Acoplamiento Molecular

Autodock Vina
AutoDock Tools
UCSF Chimera
MarvinSketch
Descargar el archivo de la
estructura
Protein Data Bank
Limpieza de la proteína
UCSF Chimera
File>Open
Select>Residues>All non-standard
Actions>Atoms/Bonds>Delete
File>Save as PDB
 1. Carpeta

2. Nombre

3. Guardar
Preparación del Receptor
Autodock Tools
File>Read molecule
Agregar hidrógenos: Edit>Hydrogens>Add
Convertir a formato PDBQT: Grid>Macromolecule>Choose
1.

2.
Ocultar toda la estructura

Expandir la lista de aminoácidos

Ocultar
Mostrar sólo los aminoácidos que interactúan

Mostrar solo los que tienen interacción según PDB

Definir el espacio de búsqueda: Grid>Gridbox….

Expandir esta ventana

Consideraciones sobre el Gridbox
• Es un punto crítico en el proceso, la mayoría de problemas en los
Dockings son por no definir correctamente este parámetro.
• Debe ser lo más pequeño posible abarcando todos los aminoácidos
que participan en la interacción.
• Se controla el tamaño y la posición en los ejes X (rojo), Y (verde) y Z
(azul).
 Todos los aminoácidos
dentro del cubo.

Controles de tamaño

Controles de posición
Dibujar estructura del fármaco en 2D
MarvinSketch
Al terminar de dibujar guardar la estructura en File>Save as…
Formato SMILES
Generar estructura 3D y
optimizar geometría
Avogadro
Abrir…
Formato “Todos los archivos”
Herramienta de optimización geométrica
Parar
Archivo>Guardar como….

Formato PDB
Preparación del Ligando
AutoDock Tools
Ligand > Input > Open
 Archivo del fármaco

Formato PDB
Ligand>Output>Save as PDBQT
Poniendo todo junto
Archivos indispensables:
Ligando y receptor en formato PDBQT
Crear el archivo de configuración en el editor de textos
Contenido del archivo de configuración
receptor = Receptor.pdbqt
ligand = Ligando.pdbqt

center_x =
center_y = Aquí van los datos de posición del cubo
center_z =

size_x =
size_y = Aquí van los datos de dimensiones del cubo
size_z=

exhaustiveness = 10
Guardar con el nombre “configuración” en la misma carpeta donde juntamos todo.
1. Mover el programa “vina” a la
carpeta.
2. Hacer clic derecho en la parte blanca
de la carpeta donde no hay ningún
archivo.
3. Hacer clic en “Abrir en terminal”
Comando para
ejecutar vina.
Análisis de los resultados
Autodock tools
Analyze > Docking > Open Autodock vina results

Abrir el archivo con la

terminación _out.pdbqt
Abrir receptor: Analyze>Dockings>Macromolecule
Ver interacciones: Analyze > Dockings > Show interactions