En eucariontes la información genética está almacenada como DNA de doble hebra en el
núcleo, el cual ocupa aprox. 10% del volumen celular El núcleo está rodeado por una envoltura nuclear o carioteca formada por una doble membrana correspondiente a una membranas interna y otra externa La carioteca presenta poros nucleares por donde pasan los RNAm y RNAr unidos a proteinas, los factores de transcripción, proteínas de la replicación, etc. La carioteca está sostenida internamente por una fina lámina de filamentos intermedios de tipo V conformados por proteínas láminas y externamente por filamentos intermedios La carioteca está conectada directamente con el retículo endoplásmico EL EMPAQUETAMIENTO DEL DNA Las células eucariontes contienen DNA de doble hebra de aprox. 2 metros de largo y el núcleo sólo tiene 6 µm de diámetro. Esto equivale a empaquetar una fibra delgada de 40 km en una pelota de tenis. Los procariontes tiene un genoma más pequeño que los eucariontes (600-1000 veces menor en tamaño) pero igual el DNA de doble hebra tiene que caber en una célula que tiene sólo algunos µm de diámetro. Esto implica que el DNA está altamente compactado LOS CROMOSOMAS Las células humanas contienen 24 cromosomas lineales conformados por 3200 millones de pares de bases las cuales están empaquetadas como cromatina con proteínas específicas. Los cromosoma humanos son 22 cromosomas autosómicos que están dos copias y dos cromosomas sexuales que corresponden a XX en mujeres y XY en hombres. Por lo tanto, el cariotipo humano está compuesto por 46 cromosomas (22 pares de cromosomas autosómicos y 2 cromosomas sexuales) y es un genoma diploide. Las células procariontes contienen un sólo cromosoma circular formado por 4-5 millones de pares de bases empaquetado también con proteínas específicas pero poco conocidas y distintas a las proteínas de la cromatina eucarionte TINCION DE CROMOSOMAS
Los cromosomas en forma de
cromatina condensada pueden ser teñidos con colorantes que muestran patrones de bandeo característicos. El colorante Hoechst tiñe zonas ricas en A-T y muestra las bandas G (Giemsa) y el colorante olivomicina tiñe zonas ricas en G-C y muestra las bandas R (Reversas). Cada especie tiene un juego de cromosomas que presenta un bandeo G y R específico el cual permite identificar cada uno de los cromosomas del cariotipo.
BANDAS G DE CROMOSOMAS HUMANOS
NUMERO DE CROMOSOMAS COMPLEJIDAD DE LOS GENOMAS Y NUMERO DE CROMOSOMAS Las células humanas tienen 46 cromosomas, un venado tiene 6 cromosomas, una carpa tiene 100 cromosomas y la levadura (eucarionte inferior) tiene 16 cromosomas. El tamaño del genoma humano es 200 veces mayor que el de levadura y 600 veces mayor que el E. coli. Sin embargo, el genoma humano es 30 veces más pequeño que el de muchas plantas y 200 veces menor que el de una ameba. Esto último se explica por la abundancia de secuencia no codificantes en las últimas especies. Por lo tanto, el número de cromosomas y el tamaño del genoma no guardan relación con la complejidad del organismo o célula
Los cromosomas de levadura
LOS CENTROMEROS, TELOMEROS Y ORIGENES DE REPLICACION En eucariontes cada cromosoma lineal tiene varios orígenes de replicación que corresponden a secuencias ubicadas a lo largo del cromosoma y que permiten la unión de la maquinaria de replicación. El cromosoma circular de procariontes tiene un sólo origen de replicación. Hacia el centro de cada cromosoma lineal se ubica una secuencia denominada centrómero la cual permite la unión del cromosoma al haz mitótico y la separación posterior de las cromátidas (cromosoma duplicado y condensado). En los extremos del cromosoma lineal se ubica una secuencia denominada telómero que contienen secuencias repetidas que permiten que el cromosoma se replique eficientemente LOS GENES EN LOS CROMOSOMAS Aquí se presenta un segmento del cromosoma 22 humano y la disposición de los genes en un segmento de éste. Se observa también el detalle de un gen humano el cual está interrumpido por múltiples secuencias no codificantes (intrones), lo cual es muy común en humanos LAS SECUENCIAS NO CODIFICANTES Más de la mitad del genoma humano está compuesto por secuencias que no aportan a la expresión génica. Estas secuencias “basura” corresponden a secuencias retrovirales repetidas miles de veces, a secuencias de tranposones, segmentos duplicados y repetición de secuencias cortas. La otra mitad corresponde a secuencias regulatorias ubicadas delante de los genes, a intrones y sólo el 2% son secuencias codificantes (exones). LA CROMATINA En eucariontes, el DNA de doble doble hebra se encuentra compactado en forma de cromatina mediada por el enrollamiento en torno a proteínas pequeñas (102 a 135 aa) muy alcalinas (20 a 30% de lys y arg) denominadas histonas junto a proteínas no histónicas que median mayores grados de compactación. Al microscopio electrónico, la cromatina amorfa del núcleo interfásico se observa como una fibra de 30 nm y si ésta se trata con fuerza iónica se obtiene la fibra de 10 nm
Fibra de 30 nm
Fibra de 10 nm LA FIBRA DE 30 NM
La fibra de 30 nm es una forma
de cromatina más condensada que la fibra de 10 nm y para su formación se requiere de la histona H1. En la fibra de 30 nm cada giro contiene 6 nucleosomas enrollados de manera adyacente. LA FIBRA DE 10 NM
La fibra de 10 nm es la forma más descondensada de la cromatina y se observa al
microscopio electrónico como un collar de perlas. La fibra de 10 nm está compuesta por el DNA de doble hebra enrollado alrededor de esferas compuestas por un octámero de histonas (2 monómeros de las histonas H2a, H2b, H3 y H4). El DNA de doble hebra se enrolla espontáneamente alrededor del octámero de histonas y forma un nucleosoma. El tamaño del DNA enrollado alrededor del octámero de histonas es de 146 pb. La fibra de 10 nm puede ser cortada con nucleasa micrococal que digiere el DNA de doble hebra que no está asociado a proteínas y permite liberar un fragmento de DNA de aprox. 200 pb junto con el octámero de histonas. DIGESTION CON NUCLEASA MICROCOCAL La nucleasa micrococal requiere Ca+2 para cortar la cromatina entre los nucleosomas. La digestión por la nucleasa se detiene agregando EGTA, el cual quela el Ca+2. Una digestión breve con nucleasa micrococal genera una familia de fragmentos de DNA de 200 pb y múltiplos de este fragemento. Una digestión larga genera sólo fragmentos de 200 pb. El DNA y las histonas de los nucleosomas se disocian agregando fueza iónica. La cromatina se descondensa y solubiliza agregando NaCl 0.7 M porque se libera la histona H1. La cromatina se condensa y precipita bajando la fuerza iónica a 0.15 M NaCl porque la histona H1 interacciona fuertemente con el octámero de histonas. FRAGMENTOS DE DNA E HISTONAS ASOCIADAS AL OCTAMERO
DNA asociado a nucleosomas Histonas linfocitos de bazo de rata
gel de agarosa al 1 % gel de acrilamida al 12% LAS HISTONAS ENSAMBLAJE DE UN NUCLEOSOMA
El ensamblaje del octámero de histonas
es espontáneo (no requiere ATP), así como el enrollamiento del DNA en torno al octámero. El DNA se enrolla de manera espontánea girando hacia la izquierda y dando 1.65 vueltas en torno al octámero de histonas y forma así un nucleosoma Las histonas del octámero tocan el DNA principalmente en zonas ricas en A-T ubicadas en el zurco menor. Las zonas ricas en A-T son más flexibles que las zonas ricas en G-C. ENSAMBLAJE DEL OCTAMERO DE HISTONAS El octámero de histonas tiene una masa molecular de 100 kDa y se forma por asociación de dos dímeros de histonas H3-H4 y dos dímeros de histonas H2a-H2b. Todas las histonas presentan tres alfa-hélices conectadas por dos loops y un extremo amino terminal sin estructura secundaria que sobresale del octámero. La secuencia primaria de las histonas es muy conservada, por ej. la histona H4 de una arveja sólo difiere en 2 aa de los 102 aa de la histona H4 de una vaca. El genoma humano diploide requiere la formación de 30 millones de nucleosomas por lo que la cantidad de histonas en una célula es enorme. Los genes de histonas están presente en miles de copias y son altamente expresados LA FIBRA DE 30 NM Y LA HISTONA H1 COMPACTACION DE LA CROMATINA PARA FORMAR CROMOSOMAS
La formación de la fibra de 10 nm permite
la compactación en 7 veces del ADN. La formación de la fibra de 30 nm a su vez permite una compactación de 100 veces más. Para formar los cromosomas, la cromatina debe compactarse 100.000 veces para lo cual la fibra de 30 nm debe enrollarse formando 6 loops para constituir una roseta solenoidal. Esto último requiere que la histona H1 esté fosforilada en 5 serinas y que los loops se unan a la matriz nuclear. Luego, las 30 rosetas forman un giro y finalmente 10 giros constituyen una cromátida. UNION DE OTRAS PROTEINAS A LA CROMATINA REMODELAMIENTO DE LA CROMATINA
En las células eucariontes existen varios complejos de remodelamiento de la cromatina
formados por varias subunidades y que requieren hidrólisis de ATP para su funcionamiento. Estos complejos mueven los nucleosomas y permiten que proteínas involucradas en la expresión génica, replicación y reparación se unan al DNA. MODIFICACION DE HISTONAS Y FUNCIONES
El extremo amino terminal de las
histonas puede sufrir varios tipos de modificacioes covalentes. Estas modificaciones son la acetilación y metilación de lisinas y la fosforilación de serinas La acetilación descompacta la cromatina y permite la unión de factores de transcripción. La acetilación y desacetilación de las histonas en el nucleosoma está mediada por acetil trasferasas (HAT) y desacetilasas (HDAC) nucleares. La metilación, por el contrario, compacta la cromatina e impide la transcripción de ciertas zonas del DNA. La combinación de acetilación, metilación y fosforilación de los extremos amino terminales de las histonas serviría como señal de que diversos procesos celulares han ocurrido.