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ACIDES AMINES, PEPTIDES, PROTEINES

- Acides amins

- Peptides

- Protines, relations structure/fonction

LES ACIDES AMINES

I Definition, rle, origine

II Proprietes generales

III - Les 20 aa entrant dans la composition


des proteines

IV Autres acides amins

V Mthodes dtude des acides amins


I Dfinition, rle, origine
Dfinition:
Fonction
Chane latrale R
acide


CH 2 CH COO-

PM 110 Da NH3+
Fonction amine

Rles biologiques des acides amins :


- Constitution des protines
- Rle mtabolique
- Neuromdiateurs
- Prcurseurs de composs azots

Origine des aa:


Beaucoup daa ne peuvent tre synthtiss par
lhomme et doivent tre apports par lalimentation
= aa indispensables.
Val,Leu,Ile,Met,Phe,Trp,Thr,Lys +

Gln,Tyr,Cys,Arg, His Aa indispensables chez lenfant


ou au cours de lallaitement
II - Proprits physicochimiques des aa

A SOLUBILITE DANS LEAU


En gnral soluble Rappel: polarit et
hydrophilie

H H
R
Non polaire


H Cl

Polaire

B ISOMERIE OPTIQUE
Les aa naturels sont de la srie L

COO- COO-

H3N+ C H H C H3N+

CH3 CH3

L-Alanine D-Alanine
C Spectre dabsorption des aa
- UV: < 230 nm
- Sauf les aa aromatiques, = 260 ou 280 nm

Absorption Trp

Tyr

Phe

240 260 280 (nm)

- Application: dtection et dosage des aa



Dtection
Source
UV
Lumineuse
Cuve de
mesure
Loi de Beer Lambert: A = l C
A = absorbance (log I0/I)
= coefficient dabsorption (M-1 cm-1)
l = largeur cuve de mesure (1 cm)
C = concentration (M)
D IONISATION ET CHARGES

Les aa sont amphotres


= 1 fonction acide -COOH et 1
fonction basique -NH2
pK = pH de demie-dissociation
= 50% du groupement est dissoci

pKR variable
pKa 2

CH 2 CH COOH
+
NH 3
pKb 9,5
Point isolectrique (pHi) =
pH pour lequel laa en solution
tamponne a une charge nette
nulle
Courbe de titration dun acide amin
monoamin et monocarboxylique

pH = pKb 9,5
pH 50% de Z
50% de A- COO
-
R CH
A-
pKb
NH2

Z -
COO pHi, 100% de Z
pHi 6 R CH

NH3+
pKa + pKb
pHi =
2
pKa
COOH
R CH
Equivalents OH-
A+ NH3+

pH = pKa 2
50% de Z
50% de A+
III - Les 20 aa entrant dans la
composition des proteines

Glycine COO- Pas de chane


Gly latrale
H C H
flexibilit
NH3+
A - Chane latrale hydrophobe

Alanine Valine
Ala Val
COO- COO-
CH3
H C CH3 H C CH
NH3+ CH3
NH3 +

Leucine
Isoleucine
Leu
Ile
COO- CH3 COO-
CH3
H C CH2 CH H C *CH CH2 CH3
NH3+ CH3 NH3+
Methionine
COO- Met
H C CH2 CH2 S CH3

NH3+

COO- Proline, Pro, P


H C CH2
Amine secondaire
CH2
NH2+
CH2

COO-
Phnylalanine
H C CH2
Phe
NH3+
Phnyle

COO- Tryptophane
H C CH2 Trp
NH3+
N
H Indole
B - Chane latrale polaire mais
non charge
Tyrosine, Tyr
COO-
H C CH2 OH

NH3+
Noyau phnol
pKR 10,5

COO-
H C CH2 OH Srine
Ser
NH3+

COO-

H C CH CH3 Thronine
NH3+ OH
Thr
Asparagine, Asn, N
COO- O
H C CH2 C amide

NH2
NH3 +

Glutamine, Gln

COO- O
CH2 CH2 C amide
H C
NH2
NH 3
+

Cystine, Cys

COO- CH2
CH2
Oxydation
H C CH2 SH S
SH

NH3+ Thiol S
SH
Rduction CH
2
CH2
C - chane latrale polaire charge
- AA basiques : Lys, Arg, His

COOH Lysine, Lys


pKa = 2,2
-
COO pKR = 10,5
H C CH2 CH2 CH2 CH2 NH3+
NH3+
pKb = 9,1 NH2
NH2 pKb + pKR
pHi = 9,8
2
Arginine, Arg
COOH guanidinium
pKa = 1,8
COO- NH2
H C CH2 CH2 CH2 NH C +
NH3+ NH2
pKb = 9
NH2 pKR = 12,5
NH2
NH C
pKb + pKR
pHi = 10,8 NH
2
Courbe de titration de larginine
pH

12,5 pKR
10,5 pHi
9 pKb

1,8 pKa

Equivalents OH-

Forme ionique au pHi:


COO- NH2
H C CH2 CH2 CH2 NH C +
NH2 NH2
Histidine, His

COOH
pKa = 1,8
- Imidazole
COO
N
H C CH2
N pKR = 6
NH3 +
H
pKb = 9,3 NH
NH2 N +
H
pKb + pKR
pHi = 7,6
2
- AA acides : Asp, Glu
Acide aspartique, Asp
COOH pKa + pKR
pKa = 2 pHi = 2,8
COO- 2
H C CH2 COO-
pKR = 3,9
NH3 +

pKb = 9,9 COOH


NH2

Acide glutamique, Glu


COOH
pKa = 2,1 pKa + pKR
pHi = 3,2
COO- 2
H C CH2 CH2 COO-
pKR = 4,1
NH3+
pKb = 9,5 COOH

NH2
IV Autres acides amins
- AA prsents seulement dans
certaines protines

4-OH-proline et 5-OH lysine du collagne

Slnocystine de la glutathion peroxydase

- AA non constitutifs des protines

- Ornithine, citrulline

- Acide -aminobutyrique (GABA)


Neuromdiateur inhibiteur
COOH

H C CH2 CH2 COO- Glu
NH3+


H CH CH2 CH2 COO- GABA
NH3+
V Methodes dtude
des acides amins
A Electrophorse : sparation par
diffrence de pHi

1 ) Dpt de lchantillon sur le support


Glu His Lys
+ Ser -

2) Migration pH constant ( 6)

3) Coloration (ninhydrine)
B Chromatographie liquide
Une phase stationnaire + 1 phase mobile liquide

Echantillon dans phase liquide


(mobile)

Colonne
(phase stationnaire)

Absorbance

Photomtre
UV Volume dlution
Enregistreur
(chromatogramme)

Collecteur
(rcupration
de lluat dans des tubes)

CLHP = Chromatographie liquide


Haute Performance
Chromatographie liquide par change dions

Expl : rsine changeuse de cations


1) Dpt pH acide sur une colonne

rsine charge ngativement


- retenant les aa chargs
positivement (les cations)

2) Elution en augmentant le pH (et/ou NaCl)


Eluant = Solution de pH croissant (et/ou de
concentration saline croissante)

Les aa se dcrochent
- lorsque le pH atteint leur pHi
(et/ou lorsquils schangent
avec Na+)

3) Analyse de lluat contenant les aa


spars selon leur pHi
les plus acides sortent en premier

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