ASAM NUKLEAT

&
SINTESIS PROTEIN

dr. Siti Wasilah,Msi.Med

Bagian Biologi Kedokteran
FK.UNLAM
Molecular Biology Overview

Cell Nucleus

Chromosome

Gene (DNA)
Protein Gene (mRNA),
single strand Graphics courtesy of the National Human Genome Research Institute
PENDAHULUAN
 AS.Nukleat merupakan polimer dari unit-unit ⇒ nukleotida
 Polimer m’bentuk konformasi “double heliks” DNA dan untai
“tunggal nonheliks” pada RNA
 Satu nukleotida ⇒ ikatan dr 1 molekul basa N,1 molekul gula
pentosa & 1 molekul as.monofosfat
 Basa N penyusun as.nukleat:
 Purin : Adenin(A); Guanin (G)
 Pirimidin : Citosin (C); Timin (T) dan Urasil (U)
 Gula pentosa : ribosa ⇒ RNA dan deoksiribosa ⇒ DNA
 Nukleosida ⇒ ikatan antara 1 molekul basa N dgn 1 molekul gula
pentosa
DNA & RNA
STRUCTURE
Introduction to DNA & RNA
Eukaryotic DNA
structure
DNA

 DNA membawa informasi genetik sel dan terdiri

atas ribuan gen. Setiap gen berfungsi sebagai
resep untuk membentuk suatu molekul protein
 Protein berperan penting dalam berbagai fungsi
sel (building blocks).
 Informasi yang terkandung dalam suatu gen
menentukan komposisi suatu protein dan
fungsinya dalam sel.

12
 DNA adalah materi pembawa (carrier) hereditas,
seperti nsebuah buku besar yang berisi segala
informasi untuk pembentukan dan bahan-bahan
kehidupan orgIanisme
 Proses replikasi yang diikuti dengan
pembelahan sel adalah jawaban terhadap suatu
pertanyaan paling menarik tentang kehidupan :
“ How can the union of a single sperm and an egg
become a five-trillion-cell baby, all containing the
same DNA?”

13
 DNA adalah suatu deoxyribonucleic acid yang
terdiri atas gula, phosphate dan basa yang
membentuk ikatan komplek double helix

14
15
STRUKTUR DNA

“Double heliks” ditemukan oleh Watson dan Crick

(1953)
Merupakan suatu polinukleotida yang terdiri dari
 Gula pentosa : deoksiribosa
 Pospat : PO4
 Basa nitrogen :
 Pirimidin : sitosin (S) – Timin (T)
 Purin : Adenin (A) – Guanin (G)
Kedua basa nitrogen berikatan melalui ikatan
hidrogen
membentuk pasangan A = T dan S = G
DNA
 Dua untai polinukleotida pada DNA m’btk konformasi
double heliks → arah untai yg satu dg lainnya
antiparalel.
 Pasangan basa berikatan : ikatan hidrogen
 Faktor yg menentukan konformasi DNA : muatan
negatif gugus fosfat dan afinitas ik. Basa Purin &
Pirimidin.
 Kedua untai polinukleotida m’btk belitan searah
jarum jam kekanan mengelilingi sumbu tengah.
 Satu belitan : 10 ps nukleotida : jaraknya 3,4 A
Struktur memberikan kemudahan u/
m’hasilkan variasi2 gen yang berbeda
Struktur tdk random : urutan pasangan basa
dipelihara : PURIN – PIRIMIDIN
Panjang total DNA manusia dalam satu set
kromosom haploid : 3000 jt ps basa
Jk 1 Kilobasa ~ 1000 ps basa jadi panjang
DNA ~ 1,74 meter
Kromosom eukariot mengandung sekuens
DNA yang diulang beberapa kali ⇒ DNA
Repetitive
Komposisi kimia DNA memenuhi 2 syarat:

1. Fungsi Genotip atau Replikasi

Materi genetik mampu menyimpan informasi genetik &
mentransmisikan informasi tsb scr tepat dari parental ke progeni
dari generasi ke generasi.

2. Fungsi Fenotip - Ekspresi Gen

Materi genetik mengontrol perkembangan fenotip dari organisme
atau materi genetik mendikte pertumbuhan & diferensiasi organ
dari sel tunggal (zygot) sampai organisme dewasa.
Materi genetik selain mengekspresikan dirinya scr akurat jg
mengontrol aktivitas setiap gen di tempat dan waktu yang tepat.
Co: sistem saraf disusun o/ sel2 saraf
 Ke-2 untai polinukleotida dpt dipisahkan ⇒
memutus ikatan hidrogen antara basa2 yg
berkomplentasi ⇒ Denaturasi : pemanasan 90° C,
diberi alkali (5M NaOH)
 Renaturasi/reannealing >< denaturasi
 Fungsi DNA: molekul pembawa informasi genetik
(gen)
DNA & Chromatin

 DNA double helix dalam sel dikemas oleh

protein khusus yang disebut histones untuk
membentuk suatu komplek protein/DNA
yang disebut chromatin

23
 The structural unit of chromatin is the
nucleosome.
 It consists of a central protein complex, the
histone octamer, and two turns of DNA,
about 146 base pairs, which are wrapped
around the histone octamer complex.

24
PENDAHULUAN
 AS.Nukleat mrpk polimer dari unit2 : nukleotida
 Polimer m’bentuk konformasi “double heliks” DNA dan untai
“tunggal nonheliks” pada RNA
 Satu nukleotida : ikatan dr 1 molekul basa N,1 molekul gula
pentosa & 1 molekul as.monofosfat
 Basa N penyusun as.nukleat:
 Purin : Adenin(A); Guanin (G)
 Pirimidin : Citosin (C); Timin (T) dan Urasil (U)

 Gula pentosa : ribosa → RNA dan deoksiribosa → DNA

 Nukleosida : ikatan antara 1 molekul basa N dgn 1 molekul
gula pentosa
 Gen
 Elemen fungsional dan dapat diturunkan
(inheritable) dalam genome disebut sbg gen
dan biasanya mengkode suatu protein.
 Bukti bahwa DNA adlh pembawa informasi genetik:
 Percobaan Griffith (1958) : bakteri pneumococcus “S” &
“R”
 Percobaan Hershey & Chase (1952) : fungsi DNA
bateriofaga
 Sebagian Gen juga mengkode molekul RNA
yang tidak ditranslasi menjadi protein, seperti
ribosomal RNA.
26
 RNA

Merupakan molekul genetik yang dimiliki oleh

virus
Berbentuk pita tunggal (Single stranded)
Merupakan polimer nukleotida yang terdiri atas :
Gula ribosa
Basa pirimidin : sitosin (S)
urasil (U)
 RNA

 Mrpk suatu molekul polimer yg besar,panjang &

tidak bercabang → td 4 macam nukleotida yg saling
berikatan dg ikatan 3’-5’ fosfodiester

 Jenis RNA tergantung lokasi ditemukannya :

 Di nukleus : m RNA/RNA duta
 Di sitoplasma : t RNA/RNA pemindah
 Di ribosom : r RNA
RIBONUCLEIC ACID (RNA)
 Fungsi :

 m RNA : menerima informasi genetik dari DNA → “proses

transkripsi”, berlangsung dalam nukleus
 t RNA : mengikat Asam amino yang terdapat dalam
sitoplasma. t RNA membawa asam amino yang telah
diikat di ribosom. Pada saat ini terjadi perubahan
informasi genetik yang dinyatakan oleh urutan basa dari
m RNA ke urutan AA dalam protein → “proses translasi”
 r RNA : mensintesa protein, hasil akhir berupa polipeptida
KODE GENETIK
Adalah suatu cara untuk menetapkan jumlah
serta urutan nukleotida yang berperan
menentukan posisi yang tepat dari AA dalam
rantai polipeptida yang bertambah panjang
Tersusun atas triplet nukleotida : kodon.
Kombinasi AA yang mungkin terbentuk dari 4
buah basa : 43 = 64
Bersifat universal
Pengaturan kodon dalam RNA menentukan
struktur dan fungsi protein
KODE GENETIK
Protein berupa gabungan banyak AA yang
membentuk polipeptida
Jumlah AA : 20 macam sedang DNA hanya t.d
4 basa (A,T,S,G) tetapi kemungkinan
terbentuknya varietas protein tidak terbatas
→?
Nurenberg dkk (1968) : menciptakan kode
genetik sehingga mampu menerangkan
bagaimana sebuah gen mengontrol
pengaturan AA dalam protein tertentu
33
 SINTESIS
PROTEIN:

Komponen yg terlibat : ribosom, tRNA, mRNA, AA

(Met,UAA,UAG,UGA), aminoasil-RNAt sintetase,
bbrp faktor protein(IF1,IF2 ,EF-1,EF-2,RF1,RF2), ion2
anorganik dan GTP.
DOGMA SENTRAL
DNA polimerase

DNA REPLIKASI

RNA polimerase TRANSKRIPSI

RNA

TRANSLASI

PROTEIN
REPLIKASI DNA
Suatu proses pembentukan DNA baru (DNA
sebagai cetakan),Replikasi bersifat semi-
konservative
Komponen aparatus replikasi:
1. DNA polimerase (4) : α, β, δ lokasi di nukleus;γ
pada mitokondria. Replikasi DNA kromosom δ & α
.
2. Helicase : u/ membuka heliks ganda
3. Faktor2 replikasi seperti : RF-A, RF-B, RF-C
4. Protein PCNA (Proliferating Cell Nuclear Antigen)
merupakan kofaktor Polimerase δ u/ menaikan
kecepatan replikasi.
5. Protein2 lain (blm jelas diket)
 Replikasi DNA → semikonservatif : DNA baru yg
terbentuk terdiri dari satu untai b’asal dr DNA induk
dan untai komplemennya dibentuk berdsrkan
sikuens DNA asal
 Proses Replikasi:
 Pembukaan belitan DNA dg E.helikase → replication
fork
 DNA untai tunggal → template u/ DNA baru
 Arah sintesis DNA selalu dari 5’ ke 3’
Replication

Formation of the leading strand

3'
DNA polymerase III
5'

Newly 5'
synthesized
3'
leading strand

5'
Replication fork

39
40
Transkripsi

 Proses pembentukan RNA dengan

mentransfer atau menyalin informasi yang
terdapat pada DNA

41
RNA Processing
 Produk primer proses transkripsi adalah precursor
mRNA, pre-mRNA.

 Both ends of the pre-mRNA are modified. An

additional nucleotide, a 7-methylguanosine is added
to the 5'-end to form a cap-structure. This process is
called capping. The 3'-end of the pre-mRNA is
cleaved and polyadenylated. The pre-mRNA is cut at
a specific site and 150-200 adenylate residues are
added to the 3'-end to form a poly(A)-tail. The third
major modification is splicing.

44
45
Translation

 Proses pembentukan protein yang mengacu pd

informasi yang terdapat pada RNA
 Translation is the actual synthesis of a protein under
the direction of mRNA
 the ribosome, provides the basic machinery for the
translation process. The major role of the ribosome is
to catalyse coupling of amino acids into protein
according to the sequence specified by the mRNA.
 The amino acids are brought to the ribosome by
tRNA (transfer RNA) molecules.
46
47
48
 Tahapan sintesis
protein:

 Aktivasi → E.aminoacyl tRNA-syntetase

 Inisiasi → initiation complex : mRNA,aminoacyl-
tRNA,ribosom
 Elongasi → pertumbuhan rantai peptida mjd protein
lengkap
 Terminasi → kodon nonsense : UAA,UAG, UGA
Initiation
 formation of the initiation complex
between mRNA, charged tRNA and the
ribosome
 translation begins at a specific codon, the
initiation codon (AUG)

50
Elongation
 the growing polypeptide chain is attached to an
amino acid in the P site
 the next codon to be read is present beneath the A
site
 the tRNA bearing the next amino acid to be
inserted enters the A site
 a peptide bond is formed between the new amino
acid and the growing chain, transfering the chain
to the tRNA in the A site
 the ribosome moves down one codon moving the
peptide-tRNA to the P site and the cycle repeats

51
Termination
 translation of a particular protein ends
when the ribosome encounters one of three
termination codons (UAG, UAA or UGA)

52
 Pascatranslasi : perlu modifikasi agar
terbentuk protein fungsional.

 Contoh: Zimogen (inaktif)→melepas bbrp

komponen mjd aktif : tripsinogen →tripsin;
pepsinogen → pepsin
 A gene for an enzyme is made up of three exons.
Shown below is the sequence of the DNA of the sense
strand for the first exons (capital letters) as
well as some of the sequence (lower case letters)
around these exons.

….accggcagtagATATCAGACCATGCTAATCGCTCCCCGACAGgtaagttgca….
atgaacgcaatatccttcctctcgacagGGGTAGTTT….

a. How many bases are in the first exon? How many amino acids in the enzyme
are encoded by this exon? Write them down. (Hint: Where does translation of
this exon start?)
b. Where will the 7-methylguanosine cap be placed in the mRNA made from this
gene?
c. Where is the stop codon?