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Le modèle levure

Saccharomyces cerevisiae

Modèles génétiques 2016


HISTORIQUE
CIVILATION SUMÉRIENNE : 4000 av JC

Enki, dieu sumérien des


agriculteurs, père de
Ninkasi, déesse de la bière
Offrande de la bière à la déesse Nin-Harra, (SIKARU)
Sumer 3000 à 2800 av. J.C

EGYPTE : 2000 av JC CHINE


Galettes de céréales (orges, « t'ien tsiou » bière verte non entièrement
millet, épeautre émiettés et fermentée et faible en alcool
mouillés => fermentation et « tsiou » une bière finie plus forte en
récolte de la bière ainsi alcool
produite (ZYTHUM CURMI)

EMPIRE GRECO ROMAIN


Introduction dans la péninsule ibérique =>
diffusion en Gaulle : CERVOISE puis en
germanie
HISTORIQUE
MOYEN AGE
Charlemagne : Contribution majeure des moines dans l’évolution du métier
de brasseur (droit de Gruyt reversée aux moines par les laïcs)

Le pain prend de plus en plus de place dans l’alimentation

RENAISSANCE
1435 : Le houblon s’impose comme arôme principal
de la bière
1489 : Le mot bière (qui vient de « bier ») apparaît
pour la première fois dans une ordonnance qui
réglemente le commerce des cervoises
HISTORIQUE

XVIIème : les boulangers utilisent la levure de bière liquide = pain amère


HISTORIQUE
Autriche
1847 : à Vienne levure adaptée à la panification = pain viennois
1867 : procédé viennois de production de levure de boulangerie

Point de départ de l’histoire de la levurerie


HISTORIQUE
Groupe Lesafre : leader mondial dans le domaine de la levure
et de la panification. Fournisseur d'extraits de levure et de
levure de boulangerie.

1853 : Louis Lesaffre-Roussel et


Louis Bonduelle-Dalle créent une
distillerie d’alcool de grains et de
genièvre à Marquette-lez-Lille.

1895 : Naissance de la marque de levure


l’hirondelle

2001 : Création de Lesaffre International


HISTORIQUE
À partir de 1854 : Louis Pasteur étudie des fermentations
découvre le rôle des micro-organismes et démontre l'inexistence de la génération spontanée
Un monde très divers…
A quoi ça ressemble ?
10 mm

Candida albicans Saccharomyces cerevisiae


Kluyveromyces lactis

10 mm

Schizosaccharomyces pombe

Candida glabrata Yarrowia lipolytica


A quoi ça ressemble ?
Saccharomyces cerevisiae
A quoi ça ressemble ?
Paroi
20 % du poids sec
épaisseur 200nm
protéines et polysaccharides
nécessaire à la forme et la rigidité
interaction avec le milieu extérieur

Vacuole
Équivalent du lysosome des mammifères

Péroxysome
Assimilation des acides gras
A quoi ça ressemble ?

Noyau
1µm
16 chromosomes (12,5Mb)
Mitose : pas de rupture de
l’enveloppe nucléaire
Nucléole en forme de croissant

Mitochondrie
20% du poids sec
Son cycle de vie et sa "reproduction"
* cycle de vie :

α
1h30
a
Bourgeonnement axial
Bourgeonnement bipolaire

fin
Son cycle de vie et sa "reproduction"
*conjugaison :

3/Formation du zygote

1/Reconnaissance du 2/Synchronisation du
attachement
signe opposé : cycle cellulaire :
des celllules
Phéromones Arrêt en G1
Polarisation des fusion
cellules: : Shmoo cellulaire

fusion
nucléaire

cycle
Son cycle de vie et sa "reproduction"
*détermination du signe sexuel

(119aa) (126aa)

(642pb)

(210aa) (175aa)

W X (747pb) Z1 Z2
Son cycle de vie et sa "reproduction"
Switch sexuel à chaque division cellulaire
Son cycle de vie et sa "reproduction"

Comment ça marche ?

cycle
Intérêts comme modèle génétique

Peu cher
Facile à utiliser et conserver
Peut se congeler à -80°C
Cycle de division très rapide (1h30 par génération) =
croissance exponentielle
Permet des études statistiques

Permet de trouver des étudiantes à qui on peut piquer


les power points: merci M. Crapeau !
Comment la cultiver ?
Sur des boites de pétri

À 30°C
Comment la cultiver ?
En culture liquide

À 30°C
avec agitation
Génétique formelle
Haploïde 1 Haploïde 2
DP :

croisement
diploïde
DR :

sporulation
(méiose)

tétrades T:
1 2 3 4 5 6

Ditypes parentaux ?
Ditypes recombinés ? 1/relation entre les gènes : établir des cartes génétiques
Tétratypes ? 2/sélection de souches mutantes
Génétique formelle
1/relation entre les gènes : Carte génétique détaillée de Saccharomyces cerevisiae

Microbiol Rev. 1980 December; 44(4): 519–571.Copyright notice


Genetic map of Saccharomyces cerevisiae.R K Mortimer and D Schild
Génétique formelle
2/Sélectionner des souches mutantes

Haploïde 1 Haploïde 2 DP : Ab
Ab aB Ab
aB
aB
croisement
Ab diploïde
aB AB
DR :
Sporulation AB
(méiose) ab
tétrades ab
1 2 3 4 5 6

T:
AB
Ab
aB
ab
Génétique formelle
Haploïde 1 Haploïde 2 micromanipulateur

croisement
diploïde

sporulation
(méiose)

tétrades
1 2 3 4 5 6

Ditypes parentaux ?
Ditypes recombinés ?
Tétratypes ?
Génétique formelle
Haploïde 1 Haploïde 2
micromanipulateur

croisement
diploïde 1 2 3 4
A
B
sporulation C
(méiose) D

tétrades
tétrades
1 2 3 4 5 6

Ditypes parentaux ?
Ditypes recombinés ?
Tétratypes ?
Génétique formelle
Haploïde 1 Haploïde 2

croisement
diploïde

sporulation
(méiose)

tétrades
1 2 3 4 5 6

https://www.youtube.com/watch?feature=player_embedded&
v=k-4H2QQuShs

Ditypes parentaux ?
Ditypes recombinés ?
Tétratypes ?
Génétique formelle
Génétique formelle
Études fonctionnelles
Études fonctionnelles

Boris Ephrusi

premiers mutants respiratoires à hérédité


cytoplasmique : « petite»
Ephrussi B, Slonimski PP. Subcellular units involved
in the synthesis of respiratory enzymes in yeast.
Nature 1955 ; 176 :1207-9.
Piotr Slominski
Génétique moléculaire
La transformation
La levure est un organisme facile à transformer
Comment ça marche ?

Paroi épaisse

Choc
thermique :
42°C

Acétate de lithium
La recombinaison homologue

* Unique chez les Eucaryotes

* Echange de fragments d’ADN entre deux molécules (d’ADN)


au niveau des séquences nucléotidiques homologues

* Basé sur le système de réparation des cassures doubles brins de l’ADN

*Les facteurs qui favorisent la recombinaison homologue :


- La taille de la région homologue (de 4 à 9 kb, on multiplie par 20 la RH)
- Le fort pourcentage de similitudes
- L’ADN sous forme linéaire (par rapport à circulaire)
La recombinaison homologue

Produit de PCR ou
produit de restriction
enzymatique

chromosome
La recombinaison homologue

GAP repair
Produit de PCR ou
produit de restriction
enzymatique

Plasmide
digéré
Et le génome …
La carte physique du génome de Saccharomyces cerevisiae
Historique de la génomique.
1951 Première séquence de protéine (Insuline, Sanger)

1953 Découverte de la structure en double hélice de l’ADN.

1977 Première méthodes de séquençage à grande échelle d’ADN (Sanger, Maxam, Gilbert)

1978 Premières bases données contenant des séquences biologiques : ACNUC, PIR, EMBL, GenBank.

1981 GenBank contient 270 séquences et 370,000 nucléotides.

1984 Premier Génome Séquencé (EBV) Virus.

1990 Blast, Lancement du programme Génome Humain.

1991 Grail: prediction de génes | Première puce à ADN AFFYMETRIX

1992 Séquence complète du Ch. III de Levure

1995 Premier génome complet non-viral: Bactérie H.Influenza Venter et al.)

1996 Premier Eukaryote séquencé: Le levure S.cerevisiae (consortium européen)

1997 E.Coli et 10 autres génomes bactériens.

1998 Nematode C.elegans, premier Métazoaire. | 2Mb/ jour de qéquences publiées.

2000 Drosophile, Arabidopsis.

2001 Draft du génome humain « complet » premier mammifére.


Et le génome …
Analyse fonctionnelle
EUROFAN I : janvier 1996
(European Functional Analysis Network)
134 laboratoires dans 14 pays

Sélection de 800 gènes orphelins

… …

Délétion des gènes attribués (6-packs)


et 1ère série de tests

Fonction approximative

Groupes de gènes apparentés ou impliqués Laboratoire compétent pour


dans la même voie métabolique analyses plus poussées
Analyse fonctionnelle
EUROFAN II 1999 : Worldwide gene deletion project
Quelques six cents scientifiques issus de 92 laboratoires européens et quatre
laboratoires américains, canadiens et japonais

Banque euroscarf :
-4826 souches de chaque signe sexuel délétées chacune pour un gène non essentiel
-4826 souches diploïdes homozygotes, délétées chacune pour les deux copies d’un gène non essentiel
-environ 6000 souches diploïdes hétérozygotes, délétées chacune pour une des deux copies un gène

Nomenclature

YAR019c CDC15 : allèle sauvage


gène
cdc15-1 : allèle mutant
brin transcrit (”Crick” ou ”Watson”)
n°de l’ORF à partir du centromère Cdc15p : protéine
bras du chromosome gauche (L) ou droit (R)
n°du chromosome (A=I, M=XIII....)
yeast
http://www.yeastgenome.org/ = SGD (Saccharomyces Genome Database)
Construction de la banque EUROSCARF

ATG U1 TAG1 U2 KanMX4 D2 TAG2 D1 TAA

U1 et U2 Commun à TAG1
Spécifique à
l’ensemble des
chaque délétant
délétants
D1 et D2 TAG2
Crible de la banque EUROSCARF

76 plaques de 96 puits 4826 délétées chacune pour


souches ordonnées un gène non essentiel

wt phénotype

Modification du WT
∆ygr088w phénotype ?
∆ygr088w
=> Identification du
partenaire génétique ∆ymr005w
∆ykl154c
∆ymr024c

….. : 4826
transformations
indépendantes
Crible de la banque EUROSCARF

76 plaques de 96 puits
souches ordonnées

phénotype

wt

∆ygr088w
Modification du phénotype ?
Identification des
souches grâce
∆ymr024c
aux tags
TAG1 TAG2
pool x souches

1transformation du pool
Etude de maladies humaines
40% des gènes humains responsables de maladies ont un
homologue chez la levure

Déléter, surexprimer ou muter (mutations connues pour être


liées à la maladie chez l’homme) ces gènes et étudier les
phénotypes associés

Identifier la fonction du gène chez la levure

Utiliser une banque de surexpression ou délétion (EUROSCARF) pour


trouver d’autres gènes en relation avec celui étudié

Ex. L'ataxie de Friedreich : maladie humaine héréditaire récessive


responsable de graves handicaps touchant 50 000 personnes - gène
responsable = frataxine.
Un homologue levurien = yfh1
Etude de maladies humaines
Etude de gènes humains responsables de maladie
mais sans homologues chez la levure

Introduction du gène dans la levure


(sur un plasmide ou intégré dans un chromosome)

surexprimer ou muter (mutations connues pour être liées à la


maladie chez l’homme) ces gènes et étudier les phénotypes
associés

Identifier la fonction du gène chez la levure

Utiliser une banque de surexpression ou délétion (EUROSCARF) pour


trouver d’autres gènes en relation avec celui étudié
Crible de la banque EUROSCARF:
Etude de maladies humaines
Etude de la Huntingtine
Etude de l’-Synucléine : maladie
poly-Glutamine : Chorée
de parkinson
de Huntington

Introduction du gène HUMAIN dans la levure (sur un plasmide)


Toxique

Introduction du gène dans les délétants de la banque


EUROSCARF (sur un plasmide)

Recherche de phénotypes d’aggravation de la toxicité et de


perte de la toxicité

Voies impliquée dans la toxicité


Stress, endocytose, catabolisme Métabolisme des lipides, transport
ubiquitine dépendant vésiculaire