ASAM NUKLEAT

Merupakan makro molekul seperti lemak, protein dan

karbohidrat. Jadi merupakan hasil polimerisasi juga.
Asam nukleat adalah POLI-NUKLEOTIDA

NUKLEOTIDA
Terdiri dari
Gula Pentosa
Basa Nitrogen
Gugus Fosfat
Gula pentosanya bisa : RIBOSA atau DEOKSI-RIBOSA

Kata tambahan DE-OKSI artinya hilangnya 1 atom

OKSIGEN. Jadi DEOKSI-RIBOSA artinya hilangnya
1 Atom oksigen dari mol RIBOSA.

Di dalam satu asam nukleat, semua Pentosanya adalah

Ribosa atau semua adalah Deoksi-ribosa. Tidak mungkin
ada kedua-duanya dalam 1 asam nukleat.
Maka ada 2 macam asam nukleat yaitu
DNA dan RNA
DNA yaitu Deoksi-ribo Nucleic Acid adalah polimer
dari Deoksi-Ribo-Nukleotida
Basa Nitrogennya adalah yang PURIN: Adenin dan
Guanin
Yang PIRIMIDIN: Timin dan Sitosin
Gula pentosanya adalah DEOKSI-RIBOSA
RNA yaitu Ribo Nucleic Acid adalah polimer dari Ribo-
Nukleotida.
Basa Nitrogennya yang PURIN : Adenin dan Guanin,
Yang PIRIMIDIN: Urasil dan sitosin
Gula pentosanya adalah RIBOSA

Nukleotida yang kehilangan gugus fosfatnya dinamakan

NUKLEOSIDA.
GAMBAR GULA PENTOSA dengan ke lima atom
C. Lihat cara pemberian nomornya
Yang menjorok ke dalam adalah basa nitrogen dari kedua
Rantai DNA. TA (2 ikatan Hidrogen =lemah)dan GC
(3 ikatan hidrogen=kuat). Lemah=lebih mudah denaturasi.
Yang terlihat merah adalah backbone atau tulang
Punggung. Yaitu gula dan fosfatnya.
Rantai DNA bersifat anti-paralel artinya: Ujung 5berha
dapan dengan ujung 3 dan visa versa.
Nukleotida-2 dalam 1 pita DNA saling diikat oleh ikatan
FOSFO-DI-ESTER
GAMBAR DNA potongan melintang
 Struktur Heliks DNA A, B dan Z (konformasi)

Struktur heliks ganda DNA dapat dibentuk dengan memutar

bermacam ikatan yang menghubungkan struktur tsb. (konformasi)
Konformasi A dan B adalah ke arah KANAN yg berbeda dalam kemiringan.
DNA-Z heliks yang rotasinya ke KIRI. Tulang punggung fosfat dari 2 pita
DNA yang anti-paralel masih tetap teratur dalam 1 heliks, tetapi tampak
lebih tak teratur . Beda konformasi disebabkan oleh temp dan
konsentrasi garam pada cairan , dan komposisi basa nitrogen.
DNA Z cenderung muncul di daerah yang banyak ikatan G-Cnya.
Bentuk DNA yang paling umum terdapat dalam kondisi fisiologik adalah
DNA-B
STRUKTUR DNA menurut WATSON DAN CRICK
Satu utas DNA terdiri dari satu LEKUKAN MAYOR dan
Satu LEKUKAN MINOR
KROMATIN / DNA mengelilingi HISTON
terbentuklah benang kusut dengan bulatan-bulatan seperti
benang dengan manik-manik.
Manik-manik tadi dinamakan NUKLEOSOM.
Struktur dan Fungsi RNA.

Strukturnya mirip DNA yaitu:

DNA maupun RNA adalah polimer dari gula/fosfat dengan
adanya basa nitrogen terikat pada gula dari tulang belakang

Bedanya adalah:
Gula di RNA adalah RIBOSA , di DNA DEOKSI-RIBOSA
Basa nitrogen adalah URASIL dan bukan TIMIN
RNA umumnya berantai TUNGGAL sedangkan .
DNA berantai DOBEL

Beda lain adalah dalam FUNGSI nya.

DNA hanya satu: menyimpan informasi.
RNA yang non-genetik terdiri dari 3 macam masing-masing
mempunyai Fungsi yang berlainan.
GAMBAR RNA
 Ribosomal RNA (rRNA) , terdapat di luar nukleus,
di sitoplasma sel dalam organel RIBOSOM. Di sini
terjadi pembuatan PROTEIN.
Pada Prokaryota ada 3 jenis rRNA: 23 S, 16 S, 5S
Pada Eukaryota ada 4 jenis rRNA: 28 S, 18S, 5.8S
dan 5S.

Messenger RNA ( mRNA), yang mencatat informasi

DNA yang di nukleus, dan membawanya ke ribosom.

Transfer RNA tRNA , berfungsi dalam membawa

asam amino satu per satu ke rantai protein yang
sedang tumbuh pada ribosom.
GAMBAR tRNA
Mengapa dibutuhkan mRNA kalau DNA yang
mengandung informasi?
Untuk melindungi DNA dari bahan kimia, sinar UV dan
substansi lain. Kalau DNA berubah--MUTASI
DOGMA SENTRAL
Replikasi terjadi dalam 2 arah dari ORI (origin of Replication)
Jadi terdapat 2 kompleks replikasi, bergerak menjauhi ORI,
Memisah dan dan mereplikasi kedua pita pada tiap garpu repli
kasi.
REPLIKASI DNA = Mol. DNA induk membentuk 2 mol DNA
Baru.
Kedua pita DNA induk mulai dipisahkan oleh enzim
HELIKASE yang memotong ikatan-2 hidrogen,. pada lokasi
yang unik: ASAL REPLIKASI (ORI the origin of Replication)
Kedua pita tadi tetap cenderung terpintal lagi. Pita-2 ini
cenderung untuk terpilin kembali. Pita-2 ini diluruskan oleh
Enzim ISO-TOPOMERASE, (Eukaryota). GYRASE (
Prokaryota)
Pita tunggal ini distabilkn oleh SSB (Single Strand Binding
Proteins)
Harus dibentuk RNA PRIMER dahulu, untuk mendapatkan
Gugus OH pda C3 . Enzimnya adalah PRIMASE.
Kemudian RNA PRIMER dibuang oleh adanya enzim RNAse H
(Eukaryota), dan DNA POLIMERASE 1 (Prokaryota)
Celah yang terjadi di-isi oleh DNA POLIMERASE II.
Kemudian pita diperpanjang oleh DNA POLIMERASE III.
Enzim LIGASE akan menyambung semua celah yang ada..
Karena pita yang tumbuh selalu berarah dari arah 5 ke 3
dan replikasi berlangsung 2 arah dari ORI maka pita
Induk yang satu membentuk pita baru yang utuh
dinamakan LEADING STRAND, Sedangkan pita induknya
dinamakan the LEADING STRAND TEMPLATE. Pita
induk yang kedua membentuk potongan-2 pita baru. Pita
induknya dinamakan The LAGGING STRAND TEMPLATE.
Potongan-2 pita baru dinamakan OKAZAKI FRAGMENTS
Yang kelak akan menjadi pita utuh juga (The LAGGING
STRAND), disambung oleh Enzim LIGASE.
Dilihat dari pita induk DNA , maka pembuatan pita baru adalah
dari arah 3 ke 5 dari pita Induk, oleh karena itu maka pita baru
(leading strand) mempunyai susunan basa nitrogen yang sama
dengan the lagging strand template.
 Replikasi DNA secara semi-konservatif
Dibuktikan oleh Messelsen dan Stahl 1957

Watson dan Crick mengatakan bahwa mol.

DNA mereplikasi diri sendiri. Kedua pita saling berpisah,
tiap pita mengandung informasi yang lengkap dan masing-2
pita membentuk pita baru.
Hal ini harus dibuktikan kebenarannya.
Messelson dan Stahl mempunyai 2 hipotesa:
1. CARA SEMI - KONSERVATIF
Kedua pita DNA saling terpisah dan masing-2 bertindak
sebagai template / cetakan.
Hasilnya : Dua mol. DNA baru , tiap -2 terdiri dari satu
pita induk (biru), dan satu pita baru ( merah)
Jadi DNA yang terbentuk berwarna merah/biru).
2. cara Konservatif
Kedua rantai DNA tidak terpisah. Tetapi membentuk
2 mol. DNA baru. Maka hasilnya adalah 1 mol. DNA
terdiri dari mol. Baru ( merah) dan 1 mol. DNA terdiri
dari mol. lama ( biru)
Hasilnya setelah satu kali replikasi dan setelah
beberapa kali replikasi adalah sebagai berikut:

Hasilnya adalah seperti yang diharapkan pada cara

Semikonservatif.
Maka pendapat Watson dan Crick adalah benar.
Transkripsi DNA
A. INISIASI
Seluruh proses terjadi di Nukleus. Prosesnya mirip dengan
Replikasi. Untuk mengikatkan nukleotida-2 baru dibutuhkan
enzim RNA Polimerase.
Bila bertemu dengan nukleotida-2 Promotor, maka di situlah
dimulai Transkripsi DNA atau Pembentukan mRNA.
Promotor yaitu urutan BASA NITROGEN yang biasanya
terletak up-stream (hulu), gen yang akan ditranskripsi.
Promotor pada PROKARIOTA, kotak TATA atau kotak
PRIBNOW.,terletak 10 pasangan basa nitrogen sebelum
permulaan transkripsi . Promotor pada Eukariota TATAAT.
Tempat Promotor dikenali oleh faktor SIGMA .
Sigma yang akan mengatakan pada RNA polimerase di mana
transkripsi dimulai.
Bila bertemu promotor maka Sigma dilepas.
B. ELONGGASI:
RNA Polimerase bergeser sepanjang DNA induk dan ,
membuka heliks DNA ,sambil menambahkan nukleotida
baru. Maka DNA akan terpisah ke dua pitanya. Hanya satu
pita DNA induk yang menjadi cetakan /template , yaitu
ANTISENSE . Sedangkan pita induk yang lain dinamakan
SENSE. Supaya pita DNA tetap terpisah maka kerja
enzim Topo-isomerase tetap dipertahankan.
Nukleotida baru mulai menempel di pita DNA induk
template yang terbuka, yaitu URASIL mengikat Adenin,
Guanin mengikat SITOSIN.,
Arah pembentukan mRNA adalah dari ujung 5 ke 3.
GAMBAR INISIASI DAN ELONGASI
dari TRANSKRIPSI
C. TERMINASI tanpa RHO

Apabila pada pita template DNA terdapat POLY A, maka pada

struktur RNA yang dihasilkan akan terbentuk POLY U .
Struktur HAIRPIN (tusuk konde) dibentuk tepat sebelum
suatu rangkaian 6-8 residu Uridin (U) dekat ujung 3 dari RNA
yang baru saja dibentuk.
Struktur HAIRPIN ini mengeluarkan RNA POLIMERASE dari
DNA template.
Hal ini menyebabkan terminasi sintesis RNA.
C. TERMINASI yang tergantung RHO
HANYA satu pita dari DNA yang akan menjadi
Template atau Cetakan yaitu DNA antisense karena
RNA juga hanya berbentuk 1 rantai.
Penambahan nukleotida terus berlangsung sampai
pada terbentuk struktur HAIR-PIN (tusuk konde)
pada RNA. Struktur Hair-pin ini menyebabkan RNA
POLIMERASE berhenti bekerja.
Struktur Hair-pin ini dikenali oleh faktor RHO.
Iinteraksi tsb.menyebabkan kerja enzim RNA
polimerasi berhenti.
Enzim RNA polimerase melepaskan pita cetakan
DNA. Maka transkripsi berhenti.

RNA baru , terbentuk , keluar dari Nukleus, masuk

ke sitoplasma untuk melanjutkan proses
pembentukan protein yang bernama TRANSLASI,
yang memang terjadi di sitoplasma.
Terminasi Transkripsi Tanpa RHO dan dengan RHO
EXON,INTRON dan Splicing.
Pada Bakteria, mRNA sebagai hasil
transkripsi tidak mengalami perubahan apa
pun. karena mRNA mempunyai banyak gen
struktural yang disandi oleh satu gen
promotor.(polycistronic)
Pada Eukariota, satu gen struktural disandi
oleh satu gen promotor (monocistronic)
sehingga ada susunan nukleotida yang
dapat dicopy (Exon) dan ada yang Tidak dapat dicopy (Intron)

Di Nukleus, seluruh panjang polinukleotida ditranskripsikan

menjadi mol RNA yang panjang yaitu Transkrip Primer.
Sekelompok enzim pembuat RNA mengambil bag. Intron.
Hasilnya adalah RNA yang lebih pendek.
Pengambilan ini dinamakan RNA Splicing.
Setelah splicing selesai, maka RNA hanya terdiri dari Exon
dan keluar dari Nukleus dan masuk ke Sitoplasma.
 Struktur gen
POLISISTRONIK

REG PROM. GEN A GEN B GEN C

OPR

MONOSISTRONIK

REG. PROM GEN A INTRON REG. PROM GEN B

OPR OPR
Exon, Intron dan RNA Splicing
KODE GENETIK . Pada th 1960 ditemukan bahwa:
Dari 4 BASA NITROGEN yang kita ketahui dapat dibuat
20 macam ASAM AMINO.
Kodon yang terdapat di mRNA ada 64 macam. (4x4x4)
Maka ada beberapa kodon yang menentukan asam amino yg
sama. Ini dinamakan kodon berdegenerasi
Tetapi hanya 61 kodon yang menentukan macam as. amino.
3 lainnya, dinamakan KODON NONSENS
karena tidak menentukan asam amino tetapi merupakan
STOP Kodon, di mana translasi behenti. (UAG,UGA UAA)
START KODON bukan kodon nonsens karena menentukan
METIONIN (asam amino)
READING FRAME
Susunan nukleotida pada mRNA dibaca
dalam kelompok 3 nukleotida. Kelompok
ini yang menentukan asam amino. Ini di
namakan Reading Frame. Sederet nukleotida
dapat dibuat 3 macam Reading Frame.
Tergantung di mana terjemahan akan dimulai.
Translasi terjadi dalam 3 langkah.
Fase Inisiasi
Fase Elonggasi
Fase Terminasi

Fase Inisiasi: membutuhkan:

Sub-unit kecil Ribosom
Start Kodon di mRNA
tRNA khusus yang dinamakan Inisiator tRNA
Faktor Inisiasi Eukariotik
 1. Inisiator tRNA membawa metionin
yaitu asam amino dari start kodon.
tRNA ini terikat pada subunit kecil
dari Ribosom. Hal ini membutuhkan
Eucariotic Initiation Factors.
2. Subunit kecil membantu tRNA utk
menemukan Start Kodon pada
mRNA. yaitu AUG.
3. Subunit kecil melekat pada mRNA.
4. Initiation Factors lepas masuk ke
sitoplasma, supaya subunit besar
bisa melekat pada subunit kecil.
Jadilah Ribosom aktif. Gambar 4
inilah permulaan dari Fase Elonggasi.
Subunit besar berfungsi membantu
terbentuknya polipeptida / protein.
Subunit kecil menyebabkan terjadinya ikatan antara mRNA
dan tRNA
Gambar 4:
Tempat P diisi oleh tRNA yang memba
wa Metionin.
Tempat A kosong menantikan tRNA
yang baru , yang akan membawa Asam
Amino sesuai dengan kodon berikutnya
di mRNA.
Gambar 5:
tRNA membawa Asam Amino baru dan
menempati tempat A.
Gambar 6:
Di P terdapat metionin yang akan
menjadi rantai polipeptida yang
panjang. Ujung karboksilnya
dilepas dari tRNAnya, dan
diikatkan pada ikatan peptida dari
Asam Amino yang baru datang.
EnzimPeptidil Transferase
Fase Elonggasi: terjadi dgn 3 langkah
Langkah Pertama:
Permulaan elonggasi adalah keadaan akhir
fase Inisiasi.
Tempat P diisi oleh tRNA yang membawa
Polipeptida yang sedang tumbuh. Pada
Fase Inisiasi yang dibawa hanya metionin
saja.
tRNA membawa tripsin sesuai dgn kodon
UGG, Enzimnya Amino-Asil tRNA sintetase.
dan menempati tempat A.

Langkah Kedua:
Di P terdapat rantai polipeptida
yang akan menjadi panjang. Ujung karbok
silnya dilepas dan diikatkan pada ikatan
Peptida dari asam amino yang baru Tripsin.
Enzim: Peptidil Transferase.
Langkah Ketiga:
Mol. peptidil-t RNA yang baru yang terle
tak di tempat A dipindahkan ke tempat P
Ribosom juga bergerak sejauh 3 nukleotida.
Energi yang dipakai: Guanosin tri fosfat.
Enzim: TRANSLOKASE
tRNA yang bebas yang dahulunya terletak
di P dilepas ke sitoplasma, yaitu sumber
mol. tRNA.

Tempat A kosong kembali untuk mulai

Siklus baru.
Fase Terminasi:
Rantai protein akan dilepas dari ribosom
kalau sampai pada Stop Kodon di mRNA
(UAG,UGA,UAA).
Dan proses Translasi berhenti.

Langkah pertama:
Protein di Sitoplasma yang dinamakan
Release Factors terikat pada Stop Kodon
di tempat A.

Langkah Kedua:
Aktivitas Peptidil Transferase berubah.
Ia tidak mengikatkan asam amino pada
Peptidil t RNA, tetapi mol. AIR (H2O).
Maka ujung karboksil dari rantai poli-
Peptida yang tumbuh, menjadi LEPAS.
Rantai polipeptida masuk ke Sitoplasma
Langkah Ketiga:
Ribosom melepaskan mRNA
Ribosom terurai menjadi Unit Besar
dan Unit Kecil. Membutuhkan apa supa
ya dapat terlaksana?
Release Factors juga bebas.
tRNA juga bebas.
Semuanya terjadi di sitoplasma.
Pembentukan Protein SELESAI.
 RIBOSOM
Terdapat di sel Prokariotik maupun
Eukariotik.
Besar ribosom Eu. 30 nm, Pro. 20 nm.
Fungsinya sama yaitu pembentukan Protein.

Ribosom terdiri dari rRNA dan protein

Terdiri dari subunit BESAR dan subunit KECIL
Ukuran relatifnya dinyatakan dengan
Koefisien sedimentasi , satuan SVEDBERG S.
Karena nilai S ditentukan tidak hanya bentuk, tapi juga
Massa molekul, maka nilai numeriknya tidak kaku penjumlah
annya: yaitu:
Ribosom Eu. 80 S, subunit besar 60 S, kecil 40 S
Ribosom Pro. 70 S, subunit besar 50 S, kecil 30 S.
GAMBAR SUB-UNIT BESAR DAN
SUB-UNIT KECIL RIBOSOM
PLASMID: Pada PROKARYOTA= BAKTERIA
Adalah mol. DNA sirkuler, replikasinya terpisah dari kromo-
som induknya.
Prokaryota mempunyai kormosom tunggal, besar dan sirkuler.
Sebagian besar mempunyai mol.DNA ekstra-kromosom yang
kecil, sirkuler dinamakan PLASMID.
Replikasi DNA Plasmid dapat atau tidak dapat sinkron dgn
pembelahan kromosom bakteri.
Plasmid membawa gen-2 yang menyebabkan
RESISTENSI terhadap METAL dan ANTIBIOTIKA ke
Bakteri induknya. Sifat ini DITURUNKAN ke suluruh populasi
bakteri.
Plasmid juga menfasilitasi transfer informasi genetik dari 1
bakteri ke yang lain.
GAMBAR PLASMID