
nucleus
ซงึ่ มีบทบาทสำค ัญใน development
1) Glucocorticoid receptor : mediate gene โดย
hormone cortisol
2) Vitamin D3 receptor
3) Thyroid hormone receptor
4) Retinoic acid receptor
Response ของเซลล์ ขึน ้ ก ับการมี receptor
หรือไม่
35
2. Hormone-Responsive Elements (HRE)
คือ Enhancer สำหร ับจ ับก ับ receptor ของ hormone
หรือก ับ hormone-receptor complex
Enhancer ทีถ
่ ก
ู จ ับแล้วจึงไปชว ่ ย Promotor ของ gene
เพือ
่ ให้ RNA polymerase ทำ transcription บน gene ได้
พบมี HRE สำหร ับ hormone และ receptor หลายชนิด
36
2.1 HRE สำหร ับ Retinoic Acid Receptor
Retinoic acid responsive element (RARE)
เป็น binding site บน DNA
สำหร ับจ ับ
Retinoic acid receptor (RAR)
RAR โมเลกุลคล้ายนิว้ มือ
เรียกว่า Finger protein
ซงึ่ มี 2 Zinc fingers
37
Retinoic acid receptor (RAR) = protein
จ ับก ับ Retinoic acid responsive element (RARE)
= DNA sequence ได้ RAR-RARE complex บน DNA
แล้ว Retinoic acid (R) จึงเข้าจ ับก ับ RAR-RARE
complex
RAR-RARE complex จึงไป stimulate gene ทีอ ่ ยูใ่ กล้
RARE พบใน growth hormone gene ในต่อม
pituitary ซงึ่ ผลิต growth hormone
38
Action ของ Retinoic Acid
RAR (receptor) + RARE (element)
/-------RAR-RARE-Promotor-----Gene-----/
Transcription
Retinoic Acid RNA Polymerase
39
40
2.2 HRE สำหร ับ Thyroid hormone receptor (THR)
RARE เป็น enhancer ของ Thyroid hormone receptor
(THR) ด้วย
ทำให้ thyroid hormone ทำงานร่วมก ับ retinoic
acid ในการ ควบคุมการผลิต growth hormone
โดย thyroid hormone receptor จ ับก ับ RAR ได้
dimer ไปจ ับ growth hormone RARE --> turn on
growth hormone gene --> growth hormone
41
Receptor
Vitamin D3 ทำงานร่วมก ับ Retinoic acid
โดยจ ับก ับ VDR และ RAR ตามลำด ับ ที่ RARE
ร่วมก ัน turn on Osteocalcin gene --> product เกีย
่ ว
ก ับ differentiation ของ immature Osteoblasts
Osteoblasts uptake calcium
Osteoblasts differentiate เป็น mature Osteocytes
42
สรุปได้วา่ Cells ทงหมด
ั้
response ต่อ hormoneไม่เหมือนก ัน เพราะ
มี
hormone receptor มีความเฉพาะ specificity ต่างก ัน
Hormones สว่ นมากมี target เพียง 2-3 cell types
กรณี Retinoic acid ใน vertebrate มี receptor 3 types
เฉพาะ type RAR พบมีในเซลล์เกือบทุก
ชนิด
้ ฐาน
Retinoic acid จึงเป็น Morphogen พืน
Hormone receptor เองเป็น protein ก็เป็นผลของ
่ ก ัน
differentiation ด้วยเชน
43
3. Light-induction of plant genes
ต้นกล้า (Seedling) ของพืชเจริญในความ
มืด จะไม่สร้าง photosynthetic apparatus ซงึ่ คือ
chlorophyll เพือ
่ ประหย ัดพล ังงาน
เมือ่ ได้ร ับแสง seedling จึงเปลีย ่ นเป็นส ี
เขียว โดย enzyme สร้าง chlorophyll เป็น light-
activated enzyme ชอื่ Ribose biphosphate carboxylase
หรือ Rubisco
44
Rubisco Gene
ล ักษณะของ Rubisco gene และ light-inducible genes
Promoter :
ที่ -35 base pair region มี TATA box
Sequence จาก -35 ถึง -46 เป็น light dependent และ
จากตำแหน่ง -46 upstream จึงตอบสนองต่อแสง
Enhancer :
่ ย stimulate rubisco gene ใน
Region จาก -327 ถึง -48 ชว
การตอบสนองต่อแสง
45
Promoter & enhancer ของ Light response gene
(a) Rubisco
gene จาก
pea cloned
ใส ่ petunia
cells
(b) Rubisco
gene จาก
pea cloned
ใส ่ tobacco
46
Control Expression ของ gene ใน cell
differentiation ใน plants และ animals
Regulatory region / 5’-flanking region แบบ
cis-acting DNA คือ Control region อยูบ ่ นสาย
เดียวก ับ structural gene เชน ่ TATA box และ
GC box
trans-acting protein เชน ่ transcription factor จ ับ
บน DNA สายตรงข้ามก ับ template
47
III. Nature of Determination
48
Determination
คือ กระบวนการต ัดสน ิ ทีไ่ ม่ยอ
้ นกล ับ
เพือ ่ ให้ cell ดำเนินไปตาม developmental path
way
เกีย่ วข้องก ับการเปลีย ่ นสภาวะทาง
กายภาพของ Chromatin โดย factor ป้องก ัน
histones ไปจ ับที่ control regions ของ genes
49
วิธ ี Determination
1. DNase Hypersensitivity
2. Control expression ของ 5S rRNA
3. DNA methylation
50
1. DNase Hypersensitivity
DNA บริเวณระหว่าง Nucleosomes (300 bp) บน
chromatin ไม่มโี ปรตีน histones จะไวต่อ DNas
เรียกว่า DNase hypersensitive site
51
DNase hypersensitive region ก็คอื 5’- flanking region /
regulatory region (promoter & enhancer)
ทำหน้าที่ turn on/off gene โดยต้องมี factor
(protein) ป้องก ันไม่ให้บริเวณ hypersensitivity
นีใ้ ห้กลายเป็น Nucleosome เชน ่
globin gene ในเม็ดแดงของกบ
Hypersensitivity region ที่ 60-260 upstreamป้องก ัน
การสร้าง nucleosome เมือ ่ embryo อายุ 14 ว ัน
พบ Determination factor ให้ globin gene active เมือ ่
อายุ 14 ว ันเป็นต้นไป
52
2. Control ของ 5S rRNA gene expression
5S rRNA genes (กบ) มี 20,000 genes แบ่งเป็น
2 family
1. Oocyte 5S rRNA genes : 98 % , transcription เกิด
เฉพาะ ใน oocytes
2. Somatic 5S rRNA genes : 2 % , transcription เกิด
ใน somatic cells
53
Expression ของ rRNA genes 2 families
หล ัง replication แต่ละรอบของ cell division จะเกิด
จากการแข่งข ันระหว่าง
transcription factors RNA Pol III มี factors คือ TFIIIA, TFIIIB,
และ TFIIIC ก ับ
histones บน hypersensitivity region
เชน่ ใน immature egg และ developing embryo ของกบ
54
ใน immuture egg:
Oocyte 5S rRNA genes express แต่
55
3. DNA methylation
Active genes ปกติม ี low methyl groups หรือ ไม่ม ี
Methylation ของ DNA
ทำให้ repress gene และถ่ายทอดได้ และ
เป็น signal ให้ DNA สายใหม่ม ี methylation ด้วย
กฎ methylation ใน higher eukaryote ต้องเกิดก ับ
C ทีเ่ ป็น 5’-CG-3’ dinucleotides
56
Determination โดย mehtylation
เพือ ่ 1) Repress gene activity และ
2) permanent
จ ัดเป็น Epigenetic mechanism เพราะ methylation
ไม่ทำให้เปลีย ่ น genetic แต่
ทำให้ gene turn off เร็วระหว่าง development
เชน ่
X chromosome ใน female พบว่าถูก methylated และ
หยุด develop เร็ว
Inactive X chromosome เรียกว่าถูก Lyonized
ทำให้เห็นรูปร่างเป็น Barr body
57
Genes ต้นเหตุ Determination
ใน แมลงหวี่ พบโดยการทำ mutation:
พบ genes ทีทำ
่ ให้เกิด determination ชะตา
ของเซลล์ชนิดต่างๆ เรียกว่า
Homoeotic genes หรือ Homeotic genes
โดยเมือ่ ทำ mutation แล้วทำให้เกิดการ
เปลีย
่ นรูปแบบ (transformation) ของร่างกาย
จากสว่ นหนึง่ ไปเป็นอีกสว่ นหนึง่
58
เชน่ Antennapedia (Antp) mutant มีขาในตำแหน่ง
ของหนวด
แสดงว่า genes ของ cells ในตำแหน่งหนวด
ได้ถก ู เปลีย
่ นให้เหมือนขา หรือ cells ปกติท ี่
ควร develop เป็นหนวดได้ถก ู programmed ให้
develop เป็นขา
Transformation เกีย
่ วข้องก ับ activity ของหลาย genes
แต่พบมีเพียง gene เดียวเมือ ่ ถูก mutated แล้ว
เกิด transformation
แสดงว่า gene นีต้ อ
้ ง control genes อืน
่ ๆ ให้
develop หรือเป็น Homeotic gene
59
นน่ ั คือ Homeotic gene เป็น Master gene ที่
เกีย ่ วข้องก ับ determination ชะตา (fate) ของ
เซลล์วา่ จะพ ัฒนาเป็นเซลล์ชนิดอะไร
ถ้า mutate gene นีจ ้ ะทำให้ determination เปลีย
่ นไป
สูว่ ถ
ิ ี / programใหม่
Homeotic genes จึงมีบทบาทเป็น ศูนย์กลาง
development
ในแมลงหวีศ ึ ษาพบ Homeotic gene แล้ว 2
่ ก
กลุม ่ คือ
Antennapedia complex (ANT-C) และ
Bithorax complex (BX-C)
60
Homeobox
Common DNA sequence ประมาณ 180 bp พบ
ใน Homeotic genes เป็น complex (cluster) genes และ
61
ล ักษณะของ Homeobox
75 % - 79 % conserved
share และ control genes อืน ่ ให้ develop อย่าง
เป็นขนตอน ั้
code ให้ protein ทีม ่ ี DNA-binding domain ทีเ่ ป็น
positively charged มาก
protein ซงึ่ เป็น transcription factor จะ migrate
กล ับไปใน nucleus ไปจ ับ control region ของ
genes ทีถ ่ ก
ู ควบคุม
62
Arrangement ของ homeobox genes
เหมือนก ันทงั้ vertebrate และ invertebrate คือ
เรียงตาม anterior-posterior body axis ที่ express โดย
genes ทีอ
่ ยูเ่ ริม
่ ต้นของ cluster เป็น genes ที่ express
ไปทางหน้า (anterior) และ
genes อยูส่ ด
ุ ท้ายของ cluster ที่ express ไปทาง
ด้านหล ัง (posterior)
63
Maternal Effect Genes
Genes ที่ code ให้ products ใน egg แล้ว
ปริมาณ ของ products กระจายจากมาก
ไปหาน้อย หรือ ทำให้ egg มี polarity
products มี effect ต่อ development ของ body parts
64
Segmentation genes
Control organization ของปล้องของร่างกาย segments
ftz gene พบ segment เว้น segment เป็น pair-rule genes
posterior
65
Vertebrate homeoboxes
sequence ของ homeoboxes ของ แมลงหวีก ่ ับ
ของ vertebrate คล้ายก ันมากถึง 95%
การจ ัดเรียงของ genes เป็น cluster ในลำด ับ
เดียวก ับที่ express
homeotic genes ทีอ
่ ยูต่ อนต้นของ clusters express
ไปข้างหน้า และ
homeotic genes ทีอ่ ยูต่ อนปลายของ clusters
express ไปข้างหล ัง
66
homeobox gene ของ vertebrate active ชา้ กว่า
และ active ทงก่
ั้ อนและหล ัง differentiation
homeobox proteins ใน vertebrates เป็นทงั้
Transcription factor และ Regulator ใน developm
ent ของ embryo
่ Pit -1 protein
เชน
67
Pit -1 protein ใน mouse dwarf (dw) gene
ควบคุม development ของ pituitary glands ซงึ่
ผลิต growth hormone, prolactin hormone และ
thyroid - stimulating hormone
แสดงว่า Pit-1 มี multiple effects ต่อ development
ของ pituitary gland
68
Developmental pathway
House keeping genes & Luxury genes
Mosaic development vs. Regulative development
Totipotency vs. Epignetics
Determinants, Inducers & Mophogens
Differentiation control in Prokaryote vs. Eukaryote
Animal: Hormone-induced genes & Hormone responsiv
e element
Plant: Light-induced genes
DNA hypersensitivity, rRNA gene expression, and DNA
methylation
Homeotic genes & Homeobox
Maternal Effect genes
Segmentation genes
69