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Université Mohamed Khider Biskra,

Faculté Des Sciences Exactes et Sciences


de la Nature et de la Vie
Département des Sciences de la Nature et
de la Vie

cours de 2ème année Master


spécialité: Biodiversité et
physiologie végétale
Module: Amélioration
génétique des plantes

Préparer par: Dr Bouatrous Yamina


Histoire de la sélection

1
•L'homme commence à améliorer les plantes lorsqu'il se sédentarise, il y a 10 000 ans. C'est le début de l'agriculture : il cultive les plantes
pour son alimentation et pratique alors une sélection en choisissant, de manière empirique, de ressemer les plus beaux grains des plantes
les plus intéressantes.

•A la fin du 19e siècle, l'homme réalise les premiers croisements de parents choisis. L'avancée des connaissances et les progrès
technologiques ont permis l'évolution des techniques de sélection.

•Ceci s'est traduit plus récemment par l'intégration des Biotechnologie dans les programmes de sélection. C'est un outil
supplémentaire à la disposition du Sélectionnaire pour repousser certaines limites rencontrées par les voies classiques de
l'amélioration des plantes.

Les repères historiques de sélection


végétale

. Découverte du rôle des organes sexuels chez les végétaux par Millington-Grew.
1676

2 July 22, 2012 Footer text here


1880 Visualisation des chromosomes par Strasburger-Boveri, et mise en évidence de leur implication dans la division cellulaire.

Mise en application des lois de Mendel sur l'hérédité. Ses travaux sur le croisement de deux variétés de petits
1900
pois définissent les règles de base de la génétique. C'est la naissance de la sélection des plantes.

Découverte de la totipotence des cellules végétales par Haberland. Un tissu végétal est capable de régénérer
1902 une plante.

Découverte de l'intérêt des hybrides par Shull sur le maïs. Le croisement de deux lignées permet d'obtenir un
1908 hybride qui exploite l'hétérosis.

Description de la structure en double hélice de l‘ADN par Watson et Crick


1953

Découverte de l’ADN polymérase (ADN pol I) par Arthur Kornberg (prix Nobel de physiologie au médecine en
1956 1959). Cette enzyme intervient dans la synthèse de l’ADN.

3 July 22, 2012 Footer text here


1960 Découverte du code génétique par Crick, Nirenberg, Matthaei et Ochoa

Découverte des enzymes de restriction par Arber, Smith et Nathans. Ces protéines coupent l'ADN au niveau de
1965 sites particuliers.

Découverte du transfert de gène par des agrobactéries, bactéries du sol pathogènes de nombreuses espèce
1977 végétales, par Schell. Il a montré que la virulence de ces bactéries est due à un transfert de gènes de bactérie
vers les cellules végétales

Progrès des techniques

Les progrès des connaissances ont permis ensuite de mettre au point les techniques. Voici quelques exemples d'application :

1911 Notion de liaison génétique par Morgan. Il démontre que les gènes sont disposés de façon linéaire sur les chromosomes
et que de plus, lorsqu'ils sont situés sur le même chromosome, ils sont transmis à la descendance comme une seule
unité. On dit qu'ils sont liés.

4 July 22, 2012 Footer text here


1935 Première carte génétique partielle du maïs par Emerson

Premières techniques de culture in vitro. Il s'agit de la technique de multiplication végétative, développée par Morel et
1950
Martin, sur la pomme de terre

Premières cultures de cellules sexuelles mâles chez le Datura innoxia, par Guha et Maheshwari. Elles ouvrent la voie
1964 à la production de plantes haploïdes.

Première migration d’ADN sur gel d’électrophorèse par Aaij C. Cette méthode permet de séparer des séquences
1972 d’ADN entre elles.

1975 Description de la méthode de Southren, du nom de son inventeur. Le principe de la technique repose sur
l‘hybridation de l'ADN avec une sonde d'ADN marquée.

5 July 22, 2012 Footer text here


1977 Mise au point de deux techniques de séquençage, l’une mise au point par Walter Gilbert et l’autre par Frederick Sanger.
Ils reçoivent le prix Nobel de chimie en 1980. Le séquençage permet de connaître la séquence d’une molécule d’ADN.

Premières fusions de protoplaste, par Melchers. Elles permettent de s'affranchir partiellement de la barrière entre
1978 espèce

Découverte de la mutagenèse dirigée permettant l’induction d’une ou plusieurs mutations dans un génome, de façon
1978 précise et volontaire.

1983 Premiers tabacs transgéniques obtenus en même temps par une équipe belge et une équipe américaine.

1985 Première plante transgénique résistante à un insecte.

Première publication publique sur la polymerase chain reaction (PCR)par Kary Mullis (prix Nobel de chimie en 1993),
1986 La PCR est une méthode de biologie moléculaire d'amplification génique in vitro, qui permet de copier en grand
nombre, une séquence d'ADN ou d‘ARN connue, à partir d'une faible quantité.

6 July 22, 2012 Footer text here


1986 1986 Premier séquenceur automatique de gène, ces machines permettent de séquencer un grand nombre de gène.

Première plante transgénique tolérante à un herbicide total


1987

Première céréale transgénique (maïs résistant à la kanamycine).


1988

Première commercialisation d’une plante transgénique (Chine : tabac résistant à un virus).


1990

Invention de la PCR en temps réel par Higuchi R. cette technique permet de quantifier la quantité d’ARN présent
1992 dans une cellule.

1994 Premier légume transgénique commercialisé (tomate Flavr Savr à maturation retardée).

1997 Premier tabac producteur d’hémoglobine.

7 July 22, 2012 Footer text here


2000 Séquençage du génome d’"Arabidopsis thaliana", plus petit génome végétal connu.

2005 Mise au point de séquenceurs haut débit.

2005 Séquençage du génome du riz (projet international IRGSP)..

Séquençage du génome du maïs (Université Washington St Louis), de la pomme de terre (consortium


2009 international), du colza (Bayer CropScience), du manioc (Global cassava partnership).

8 July 22, 2012 Footer text here


Définition de AGP

L'amélioration des plantes peut être définie comme la modification volontaire des plantes par l'homme
pour mieux les adapter à ses besoins.

elle se distingue fortement de la domestication, qui peut se définir comme une adaptation des plantes à
leur culture par l'homme, mais par une sélection inconsciente.

D’un point de vue génétique, elle correspond à l’ensemble des opérations qui permettent de passer d’un
groupe d’individus n’ayant pas certaines caractéristiques au niveau recherché à un nouveau groupe,
plus reproductible, apportant un progrès.

Il s’agit de réunir dans un même individu le maximum de gènes favorables. Fondamentalement,


l’amélioration des plantes est, et a toujours été, du génie génétique

9 July 22, 2012 Footer text here


Nous verrons qu’il y a bien un passage continu entre les techniques utilisées "traditionnellement", ne
faisant appel qu'à la reproduction sexuée, et celles dérivées de la biologie moléculaire.

Les Objectifs de AGP

 Une amélioration des rendements est indispensable pour faire face aux besoins croissants de
l'humanité

 Un objectif constant est une répartition des produits du métabolisme de la plante en faveur des
organes récoltés, limitant au maximum les déchets

10 July 22, 2012 Footer text here


 chez les céréales, cette répartition implique un développement maximal du grain et un appareil
végétatif réduit.

 Le sélectionneur doit tenir compte non seulement de la productivité, mais aussi de caractères plus
qualitatifs, comme la valeur nutritive, les propriétés organoleptiques et la composition des produits,
l'esthétique, la résistance, la facilité de récolte, de transport, de conservation, le rendement à
l'usinage.

En résumé, le sélectionneur doit se fixer un idéotype, une image idéale de la plante qu'il souhaite
créer.

11 July 22, 2012 Footer text here


Les étapes de domestication

12 July 22, 2012 Footer text here


Principe de création variétale

Dans la nature, l'évolution résulte de pressions de sélection qui s'exercent sur des populations
polymorphes. De même, la création variétale suppose l'existence d'une diversité parmi les plantes
cultivées et l'application de pressions sélectives par l'homme.

1- Evolution de la diversité

La diversité génétique des espèces végétales cultivées peut être vue à trois niveaux:
•dans le champ de l’agriculteur
• au niveau des listes de variétés proposées aux agriculteurs
• au niveau des ressources génétiques à la disposition du sélectionneur

13 July 22, 2012 Footer text here


L’histoire de la sélection, chez la plupart des espèces végétales améliorées à reproduction sexuée,
a conduit à une perte de diversité du peuplement végétal dans le champ de l’agriculteur en passant
des variétés populations hétérogènes génétiquement aux variétés modernes souvent réduites à un
génotype, lignées ou hybrides simples.

Cependant, cette évolution peut être compensée par une diversité des variétés entre champs et une
diversité des variétés dans le temps, voire par la culture d’associations de variétés. Il faut donc
avoir une vision spatio-temporelle de la diversité génétique.

14 July 22, 2012 Footer text here


2- Conservation de la diversité

La conservation de ces génotypes sur place, dans des réserves naturelles, est pratiquement
exclue, mais de nombreux organismes internationaux, nationaux et privés, ont créé des banques de
gènes qui peuvent compter plusieurs dizaines de milliers d'accessions d'une même espèce : on y
trouve le plus grand nombre possible de variétés améliorées, des mutants, les races anciennes et
des formes spontanées

Beaucoup d'espèces pérennes sont maintenues en culture (arbres et arbustes).

les annuelles autogames (céréales, légumineuses) sont semées périodiquement en petites parcelles
et les allogames (maïs) en parcelles isolées plus vastes

Pour d'autres plantes (pomme de terre), on expérimente la conservation prolongée de méristèmes


ou de tissus dans l'azote liquide (-196 °C).
15 July 22, 2012 Footer text here
3- Sélection et hybridation

Lorsqu'un caractère est très héritable, la sélection est généralement facile. Pour les autres caractères, l'observation d'un
individu ne suffit pas, il faut contrôler sa valeur génotypique après multiplication clonale ou semis de sa descendance.

Les populations allogames sont suffisamment hétérogènes pour que la sélection y soit efficace.

Chez les autogames, les variétés anciennes sont également polymorphes, mais les modernes sont très uniformes : dans ce cas, la
recherche de nouvelles combinaisons de gènes est précédée de croisements entre plusieurs génotypes.

une population issue de croisements successifs entre un plus grand nombre de génotypes représente une source potentielle de
combinaisons génétiques exceptionnelles.

16 July 22, 2012 Footer text here


4- Les modes de reproduction

L'application des principes d'amélioration dépend beaucoup du mode de reproduction de l'espèce.

La liaison entre les différentes méthodes d'amélioration et le mode de reproduction n'est pas
absolue, en premier lieu parce que la frontière entre autogames et allogames n'est pas toujours
nette.

La propagation végétative et la sélection clonale sont les seules voies possibles pour les espèces
stériles comme les bananiers.

17 July 22, 2012 Footer text here


Les clones représentent un moyen rapide d'amélioration chez des plantes pérennes récemment
domestiquées comme le caféier robusta, l'hévéa, le cacaoyer, mais les populations synthétiques et
les variétés hybrides sont parfois plus intéressantes.

18 July 22, 2012 Footer text here


A l'inverse, les progrès de la micro propagation permettent la création de clones chez des espèces habituellement
reproduites par graines comme le palmier à huile.

19 July 22, 2012 Footer text here


I- La sélection clonale

un clone : Groupe de plantes génétiquement identiques provenant toutes d’une propagation végétative d’un seul
individu sélectionné.

1-Origine des clones

La multiplication végétative est le seul mode de propagation possible pour des plantes stériles, qui sont souvent des
hybrides interspécifiques ou des polyploïdes apparus spontanément ou obtenus artificiellement (bananiers triploïdes,
canne à sucre, plantes vertes et bulbeuses).

20 July 22, 2012 Footer text here


C'est aussi le mode de propagation le plus utilisé chez beaucoup d'arbres fruitiers et de plantes ornementales qui
possèdent cependant une reproduction sexuée.

la propagation végétative conserve


les qualités commerciales de ces espèces sont allogames, fortement
l'individu choisi. hétérozygotes, elles combinent parfois des
caractères de plusieurs espèces spontanées

Descendance très
hétérogène

21 July 22, 2012 Footer text here


2-Origine des clones

Lorsqu' un clone est cultivé pendant de nombreuses années sur de grandes surfaces, des mutations apparaissent
spontanément.
Chez les arbres fruitiers
(citrus, pêchers, pommiers),
beaucoup de nouvelles
variétés sont des mutants
trouvés dans les vergers

La mutagenèse induite, surtout par irradiation,


est souvent appliquée pour accélérer
l'apparition de nouveaux caractères : elle est à
l'origine, chez les plantes ornementales, de
nombreuses nouveautés caractérisées par des
formes ou des pigmentations différentes

22 July 22, 2012 Footer text here


Les mutations induites par la culture des cellules (variation somaclonale), éventuellement complétées par une sélection
appliquée aux cellules elles mêmes,

3-La sélection

A-choix basé sur l'aspect des plantes, et donc surtout sur des caractères qualitatifs

B- les individus retenus sont multipliés végétativement (greffe, bouture) et cultivés en petites parcelles, dans un
environnement uniforme.

Sur base de la croissance, du comportement et du rendement, quelques clones seront conservés pour une seconde
étape

C- les génotypes sélectionnés sont comparés sur des parcelles plus grandes, avec plusieurs répétitions et
généralement des essais multi locaux destinés à estimer leur adaptabilité
23 July 22, 2012 Footer text here
4-Synthèse de clones hybride

Lorsqu' une plante cultivée est stérile, la sélection clonale classique repose uniquement sur les mutations.

Lorsque les espèces parentales fertiles sont identifiées et existent encore, elles peuvent servir à la synthèse de
nouveaux hybrides, parmi lesquels des clones seront sélectionnés.
.

Exemple de bananier cultivé

24 July 22, 2012 Footer text here


1-Obtention de diploïdes-doublés (auto- ou allotétraploïdes)
AAs x AAcv
AAcv* AAAAcv
AAcv x Aacv
Traitement à la
colchicine

AAcv x BBs ABcv* AABBcv

*des diploïdes naturels sont également utilisés à ce stade


2. Synthèse de triploïdes
AAcv x AAAAcv A et B sont
AAAcv
des
AAs x AAAAcv AAAcv génomes
BBs x AAAAcv BAAcv
AAcv x AABBcv AABcv
AAs x AABBcv AABcv

Schéma de synthèse des variétés triploïdes à partir des géniteurs diploïdes.


s : sauvage, cv :cultivé.
25 July 22, 2012 Footer text here
5-Les chimères

une mutation survenant dans une cellule méristématique ne se transmet pas à l'ensemble de la tige, mais
reste limitée aux tissus qui dérivent de la cellule mutée. La plante devient donc hétérogène : c'est une
chimère.
Cornouiller cornus alba
Beaucoup d'espèces ornementales, d'arbres fruitiers et de plantes à tubercules sont des chimères.

Des clones diffèrent uniquement par la coloration de l'épiderme et sont recherchés pour leur esthétique.
La résistance de l'épiderme des feuilles ou des fruits aux prédateurs et aux blessures représente aussi un
avantage.

La grande majorité des chimères sont dues à des mutations spontanées et sont donc aléatoires.
On en obtient parfois à la suite de greffes entre espèces ou génotypes différents, par sélection de tiges
développées au niveau de la cicatrice.

26 July 22, 2012 Footer text here


Rappelle des plantes autogames et allogames

Autogamie: la fécondation de la plante est réalisée par son propre pollen. Les fleurs sont hermaphrodites (organes mâles
et femelles dans la même fleur). La maturité des gamètes est simultanée.
Exemple des plantes autogames: Avoine, orge, riz, sorgho, colza, coton, haricot, lin, pois, piment, soja, tabac, tomate,

Chez les plantes autogames, la dispersion


du pollen est très faible. La fécondation
peut avoir lieu avant même l'ouverture de
la fleur. Ces plantes sont dites
cléistogames. Cependant, l'autogamie
stricte étant rare, il y'a souvent un résidu
d'allogamie (de l'ordre de 5% chez le blé)

27 July 22, 2012 Footer text here


: Fécondation par le pollen d'une autre fleur (fécondation croisée).
Chez les plantes allogames, la dispersion du pollen est importante. La fécondation est croisée. Celle ci est favorisée par
plusieurs mécanismes, dont la monoécie (deux sexes séparés sur la même plante), la dioécie (sexes séparés sur des
pieds différents), autoincompatibilité et compétition pollinique favorisant le pollen étranger et nécessité d'intervention
des insectes.

1-Fleurs hermaphrodites et existence de barrières ex: luzerne où il y'a intervention d'un insecte pour le transport du
pollen et l'ouverture de la fleur.
2- Fleurs hermaphrodites et séparation des sexes dans le temps :protandrie (ex. carotte), protogynie (ex. avocatier)
3-Monoécie et séparation des sexes dans l’espace

28 July 22, 2012 Footer text here Sorgho


4- Dioécie et séparation des sexes dans l'espace

5- Stérilité et auto-incompatibilité:

Avocatier

29 July 22, 2012 Footer text here


II- La sélection lignée
a-Principe
Les variétés anciennes de céréales étaient hétérogènes, à la suite de fréquents mélanges de semences, de
mutations, de recombinaisons après croisements spontanés.
L'agriculture moderne a conduit à l'uniformisation et à la stabilité des variétés. En théorie, une variété
moderne est une lignée pure, produit de la multiplication de plantes homozygotes identiques entre elles.

b-sélection de lignée
Une simple sélection massale a permis aux agriculteurs eux-mêmes de transformer peu à peu des plantes
spontanées en variétés cultivées, puis d'obtenir des lignées homogènes à partir de populations disparates.

30 July 22, 2012 Footer text here


Si les caractères sélectionnés sont très héritables et facilement identifiables (couleur des fleurs, forme du fruit), la
sélection massale est efficace, aboutissant, dès la première étape, à une lignée stable.

Pour d'autres caractères fortement influencés par l'environnement, comme le rendement, elle est par contre peu
efficace. La sélection de lignées est comparable à la sélection clonale.

c-Création variétale
Les méthodes traditionnelles d'amélioration ont deux objectifs : d'une part, sélectionner de nouvelles combinaisons de
gènes dans une population dérivée d'un croisement et, d'autre part, rétablir l'homozygotie, au moins pour les
caractères agronomiques visibles.

31 July 22, 2012 Footer text here


c-1-Sélection généalogique (pedigree)

32 July 22, 2012 Footer text here


c-4-populations hybrides (bulk-populations

33 July 22, 2012 Footer text here


c-4-Sélection récurrente

34 July 22, 2012 Footer text here


c-4-Sélection SSD

35 July 22, 2012 Footer text here


1. Sélection Pedigree (sélection généalogique

36 July 22, 2012 Footer text here


D-Introgression

Lorsqu'un seul caractère, ou quelques caractères doivent être introduits dans une variété déjà améliorée, le
croisement initial est suivi d'une série de rétrocroisements (back-cross) par cette variété, désignée comme parent
récurrent.

37 July 22, 2012 Footer text here


III- Les variétés hybrides

Cette méthode a été développée pour le maïs, aux États-Unis ; elle a été appliquée ensuite à plusieurs autres espèces
allogames, puis à quelques autogames.

Les variétés hybrides sont uniformes et vigoureuses, mais elles sont hétérozygotes et leur descendance est donc
hétérogène, ce qui nécessite le rem Consanguinité et dépression
placement des semences à chaque culture.

III-1- Consanguinité et dépression

Chez beaucoup de plantes allogames, autofécondations et croisements consanguins réduisent plus ou moins la vigueur
des plantes, leur fécondité et leur production.

38 July 22, 2012 Footer text here


La dépression s'explique, au moins en partie, par l'existence de nombreux allèles létaux récessifs (albinisme) ou d'allèles
désavantageux, qui se manifestent seulement à l'état homozygote, donc surtout après autofécondation.

III-2- Hétérosis

L'hétérosis est l'augmentation de vigueur observée au niveau de la descendance du croisement entre


deux individus non apparentés.

39 July 22, 2012 Footer text here


III-3-Aptitude à la combinaison

A cause du niveau élevé d'hétérozygotie, le phénotype d'une plante ou d'une lignée ne représente pas son potentiel génétique :
pour connaître celui-ci, il faut observer les descendances

Les tests d'aptitude à la combinaison ont pour but d'estimer le niveau d'hétérosis qui peut être attendu
lorsqu'une lignée épurée sera croisée avec d'autres.

Deux tests sont d'habitude appliqués, souvent successivement, pour le choix des lignées parentales. Le top-cross (croisement)
est un test où des plantes ou des lignées sont croisées avec un testeur commun. Les croisements diallèles sont plus précis,
mais ils demandent aussi plus de travail : chaque lignée est croisée avec chacune des autres ; les croisements réciproques sont
réalisés si une influence maternelle est suspectée.

40 July 22, 2012 Footer text here


III-4 -Production de la semence hybride

Chez le maïs, la semence hybride a d'abord été produite après élimination manuelle des inflorescences mâles d'un des parents.
Actuellement, le parent femelle est une lignée mâle-stérile cytoplasmique et le pollinisateur possède un allèle dominant qui
restaure la fertilité dans la F1.

Pendant une certaine période, on a utilisé des hybrides doubles, par pollinisation d'un hybride F1 par un autre. Les semences ainsi
produites étaient moins coûteuses et de meilleure qualité, à cause de la vigueur plus grande des géniteurs, mais la descendance
produite est hétérogène, puisqu'elle provient d'un croisement entre deux hétérozygotes.

Les variétés hybrides sont utilisées sur une grande échelle chez les cucurbitacées, l'épinard, certaines plantes ornementales.
Les croisements sont facilités par la dioécie chez l'asperge, par la stérilité mâle chez le tournesol, les choux, l'oignon, par l'auto-
incompatibilité chez certaines variétés de choux.
.

41 July 22, 2012 Footer text here


III-5 - Applications aux autogames

La commercialisation d'hybrides F1 est justifiée chez les espèces autogames lorsque l'hétérosis est suffisante pour compenser le
prix plus élevé de la semence.

Une autre justification, pour le producteur de semences, est l'obligation pour le cultivateur de renouveler chaque année son
matériel végétal.

L'exemple le plus spectaculaire est le développement des variétés hybrides de riz en Chine : en une dizaine d'années, ces
hybrides ont couvert plus de 8 millions d'hectares et l'augmentation du rendement dû à l'hétérosis atteint 20 à 30 %.

42 July 22, 2012 Footer text here


IV-AMÉLIORATION DES POPULATIONS

Le principal défaut des variétés hybrides est leur manque de souplesse et leur susceptibilité aux maladies. L'amélioration des
populations passe essentiellement par une modification des fréquences alléliques, aboutissant à la fixation des allèles
recherchés, mais conservant un niveau élevé d'hétérozygotie

Les populations améliorées sont reproduites indéfiniment, alors que les variétés synthétiques sont régulièrement reconstituées
à partir de leurs parents ; ceux-ci peuvent être annuels ou pérennes. Les populations parentales sont elles mêmes
progressivement améliorées, en particulier par sélection récurrente.

V-RÉSISTANCE AUX MALADIES ET PARASITES

V-1-Importance de l’amélioration génétique

43 July 22, 2012 Footer text here


La protection des cultures par des pesticides devrait être réservée à la lutte contre des épidémies accidentelles et localisées.
L'utilisation prolongée de ces produits n'est pas justifiée, à cause de leur coût, de leurs conséquences écologiques et de
l'adaptation inévitable des parasites.

L'amélioration de la résistance des variétés est donc primordiale, mais elle est difficile parce que les agents pathogènes
s'adaptent aussi à la résistance des plantes, obligeant le sélectionneur à modifier sans cesse les variétés pour surmonter la
virulence du parasite.

V-2-Contrôle génétique de la résistance

Bien que certains cas paraissent intermédiaires, les mécanismes de résistance se répartissent en deux groupes : une résistance
complète (immunité) et une tolérance qui se manifeste surtout par un ralentissement de la prolifération du parasite

44 July 22, 2012 Footer text here


Bien que certains cas paraissent intermédiaires, les mécanismes de résistance se répartissent en deux groupes : une résistance
complète (immunité) et une tolérance qui se manifeste surtout par un ralentissement de la prolifération du parasite et par des
symptômes moins graves.

Le contrôle génétique est surtout étudié pour les rouilles et autres infections disséminées dans l'atmosphère, mais les
mécanismes se sont souvent révélés comparables pour d'autres cryptogames, des virus, insectes, nématodes et même
angiospermes parasites.

V-3- Amélioration de la résistance

La résistance spécifique étant contrôlée par des gènes majeurs dominants, l'amélioration est facile. L'introduction d'un gène de
résistance à l'égard d'une souche de l'agent pathogène à partir d'une espèce ou d'une variété résistante se fait par backcross.
Il faut toutefois se souvenir que cette introgression n'a pas d'intérêt si le parasite est capable de s'adapter rapidement.

45 July 22, 2012 Footer text here


L'amélioration de la résistance non spécifique est souvent indispensable, mais elle est plus difficile, à cause de la difficulté
d'identifier les gènes. Les populations hybrides seront cultivées en présence de cet agent pathogène, de façon à accumuler les
gènes de résistance. La sélection récurrente est aussi possible.

VI- HYBRIDATION INTERSPÉCIFIQUE ET POLYPLOÏDIE

VI-1- Objectifs et difficultés

Beaucoup d'espèces cultivées (blés, avoine, cotonniers, tabac) sont des allopolyploïdes, provenant d'hybridations
interspécifiques spontanées et d'un doublement du nombre chromosomique.
D'autres sont des autopolypoïdes. Réunissant généralement quatre lots chromosomiques homologues (luzerne, pomme de
terre). Dans les deux cas, le doublement du nombre de chromosomes procure un enrichissement génétique en rassemblant les
génomes d'espèces ou de variétés différentes.

46 July 22, 2012 Footer text here


L'hybridation interspécifique artificielle a pour but de reconstituer des polyploïdes à partir de leurs parents ou de créer des
formes nouvelles sur le modèle de celles qui existent en nature, ou encore de transférer un certain nombre de gènes d'une
espèce sauvage à une variété cultivée.

Cette hybridation se heurte souvent à des obstacles d'incompatibilité et à la stérilité des hybrides dès que les relations entre les
parents sont distantes. Divers artifices sont appliqués pour surmonter ces difficultés : fécondation in vitro, culture d'embryons,
choix des génotypes parentaux ou d'espèces ponts pour le transfert de caractères entre parents incompatibles.

VI-2- Autopolyploïdie

Le traitement des cellules en division par la colchicine est une méthode simple permettant d'obtenir des cellules et des plantes
tétraploïdes. Aux alentours de 1950, ce traitement a été appliqué à la plupart des plantes cultivées, dans l'espoir d'accroître la
taille des organes et la production, grâce à l'augmentation du nombre de chromosomes.

47 July 22, 2012 Footer text here


Cependant, la polyploïdie a presque toujours une influence négative sur la fertilité, qui ne peut être éventuellement corrigée que
par une sélection de longue durée.

Les formes cultivées autopolyploïdes ne sont nombreuses que chez des espèces ornementales, où des fleurs ou inflorescences
plus grandes représentent un objectif prioritaire ; la fertilité réduite et l'augmentation du coût des semences restent
acceptables.

Il existe aussi des lignées cultivées autotétraploïdes de seigle et de trèfle rouge, mais l'accroissement des rendements par
rapport aux diploïdes n'est pas suffisant pour encourager une généralisation de cette méthode.

VI-3- Hybrides et allopolyploïdes artificiels

48 July 22, 2012 Footer text here


Beaucoup de plantes ornementales sont des hybrides interspécifiques stériles, mais propagés végétativement (orchidées).

Les triticales sont des allopolyploïdes réunissant les génomes du blé (dur ou tendre) et du seigle. Ils sont
connus depuis plus d'un siècle, combinant la productivité et les qualités boulangères du blé à la rusticité
et à la composition des protéines du seigle.

Blé Seigle
X
Triticum Secale
Génomes : Génome :
AA BB (DD) RR
Orchidées

Nouvelle espèce
Triticale
X. Triticosecale
Génomes :
AA BB RR
49 July 22, 2012 Footer text here
VI-4- Amélioration par introgression

Chez les plantes de grande culture, seuls les hybrides entre deux espèces cultivées possèdent des qualités agronomiques
acceptables.
1-Introgression génique:
Lorsque les chromosomes de deux espèces sont capables de s'apparier et de former des crossing-over, par exemple lors de
croisements entre une plante cultivée et son ancêtre non domestiqué, les méthodes ne diffèrent guère de celles qui sont utilisées
à l'occasion de croisements entre deux variétés, sauf que des problèmes d'incompatibilité et de stérilité se posent souvent. (ex:
tomate)
2-Lignées d'addition.
A la suite de back-cross et d'une sélection pour un caractère porté par un chromosome non homologue, on obtient parfois des
lignées de type cultivé possédant ce caractère. (42 chromosomes du blé et une paire du génome G de T. timopheevi par exemple).
Ces lignées sont souvent instables, parce que le chromosome supplémentaire tend à disparaître en l'absence de pression de
sélection, et la présence d'un chromosome "sauvage" complet implique le maintien de nombreux gènes indésirables qui y sont
localisés.

50 July 22, 2012 Footer text here


3-Lignées de substitution
Certaines plantes obtenues après recroisements et sélection ont le nombre chromosomique du parent cultivé récurrent : ce sont
des lignées de substitution, où une paire de chromosomes de la variété a été remplacée par une paire de l'espèce spontanée.
Cette substitution n'est possible que si les chromosomes échangés sont homéologues, s'ils possèdent des gènes capables
d'assurer les mêmes fonctions vitales. Les lignées de substitution sont plus stables que les lignées d'addition, parce que la perte
accidentelle du chromosome échangé est létale.
4-Substitution par translocation
Pour diminuer l'importance des caractères de l'espèce spontanée, il faut pouvoir transférer un petit segment chromosomique
portant le gène souhaité et l'insérer sur un chromosome de la variété. La méthode appliquée consiste à irradier des lignées
d'addition ou de substitution, afin de provoquer des translocations entre les génomes ; une sélection est exercée en faveur d'un
caractère porté par le chromosome supplémentaire. Une des premières applications de cette méthode a été l'introduction, chez
le blé tendre (AABBDD), d'un gène de résistance à la rouille présent chez Aegilops umbellulata (CC).

51 July 22, 2012 Footer text here


VII-Mutagénèse artificielle
1-Méthodes
A partir des années 1950, on a mis beaucoup d'espoir dans l'irradiation des plantes comme moyen de diversification génétique.
Cependant, les radiations ionisantes produisent surtout des cassures chromosomiques, entraînant des délétions, inversions et
translocations.
Ultérieurement, il a semblé plus judicieux d'utiliser des mutagènes chimiques : ce sont des substances, le plus souvent des
alkylants ou des analogues de bases, qui agissent au niveau de l'ADN en cours de réplication et produisent donc surtout des
mutations ponctuelles.
Une nouvelle source de mutation est apparue avec l'application des cultures in vitro.
2- Utilité des mutations induites
La mutagenèse est beaucoup utilisée pour les plantes ornementales propagées végétativement.
Les clones obtenus diffèrent souvent de leur géniteur par des modifications dans la forme ou la couleur des fleurs, ou par leur
structure anatomique chimérique.
Les principaux caractères améliorés sont surtout des modifications de la morphologie de la plante (réduction de la taille), la
précocité, la résistance aux maladies, la production, la qualité du produit. La majorité des variétés produites par mutagenèse
appartiennent à des plantes annuelles autogames (riz, blé, orge). Il y en a beaucoup moins chez les allogames, où la distinction
entre mutations et recombinaisons n'est pas toujours facile.

52 July 22, 2012 Footer text here


VIII-Hybridation somatique
L’hybridation somatique est une méthode qui permet de réunir, dans une seule cellule, l’information génétique portée par deux
cellules différentes.
On la qualifie de somatique par opposition à l’hybridation sexuée. Elle nécessite plusieurs étapes réalisées en laboratoire :
* la digestion des parois pecto-cellulosiques des cellules de feuilles qui permet d’isoler ce qu’on appelle des «protoplastes», c'est-
à-dire des cellules végétales délimitées seulement par leur membrane plasmique ;
*la fusion des protoplastes grâce à des traitements chimiques (poly-éthylène-glycol) ou des décharges électriques ;
*la culture in vitro des produits de fusion jusqu’à la régénération de plantes entières.

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IX-Des méthodes facilitant ou accélérant la création variétale
A. Haplodiploïdisation
Le processus d‘haplodiploïdisationcomprend l'obtention de plantes haploïdes à partir des organes porteurs des cellules reproductrices,
appelés gamétophyte mâle ou femelle, et le retour vers la phase diploïde
• Andogénèse, Gynogénèse, Croisement interspécifique ou intergénérique

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B-Multiplication végétative in vitro
Les méthodes de multiplication végétative in vitro comprennent :
- le micro-bouturage qui consiste à prélever un fragment de tige comportant un bourgeon,
-la culture de méristèmes, perfectionnement de la méthode précédente, qui consiste à ne cultiver au départ que le méristème apical de
la plante à multiplier, l’embryogenèse somatique qui consiste à obtenir à partir de certains tissus ou organes une prolifération de
cellules qui reproduisent presque parfaitement les phases de l’embryogenèse zygotique.

C. Connaissance moléculaire des génomes : la «génomique»


Les progrès des techniques de biologie moléculaire, de robotique et d'informatique sont à l’origine du développement de la "génomique"
qui aborde la connaissance des génomes sur une grande échelle. On peut définir la génomique comme l’étude exhaustive des gènes,
c’est-à-dire :
-leur localisation dans le génome, par le développement de cartes de plus en plus précises,
- leur séquence (la succession des nucléotides sur le brin d’ADN) qui permet, dans près de la moitié des cas, d’entrevoir le type de
fonction de la protéine correspondante,
- les réseaux de régulation qui coordonnent leur niveau d’expression au cours du développement de l’organisme,
- leur fonction biologique exacte qui peut être déduite du comportement de mutants,
- enfin, la variabilité des caractéristiques précédentes au sein de l’espèce.

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1- Les cartes génétiques :
Chez la plupart des espèces, on développe des cartes génétiques très denses, avec l'ambition d'associer, au même locus, un caractère
phénotypique et un marqueur moléculaire. Ces marqueurs moléculaires s'appuient sur des variations de séquences d'ADN. Il existe de
nombreux marqueurs moléculaires qui sont très souvent désignés par des sigles : RFLP, RAPD, AFLP, SSR ou microsatellites, SNP..ect

Les premiers séquençages ont porté sur des génomes de petite taille : celui d'Arabidopsis thaliana (espèce sauvage de la famille des
Brassicacées ou Crucifères), celui du riz et celui du peuplier. Une des premières applications du séquençage est l'identification et la
localisation sur les chromosomes des gènes qui interviennent sur les différents caractères de la plante.

56 July 22, 2012 Footer text here d'Arabidopsis thaliana


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X-La biologie moléculaire
1- Transgénèse

Dès le milieu des années 1960, les chercheurs ont essayé de trouver des méthodes de transformation génétique des plantes par introduction
directe d’ADN, pour élargir les possibilités d'échange de gènes à l'ensemble des espèces. Ces recherches ont abouti au début des années 1980,
grâce aux progrès dans la connaissance des Agrobactéries et la mise en évidence de leur aptitude naturelle au transfert d’ADN dans les cellules
de plantes.

. Les quatre espèces principalement concernées sont le soja, le cotonnier, le maïs et le colza. Les caractères nouveaux introduits dans ces
espèces sont des résistances à des herbicides ou à certains insectes.
Parmi les espèces fruitières, la papaye (Carica papaya) est pratiquement le seul exemple de plantes génétiquement modifiée qui soit cultivée
actuellement.
En Europe, des œillets issus de transformation génétique, modifiés pour la couleur de la fleur sont autorisés à la commercialisation, par contre,
aucune autorisation n’est délivrée pour des fruits ou des légumes.

papaye

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2- La cisgénèse

La cisgénèse se distingue de la transgénèse par le fait de transférer artificiellement des gènes entre des organismes qui peuvent
être croisés selon les méthodes d'hybridation classiques, donc entre des organismes étroitement apparentés.
EX/Pomme de terre résistante au mildiou

3- La sélection assistée par marqueurs


La connaissance simultanée de la variabilité moléculaire d'un allèle et de la variabilité de son effet sur un caractère
phénotypique permet de concevoir la Sélection Assistée par Marqueurs (SAM).
Le cas le plus simple d’utilisation de la SAM concerne l'amélioration d'une variété par le transfert d’un caractère présent dans
un autre génotype et gouverné par un seul gène.

Ce transfert peut être accéléré si l’on dispose d’un marqueur moléculaire du gène et de marqueurs moléculaires répartis sur le
génome de la variété. Ces marqueurs moléculaires permettent de choisir, à chaque génération, les descendants se rapprochant le
plus de la variété, tout en s’assurant de la présence du caractère introduit.
On accélère ainsi le processus et l'on évite le recours à des tests agronomiques ce qui représente aussi une économie très
appréciable. La tomate est une espèce chez laquelle la SAM est utilisée.

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62 July 22, 2012 Footer text here
63 July 22, 2012 Footer text here
4- Le tilling

Le Principe du tilling (Targeting Induced Local Lesions in Genomes) combine des méthodes de mutagénèse aléatoire avec des méthodes modernes
d'analyse de l'ADN grâce à l'identification à haut débit de mutations ponctuelles.

Il s'agit de provoquer des mutations sur des génomes connus à l'aide de différents agents (chimiques ou physiques), de bien les localiser sur les
séquences préalablement connues de l'ADN et d'observer les mutants correspondants. Un large éventail de variétés peut ainsi être étudié.

Initialement utilisé sur Arabidopsis thaliana, le tilling est utilisé sur la tomate, le melon, le pois, le colza, le blé, l'orge, la luzerne, etc. Son emploi
vise principalement la recherche de résistances, de qualités gustatives ou nutritionnelles.

64 July 22, 2012 Footer text here


Glossaire

 ADN: (acide désoxyribonucléique) Macromolécule constituée de deux chaînes enroulées en double hélice.
Ces deux brins sont assemblés à partir de nucléotides. Chaque nucléotide comprend un sucre, le
désoxyribose, un phosphate et une des quatre bases azotées (adénine, guanine, cytosine, thymine). L'ADN est
le support de l'information génétique des organismes vivants.

 ADN polymérase : Enzyme qui polymérise les nucléotides. Les désoxyribonucléotides sont utilisés dans la
synthèse de l'ADN. Les ARN polymérases.

 ARN: acide ribonucléique) Polymère linéaire dont la sous-unité de base, un ribonucléotide, contient le
sucre ribose.

 Agrosystème: Ecosystème modifié et contrôlé par l'Homme et dédié à l'exercice de l'agriculture


(cultures, élevage, échanges de produits, ...).

65 July 22, 2012 Footer text here


 Agrobactérium:
Bactérie présente dans le sol et provoquant chez certaines espèces végétales une maladie due à une
prolifération cellulaire incontrôlée.
Cette maladie a pour origine la pénétration dans la cellule végétale du plasmide de la bactérie. Ce plasmide
s’incorpore spontanément au génome de la cellule végétale entraînant la prolifération cellulaire.
Cette capacité naturelle d’agrobacterium est utilisée pour transférer des gènes d’intérêts dans le patrimoine
génétique d’une cellule végétale.

 Biotechnologie: Ensemble des méthodes et techniques qui utilisent des organismes vivants
ou leurs composants pour fabriquer ou modifier des produits, pour améliorer des végétaux ou des
animaux, ou pour développer des micro-organismes destinés à des applications spécifiques.

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 Bactérie : A la différence des virus, les bactéries sont des organismes unicellulaires, capables de se
reproduire de façon autonome. Elles sont 10 fois plus grandes que les virus, et la plupart ne présentent
aucun danger pour l'homme.

 Biolistique Technique de transfert direct d'ADN porté par des microparticules de tungstène ou d'or,
projetées par un canon à particules dans la cellule.

 Carte génétique : Représentation graphique du positionnement des gènes sur les chromosomes selon les
distances génétiques déduites de leurs taux de recombinaison.

67 July 22, 2012 Footer text here


 Code génétique : Code de correspondance entre les acides nucléiques (ADN et ARN) et les protéines, qui
fait correspondre un triplet (succession ordonnée de 3 bases) à un acide aminé. Ce code est presque
universel, c'est-à-dire commun à tous les êtres vivants (à quelques exceptions près).

Colchicine: Alcaloïde, obtenu à partir du colchique d’automne Colchicum autumnale, qui empêche la
formation du fuseau par l’inhibition de la formation des microtubules. Une fois appliqué pendant la mitose,
les chromosomes seront incapables de se séparer durant l’anaphase. Cette propriété est utilisée pour
acquérir un doublement du nombre des chromosomes. La colchicine peut aussi être employée pour bloquer
la mitose à la métaphase, le stade durant lequel les caryotypes sont mieux
observés.

 Chromosome: Structure contenue au sein du noyau des cellules de tous les êtres vivants, observable au
cours des divisions cellulaires et porteuse de l'information génétique. C’est un constituant cellulaire formé
d'une molécule d'ADN enroulée et associée à des protéines appelées histones

68 July 22, 2012 Footer text here


 Domestication: Adaptation des plantes aux besoins de l'homme, adaptation des plantes sauvages à la
culture

 Espèce: Groupe d'individus ayant des caractères morphologiques, physiologiques et chromosomiques


semblables et qui peuvent se croiser entre eux.

69 July 22, 2012 Footer text here


 Gène: Unité d'information génétique occupant une position spécifique (locus) dans le chromosome. Un
gène est un segment d'ADN qui comprend la séquence codant pour une protéine, et les séquences qui en
permettent et régulent l'expression. Les gènes déterminent ou influent sur l'expression du phénotype de
l'être vivant (formes, couleurs, aptitudes diverses…). L'ensemble des gènes constitue son génome, ou
patrimoine génétique (en anglais germplasm), héréditaire.

 Génome : Ensemble des gènes, patrimoine héréditaire contenu dans chaque cellule de tout organisme
vivant.

 Hybride: Résultat du croisement de deux ou plusieurs parents d'origines génétiques différentes.


70 July 22, 2012 Footer text here
 Haploïde : Se dit d'une cellule (d'un noyau ou d'un organisme) ayant un génome à l'état unique : chaque
chromosome n'est alors présent qu'à un seul exemplaire.

 hybridation : Fécondation croisée de l'ovule d'une plante par du pollen d'une autre plante de la même
espèce.

 Lignée : Ensemble d'individus homozygotes identiques entre eux et reproduits identiques à eux-mêmes
par autofécondation.

 Locus : Emplacement occupé par un gène sur le chromosome.

 Protéine : Macromolécule constituée d'une chaîne d'acides aminés liés par liaisons peptidiques, dont le
repliement tridimensionnel lui confère une architecture fonctionnelle. Celle-ci est maintenue par des ponts
disulfures et des liaisons hydrogènes ou par des interactions hydrophobes..
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 Plante transgénique : Plante dans laquelle on a introduit une séquence d'ADN par génie génétique.

PCR: (Polymerase Chain Reaction) Technique permettant l'amplification in vitro d'une séquence d'ADN
donnée, par la répétition de cycles de réplication d'ADN. Chaque cycle est constitué de trois étapes,
nécessitant chacune une température différente : dénaturation, hybridation avec les oligonucléotides de
synthèse spécifiques de la séquence cible et qui servent d'amorce, élongation de la chaîne nucléotidique.

 Protoplaste : Cellule végétale dont la paroi pectocellulosique a été enlevée par digestion enzymatique.

72 July 22, 2012 Footer text here


Polymorphisme: Caractère de ce qui se présente sous différentes formes. Il peut être relié à des
différences de séquences d'ADN entre individus..

 QTL : (Quantitative Trait Loci) Locus de caractères quantitatifs. Ils sont responsables du contrôle des
caractères à effet quantitatif, c'est-à-dire ayant une variation continue de leur valeur (rendement, taille...)..

 RFLP : (Restriction Fragment Length Polymorphism) Polymorphisme de longueur des fragments de


restriction : fragments d'ADN de longueurs différentes obtenus par l'action d'enzymes de restriction et
permettant de distinguer des individus. Ils résultent des variations dans la séquence de l'ADN et peuvent être
détectés à l'aide de sondes radioactives et servir de marqueurs pour l'hybridation.

73 July 22, 2012 Footer text here


 Protoplaste : Cellule végétale dont la paroi pectocellulosique a été enlevée par digestion enzymatique.

 Sélectionneur: Personne chargé pour les entreprises semencières de créer de nouvelles variétés.
Egalement appelé obtenteur.

 Séquençage : Analyse de l'ADN, consistant à déterminer la succession de toutes les bases qui composent
une construction, un gène ou un génome.

 Southern: Technique utilisée en génie génétique pour des hybridations ADN-ADN ou ARN-ADN. Elle
comprend trois phases : le transfert des fragments d'ADN séparés par électrophorèse dans un gel, sur une
membrane de nylon, puis l'hybridation de cette membrane avec une sonde nucléique, et la révélation de cette
hybridation par autoradiographie dans le cas d'une sonde marquée radioactivement par exemple..

74 July 22, 2012 Footer text here


 Totipotence : Capacité pour une cellule de régénérer un individu complet identique à la plante mère. Elle
repose sur l'aptitude à la dédifférenciation : les cellules peuvent redevenir des cellules simples, non
spécialisées et se différencier ensuite pour donner à nouveau les différents types de cellules spécialisées.

 Tolérance: La tolérance est l'aptitude d'une variété à supporter le développement d'un ravageur ou d'un
agent pathogène sans que les désordres occasionnés compromettent sa croissance ou sa production. La
tolérance s'applique pour la verse, le froid, la sécheresse... Il faut distinguer la résistance de la tolérance
bien que les deux termes soient abusivement utilisés sans distinction

 Variété : Population artificielle obtenue en vue de son usage en agriculture, reproductible, homogène et
stable dans ses caractéristiques génétiques et distincte des autres variétés.

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Références bibliographiques

1- Bouharmont.J.1995. BASES AGRONOMIQUES DE LA PRODUCTION VÉGÉTALE, Université catholique de Louvain, Louvain-la-Neuve, Belgique

2-Dominique Planchenault. 2012. RAPPORT Sur Les biotechnologies et les nouvelles variétés, Conseil général de l’alimentation, de l’agriculture et des espaces ruraux

3- Yvette Dattée (Académie d’agriculture Paris), Alain Cadic (INRA Angers) et Catherine Ducatillion (INRA Antibes), 2008. AMÉ LIORATION GÉNÉTIQUE ET CRÉATION DE
DIVERSITÉ EN HORTICULTURE, Gérer la biodiversité végétale au jardin 10e colloque scientifique de la SNHF 30 mai 2008.

4- Yves Demarly, Monique Sibi.1996. AMELIORATION DES PLANTES ET BIOTECHNOLOGIES, Éditions John Libbey Eurotext

Sites internet
•http://www.gnis-pedagogie.org

•http://www.biotech-ecolo.net/plantes-autogames-allogames.html

•http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/Marche/

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