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Antecedentes
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Justificacin
En Baja California Sur la acuacultura se ha convertido en una alternativa
real e importante para ampliar la oferta alimentaria del estado y crear
fuentes permanentes de empleo, as como un medio para disminuir la
presin sobre los recursos pesqueros, en particular los de las riberas
El ostin es una de las especies cultivadas de mayor importancia y durante
el ao 2015 se ha alcanz una produccin record de 1223 toneladas,
aunque esta seguir aumentando si la tendencia se mantiene.
La reproduccin controlada del ostin de placer Crassostrea corteziensis en
el laboratorio es factible, permitiendo as trabajar con la progenie en su
fase juvenil para evitar que el proceso reproductivo enmascare los efectos
que los regmenes de temperatura pudiesen tener sobre la ecofisiologa, la
bioqumica y la inmunogenmica.
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Objetivos
General:
Establecer los perfiles de expresin de genes por efecto de la temperatura oscilante sobre
la ecofisiologa y la inmunologa del ostin de placer Crassostrea corteziensis.
Especficos:
Realizar un control de calidad por estadstica N50 utilizando el software ABySS para
verificar la calidad del ensamblaje (Bradnam et al., 2013).
Desarrollar un Mapeo utilizando Basespace NGS y anotacin funcional con el software
Blast2GO para establecer el perfil gentico as como la funcin de los mismos (BioBam
2013; Illumina 2017).
Realizar la bsqueda de dominios y familias de protenas con el software HMMER, la
prediccin de peptidoseales con el software SignalP 4.1 as como de regiones
transmembranales por el programa TMHMM server v.2.0 para una caracterizacin
detallada del proteoma (CBS 2017).
Comparar transcriptoma de referencia (Crassostrea gigas) en Gene Bank utilizando el
programa TransRate para cuantificar los transcritos completos y abundancia gentica
(Omictools 2017).
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Hiptesis
Si el transcriptoma de Crassostrea corteziensis obtenido tras la
exposicin a distintas condiciones de temperatura muestra una
expresin diferencial de genes, entonces se inferir la funcin de los
mismos en los mecanismos de termorregulacin.
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Mtodo
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Introduccin Justificacin Objetivos Metodologa Resultados Conclusiones
Objetivo Especfico 1:
Metodologa
LISIS/ROMPIMIENTO
Buffer de extraccin
Proteinasa K [10ng/mL]
RNAsa [10ng/mL]
.
Se pesaron 0.25 g de
Reduccin de tamao Semilla pulverizada semilla pulverizada
Semilla de Maz
PRECIPITACIN Y
SEPARACIN
PURIFICACIN
Resuspensin en Centrifugar y Con Fenol, Cloroformo,
Etanol
de TE decantar Isoamlico y
centrifugacin
Incubar -20C
Se ajusto el DNA
[500 y 300 ng/mL] Se ajusto [10 ng/mL] 45 minutos a 100 Volts
5 L de DNA + 2 L de SGB,
en gel de agarosa 1%
Mix:
H2O
2X Taqman Universal Desnat. 10 min 95C
10 M Primer Foward p35S Hibridacin 15 seg 95C
10 M Primer Reverse p35S
5 M Sonda p35S (5FAM Y 3TAMRA) Extensin 6 min 60C (40 ciclos)
10 M Primer Foward HmgA 2 L de DNA [100 ng/mL]
10 M Primer Reverse HmgA + 18 L del Mix
5 M Sonda HmgA (5HEX 3TAMRA) 10
Cronograma de actividades semanas
Actividad 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
1 Verificacin del ensamblaje
2 Mapeo de secuencias
3 Anotacin funcional
4 Bsqueda de homlogos
5 Bsqueda de familias y dominios
6 Prediccin de peptidoseal
7 Prediccin de Regin transmembranal
Evaluacin de transcriptoma de
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referencia 11
Referencias bibliogrficas
Hill R. w:, Wyse G. A., Anderson M. (2012). Animal Physiology.
Sinauer Associates.
Johnston I. A:, Benne A. F. (2008) Animals and temperatura: Pheotypic
and evolutionary adaptation. Cambridge university press.
Castillo A, Villalba J., Li A., Barraza A. (2010). Crecimiento
comparativo, condicin y supervivencia de juveniles de los ostiones
Cassostrea gigas y C. corteziensis cultivados en verano e invierno.
Ciencia marina vol.36 no.1.
Perez R., Avila S. Ibarra A.M. (2008). Gentica poblacional del ostin
de placer Cassostrea corteziensis en el Golfo de California. Ciencias
marinas vol.34 no.4
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