Bases qumicas de

la vida

tomos, elementos y
molculas
Organizacin
entrpica en
diferentes
zonas crticas
de la
bisfera. La
organizacin
de tomos y
molculas
conlleva a la
formacin de
estructuras
macrocompleja
s como
paisajes y/o
biomas.
Introduccin
El conocimiento de la qumica es esencial
para el entendimiento del metabolismo de
los organismos y como ellos funcionan.
Se ha llegado a concluir que las similitudes
qumicas de los organismos (incluyendo al
hombre) refuerzan la evidencia de la teora de
la evolucin y ancestro comn.
En sistemas ambientales se llega investigar
las interacciones precisas de tomos y
molculas que mantiene un flujo energtico
en un organismos y la transferencia de esa
energa entre otros organismos en un
ecosistema as como los efectos
ambientales de especies qumicas en el
ambiente (Ciclos biogeoqumicos).
Exudados
Exudados
radiculare
radiculare
s
s:
Contienen
metabolitos
primarios y
secundarios
que atraen,
repelen o
matan
organismos
subterrneo
s como
herbvoros,
nematodos
y bacterias
inhibindolo
s al
competir
con las
plantas.
Rizsfera: Variedad de organismos que se
interaccionan con la raz mediante comunicacin
A. Las plantas exudan compuestos fenlicos para
inhibir la germinacin de otras plantas (alelopata).
B. Las larvas de insectos que se alimentan de races,
inducen la produccin de compuestos azufrados o
del terpeno (E)-b-caryophyllene ((E)-b cariofileno).
C. Los exudados radiculares, afectan la colonizacin de
bacterias rizosfricas, inicindose la formacin de
ndulos bacterianos (Rhizobia).
D. Los exudados inducen a la eclosin de quistes de
nematodos y atraen a otros nematodos juveniles a la
raz.
E. La cofia es la zona mas activa en exudados.
F. Las estrigolactonas induce el crecimiento de
micorrizas.
G. Las estrigolactonas inducen la germinacin de
plantas parasitas.
Conceptos claves
1. Las propiedades qumicas de un tomo estn
determinadas por sus electrones de alta
energa, conocidos como electrones de
valencia y son la base de su
comportamiento qumico.
2. La energa de un electrn es transferida
mediante reacciones REDOX en sistemas
ambientales.
3. Las molculas de agua son polares con
cargas parciales positivas y negativas ,
que les permite formar el puente de
hidrgeno entre ellos y sustancias con carga.
Conceptos claves

4. La escala de pH es una medida

convencional de la concentraciones de
iones hidrgeno de una solucin.
5. Las estructuras de los tomos
determinan la manera en que ellos forman
enlaces qumicos para producir
compuestos qumicos complejos.
 Elementos y tomos
1. ELEMENTOS: Son sustancias puras que no
pueden ser desintegradas en sustancias mas
simples con propiedades diferentes (densidad,
solubilidad, punto de ebullicin y reactividad)
empleando reacciones qumicas ordinarias.
Cada elemento tiene un smbolo qumico
compuesto por letras en latn o en ingls. Por
ejemplo:
C para carbono (del latin carbo)
Na para sodio (del latin natrium).
2. TOMOS: Es la parte mas pequea de un elemento
que denota las propiedades de ese elemento. Un
elemento y su tomo comparten el mismo nombre.
Consiste en partculas subatmicas denominadas
protones (p+), con carga positiva; neutrones con
ninguna carga y electrones (e-) con carga negativa.
Carga: Es una propiedad elctrica que atrae o repele
otras partculas subatmicas.
Los protones y neutrones se agrupan en un ncleo
central atmico denominado comnmente ncleo.
Los electrones se mueven alrededor de el ncleo.
 Modelo de un tomo de Parte de una tabla
Helio: Los protones y peridica. En la tabla
neutrones se encuentran en peridica y por lo tanto de
el ncleo y los electrones tomos, se encuentran en el
fuera de l. orden de sus nmeros
atmicos, adems de sus
caractersticas qumicas en
comn.
 Electrones y niveles de energa
Un tomo tpico tiene tantos electrones como protones.
Los electrones se desplazan alrededor de su ncleo en una
ruta predeterminada tridimensional denominada orbitales
que corresponden a sus niveles de energa.
Los electrones viajan en diferentes orbitales los que definen el
volumen espacial alrededor del ncleo.
La energa de un electrn depende del orbital que ocupa. Los
electrones situados en orbitales con energas similares se
ubican en un mismo nivel energtico y se denomina capa
electrnica.
Por lo tanto, se dice que un electrn posee mas energa
cuando existe una mayor distancia promedio (ms se aleja)
del ncleo.
Los electrones mas energizados, conocido como electrones
de valencia, ocupan la capa de valencia y es la capa
concntrica mas exterior en el modelo de Bohr.
 Capa de valencia
Tercera capa: Corresponde al
tercer nivel de energa. Tiene
cuatro orbitales con ocho
electrones. El sodio tiene 1
electrn en su tercera capa (7
espacio disponibles) y el cloro 7
electrones (1 espacio libre). Por
lo tanto, ambos forman puentes
qumicos. El argn no forma
enlaces qumicos porque no
tiene espacios
Segunda libresCorresponde
capa:
al segundo nivel de energa.
Tiene cuatro orbitales con ocho
electrones. El carbono tiene 6
electrones: 2 en la primera capa
y 4 en la segunda. Por lo tanto,
tiene 4 espacios disponibles en
su segunda capa. El oxigeno
tiene 8 electrones y 2 espacios
libres. Carbono y oxigeno
forman
Primeraenlaces qumicos. Elal
capa: Corresponde
nen no forma
primer nivel deenlaces.
energa. Tiene
1 orbital simple que mantiene a
2 electrones. El hidrogeno tiene
solo 1 electrn en esta capa y
tiene una regin libre. Un tomo
de helio tiene 2 electrones y
ningn espacio libre por lo que
no forma enlaces qumicos.
Importancia ambiental de la interconversin
energtica en capas de electrones

Los cambios en los niveles de energa de los

electrones, son importantes en la conversin
energtica de los organismos vegetales a nivel
fotosinttico.
En la fotosntesis, la energa absorbida de la luz
por los complejos antena de las molculas de
clorofila, causa que los electrones se muevan a
niveles energticos mas altos.
El resultado final es la sntesis de fotoasimilados.
3. ELECTRONEGATIVIDAD Y FORMACION DE
IONES:
La electronegatividad es una medida de la
atraccin de un tomo para compartir
electrones de otros tomos mediante enlaces
qumicos.
Los tomos con carga en general se les
denominan iones
Los tomos con carga neta (+) se les
denomina cationes
Los tomos con carga neta (-) se les denomina
aniones
La conversin de un tomo (o molcula)
neutro en uno con carga se denomina
Ejemplo 1:
1. Cuando un tomo de sodio no esta cargado, posee
11 protones y 11 electrones.
2. SLO UN ELECTRN se encuentran en su capa de
valencia), que debera alojar a ocho electrones, por lo
que faltara completar CON SIETE electrones.
3. Un tomo de sodio es pobremente
electronegativo, dado que es muy dbil la necesidad
de completar la capa de valencia con siete electrones
a partir de otro tomo.
4. Envs de completar la capa de valencia, pierde un
electrn, se pierde esta capa y la segunda ahora es la
mas externa quedando completa.
5. El tomo ahora es un ion (catin) Na+, con 11
protones, 10 electrones y una carga neta
positiva.
Ejemplo 2:
1. Cuando un tomo de cloro no esta cargado, posee
17 protones y 17 electrones.
2. Siete electrones se encuentran en su capa mas
externa (capa de valencia), que DEBERA ALOJAR A
OCHO ELECTRONES, por lo que faltara completar un
electrn.
3. Un tomo de cloro es altamente electronegativo,
dado que se extrema la necesidad de completar la capa
de valencia con un electrn a partir de otro tomo.
4. Cuando se completa con un electrn, el tomo de
cloro se convierte en ion (anin) cloro (Cl-).
5. Este ion tiene ahora 17 protones y 18 electrones,
con una carga neta negativa.
VER GRFICO
Compuestos, molculas, y
enlaces qumicos
Fundamentos atmicos para la formacin de reacciones qumicas

1. El comportamiento qumico de un tomo se

determina primariamente por la disposicin y
nmero de los electrones de valencia.
2. La capa de valencia de cualquier tomo se completa
cuando contiene 8 electrones.
3. Cuando la capa de valencia no esta completa, el
tomo tiende a perder, ganar o compartir
electrones para completar la capa mas externa del
tomo.
4. Los elementos en la misma columna vertical de
la tabla peridica (correspondiente al mismo
grupo) tienen propiedades qumicas similares debido
a que sus capas de valencia tienen la tendencia a
perder, ganar o compartir electrones.
Por ejemplo:
1. El cloro, bromo yodo y flor perteneciente a los
halgenos, son altamente reactivos debido a que en
su capa de valencia tienen 7 electrones y tienden a
GANAR UN ELECTRN en reacciones qumicas.
2. Contrariamente, el hidrogeno, sodio y potasio
tienen un electrn en su capa de valencia y tiende a
dar o compartirlo con otro tomo.
3. El helio y nen, pertenecen a los gases nobles.
Estos son muy poco reactivos debido a que su capa
de valencia est completa.
Parcialmente electronegativo
Ms electronegativo

Muy poco electronegativo

COMPUESTO: Dos o mas tomos pueden combinarse
qumicamente.
Cuando tomos de diferentes elementos se
combinan, el resultados es un compuesto
qumico. Por lo tanto, un compuesto qumico
consiste en tomos de dos o mas elementos que se
enlazan en una proporcin determinada.
Por ejemplo: El agua es un compuesto qumico
constituido por hidrogeno y oxigeno en una
proporcin 2:1. La sal comn, cloruro de sodio tiene
una proporcin 1:1 de sodio y cloro.
MOLCULA: Dos o mas tomos pueden unirse
fuertemente mediante interacciones con la tercera
capa de valencia para formar una partcula estable
llamada molcula que puede aun mantener las
propiedades del compuesto particular.
Por ejemplo, cuando dos tomos de oxigeno, cloro,
mercurio y yodo se combinan qumicamente, se
forma respectivamente una molcula de oxigeno
(O2), cloro (Cl2), mercurio (Hg2) y yodo (I2).
El agua es una molcula con 1 tomo de hidrgeno y
oxgeno.
El metano es una molcula compuesta por un tomo
de carbono y cuatro de hidrogeno (CH4).
Una frmula, nos indica el numero y clase de
tomos en una molcula: La glucosa.
Existen diferentes formas de representar a
las molculas con sus enlaces.
Cada representacin de una molcula
suministra informacin diferente y
complementaria:
 ENLACES QUMICOS
Fuerzas de atraccin que mantienen unidos a los
tomos de una molcula.
Cada enlace representa una cierta cantidad de
energa qumica.
La energa de enlace, es la energa necesaria para
romper un enlace qumico.
Los electrones de valencia dictan cuantos enlaces
puede formar un tomo.
Los enlaces qumicos pueden agruparse en:
1. Enlaces covalentes
2. Enlaces no covalentes: Enlace inico, puentes
de hidrogeno y fuerzas de Van der Waals.
Enlaces covalentes
Se da cuando dos tomos comparten sus
electrones. La unin implica que cada tomo
tenga completa su capa de valencia.
La unidad mas pequea de un compuesto
covalente formada por este enlace es una
molcula.
Modelos de enlaces de tomos comnmente
encontrados en molculas biolgicas
Enlaces covalente polares y no polares
1. Enlace covalente no polar: Es cuando los electrones
se comparten de manera equitativa entre los tomos.
Si un tomo atrae electrones en un grado superior que el
otro tomo, este es el tomo ms electronegativo.
Ejemplos: Molculas de hidrogeno (H 2), oxigeno (O2) y
nitrgeno (N2) y metano (CH4).
2. Enlace covalente polar: Es cuando los electrones
NO se comparten equitativamente entre los tomos.
Ejemplos: El agua. No solo el agua.
Tambin el grupo amino (-NH2) es polar. En este caso,
los aminocidos y los cidos nuclicos exhiben polaridad.
La polaridad de las molculas se ve afectada en la
medida que interactan con otras molculas.
(a). En el gas hidrogeno, se comparte un electrn de cada tomo de hidrogeno, formando un
enlace covalente no polar. (b). El oxigeno carece de dos electrones para completar su
capa exterior, por lo que el oxigeno puede formar enlaces covalentes polares con dos
tomos de hidrogeno, creando el agua. En el agua, el tomo de oxigeno es mas
electronegativo que el hidrogeno. El extremo mas electronegativo del oxigeno es
designado como ligeramente negativo y los hidrgenos como ligeramente positivos
Enlaces no covalentes
Se da cuando dos tomos no comparten
sus electrones. La unin implica fuerzas
diferentes a las relacionadas con el
compartimiento de electrones.
Encontramos:
Enlaces inicos
Puentes de hidrgeno
Fuerzas de Van der Waals
Enlaces inicos
Es aquel que se genera mediante cargas entre iones cationes
(+) y aniones (-).
Algunos tomos o grupos de tomos son elctricamente neutros.
ION: Es una partcula con uno o mas unidades de carga elctrica.
Un tomo se convierte en ion si gana o pierde uno o mas
electrones.
Un tomo con 1, 2 o 3 electrones en su capa de valencia tiende a
perder electrones a otros tomos.
Tal tomo se convierte en positivamente cargado debido a que su
ncleo contiene mas protones que el nmero de electrones
orbitando alrededor del ncleo.
Estos iones positivamente cargados son denominados
CATIONES.
Los tomos con 5, 6 o 7 electrones de valencia tienden a ganar
electrones (de un total de 8 que debe tener esta capa) de otros
tomos y se convierten en especies negativamente cargadas
denominadas ANIONES.
Debido a que sus cargas elctricas suministran
una base para muchas interacciones, los cationes
y aniones estn involucrado en
transformaciones energticas dentro de la
clula, transmisin de impulsos nerviosos,
contraccin muscular, etc.
Enlaces puente de hidrgeno
Los puentes de hidrogeno son atracciones dbiles que se forman entre un tomo de
hidrgeno que esta covalentemente unido a un oxigeno (agua por ejemplo) o nitrgeno
y un tomo con una carga parcial negativa (el nitrgeno del amonio por ejemplo).
Los tomos de hidrogeno de grupos OH, NH o SH, conocidos como donadores de
electrones del enlace puente de hidrogeno, interacta con electrones libres de tomos
aceptores (como O, N, S).
Este enlace individualmente es dbil, pero colectivamente fuerte
Este enlace es importante en la estabilizacin de protenas y DNA determinando
estructuras tridimensionales. Un enlace puente de hidrogeno (lneas
puenteadas) se forma entre dos molculas con
regiones de cargas parciales diferentes. Aqu,
el tomo de nitrgeno de una molcula de
amonio se une por un puente de hidrogeno a un
tomo de hidrogeno de una molcula de agua.
Fuerzas de Van der Waals
Son fuerzas dbiles debido en la fluctuacin de
cargas elctricas.
Existirn regiones con un exceso temporal de
electrones con carga negativa dbil, mientras
que en otras regiones con dficit de electrones
tendrn carga positiva dbil.
Al igual que en los puentes de hidrogeno, estas
cargas son dbiles individualmente, pero
colectivamente fuertes.
Ejemplo, en molculas de protenas.
ECUACIONES Y REACCIONES QUMICAS
La reacciones qumicas alteran enlaces qumicos.
La formacin y rompimiento de enlaces qumicos es
denominada reaccin qumica.
Toda reaccin qumica involucra modificaciones en la
disposicin de los tomos de una molcula o compuesto
inico a otros, sin cambio en la identidad de los mismos.
Una reaccin se representa por una ecuacin y es
convencionalmente estructurada por el inicio de la reaccin
con un reactante y la molcula resultante denominada
producto.
Factores que intervienen en una reaccin qumica
1. Temperatura:
El calor determina que los reactantes incrementen la tasa de
reaccin, debido a que ellos tienden a colisionar y ocasionar
cambios moleculares.
2. Concentracin de reactantes y productos:
Las reacciones proceden mas rpidamente cuando se dispongan
de mas reactantes lo que ocasiona frecuentes colisiones.
Una acumulacin de productos normalmente disminuye la
reaccin qumica (autorregulacin). En reacciones
reversibles, puede incrementar la reaccin en sentido inverso.
3. Catlisis:
Un catalizador es una sustancia que incrementa la tasa de
reaccin.
Un catalizador no altera el equilibrio de la reaccin entre
reactantes y productos, pero acorta el tiempo necesario para
alcanzar el equilibrio, a menudo aceleradamente.
En sistemas vivos, las enzimas catalizan reacciones qumicas.
Las reacciones qumicas pueden realizarse en una
o varias etapas.
En sistemas biolgicos y ambientales, las reacciones
qumicas forman productos sucesivos que a su vez
son reactantes intermediarios de series de
reacciones que se dan en el metabolismo de un polmero
natural o artificial.
Dichas reacciones se dan en uno o varios pasos y
pueden ser descritas por medio
Reactantes/sustratos de ecuaciones qumicas:
Productos/intermediarios metablicos

Reaccin
en un
paso

Indica la direccin de la reaccin

 Muchas reacciones pueden proceder
simultneamente en direccin inversa (a la
izquierda) o hacia adelante (a la derecha).
En una reaccin en equilibrio dinmico, las
proporciones de las reacciones hacia adelante e
inversa estn equilibradas. En este caso, las
reacciones reversibles se indican en doble flecha:

Reaccin
reversible
En este ejemplo, las flechas se representan en
diferentes direcciones para indicar que cuando la
reaccin alcanza el equilibrio, habrn mas
reactantes (sustratos/CO2 y H2O) que productos
(H2CO3).
 Sustrato Producto
en un paso

Reaccin en
dos
Pasos
Producto
mediada por en dos pasos
biocatalizador
es

Hidrlisis del ATP en dos pasos (reaccin catalizada por

glutamina sintasa dependiente de ATP).
 Reacciones
en multi-
etapas
mediada por
biocatalizado
res

En bioqumica ambiental, las reacciones pueden ser anablicas y

catablicas (metabolismo). Los sustratos as como los productos
son variados y catalizados por diversos tipos de enzimas.