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ECOLE

NATIONALE
VETERINAIRE
TOULOUSE

Antibiorésistance
Généralités
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Update 10 janvier 2012

P.L. TOUTAIN 1
La découverte des résistances a suivi
celle des antibiotiques en temps réel

3
1-Définitions
Définitions de la résistance aux
antibiotiques

• Résistance clinique
• Résistance biologique

5
Résistance :
définition biologique
• Une bactérie est considérée comme
résistante quand elle tolère des
concentrations très supérieures à celles
d'une majorité de souches de la même
espèce.
– Étude de la distribution des CMI
– Caractère uni- vs bimodal
6
Variabilité de la sensibilité des germes
au sein d'une population
1973 1975
2248 2181

15 10

0 10 20 30 0 10 20 30
Diamètre d'inhibition (mm)
7
E. coli
Resistance vs. tolérance:
les “persisters”
• Dans toute population bactérienne, il existe des germes
(fréquence 10-6)qui présentent une tolérance phénotypique aux
antibiotiques sans pour autant avoir mis en place des
mécanismes de résistance: ces germes sont appelés
“persisters” ou ‘dormants’
• Il s’agit d’un phénomène épigénétique (non héritable car non
modification du génome) car ces souches remises en culture
exponentielle sont sensibles à l’antibiotique
• Ces persisters pourraient être responsables du caractère
récalcitrant des biofims aux antibiotiques et de la difficulté à
traiter certaines infections chroniques (tuberculose)

8
Pour en savoir plus sur les
persisters
• Ann rev Microbiol 2010 64 357-372

Current Opinion in Microbiology 2007 10 30-38

9
Résistance :
définition thérapeutique
• Une bactérie est considérée comme résistante
quand elle tolère des concentrations très
supérieures à celles que l'on peut obtenir in
vivo
• Classification en Sensible, Intermédiaire, &
Résistante pour la clinique mais classification peu
utile pour l'épidémiologie

10
Multirésistances: définition
• Pas de définition consolidée
• Définition fondée sur les caractères
phénotypiques: résistance à 3 ou plus
antibiotiques appartenant à des classes
différentes
• Nécessité d’une caractérisation moléculaire
(identification des gènes de résistance) avec
mise en évidence de 3 (ou plus) gènes de
résistance ou mutations
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Co-résitance & résistance croisées
• Résistance croisée (cross-resistance): un seul
mécanisme de résistance explique la résistance à
plusieurs familles d’antibiotiques.
– e.g. multi-drug efflux pumps (mex genes) can cause cross
resistance to a wide range of structurally heterogeneous
compounds including AB
• Corésistance: plusieurs gènes coexistent et confère
une résistance à différentes familles d’antibiotiques
• Conséquences: pression de sélection croisée entre
plusieurs familles d’antibiotiques et possibilité de
sélection par les métaux lourds et les biocides
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Types of resistance
• Single resistance
– A bacterium has a single resistance to one antimicrobial
compound
• Family resistance
– A bacterium is resistant to several compounds of the same
antimicrobial family
• Cross resistance
– A bacterium has a mechanism of resistance which decreases
sensitivity for compounds of different antimicrobial families
• Multiple resistance
– A bacterium has several mechanisms of resistance which
decrease sensitivity to different antimicrobial family
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Résistance bactérienne:
Ce qu'il faut connaître sur le plan mécanistique

1. Les mécanismes de résistance


• inactivation enzymatique / modification de la cible /
pompe à efflux / altération métabolique
2. Supports génétiques de la résistance et les
mécanismes de transfert
• résistance chromosomique
• résistances plasmidiques / transposons / intégrons
3. Emergence, sélection et diffusion de la résistance
: approche de l'écosystème
14
2-Mécanismes de résistance

15
Mécanismes de résistance

16
Les mécanismes de résistance

• Inactivation enzymatique
• Réduction de l'accumulation intracellulaire
de l'antibiotique
• Modification de la cible de l'antibiotique
• Shunt d’une voie métabolique

5-AB Resist Definition Mécanismes


bactériens-17
Mécanismes de résistance (I)
• Inactivation enzymatique
• bêtalactamines et bêtalactamases
• aminoside et acétylases, phosphorylases
• Modification de la cible de l'antibiotique
– métylation d'une adenine dans l'ARN de la sous-unité 23S
du ribosome
• macrolides - lincosamides - streptogramines
– penicilline binding-protein
• protein nécessaire à la synthèse de la paroi
– quinolones: gyrase ou topoisomerase altérée et absence
de fixation
• Shunt de voies métaboliques
– TMP / sulfates
Mécanismes de résistance (II)
Diminution de la perméabilité et mécanisme d'efflux
• Entrée
– certains antibiotiques peuvent pénétrer dans la bactérie par
la voie des porines (canaux de la membrane externe)
– modification ou absence de synthèse des porines
• Sortie
– pompes à efflux (peu spécifiques)
– surexpression
– ex: tétracyclines, quinolones, chloramphenicol
Mécanismes de résistance
Mécanisme
Classe d'antibiotiques Exemple de résistance
b-lactamines Pénicillines, méthicilline 1,3,4,5
Combinaison sulfamide c-Trimoxazole 2,6,8
+ triméthoprime
Tétracyclines Tétracycline, doxycycline 1,2,3(?), 6(?)

1-Réduction de la perméabilité cellulaire


2-Efflux actif hors de la cellule
3-Modification de la cible
4-Détoxification de l'antibiotique
5-Séquestration de l'antibiotique par une protéine
6-Voie métabolique alternative
8-Surproduction de la cible de l'antibiotique
Mécanismes de résistance
Mécanisme
Classe d'antibiotiques Exemple de résistance
Aminosides Kanamycine, gentamicine 2.3
Ansamycines Rifampicine 1.2
Glycopeptides Vancomycine 2
Macrolides Erythromycine, spiramycine 1,2,3
Quinolone Enrofloxacine 1.2

1-Efflux actif hors de la cellule


2-Modification de la cible
3-Détoxification de l'antibiotique

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5-AB Resist Definition Mécanismes
bactériens-21
3-Supports génétiques de la
résistance

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Les 3 types de résistance
Mécanismes d’acquisition de la
résistance
• La résistance peut survenir par 2 mécanismes propres
aux bactéries et indépendamment de l’usage des
antibiotiques
– Par mutation endogène de l’ADN c.a.d une résistance
chromosomique (transmission verticale)
– Par acquisition d’un élément mobile exogène porteur de
gènes de résistance (transmission horizontale)
• L’ensemble des gènes portant les facteurs de
résistance est nommé résistome
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Résistance : mécanismes d'acquisition

• Verticale: mutation
– taux de mutation fonction des concentrations de
l'antibiotique
• ex: fluoroquinolones et salmonelles
• Horizontale: transfert de gènes
– ex: enterococci (vre)
– transformation / transduction : gram+
– conjugaison : gram -
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Résistance chromosomique &
transmission verticale

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Résistance chromosomique (mutation)
• Mutation ponctuelle
• Processus rare, spontané (<10-8), survenant pendant
la réplication
• Généralement non influencé par l’antibiotique
– Rem: certains antibiotiques (quinolones et pénicillines)
favorisent les mutations spontanées (de 10-8 ) avec un taux
spontané qui peut être multiplié par 800 (stress)
• Stable, héréditaire et transmission verticale
• Généralement une monorésistance
• Le seul mécanisme pour les bactéries intracellulaires
strictes (Chlamydia, Rickettsia, Ehrlichia…) et
Mycobacterium
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Taux de mutations
• Les taux de mutations spontanées conduisant à des
résistances aux antibiotiques sont très différents selon
les antibiotiques et les germes.
– Fréquence élevée pour les résistances aux aminoglycosides,
fluoroquinolones et rifampicine (10-8) et plus rares pour les autres
antibiotiques (colistine..)
– Fréquence élevée pour S aureus vis-à-vis de la rifampicine ce qui en
interdit l’usage en monothérapie pour les staphylococcies
– Les souches multirésistantes de P aeruginosa, E Coli, Salmonella
enterica enteridis ont des taux de mutations 1000 fois plus élevés que les
autres membres de la même espèce (on parle d’hypermutateurs) ce qui
explique la rapidité de la diffusion de ces multirésistances

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Possibilité pour certains antibiotiques
d’accélérer le taux de mutations
• En général les antibiotiques ne créent pas la résistance mais la
sélectionne;
• mais l’exposition à des concentrations subléthales d’antibiotique
entraîne un stress bactérien qui déclenche une réponse du
système SOS ce qui peut augmenter la transmission horizontale
d’éléments mobiles

29
Conséquences des mutations sur la
résistance
• Peut entraîner une diminution très importante de la
sensibilité à l’antibiotique en une seule étape (comme
pour les aminoglycosides avec un facteur 1000 entre
sensible et résistant) ou an contraire, une légère
diminution de sensibilité (comme avec les quinolones)
où la mise en place de la résistance se fait
progressivement par des mutations successives (d’où
l’existence d’une fenêtre de sélection pour les
quinolones)

30
Acquisition verticale de la résistance

• Si une mutation spontanée de la bactérie est à


l’origine de la résistance, c’est la multiplication
de cette bactérie devenue résistante qui assure
la propagation de la résistance.
• La multiplication bactérienne étant un processus
rapide, la souche résistante peut rapidement
devenir dominante dans la population
bactérienne notamment en présence du pouvoir
de sélection de l’antibiotique
31
Résistance à la colonisation par Serratia liquefaciens () multirésistante in
vivo dans le tube digestif de souris à flore humaine [E. coli ()].

Inoculation de S liquefaciens
Ampicilline dans l’eau de boisson
Log CFU/g of feces

Sélection
Amplification

Évènement sans Days 32


sélection From Duval-Yflah Y. et al. IAI 1980; 28 :981
Résistance :
transfert horizontal de gènes d'une
bactérie donneuse à une bactérie
receveuse

5-AB Resist Definition 1/17/2018


Mécanismes
bactériens-33
Résistance par acquisition d ’éléments
mobiles

• Résistance portée par un élément mobile (ADN


extra chromosomique)
• Essentiellement chez les entérobactéries
• Résistance multiple
• Transmission horizontale
• Instable et réversible

34
Résistance portée par des éléments
mobiles & transmission horizontale

35
36
Les éléments mobiles pour le transfert
de gènes de résistance

– Plasmides
– Transposons
– Intégrons
Location of resistance
genes in bacteria

• Plasmids
– extrachromosomal, circular unit of DNA
• Transposons
– jumping genes (chromosome or plasmids)
• Integrons
– specialized segment of DNA containing resistant
determinants in package called cassettes
Plasmides
• Fragment d’ADN extrachromosomique pouvant porter
des gènes de résistance et qui se réplique de façon
autonome
• Ils peuvent passer d’une cellule à l’autre par
conjugaison
• Parvenu dans une autre cellule, l’ADN plasmidique
peut se répliquer, s’intégrer à l’ADN de la cellule etc.
• Les plasmides sont des vecteurs pour les intégrons et
transposons

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Transposons

– Fragment d’ADN portant des gènes de résistance


– ne possèdent pas de système de réplication mais
un système de transposition
– doivent être dans un chromosome ou un
plasmide pour être répliqué
Integrons et gènes cassette

– pas de système ni de réplication ni de


transposition

1/17/2018
5-AB Resist Definition Mécanismes
bactériens-41
4-Mécanismes du transfert des
gènes de résistance
Résistance et usage des
antibiotiques

• Le développement de la résistance est une


réponse physiologique des bactéries à tout
usage d'antibiotique
• "usure" inéluctable des antibiotiques

43
Mécanismes du transfert de gène de
résistance

• conjugaison
• transposition
• transduction
• transformation
Transfer of genetic material
• Conjugation
– cell-to-cell contact or "mating"
– transfer of genetic material, usually plasmid
• Transposition
– the movement of transposons from one DNA site to another
• Transduction
– the introduction of a resistance gene by an infecting
bacteriophage
• Transformation
– the uptake of free DNA containing resistance gene
Acquisition of antibiotic resistance
Transposon
Transformation of free DNA

Conjugation of plasmid

Transduction

Barbosa, Drug Res. Update 2000 1/17/2018


5-AB Resist Definition Mécanismes
bactériens-46
Conjugation

• The most important transfer mechanism


• 85% of therapy failure in staphylococci (b-
lactam), enterobacteriaceae (ampi, sulfa,
TMP, genta) and enterococci (vanco) are
attributed to conjugation-induced antimicrobial
resistance
Transfert horizontaux de résistance
1. Par conjugaison de cellule à cellule
– Gènes localisés sur des éléments mobiles (plasmides, transposons), se
faisant entre cellules vivantes localisés dans un même écosystème et
sans spécificité d’espèce d’où la plus grande importance de cette
modalité de transfert
2. Par transformation & par transduction (bactériophage)
– Ne requiert pas la viabilité des donneurs (donc peut se faire à distance
dans le temps et l’espace) mais modalités limitées aux transferts entre
germes de la même espèce/genre ( spécificité des bactériophages,
nécessité d’homologie de l’ADN entre donneurs et accepteurs pour la
transformation).

48
5-Sélection des résistances
Antibiorésistance:
pouvoir sélectif des antibiotiques

• L’antibiotique exerce essentiellement une


pressions de sélection sur les populations de
bactéries et va favoriser le développement des
populations ayant mis en place des mécanismes
de résistance;

50
Co-selection des résistances
• Un plasmide peut porter plusieurs gènes de résistance
et l’un des antibiotique concerné peut à lui seul,
assurer la sélection de l’ensemble des gènes de
résistance
– e.g. tetracyclines per os diminue la sensibilité de la flore
caecale des poulets à l’ampicilline, la streptomycine et aux
sulfamides

51
Co-selection des résistances

• Lors de l’interdiction de l’avoparcine comme additif , on a observé que le taux


de résistance de E faecium à la vancomycine était passé de 81 à 12% en 30
mois chez le poulet mais que pendant le même temps, il était resté inchangé
chez le porc;
• l’explication a été que le plasmide du porc portait non seulement VanA, le
gène de résistance à la vancomycine mais également le gène erm(B)
conférant une résistance aux macrolides; or la tylosine, un macrolide, a
continué d’être utilisée chez le porc ce qui a assuré la co-sélection de VanA
et de Erm(B).
Co-selection des résistances

• Les métaux et les désinfectants peuvent jouer


un rôle de sélection
• Le gène de résistance au cuivre (tcrB) peut être
porté sur le même plasmide que VanA et ErmB
et ils peuvent être co-sélectionnés ensemble.

53
6-Vitesse d’émergence et
persistance de la résistance
Vitesse d’établissement de la
resistance

• Pour les streptocoques, la résistance à la


pénicilline G est lente à s'établir car elle passe
par une altération du gène controlant la PBP
ce qui nécessite des altérations importantes
du génome
Vitesse d'émergence et persistance de
la résistance

• Toutes les bactéries ne sont pas "égales"


– germes à plus grand risque
• staphylococcus, enterobacteriaceae et pasteurelles

– germes à risque plus limité


• clostridium et streptococcus
Persistance de la résistance

• Très différente selon les germes /


antibiotiques

– Longue (années) pour E. coli et tétracycline

– persiste en l'absence d'une pression de


sélection

1/17/2018
7-Conséquence de la mise en
place des mécanismes de
résistance

1/17/2018
Conséquence de la mise en place des
mécanismes de résistance pour la bactérie

• Rarement positives sauf en présence


d'antibiotique
• Désavantage en terme de croissance
• La présence d'un plasmide impose un coût à la
bactérie
! Cela n'est pas toujours vrai
! – ex: tétracyclines chez le porc
Antimicrobial resistance pathways and
incidence
Pathway Definition Incidence Examples
Primary Spontaneous change Low rate quinolones (salmonella)
mutation in the genome rifampicine
(mycobacterium tub.)
Secondary uptake of naked DNA Possibly Streptococci (PBP),
(acquisition) from the environment underestimated Bacillus spp.
transformation by acceptor bacteria

Conjugation Transfer from donor Frequent Enterobacteriaceae


bacteria to acceptor (salmonella typhimurium)
bacteria through a
protein tunnel mediated
by conjugative plasmids
or transposons

Transduction Resistance genes are Rare Staphylococci


transferred by bacterial phages (pseudomonas spp)
8-La circulation (diffusion)
du résistome dans les
écosystèmes

61
Circulation du résistome

• Les pathogènes zoonotiques


• Les flux de gènes de résistance portés par des
germes non pathogènes

63
Transmission des germes zoonotiques

Transmission of Foodborne
Pathogens to Humans

Farm Animals
and
as Meat/Eggs/Milk

Source: CDC 64
Flux de gènes de résistance pour E Coli dans la
biosphère

Usage AB véto Xénobiotiques de


l’environnement
Lisiers

Animaux domestiques Sol Eau


(flore digestive)

Boues d’épuration

Aliments Flore digestive des patients Usage AB humain

65
Article de référence pour comprendre les liaisons
animal/homme en matière d’antibiorésistance

66
L'antibiorésistance est
un problème global
d'écologie microbienne

67
L'écosystème global de l'antibiorésistance

Treatment & prophylaxis


Veterinary
Human medicine medicine Animal feed additives
Community

Hospital Agriculture
Plant protection

Environment
Industrial use 68
Actions des antibiotiques susceptibles de contribuer
à la progression de la résistance bactérienne

Gènes Mutation; transfert de matériel Acquisition


génétique

Bactéries Survie des résistantes & élimination Émergence


des sensibles Sélection

Individu Colonisation des écosystèmes Infection


individuels

Population Transmission inter-individuelles (entre Diffusion


réservoirs

Guillemot & Leclercq 2005 Médecine Maladies Infectieuses 35 S212_S220 69


Antibiorésistance: chaîne des responsabilités
Facteurs mécanisme Possibilité d’action

Ecologie Émergence Innovation


microbienne thérapeutiques
Sélection par les
antibiotiques
Prescripteurs Bonne pratiques ou Outils de diagnostic
non Formation
Circuits commerciaux
Eleveurs Organisation des Formation
filières Limité l’accessibilité
Pratiques d’élevage
Consommateurs Exigence sur les prix Information
mondialisation Valeurs politique
70
D’ après Chauvin; Thèse Univ Rennes 2009 p87
L’antibiorésistance:
Les enjeux pour un vétérinaire

• Vis-à-vis des bactéries zoonotiques et des


flores commensales (flux de gènes)
 objectif sociétal (de santé publique)

• Vis-à-vis des germes cibles pour garantir


l'efficacité des traitements
 objectif de thérapeutique vétérinaire
71
une mise au point sur l’impact sur l’homme
des usages vétérinaires des antibiotiques

72
9-La lutte contre le
développement des résistances
La lutte contre la résistance

• Nombreux rapports d’instances officielles

• Nombreuses associations militantes pour sauver


les antibiotiques
Consulter le site de ministère de la santé
(plan antibiotique)

76
Le site de l’ANSES (AFSSA)

77
L’initiative « Sauvons nos antibiotiques »
79
Le rapport 2011 de l’EMA sur les usages des
macrolides en MV
L'Agence européenne du médicament (EMA) a diffusé sa position finale (reflection
paper) sur les macrolides, les lincosamides et les streptogramines (MLS en abrégé)

Voir l’analyse de ce rapport par « Sauvons nos antibiotiques »


Rapport de l’EFSA sur les BLSE (2011)

Pour lire l’opinion de « Sauvons les antibiotiques » sur ce rapport


82
Du marketing social pour combattre
l’antibiorésistance

83
Communication sur le risque à 50 ans
d’intervalle

84