Asam Nukleat

Kelompok 8 Kondroitin:

David Kristianto

Eliana Stefani

Irshara Amoura

Lulus Ridho Pangudi

1
Struktur Asam
Nukleat
 Terdapat pada semua sel hidup
 Merupakan makromolekul dengan
monomer Mononukleotida
 Sel memiliki dua jenis asam nukleat: asam
deoksiribonukleat (deoxyribonucleic
acid/DNA) dan asam ribonukleat
(ribonucleic acid/RNA) Asam Nukleat
 Fungsi :
• Menyimpan, mereplikasi dan
mentranskripsi informasi genetika
• Turut serta dalam metabolisme
• Penyimpan energi
 Asam nukleat

Nukleotida

Nukleosida Asam Fosfat

Basa nitrogen Gula

 Nukleotida merupakan monomer
penyusun asam nukleat yang terbentuk
dari ikatan gugus phosphate, gula
pentosa dan basa nitrogen

Nukleotida –
1
Penyusun Asam
2 Nukleat
3

Nukleosida

Nukleotida
 Basa nitrogen selalu terikat pada atom C 1’ gula
pentosa dan phosphate terikat pada atom C 5’ gula
pentosa. Hal ini berlaku pada DNA maupun RNA

1
Nukleotida –
Penyusun Asam
2 Nukleat
3
Basa Nitrogen
DNA : Purin  Adenin(A) dan Guanin(G)
Pirimidin  Sitosin(C) dan Tiamin(T)

DNA : Purin  Adenin(A) dan Guanin(G)

Pirimidin  Sitosin(C) dan Urasil(U)

Basa Nitrogen bersifat heterosiklik

Pirimidin adalah senyawa aromatik organik

yang memiliki 6 atom C berbentuk siklik
dimana terdapat atom Nitrogen(N) pada
atom C 1’ dan C 3’. Sementara itu, purin
adalah senyawa aromatik organik yang
memiliki sebuah cincin pirimidin dan Struktur Kimia Basa-Basa Nitrogen
imadazole ring
 Gula Pentosa

Ribosa kehilangan satu atom

oksigen pada carbon-2’
 Gugus Fosfat selalu terikat pada atom Asam Fosfat
karbon nomor 5 gula pentosa
 Jumlah Fosfat yang terikat dapat lebih
dari satu gugus yang berpengaruh
terhadap struktur dan penamaan
 (1) mono-phosphate
 (2) di-phosphate
 (3) tri-phosphate
 Nukleotida dalam sebuah untai, satu dengan yang
lainnya berikatan melalui ikatan fosfodiester antara
gugus 5’ fosfat dengan gugus 3’ hidroksil.

Nukleotida –
Penyusun Asam
Nukleat
DNA (Deoxyribonucleic Acid)
DNA adalah polimer asam nukleat yang tersusun
secara sistematis dan merupakan pembawa informasi
genetik. DNA merupakan polimer nukleotida, setiap
nukleotida tersusun atas gula pentosa (deoksiribosa),
fosfat, dan basa nitrogen. Polimer tersebut membentuk
struktur double heliks, di mana kedua heliks disatukan
oleh ikatan hidrogen yang terjadi antara basa-basa
yang ada.
 Struktur Primer
DNA

Struktur utama (primer) asam nukleat adalah urutan

linear nukleotida, yang dihubungkan satu sama lain
dengan ikatan
Struktur sekunder
dikenal sebagai tangga
berpilin (double helix).
Model tangga berpilin
menggambarkan struktur
molekul DNA sebagai dua
rantai polinukleotida yang
saling memilin
membentuk spiral. Fosfat Struktur Sekunder
dan gula pada masing-
masing rantai menghadap DNA
ke arah luar sumbu
pilinan, sedangkan basa
nitrogen menghadap ke
arah dalam sumbu pilinan.
Struktur tersier adalah bentuk tiga dimensi di mana
seluruh rantai terpilin. Pengaturan struktur tersier
berbeda dalam empat bentuk struktural:
• Jenis helix kiri atau kanan.
• Panjang pergantian heliks.
• Jumlah pasangan basa per giliran.
• Perbedaan ukuran antara alur utama dan alur
Struktur Tersier
kecil. DNA
Terdapat 3 jenis DNA dalam struktur tersier yaitu,
DNA A, DNA B dan DNA Z.
Superkoil

Struktur Tersier
DNA
Sirkuler

Struktur Tersier
DNA
Struktur Kuartener
adalah tingkat yang lebih
tinggi dari organisasi
asam nukleat. Struktur ini
mengacu pada interaksi
asam nukleat dengan
molekul lain. Organisasi Struktur Kuartener
paling sering terlihat
adalah bentuk kromatin
DNA
yang menunjukkan
interaksi dengan protein
histon kecil.
3 Tipe Bentuk DNA

Dibawah kondisi yang

dikenakan gaya atau pilinan
dalam DNA, atau dibawah
kondisi hidrasi rendah, DNA
dapat menjadi beberapa
konformasi helikal, seperti A-
DNA, B-DNA, dan Z-DNA
Bola biru dan putih: sugar
and phosphate
Bola merah: pasagan basa G
dan C
Bola kuning: pasangan basa
A dan T

B-DNA A-DNA Z-DNA

Setiap ribonukleotida terdiri dari tiga
gugus molekul yaitu, lima atom karbon,
basa nitrogen yang terdiri dari golongan
purin (adenin dan guanin) dan golongan
pirimidin yang berbeda dengan DNA
yaitu sitosin dan urasil.
RNA merupakan rantai tunggal RNA
polinukleotida. RNA merupakan
makromolekul yang berfungsi sebagai (Ribo Nucleic Acid)
penyimpan dan penyalur informasi
genetik RNA juga dapat berfungsi
sebagai enzim (ribozim) yang dapat
mengkatalis formasi RNA-nya sendiri
atau molekul RNA lain. RNA merupakan
rantai tunggal polinukleotida.
 Struktur utama (primer) dari RNA biasanya
terdiri untai tunggal nukleotida.
 Struktur sekunder RNA terbentuk saat
nukleotida mengikat bersama menjadi pasangan
basa. Pada RNA, sitosin dengan guanin terikat, RNA
namun adenin mengikat urasil. Struktur (Ribo Nucleic Acid)
sekunder RNA membentuk berbagai lilitan
tertentu, tonjolan, dan jenis helix yang sejajar.
Struktur sekunder RNA pada umumnya lebih
rumit daripada DNA.
Gambar 16. Struktur Sekunder
RNA
Struktur tersier RNA memungkinkan molekul
untuk melipat menjadi konformasi yang berfungsi
penuh. Molekul RNA tertentu, berdasarkan struktur
tersier mereka, memiliki fungsi tertentu.
Ada dua jenis RNA yang memiliki struktur tersier,
yaitu tRNA dan rRNA.
• Struktur tersier tRNA
Struktur tersier tRNA ini menggabungkan struktur
sekunder seperti hairpin loop ataupun stem loop.
• Struktur tersier rRNA
Struktur tersier rRNA biasanya membentuk submit
ribosom naik, submit besar, maupun submit kecil
yang membentuk kesatuan ribosom.
Gambar 17. Struktur Tersier RNA
 Struktur kuartener RNA berperan
penting dalam makromolekul
tertentu seperti ribosom, yang
membangun protein dalam sel.
Agar rantai RNA memiliki struktur
kuartener, mereka harus datang
bersamaan untuk membentuk
struktur konglomerasi baru, bukan
hanya berinteraksi dan kemudian
terpisah lagi. Struktur Kuartener
adalah bentuk paling lambat dan
paling kompleks dari semua tingkat
struktur RNA.
Fungsi Asam
Nukleat
 Pembentuk
Pembawa Dasar
Energi Koenzim Molekul

Fungsi Asam
Nukleat

Fungsi Fungsi
DNA RNA
Di dalam struktur asam nukleat terdapat nukleotida
yang berperan sebagai molekul carrier dalam sintesis
karbohidrat, lipid, dan protein. Nukelotida juga
berperan sebagai energy currency di dalam sel. ATP
adalah salah satu contoh nukleotida asam nukelat Pembawa Energ
bebas yang berperan sebagai pembawa energy.
Asam berperan sebagai koenzim, sebagai contoh
nikotamida adenin dinukleotida, dan flavin mono
nukleotida yang merupakan koenzim pada proses
oksidasi-reduksi pada respirasi sel. Koenzim
Koenzim adalah zat yang bekerja dengan enzim untuk
memulai atau membantu fungsi enzim. Koenzim
sering berfungsi sebagai pembawa sementara produk
setengah reaksi.
Nukelotida di dalam asam nukleat merupakan
struktur pembentuk intisel DNA dan RNA yang Pembentuk Dasa
penting untuk perkembangan sel. Molekul
Fungsi DNA
Secara Umum

31
DNA sebagai bentuk kimiawi gen merupakan
pembawa informasi genetik makhluk hidup. DNA
membawa instruksi bagi pembentukan ciri dan sifat
Kumpulan
makhluk hidup. DNA harus mampu menyimpan
informasi dan meneruskan informasi tersebu dari
Informasi
generasi ke generasi. Fungsi ini merupakan fungsi
dan
genotipik, yang dilaksanakan melalui replikasi. Warisan Sel
DNA berfungsi untuk mengontrol aktivitas hidup
sel, baik secara langsung maupun tidak langsung,
dengan mengatur perkembangan fenotipe organisme
melalui ekspresi gen. Materi genetik harus
mengarahkan pertumbuhan dan diferensiasi Mengendalikan
organisme mulai dari zigot hingga individu dewasa. Aktivitas
Sel
Fungsi evolusioner dilaksanakan melalui peristiwa
mutasi. DNA sewakti-waktu harus dapat mengalami
perubahan sehingga organisme yang bersangkutan
akan mampu beradaptasi dengan kondisi lingkungan
yang berubah. Tanpa perubahan semacam ini, Fungsi Evolusione
evolusi tidak akan pernah berlangsung.
DNA memiliki fungsi untuk melakukan sintesis protein.
Sintesis protein adalah proses penyusunan senyawa
protein dengan membentuk rangkaian rantai polipeptida.
DNA menyusun protein dengan menentukan urutan asam
amino pada setiap protein yang disintesis. Secara garis Mengontrol
besar, sintesis protein dilakukan melalui dua tahap, yaitu Sintesis Protein
tahap transkripsi dan translasi melalui RNA
• Heterokatalis
DNA dapat melakukan sintesis pada molekul lainnya,
sebagai contoh membentuk RNA.
• Autokatalitik
DNA mampu membentuk dirinya sendiri yang dilakukan Autokatalis
melalui replikasi, pengkopian rangkaian molekul bahan
genetic sehingga dihasilkan molekul anakan yang sangat
identic.
Fungsi DNA
Berdasarkan
Jenisnya

37
DNA Mitokondria
DNA mitokondria memiliki fungsi untuk mengkode
enzim dan beberapa protein yang diperlukan untuk
aktivitas mitokondria, yaitu melakukan repirasi sel.
DNA Nukleus
DNA Nukleus memiliki fungsi untuk
mengorganisasikan gen saat terjadi pembelahan sel,
memproduksi mRNA untuk mengkodekan protein
melalui proses transkripsi dan translasi, dan mengatur
kapan dan di mana ekspresi gen harus dimulai,
dijalankan, dan diakhiri.
DNA Plasmid
DNA plasmid memiliki fungsi untuk memelihara
sejumlah ciri-ciri yang stabil dari generasi ke generasi
dan berfungsi sebagai vector atau pemindah.
DNA Kloroplas
DNA kloroplas memiliki fungsi untuk mengkodekan
beberapa protein dan enzim yang diperlukan untuk
reaksi terang pada proses anabolisme.
DNA Polimerase
DNA polymerase merupakan sebuah enzim yang mengkatalis
reaksi polimerisasi deoksiribonukleotida menjadi rantai DNA.
DNA polimerasi membaca rantai DNA utuh sebagai cetakan
dan menggunakannya untuk membentuk rantai baru.
DNA Ligase
DNA ligase merupakan enzim yang mengkatalisis pembentukan
ikatan fosfodiester antara ujung 5’-fosfat dan 3’-hidroksil pada
DNA. DNA ligase diperlukan untuk menggabungkan fragmen
Okazaki saat proses replikasi, menyambung potongan-
potongan DNA yang baru disintesis, serta berperan dalam
proses reparasi DNA.
Fungsi RNA
Secara Umum

44
RNA berfungsi dalam pembentkan protein, yaitu
membawa salinan dasar DNA suatu organisme(informasi)
ke dalam protein baru.
Secara umum, RNA untuk mensintesis protein, menjadi
perantara antara DNA dengan protein, sebagai katalis
biokimia, sebagai molekul structural dalam organel sel,
pembawa informasi genetic, dan menyebabkan infeksi pada
virus.
Fungsi RNA
Berdasarkan
Jenisnya

46
mRNA
Messanger RNA memiliki fungsi untuk membawa dan
menyampaikan kode atau informasi genetik, yaitu urutan asam
amino dari satu atau lebih polipeptida yang terdapat pada gen. RNA
Non Genetik
tRNA
Transfer RNA berfungsi untuk membawa serta
menerjemahkan nukleotida dalam mRNA menjadi urutan
asam amino. tRNA akan membawa asam amino dari
sitoplasma ke ribosom.
rRNA
Ribosomal RNA menjamin orientasi yang benar antara
cetakan mRNA dan molekul-molekul aminosil tRNA yang
sedang diikatkan kepada cetakan. RNA
Non Genetik
miRNA
Micro RNA mempunyai peran dalam mengontrol gen yang
melibatkan pertumbuhan dan perkembangan yang disebabkan oleh
translasi dari mRNA, yaitu meregulasi ekspresi gen pada tangkat
translasi, dengan cara mengadakan base pairing dengan mRNA.
siRNA
Small-interfering RNA berfungsi meregulasi ekspresi gen pada
tingkat translasi, namun tidak hanya memblok proses translasi,
tetapi siRNA menyebabkan mRNA terdegradasi. (Sistem RNA
pertahanan alami dari setiap makhluk hidup). Non Genetik

iRNA
RNA interface berfungsi untuk menghambat ekspresi gen pada
sekuens yang spesifik dengan cara memutuskan mRNA yang
mempunyai sekuens pendek.
snRNA
Small Nuclear RNA berperan dalam pemrosesan hnRNA menjadi
mRNA melalui proses splicing (memroses mRNA awal menjadi
bentuk yang lebih matang pada sel eukariotik dengan menghapuskan RNA
intron yang berada dalam transkripsi). Non Genetik

iRNA
RNA interface berfungsi untuk menghambat ekspresi gen pada
sekuens yang spesifik dengan cara memutuskan mRNA yang
mempunyai sekuens pendek.
gRNA
Guide RNA berfungsi dalam modifikasi nukleotida

scaRNA
Small Cajal body-specific adalah tipe dari snoRNA. scaRNA RNA
berfungsi dalam modifikasi nukleotida RNA. Non Genetik
RNAP
RNA polymerase merupakan salah satu jenis RNA Non Coding.
RNAP berfungsi untuk mentranskrip mRNA dari DNA.
RNA Switches
RNA Switches merupakan sensor RNA yang mendeteksi dan
merespons terhadap lingkungan atau metabolic, dan mempengaruhi
ekspresi gen. RNA
Non Genetik
Cathalytic RNA
RNA katalitik memiliki fungsi dalam replikasi, pemrosesan RNA,
dan splicing.
RNA yang bersifat genetik memiliki fungsi yang sama dengan
DNA, yaitu sebagai pembawa keterangan genetik. RNA genetik ini
hanya bisa ditemukan pada makhluk hidup tertenu yang tidak
RNA
mempunyai DNA, seperti virus.
Genetik
 Kesimpulan
Asam nukleat terbagi menjadi 2, yaitu DNA dan
RNA. Fungsi dari asam nukleat diturunkan
menjadi fungsi DNA dan RNA sehingga proses
regenerasi dan penjagaan keturunan dapat terus
bergulir dari setiap makhluk hidup.
Sintesis Asam
Nukleat
Replikasi
DNA

57
Inisiasi Ligase Terminasi

Sintesis Penghapusan
Primer Primer

Sintesis Sintesis
Leading Lagging
Strand Strand
 Inisiasi
Masing-masing
rantai untaian
Masing-masing
Dimulai di origin tunggal akan
rantai, bereaksi
of replication site menjadi dasar
dengan single-
dibantu oleh (template) untuk
strand binding
enzim Helikase membentuk dua
protein
untai rantai DNA
baru
 Sintesis
Primer
RNA Primer RNA Primer
menempel pada berfungsi sebagai
origin of replication penanda dimulainya
site dengan bantuan DNA Polimerase III
enzim primase bekerja
 Sintesis
DNA Polimerase III DNA Polimerase III
Leading Strand
mulai menambahkan hanya dapat
nukleotida baru, menambahkan
yang sudah ditandai nukleotida yang
oleh RNA Primer memiliki arah 5’ – 3’
 Sintesis Lagging
Replikasi terjadi Terjadi penambahan Strand
dengan arah yang fragmen okazaki, yang
berlawanan dengan di setiap fragmen
Sintesis Leading mengandung RNA
Strand Primer
 Penghapusan Primer
RNA Primer
dan
yang ada pada
tahapan awal
Terjadi
penambahan
Ligase
Fragmen
diganti dengan fosfat oleh
okazaki akan
nukleotida enzim ligase
terisi oleh DNA
yang benar, pada segmen
Polimerase III
dilakukan oleh yang belum
DNA lengkap
Polimerase I
 Proses Terminasi
replikasi
Protein Tus
akan
berfungsi Enzim
berhenti saat
untuk helikase dan
enzim
menghalangi protein SSB
helikase
jalan enzim akan jatuh
bertemu
helikase
dengan
Protein Tus
Perbedaan Prokariotik &
Eukariotik
Enzim yang Terlibat
• DNA polimerase : enzim utama yang
mengkatalisis polimerisasi nukleotida menjadi
untaian DNA
• Enzim Primase : mengkatalisis sintesis primer
untuk memulai replikasi DNA
• Enzim Girase : memutar untaian DNA sehingga Terminasi
ketegangan pilinan menurun
• Enzim Helikase : membuka untaian DNA
• DNA Ligase : menyambung fragmen-fragmen
DNA
Transkripsi
RNA

67
Inisiasi Elongasi Terminasi
 Inisiasi

RNA polimerase
RNA polimerase
menempel pada
mulai bergerak untuk
promoter dengan
membuka DNA
bantuan faktor sigma
 Elongasi

Hibrid RNA-DNA
bersifat sementara,
RNA mengalami
setelah RNA
pertumbuhan
polimerase berjalan,
memanjang dari arah
DNA yang terbuka
5’ ke 3’
akan menutup
kembali
 Terminasi

RNA polimerase
berhenti saat RNA terlepas dan
menemui urutan terbentuklah mRNA
basa yang disebut yang baru.
terminator
Perbedaan Prokariotik & Eukariotik
Pada dasarnya mekanisme transkripsi pada prokariotik
dan eukariotik sama. Namun ada beberapa perbedaan
pada sel eukariotik, yaitu:
× Pada eukariotik terdapat beberapa macam gen dan
dari setiap gen tersebut dibutuhkan RNA polimerase
yang berbeda-beda
× RNA polimerase tidak menempel secara langsung,
melainkan melalui faktor transkripsi
× Transkripsi RNA berlangsung di dalam nukleus
× Memiliki proses yang dinamakan pasca-transkripsi
 Proses
Pasca-
Transkripsi
73
 Pasca-
Transkripsi

Capping
Trimming
 Splicing

Proses
Pemotongan
pembuangan Penyambungan
dilakukan oleh
intron dan dilakukan oleh
enzim
penyambungan enzim ligase
spliceosome
ekson
 Poliadenilasi

Poliadenilasi merupakan
proses penambahan poliA
(rantai AMP) pada ujung 3’
nukleotida mRNA
 Capping adalah proses
penambahan tudung
(cap) pada ujung 5’
mRNA
Capping
Tudung mRNA mempunyai fungsi sebagai berikut:
× Melindungi mRNA dari degradasi
× Meningkatkan efisiensi translasi mRNA
× Meningkatkan pengangkutan mRNA dari nukleus
ke sitoplasma
× Meningkatkan proses splicing mRNA
ANALISIS ASAM
NUKLEAT
Analisis kualitatif merupakan analisis yang menghasilkan
beberapa susunan klasifikasi genetik dan karakteristik
yang ada pada sampel uji.

STAINING
ANALISIS
ELEKTROFORESIS
GEL KUALITATIF
ANALISIS
SENTRIFUGASI
KUALITATIF

BLOTTING /
HIBRIDISASI

DNA SEQUENCING
STAINING

81
Staining adalah proses identifikasi adanya DNA atau
RNA dengan memberikan pewarna (dye) ke dalam
sampel dan menganalisis warna untuk mengidentifikasi
adanya DNA maupun RNA.
TUJUAN
1. Mengetahui apakah sampel termasuk sel hidup atau
tidak dengan mendetesi keberadaan DNA. STAINING
2. Mengetahui apakah sampel berada dalam siklus
proses sintesis protein dengan mendeteksi
keberadaan RNA.
3. Untuk mengetahui letak nukleus.
4. Untuk mengetahui siklus sel
PEWARNA YANG DIGUNAKAN
 Etidium bromida
Pewarna ini dapat digunakan dalam gel,
baik pada larutan penyangga elektroforesis
ataupun pada gel. Molekul menempel pada
rantai DNA dan bersifat fluoresens di
bawah cahaya UV. EtBr berikatan di antara
basa hidrofobik pada nukleotida DNA dan
memendarkan warna kuning atau jingga
pada panjang gelombang 290 nm.
 SYBR Gold
SYBR Gold digunakan untuk DNA rantai
tunggal, rantai ganda, atau RNA. SYBR
Gold merupakan salah satu alternatif
pewarna etidium bromida dan dinilai lebih
sensitif daripada pewarna etidium bromida.
PEWARNA YANG DIGUNAKAN
 SYBR Green
SYBR Green I lebih cocok untuk
digunakan pada DNA rantai ganda,
sedangkan SYBR Green II lebih cocok
digunakan untuk DNA rantai tunggal or
RNA.
 SYBR Safe
SYBR Safe merupakan pewarna yang
lebih aman daripada pewarna etidium
bromida dan pewarna SYBR lainnya.
Pewarna ini tidak bersifat beracun dan
aman untuk dibuang langsung ke dalam
sistem pembuangan limbah.
PEWARNA YANG DIGUNAKAN
 Eva Green
Pewarna hijau-fluoresens yang digunakan
pada PCR (Polymerase Chain Reaction).
Pewarna ini cocok digunakan untuk gel
yang memiliki titik leleh yang rendah. Eve
Green bersifat sangat stabil di dalam suhu
tinggi dan memiliki tingkat fluoresens
yang tinggi saat berikatan dengan DNA.
 Acridin Orange
Untuk analisis RNA, AO akan tereksitasi
pada 460 nm dan memancarkan emisi 650
nm (merah), untuk analisis DNA, AO akan
tereksitasi pada 502 nm dengan emisi 565
nm dan memancarkan warna hijau.
ELEKTROFORESIS
GEL

86
 Teknik elektroforesis digunakan untuk memisahkan
molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat
migrasinya dan mempurifikasi makromolekul.

 Prinsip dasar elektroforesis adalah pergerakkan molekul

bermuatan dalam medan listrik, dimana diketahui bahwa
DNA bermuatan negatif. Dalam hal ini asam nukleat
yang bermuatan negatif akan menuju elektroda positif.

 Terdapat 2 gel yang dapat digunakan

- Gel agarose ideal digunakan untuk pemisahan DNA,
produk PCR, dan gen DNA atau RNA sebelum dilakukan
kloning, pengurutan (sequencing), Southern atau Northern
Blotting.
- Gel poliakrilamida dapat digunakan untuk elektroforesis
gel poliakrilamida atau PAGE.
LANGKAH – LANGKAH
1. DNA dipotong-potong dengan enzim restriksi,
kemudian diletakkan dalam media agar, pada kutub
negatif.
2. Sampel diberi pemberat berupa larutan buffer seperti
polietilenglikol atau gliserin, bromofenol biru dan
aquades agar dapat masuk ke gel dengan baik.
3. Gel dialiri listrik dan sampel DNA akan bergerak
menuju kutub positif. Semakin panjang rantai DNA
maka semakin banyak pula waktu yang dibutuhkan
untuk menuju kutub positif.
4. Kemudian sampel diberi warna (staining) agar dapat
terlihat jelas.
SENTRIFUGASI

89
 Prinsip utama sentrifugasi adalah
memisahkan substansi berdasarkan berat
jenis molekul dengan cara memberikan
gaya sentrifugal sehingga substansi yang
lebih berat akan berada di dasar, sedangkan
substansi yang lebih ringan akan terletak di
atas.
 Terdapat dua macam sentrifugasi, yaitu :
a. Sentrifugasi zonal, partikel akan terpisah
pada lapisan (zone) yang berbeda sesuai
dengan ukurannya.
b. Sentrifugasi keseimbangan gradient-
densitas, partikel akan terpisah pada lapisan
cairan yang densitasnya sama dengan
densitas partikel;
BLOTTING /
HIBRIDISASI

91
Blot adalah suatu teknik memindahkan
bagian protein yang telah dipisahkan,
RNA atau DNA dari gel ke lembaran
tipis atau matriks membran. Blot
analysis bermanfaat untuk
mengidentifikasi bentuk berbeda,
menentukan memasukkan atau
menyisipkan jumlah salinan dan untuk
mendeteksi jumlah penyusunan DNA
yang mengalami perubahan.
JENIS – JENIS BLOTTING
 Southern Blotting
Metode untuk menganalisis urutan DNA
tertentu dalam sampel DNA.
Southern blotting digunakan untuk
penemuan gen dan pemetaan DNA,
evolusi dan studi pengembangan,
forensik, diagnostik, dan modifikasi
organisme.
JENIS – JENIS BLOTTING
 Northern Blotting
Northern Blotting digunakan untuk menganalisis
urutan RNA (RNA sequence) tertentu di antara
kumpulan molekul RNA.
RNA dipisahkan berdasarkan ukuran dan
kemudian
ditransfer ke membran yang kemudian diperiksa
dengan pelengkap berlabel urutan kepentingan
tertentu.
Metode untuk menemukan gen tertentu di dalam
DNA terdenaturasi yang berasal dari kromosom utuh
dengan menggunakan suatu probe.
Probe adalah sekuens asam nukleat yang telah diberi
label atau penanda untuk mendeteksi basa nitrogen
dalam sekuens sampel DNA ataupun RNA. Probe
biasanya berupa mRNA atau single strained DNA
(ssDNA). Probe biasanya terdiri dari 20-30 untaian
basa dan diberi penanda radioaktif atau penanda
pendar. Teknik hibridisasi meliputi dua proses, yaitu:
 Denaturasi (pemisahan dua rantai asam nukleat).
HIBRIDISASI
DNA sampel dipisahkan menjadi rantai tunggal,
biasanya dengan pemanasan, mengubah pH larutan,
atau menggunakan enzim restriksi.
 Renaturasi (perpaduan kembali dua rantai asam
nukleat). Probe dipasangkan dengan DNA sampel dan
kemudian dia analisis. Dilakukan dengan cara
pendinginan.
Berdasarkan objek pengamatannya, hibridisasi
dibedakan menjadi:
 Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)
Menggunakan probe yang mengandung komponen
ber-fluoresen. Komponen ini dapat berpendar jika
dikenakan sinar UV sehingga lokasi gen yang
dicari dapat diketahui.
HIBRIDISASI
 Genomic In Situ Hybridization (GISH)
Komponen yang menjadi probe adalah keseluruhan
genom DNA dari suatu spesies. Metode ini
digunakan untuk memeriksa penyebaran genomic
DNA interspesies dan organisasi sekuensnya.
 DNA
SEQUENCING

97
DNA SEQUENCING
Metode ini untuk mengetahui urutan basa nukleotida, yakni adenin, guanin,
citosin, dan timin pada DNA yang relatif pendek sehingga dapat diketahui kode
genetik dari molekul DNA.

Terdapat 2 metode, yaitu:

 Maxam – Gilbert / metode degradasi
kimia, yaitu urutan DNA ditentukan
melalui penambahan bahan kimia yang
memotong DNA pada nukleotida spesifik.

 Sanger / metode terminasi rantai, yaitu

urutan DNA ditentukan melalui sintesis
enzimatik dari untaian komplementer yang
berakhir pada posisi spesifik.
DNA SEQUENCING
Analisis kuantitatif membahas mengenai bagaimana
menghitung kemurnian dan konsentrasi dari DNA atau
RNA yang sedang diuji ANALISIS
KUANTITATIF
SPEKTOFOTOMETRI

PCR
ANALISIS
KUANTITATIF SAGE

DNA MICROARRAY
SPEKTROFOTOMETRI

10
1
Spektrofotometri adalah suatu metode analisis untuk mengukur
konsentrasi senyawa berdasarkan kemampuan senyawa tersebut
mengabsorbsi berkas sinar atau cahaya.

SPEKTOFOTOMETRI SINAR TAMPAK SPEKTOFOTOMETRI UV - VIS

Spektroskopi Sinar Tampak Spektroskopi UV-Vis

Sinar tampak UV dan sinar tampak

Panjang gelombang 380-750 Panjang gelombang 190-380

nm nm

Sampel harus berwarna Sampel tidak harus berwarna

10
2
Pita ganda DNA/RNA dapat
menyerap cahaya UV pada 260 nm,
sedangkan kontaminan protein atau
fenol pada 280 nm. Dalam hal ini,
kemurnian DNA berkisar Antara 1.8 – Menghitung konsentrasi DNA:
2.0. [𝐷𝑁𝐴] = Å260 × 50 × 𝑓𝑎𝑘𝑡𝑜𝑟
𝑝𝑒𝑛𝑔𝑒𝑛𝑐𝑒𝑟𝑎𝑛
Å260
𝑘𝑒𝑚𝑢𝑟𝑛𝑖𝑎𝑛 =
Å280 Menghitung konsentrasi RNA:
[𝑅𝑁𝐴] = Å260 × 40 × 𝑓𝑎𝑘𝑡𝑜𝑟
𝑘𝑒𝑚𝑢𝑟𝑛𝑖𝑎𝑛 < 1.8 → 𝑖𝑠𝑜𝑙𝑎𝑠𝑖 𝑏𝑒𝑙𝑢𝑚 𝑝𝑒𝑛𝑔𝑒𝑛𝑐𝑒𝑟𝑎𝑛
𝑚𝑢𝑟𝑛𝑖
𝑘𝑒𝑚𝑢𝑟𝑛𝑖𝑎𝑛 > 2.0 → 𝑛𝑖𝑙𝑎𝑖 𝑑𝑑𝐻2𝑂
𝑦𝑎𝑛𝑔 𝑑𝑖𝑎𝑚𝑏𝑖𝑙 𝑙𝑒𝑏𝑖h 𝑏𝑎𝑛𝑦𝑎𝑘 𝑑𝑎𝑟𝑖
𝐷𝑁𝐴/𝑅𝑁𝐴 10
3
 PCR
(Polymerase Chain Reaction)

10
4
PCR merupakan teknik perbanyakan
(amplifikasi) potongan DNA secara in
vitro pada daerah spesifik yang dibatasi
oleh dua buah primer oligonukleotida.

Fungsi utamanya ialah melakukan

penggandaan DNA dengan bantuan enzim
polymerase.

PCR diaplikasikan untuk isolasi gen, DNA

sequencing, forensic, dan diagnose
penyakit.

10
5
JENIS – JENIS PCR
 REAL TIME PCR
Suatu teknik pengerjaan PCR di laboratorium untuk
mengamplifikasi (memperbanyak) sekaligus menghitung
(kuantifikasi) jumlah target molekul DNA hasil amplifikasi
tersebut.

 Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction

(RT-PCR)
Perbedaannya dengan PCR yang biasa adalah pada proses ini
berlangsung satu siklus tambahan yaitu adanya perubahan
RNA menjadi cDNA (complementary DNA) dengan
menggunakan enzim reverse transkriptase.
10
6
SAGE (Serial Analysis of Gene
Expression)

10
7
DNA Microarray adalah suatu metode
yang digunakan untuk menganalisa
ekspresi gen dalam jumlah besar secara
simultan dan dalam satu kali eksperimen
saja karena metode ini dapat menyaring
ribuan gen dalam satu eksperimen saja.

DNA Microarray (DNA array) dikenal

juga sebagai Chip-DNA, karena
menggunakan lempengan kecil (chip)
dari kaca yang diatasnya ditata sejumlah
ribuan jenis gen dalam bentuk fragmen
DNA hasil penggandaan dari cDNA.
10
8
TERIMA KASIH