Curso de Biomedicina

Disciplina: Genética Forense

Análise e genotipagem
de STRs
Prof. Me Allan Teixeira Silva
Biomédico CRBM 2ª Região: 6144
Analista Clínico do Hospital Regional Norte – Sobral/CE
allantxrsilva@gmail.com
 Short Tandem Repeats (STRs)
 Sequências curtas repetidas em Tandem
 Tandem: conjunto de duas ou mais unidades
dispostas uma atrás da outra.
 Essas unidades são também chamadas “core”
 Sequências de 2 a 7 pares de base (pb)
 Formam séries com comprimentos superiores a
100 nucleotídeos.
 Pode ser encontrado em procariotos e eucariotos
 Compõem cerca de 3% do genoma
 Short Tandem Repeats (STRs)
 Distribuição não uniforme no genoma
 Menos frequente em regiões subteloméricas
 Maioria localizada em regiões não-codificantes
 Cerca de 8% localizados em regiões codificantes
 Densidade varia de cromossomo para cromossomo
 Cromossomo 19: maior densidade
 Em média um STRs ocorre por cerca de 2000pb
 Número de repetições inversamente proporcional
ao número de unidades.
 Short Tandem Repeats (STRs)
 STRs mais comuns são as unidades ricas em
Adenina (A, AC, AAAN, AAN, e AG) e dinucleotídeos
 Podem ser classificados em:
• Perfeitos: um unidade de repetição
 Ex.: (CCAT)n

• Imperfeitos: diferentes unidades de repetição

 Ex.: [TCTG][TCTA]
 Short Tandem Repeats (STRs)
 90’s: Quais as funções desempenhadas pelos STRs
nos seus organismos de origem?
 Abundante no genoma e sem função conhecida
 Junk DNA
 Short Tandem Repeats (STRs)
 STRs podem desempenhar importantes funções
nos organismos.
 Bactérias;
• Genes de contingência: sequências de STRs.
• Mudanças na matriz de leitura (“frameshift”)
• Alteram a expressão de proteínas sem alterar a
viabilidade.
• Ex.: H. influenzae, microssatélites CAAT, Chop+ e Chop-;
colonização de nariz e garganta vs resistência a
antibióticos.
 Short Tandem Repeats (STRs)
 Em humanos diversos genes regulatórios contem
sequências repetidas de nucleotídeos
 Ex.:
• Regulação da transcrição do gene do fator de
crescimento epidermal (EGF)
• Gene da tirosina hidroxilase
 Alguns STRs podem influenciar na regulação da
expressão gênica.
 Polimorfismos dos STRs
 Existem diversos mecanismos que conferem
variabilidade aos STRs:
• Crossing over desigual durante a meiose
• Mecanismos de retrotransposição
• Strand-slippage (deslizamento de fita) durante a replicação
 Fatores que influenciam as mutações de STRs
• Número de repetições
• Unidades de repetições
• Composição de bases
• Sequencia flanqueadora
• Sexo
• Idade
Polimorfismos dos STRs
 Nomenclatura dos STRs
 Primeira letra: “D” e significa DNA,
 Número que representa em que cromossomo o
marcador está localizado, no caso de estar em
cromossomos sexuais usa-se “X” ou “Y”,
 Terceiro elemento do nome é a letra “S”, do inglês,
single copy sequence que significa sequência de
cópia única
 Por último o número do loco em que o marcador
foi descrito
Nomenclatura dos STRs
 Nomenclatura dos STRs
 Alguns STRs são nomeados baseados na sequência
que compõem a unidade de repetição
• Ex: GATA
 Quando estão localizados dentro de uma sequência
gênica podem ter a nomenclatura relacionada com
o gene.
• Ex.: TH01, localizado no íntron 01 do gene da Tirosina
Hidroxilase
Combined DNA Index System (CODIS)
 Propriedades dos STRs
Método
baseado em
PCR Pequena
Automação quantidade de
DNA

Rápida tipagem DNA degradado

STRs
Alta
Alelos discretos
discriminação

Abundante no
Não isotópico
genoma
 Polymerase Chain Reaction (PCR)
 Reação bioquímica que possibilitou a amplificação
de regiões específicas do DNA a partir de
quantidades muito pequenas.
 Grande impacto para a Genética Forense.
 Permite a obtenção de perfis genéticos a partir de
amostras ínfimas
 Amplificação in vitro de uma sequência específica
do DNA que acontece toda vez que uma célula
entra no processo de divisão celular
Polymerase Chain Reaction (PCR)
 Polymerase Chain Reaction (PCR)
 1983 – Criação da técnica por Kary Mullis.
 1985 – Apresentação da pesquisa à comunidade científica e
publicação na revista “Science”.
 1986 – Taq polimerase – a descoberta da bactéria Termus
aquaticus e extração de sua DNA polimerase possibilitou o
aperfeiçoamento da técnica, que não necessitava de adição de
mais DNA polimerase a cada ciclo, pois a mesma suporta
temperaturas acima de 100°C.
 1987 – Com a patente da PCR por parte da Perkin, desenvolve-se
a automação para controle do aumento e redução da
temperatura, neste momento surge o Temociclador.
 1992 – Primeiro teste diagnóstico desenvolvido para HIV,
descartando o problema da janela imunológica estabelecida pelo
vírus.
 1993 – Karry Mullis recebe o Prêmio Nobel de Química.
 2003 – Desenvolvimento da PCR em Tempo Real ou qPCR–
técnica de PCR na qual utiliza-se além dos primers (iniciadores de
amplificação), as sondas marcadas, possibilitando a quantificação
do alvo em estudo.
 Replicação do DNA in vivo
 Síntese de DNA necessita de dois substratos
fundamentais:
1. Quatro desoxinucleotídeos trifosfatodos (dNTP):
dGTP
dCTP
dATP
dTTP
2. Arranjo particular de DNA fita simples (ssDNA) e DNA
fita dupla (dsDNA) chamado de junção
iniciador:molde
Replicação do DNA in vivo
dNTP

Junção iniciador:molde
 Replicação do DNA in vivo
 Alongamento só ocorre na extremidade 3’-OH livre
 Ligação fosfodiéster:

Grupo hidroxila da
extremindade 3’
Produção de
pirofosfato
Grupo α-fosforil do
dNTP
Replicação do DNA in vivo
Replicação do DNA in vivo
Replicação do DNA in vivo
 Replicação do DNA in vivo

Semiconservativa Enzimas envolvidas:

 Helicase
 DNA-polimerase
 Topoisomerase
Replicação do DNA in vivo
 Replicação do DNA in vitro

Pode incluir ainda aditivos como KCl ou DMSO para fragmentos grandes de DNA
Replicação do DNA in vitro
Replicação do DNA in vitro
Replicação do DNA in vitro
Replicação do DNA in vitro
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Genotipagem em Gel
Genotipagem em Gel
Eletroforese capilar
Eletroforese capilar