ASPEK FISIKA

dalam
BIOLOGI MOLEKULER

Iswahyudi
Kuliah Modul Biokimia
PSPD Untan
2012
Hukum Stoke
 George Gabriel Stokes, terkenal karena
merumuskan gerakan partikel pada cairan
viscous,
 Rumusan tsb menunjukkan besaran gaya
yang diperlukan untuk menggerakkan suatu
partikel kecil melalui cairan yang tidak
mengalir/diam pada suatu kecepatan
tertentu.

2
 Menurut Hukum Stoke, kecepatan
sedimentasi (v) dari suatu partikel dalam
medium cairan dengan viskositas η adalah :
2 𝑔 𝑟 2 𝜌1 − 𝜌2
𝑣=
9𝜂

 dimana r adalah radius partikel , ρ1

densitas partikel dan ρ2 adalah densitas
medium cairan , dan g konstanta gravitasi.

3
Aplikasi hukum Stoke
 pada stabilitas sediaan suspensi
 Suspensi adalah sediaan cair yang
mengandung bahan obat padat-tidak
larut dalam air, terdispersi secara
merata dalam larutan
 terdiri dari dua fase
 fase terdispersi  bahan obat
 fase pendispersi  pelarut

4
Faktor yang menentukan sedimentasi:

 ukuran partikel
 densitas partikel
 densitas larutan pendispersi
 viskositas larutan pendispersi
Sifat ideal suspensi
 fase terdispersi tidak cepat mengendap
 saat fase terdispersi mengendap, endapan
yang terbentuk pada bagian bawah wadah
obat, tidak membentuk masa menggumpal
yang sukar larut, akan tetapi dapat dengan
mudah terdispersi kembali dengan sedikit
pengocokan

6
 Agar meminimalisir terbentuknya endapan
yang sukar larut (caking) maka formulasi
sediaan suspensi dibuat dalam sistem
flokulasi
 Flokulasi : susunan partikel dalam
konfigurasi bebas terbuka

sistem a. terdeflokulasi dan b terflokulasi

7
Bahan2 yang dapat mengontrol
flokulasi
 ditambahkan dengan tujuan meningkatkan
viscositas cairan, sehingga dpt menghambat
pergerakan partikel
 bahan suspending agent spt :tragakan, gom
 polimer sellulosa spt: carboxymethylcellulose
Na (CMC Na)

8
ELEKTROFORESIS
 Elektroforesis adalah pergerakan partikel
bermuatan melalui cairan elektrolit yang
diberikan aliran listrik.
 Kation menuju katoda
 Anion menuju anoda
 Solut akan terpisah berdasarkan
kecepatannya melintasi medan listrik.
 Umum digunakan untuk analisis biologi
terutama pemisahan protein, peptida dan
asam nukleat
9
Faktor yang berpengaruh
Kecepatan migrasi solut dalam medan listrik tgt
pada :
 1) Total muatan partikel
 2) Mass dan bentuk partikel
 3) pH media
 4) Kekuatan medan listrik
 5) Sifat media penunjang
 6) Temperature
Electrophoretic Mobility
 Electrophoretic mobility didefinisikan sbg
kecepatan migrasi (cm/sec) per unit kekuatan
medan listrik (Volts/cm)
 𝑄
𝜇=
 6𝜋 𝑟 𝜂 µ- mobilitas elektroforesis
Q-muatan total ion
r- jari-jari ionik dari solut
η- Viscositas media
Electrophoretic mobility
 Berbanding lurus dgn total muatan, dan berbanding
terbalik dgn ukuran molekul dan viskositas media
elektroforesisi.
 pH larutan mempengaruhi mobilitas ion
 Protein, nucleic acids, nukleotida dan asam
amino mempunyai gugus polar, shg cocok untuk
dilakukan elektroforesis
 Karbohidrat tidak memiliki muatan, terlebih dahulu
diikat ke senyawa yang bermuatan spt: Borat atau
Sulfit, baru kmd bisa dielektroforesis.
 Lipid tidak bisa di elektroforesis, karena arus
listrik membutuhkan larutan yang polar,
sementara lipid tidak bisa larut dalam pelarut
polar
Peralatan Electrophoresis
Terdiri dari
1) Buffer tank –untuk menampung buffer
2) Buffer
3) Electrodes- terbuat dari platina atau karbon
4) Power supply
5) Support media

Note-Pemilihan buffer tgt sifat bahan yang akan

dipisahkan dan listrik dialirkan pada besaran
arus dan voltase listrik yang konstan.
Gel Electrophoresis
 The term "gel" in this instance refers to the matrix
used to contain, and then separate the target
molecules
 In most cases the gel is a cross linked polymer whose
composition and porosity is chosen based on the specific
weight and composition of the target to be analyzed.
 A gel block made of Polyacrylamide, Agarose or
substituted starch gel is used in this method as the solid
support
 Agar gel is used for separation of different types of
protein mixtures as well as nucleic acids
 Polyacrylamide is most suitable for separation of
nucleic acids. It is also frequently used in separating
proteins, peptides and amino acids from microgram
quantities of mixed samples
Agarose gel electrophoresis
 Commonly used support medium
 Less expensive than cellulose acetate
 Equally good separation
 Agar is a complex acidic polysaccharide
containing monomers of sulfated galactose
 Agarose is a sulfate free fraction of Agar
 Gel is prepared in buffer and spread over a
microscopic slide
 A small sample of serum or biological fluid is
applied by cutting in to the gel with a sharp edge
 The electrophoretic rum takes about 90 minutes
Poly Acrylamide Gel Electrophoresis
PAGE
 Most popular type
 Polyacrylamide is a polymer formed when
acrylamide is heated with a variety of
catalysts with or without cross linking agents
 It is thermostable, transparent, strong and
relatively chemically inert
 Gels are uncharged and are prepared in a variety
of pore sizes
 Proteins are separated on the basis of charge
to mass ratio and molecular size, a
phenomenon called Molecular sieving.
 film gel elektroforesis

17
VISUALISASI
 Setelah selesai elektroforesis, molekul di dalam
gel diberi perlakukan untuk penampakan yang
lebih baik.

 Ethidium bromide, silver, atau coomassie

blue dye umum digunakan.

 Jika molekul analit dapat berfluorescense

dibawah sinar UV, maka hasil dpt difoto
dibawah sinar UV. Jika molekul yang dipisahkan
mengandung bahan radioaktif yang sengaja
ditambahkan untuk penampakan, amak
autoradiogram dapat direkan pada gel
elektroforesis.
KROMATOGRAFI
 Berasal dari bhs Yunani Chroma berarti
warna dan graphein berarti menulis.

Kromatografi merupakan istilah kolektif untuk

sekumpulan teknik analisis kimia terutama
pada pemisahan senyawa.

19
 Dasar kromatografi adalah pada prinsip
pembagian (partisi) dari suatu solut diantara
dua fase/larutan yang berbeda.
 Kromatografi melibatkan adanya :
 fase gerak (mobil phase) dan
 fase diam (stationery phase)

20
 Fase gerak umumnya merupakan bahan atau
campuran bahan, untuk melarutkan/
memisahkan sampel. Bentuknya bisa berupa
cair gas.
 Fase diam merupakan matriks padat, dimana
sampel yang terbawa oleh fase gerak akan
melewati dan berinteraksi dengan fase diam

21
VIDEO KROMATOGRAFI

22
perkembangan teknik kromatografi
Fase diam Fase gerak Jeniis Kromatografi
kertas cair K. kertas
Lempengan plat tipis cair K. Lapis tipis
terimpregnasi silika gel
Silika dalam wadah cair K. kolom
kolom
Silika dalam wadah cair K cair tekanan tinggi
kolom berdiameter (HPLC = High
kecil Performance Liquid
Chromatography
Silika dalam wadah gas K. Gas
kolom berdiameter
kecil

23
 Adsorption chromatography

The substance loosely adsorbed to the stationary medium comes in the earlier
fraction. Biochemistry of Medics 24
Gel filtration chromatography-
An Overview

Biochemistry of Medics 25
Larger particles come out first, while smaller particles come in later
fractions
Gas liquid chromatography-Apparatus

Biochemistry of Medics 26
 High performance liquid
chromatography- Apparatus

Biochemistry of Medics 27