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Les constituants cellulaires sont

orientés vers leur destination correcte:

interactions entre signaux de recon-


naissance spécifique et récepteurs

migration vers le compartiment


auquel ils sont destinés.
(1) Transport à travers
les pores nucléaires

(2) Transport par translocation


à travers les membranes

(3) Transport par


des vésicules

Réf 2: ALBERTS (B) ,L’essentiel

3 mécanismes principaux par lesquels les organites


limités par une mb importent des protéines.
Une «Carte routière » simplifiée
de la circulation des protéines.

voyage commence
par synthèse protéine

à chaque station ,décision:


retenir ou transporter plus loin

se termine quand destination


finale atteinte
Comment une protéine peut elle
reconnaitre spécifiquement sa
destination souvent unique parmi les
autres destinations possibles?
I – Compartimentation cellulaire
II- Adressage et repliement protéines
III- Echanges nucléoplasmiques
IV- Ciblage post traductionnel vers
les organites clos
V- Réticulum Endoplasmique
I – Compartimentation
cellulaire
I-1[Avantages de compartimentation]

Le maintien de la compartimentation est la


clé de la permanence de l’identité cellulaire

Or
une cellule vit et interagit avec
un environnement

Il existe en plus des échanges avec


l’extérieur dépendant de mb , un trafic
mol entre les différents compartiments.
Les diverses fonctions de biosynthèse, de
dégradation et de production d’énergie
compartimentées dans cellules eucaryotes

zones privilégiées dans volume


restreint :microenvironnement (enzymes,
cofacteurs ,substrats concentrés..)

séquestration des activités à risque


-enzymes de dégradation, lysosomes
-enzymes oxydatives ,peroxysomes.
Les compartiments de la cellule euc:
organites membranaires spécialisés

-Compartiments de traitement protéines


(R E , A G, Vésicules de sécrétion )

-Compartiment des acides nucléiques


(noyau , nucléole)

-Compartiments clos (mitochondries,


chloroplastes , peroxysomes)

-Compartiment cytosolique.
I-2 [Origines des compartiments]

La compartimentation chez les cellules


procaryotes a permis aux 1ers eucaryotes

- de taille;
-capter l’énergie plus efficacement;
- réguler l’expression des gènes;
d’une manière plus complexe.
Système digestif
extracellulaire

Système digestif
intracellulaire

Elaboration organite mb de
biosynthèse

Compartimentation, équipement
de biosynthèse et du génome

Acquisition des
mitochondries

Modèle hypothétique de l’évolution des


compartiments intracellulaires.
Digestion des protéines de
grande taille par les enzymes A. Système digestif
extracellulaire

Canal

B. Système digestif
Transporteur intracellulaire

Réf14:Pollard (T-D)
Procaryotes ancestraux
compartimentés!

Biosynthèse intracellulaire
Digestion extracellulaire

Exporter matériel de digestion


et
Capter produits de digestion (fig:A)
Internalisation

Enzymes d’hydrolyse sécrétées


+
nutriments de l’environnement
=
Lysosome primitif (Fig:B)

l’efficacité de la digestion et
l’absorption des nutriments
macromoléculaires
C- Elaboration d’un
organite mb de
biosynthèse

D-Compartimentation
de l’équipement
de biosynthèse
et du génome

Réf14:Pollard (T-D)
Apparition de plusieurs destinations
possibles dans cellule

Signaux d’adressage
pour distinguer les ≠ circuits
les uns des autres

Stratégie "diviser et spécialiser"


utilisée grand nombre de fois:

voies d’exportation , digestion ,


machinerie de synthèse.(Fig:C,D)
Chaque étape de séparation:

Mise en place d’un niveau supplé-


mentaire de communication
réciproque entre les vésicules

Nouveau jeu de signaux d’adressage


Oxygène apparu dans atmosphère

pour exploiter ce puissant oxydant ,


apparition peroxysomes (centre
dégradation oxydative)

Apparition mitochondries
(Sites d’utilisation d’oxygène ,
de l’extraction d’énergie libre des
métabolites, et de sa conversion en ATP)
(Fig:E)
E- Acquisition des mitochondries

Mitochondrie /
endosymbiose

Développement du système vacuolaire comprenant R E , AG


et système des endosomes , lysosomes, mitochondries.
Réf14:Pollard (T-D)
L’apparition de l’O2 dans l’environnement
a permis synthèse du cholestérol
et son intégration mb

Épaissit sans modifier fluidité mb ,


en absence de paroi cellulaire,
solide mais flexible

Facteur important pour volume


cellulaire au début de l’évolution.
I – Compartimentation cellulaire
II- Adressage et repliement protéines
III- Echanges nucléoplasmiques
IV- Ciblage post traductionnel vers
organites clos
V- Réticulum Endoplasmique
II- Adressage et
repliement protéines
se replier trouver

Structure destination finale


tridimensionnelle dans cellule
A - Adressage des protéines
provenant de ribosomes libres

Réf14:Pollard (T-D)
B- Adressage des protéines
provenant de ribosomes liés RE

Réf14:Pollard (T-D)
Protéine cytosolique Protéine du RE dont la séquence
(pas de séquence signal) signal a été enlevée

Rôle des séquences


de signal dans le tri
des protéines.

(B) Séquences signal


(A) Normales échangées
[Rôle des chaperons]

 Facilitent le repliement ;

Inhibent l’agrégation des protéines;

ne libèrent polypeptides que si l’état de


repliement est favorable ;

2 classes de molécules :
- *HSP70 et leurs régulateurs
-Chaperonines (cylindriques)
(*HSP:Heat Shock Protein)
Récepteur
d’hormone

Stabilisation des
récepteurs des hormones
stéroïdes (RSH) par
HSP70 , HSP90 et
différents facteurs
accessoires
( HOP, HIP, P23, GA , IP).

La fixation de l’hormone
libère les chaperons et
Hormone permet au RSH de migrer
stéroide vers le noyau.

Réf14:Pollard (T-D)
Liaison à l’ADN
Liaison et hydrolyse ATP déterminent fréquence de repliement

Liaison
7 ATP
à 7 sous
unités
favorise
liaison
Gro ES

Le repliement par les chaperones de GroEL et GroES


A. Cycle de repliement.
B. Structure atomique
Réf14:Pollard (T-D)
I – Compartimentation cellulaire
II- Adressage et repliement protéines
III- Echanges nucléoplasmiques
IV- Ciblage post traductionnel vers
organites clos
V- Réticulum Endoplasmique
III- Echanges
nucléoplasmiques
[Echanges nunléoplasmiques]
CYTOSOL

NOYAU Circulation
MITOCHONDRIES PLASTES bidirectionnelle

Importées vers noyau:


Histones, ADN et
ARN polymérases,
protéines régulatrices ,
de maturation , protéines
ribosomiques..

Exportées du noyau:
ARNm , ARNt ,sous
unités ribosomiques..
30 nm

Aperçu de l’organisation de l’enveloppe nucléaire


Réf14:Pollard (T-D)
L’enveloppe nucléaire:

Barrière sélective entre les compartiments


nucléaire et cytoplasmique;

 garantit que seuls les ARNm matures


sont transportés vers le cytoplasme;

 Sa rupture est essentielle pour permettre


la libération des chromosomes au moment
de la mitose.
A. Modèle tridimensionnel
d’un pore nucléaire .
- Symétrie avec 1 canal
central et 8 canaux
périphériques.
- Les réseaux de filaments
permettent d’amarrer au
pore les éléments
qui doivent transiter.

B. C.Reconstruction tridimen-
tionnelle des pores nucléaires
de grenouille Xenopus laevis.
D: Levure
*AC: anneau cytoplasmique
*AN: anneau nucléaire
Réf14:Pollard (T-D)
III-2 [ Trafic noyau cytoplasme]
Les molécules de grande taille (supérieure
à 60kDa) ne passent pas de manière
passive à travers les pores de diamètre de
9nm.

La taille des pores peut néanmoins évoluer


jusqu’à 25-40 nm et certaines protéines
plus grandes peuvent rentrer en se
déformant

Ex :comment est exportée RNP de 50 nm


de diam (ARN de 35 à 40 kB qui s’associe
à 500 protéines)?
RNP en
25 x135 nm

Déformation d’une volumineuse particule de RNP au


cours de son passage à travers l’enveloppe nucléaire.
Réf14:Pollard (T-D)
[La translocation nucléaire]

 Le transport d'une protéine nucléaire requiert


son interaction avec :

-des protéines cytosoliques: les


importines, qui se lient aux signaux de
reconnaissance nucléaires « NLS » ou aux
exportines qui reconnaissent les signaux
d’exportation « NES » des protéines
transportées ;

-une protéine G monomérique, la protéine


Ran.
Récepteurs d’importation nucléaire.
A) Les cargaisons 1, 2, et 3 ont des signaux de
localisation nucléaire différents ,et se lient donc
chacune sur un récepteur d’importation différent .

B) La cargaison protéique 4 a besoin d’une protéine


adaptatrice pour se lier à son récepteur .

Ref 1: Alberts 5° ed
Compartimentalisation de Ran-GDP et de Ran-GTP.

Ref : Alberts 5° ed
La localisation de Ran–GDP dans cytosol
et Ran-GTP dans le noyau résulte de la
localisation de 2 protéines régulatrices :
- (Ran GAP) dans cytosol
-(Ran-GEF) fixé sur chromatine et donc
dans noyau
Ran-GTPase donne à la fois la direction
du transport nucléaire et l’énergie
nécessaire à ce transport.
Complexe ternaire transite dans
pore le long de des répétitions FG
de certaines protéines du CPN.
Cargaison
délivrée
dans le cytosol

Cargaison
délivrée
au noyau

Un complexe protéine NES/Exportine/Ran-GTP


uniquement dans le noyau.
 La dissociation de ce complexe se réalise uniquement
dans le cytoplasme lors de l’hydrolyse du GTP en GDP
(favorisée par Ran GAP).
Récepteur
d’importation

Modèle expliquant comment la liaison Ran-GTP peut


provoquer la libération de leur cargaison par les
récepteurs d’importation nucléaire.
Ref : Alberts 5° ed
NF-AT
(Facteur Nucléaire
des lymphocytes T)
Au repos : phosphorylé

Signal d’exportation
Nucléaire exposé

Contrôle de l’importation nucléaire pendant


l’activation des lymphocytes T
Ref : Alberts 5° ed
I – Compartimentation cellulaire
II- Adressage et repliement protéines
III- Echanges nucléoplasmiques
IV- Ciblage post traductionnel vers
organites clos
V- Réticulum endoplasmique
IV- Ciblage post traductionnel
vers les organites clos
Transport des protéines
dans mitochondries,
chloroplastes,
Peroxysomes.
1-Fixation de la protéine
sur récepteur spécifique

2-Translocation à
travers la mb externe

3 -Translocation à travers la mb
interne vers la matrice ;
- translocation dans la bicouche
de la mb interne.
5°C 25°C

+protéase +protéase

Réf 1: ALBERTS (B) ,

Protéines traversent mb mitochondriales interne et


externe de façon transitoire pendant leur translocation
dans la matrice.
Cette expérience montre que le processus
d’importation a lieu en 2 étapes:

1. Pénétration , par l’intermédiaire du


gradient électrochimique , du peptide
signal et des séquences avoisinantes à
travers les 2 mb mito.

2. Déplacement du reste de la chaine


polypeptidique vers la matrice qui nécessite
l’hydrolyse de l’ATP et T° physiologique.
[Translocation des protéines]

 La translocation dans les mitochondries


dépend de:
- séquences signal
- protéines de translocation.

 Il existe plusieurs voies de transport


protéique dans la mb mitochondriale interne
et dans l’espace intermb.
aa chargés + (rouge)
regroupés sur une face

aa non chargés
(bleu)

Ref : Alberts 5° ed

Séquence signal d’importation des protéines


Mitochondriales;
(A) Les 18 premiers acides aminés de séquence signal
de la cytochrome oxydase.
(B) Séquence signal repliée en hélice a .
Les protéines de translocation des mb mitochondriales
( Les complexes TOM, TIM, SAM et OXA sont des
assemblages de protéines à travers mb mitochondriales.
Ref : Alberts 5° ed
Précurseurs des protéines mitochondriales importées
sous forme d’une chaine polypeptidique dépliée.
2.Insertion dans
membrane par
complexe *TOM

4.Clivage
1.Reconnaissance par signal
(liaison au recepteur) peptidase

3.Translocation
dans matrice

Ref : Alberts 5° ed

Importation des protéines par les mitochondries .


N-terminal reconnu par récepteur du complexe TOM;
Protéine transloquée à travers TIM 23; séquence
signal coupé par peptidase.
L’importation des protéines dans la matrice
mitochondriale nécessite la présence de protéines
HSP70 des 2 côtés de la mb mitochondriale.
Réf 1: ALBERTS (B) ,
Intégration des porines dans la mb mitochondriale externe.
Translocation à travers TOM; liaison à des chaperons;
complexe SAM insère chaine dans mb externe.
Les bactéries et les mitochondries utilisent les mêmes
mécanismes pour insérer les porines dans leur mb externe.
Ref : Alberts 5° ed
Importation des protéines du cytosol dans la mb
mitochondriale interne et dans l’espace intermb.
Ref : Alberts 5° ed
[Aspect énergétique de la
translocation]
 Libération des HSP70 cytosoliques et
mitochondriales de la protéine ATP

 Translocation à travers TIM gradient H+

Deux conditions pour diriger l'import


des protéines dans la mitochondrie:
- gradient électrochimique
à travers mb interne
- hydrolyse de l'ATP
L’hydrolyse de l’ATP et un potentiel de mb entrainent
l’importation des protéines dans l’espace matriciel.

Rôle de l’énergie dans l’importation protéique


dans la matrice mitochondriale.

Ref : Alberts 5° ed
VI-2 [Transport des protéines
vers les chloroplastes]
Voie d’importation des protéines du chloroplaste
par les complexes TOC et TIC
Réf:18 Pollard (T-D)
Translocation de précurseur
protéique dans l’espace
thylacoïde d’un chloroplaste

(A) Précurseur protéique :


Séquence signal pour
chloroplaste suivie de celle
du stroma.

(B) 4 voies de translocation


à travers thylacoide ou
mb thylacoidale.

(Twin arginine (Sans


(bacterien) Translocation) translocateur) Ref : Alberts 5° ed
Peroxysomes
(vert)

Microtubules
(rouge)

ADN nucléaire
(bleu)

Réf 14: POLLARD (T-D) ,

Images de microscopie fluorescence d’une cellule


Biogénèse des
peroxysomes par
bourgeonnement à
partir du RE et
cycle de division
Nature Review .Décembre 2013
Vésicule
précurseur de
peroxysome

RE

Modèle pour la prolifération des peroxysomes


et la production de nouveaux peroxysomes

Ref : Alberts 5° ed
⃰ PTS1 /2:Peroxysomal Targeting Signal
Modèle de l’importation d’une protéine avec
PTS1 dans la matrice du peroxysome.
Réf:18 Pollard (T-D)
I – Compartimentation cellulaire
II- Adressage et repliement protéines
III- Echanges nucléoplasmiques
IV- Ciblage post traductionnel vers
organites clos
V- Réticulum Endoplasmique
V- Réticulum endoplasmique
Toutes les protéines
destinées à:
 la sécrétion
 RE lui-même
 AG
Lysosomes
Endosomes
Mb plasmique
sont initialement
importées dans
RE à partir du
cytosol
[Réticulum endoplasmique (RE)]

Réseau de membranes internes


interconnectées issues des membranes
nucléaires;

Le plus grand organite de la majorité des


cell eucaryotes(50% des mb, 10% du volume )

Se présente de 2 manières :


- REL: lisse
- RER: rugueux (dépourvu de ribosomes
à certaines endroits à l’origine des
vésicules de transitions)
Le réticulum endoplasmique:

 sert d’usine pour reproduire presque tous


les lipides cellulaires.

 participe à de nombreux processus


biochimiques vitaux comme la biosynthèse
et la maturation post traductionnelle
des protéines.
Cellule mammifère en culture qui
se fixe sur une protéine retenue Cellule végétale vivante
dans RE.

Photographies en microscopie à fluorescence de RE

Ref : Alberts 5° ed
V-1[Translocation dans le RE]
Protéines destinées au RE

pénètrent entièrement transloquées dans mb


dans la lumière RE du RE mais pas libérées

lumière RE, sécrétion protéines transmb du


autres organites RE ou d’autres mb cellu
Ribosome
ARNm
Protéine

Translocation co-traductionnelle et
post –traductionnelle d’un protéine.
Ref : Alberts 5° ed
L’ARNm codant une protéine cytosolique
reste libre dans cytosol

Cycle du ribosome libre

Cycle du ribosome lié à la mb

Mb du RE

Ref : Alberts 5° ed
Ribosomes du cytosol
dirigés vers RE

Si
protéine en train d’être fabriquée
porte séquence signal, reconnue
par *SRP situé dans cytosol

Complexe ribosome –SRP se lie


à un récepteur de mb du RE et

processus de translocation

*SRP: Particule de Reconnaissance du Signal


ARNt

ARNm

Cytosol

Lumière

La séquence signal du RE et la SRP dirigent


les ribosomes vers la mb du RE

Ref : Alberts 5° ed
*SRP se lie à la séquence signal
et au ribosome et dirige le
ribosome vers récepteur (RER)

le transfère vers un canal:


complexe de translocation

dissociation de SRP et de son


récepteur du ribosome , reprise
de la synthèse protéique et
passage du polypeptide.
Les protéines traversent mb RE par un canal
protéique étroitement ajusté :complexe de
translocation.

Constituants du pore de translocation:


3 ou 4 copies du complexe Sec61p.

La liaison ribosome séquence signal à un


complexe de translocation ouvre un pore
transmb.
Ribosome lié au translocateur
de protéine eucaryote.

On pense que le translocateur


contient 4 copies du complexe
Sec61 qui participent activement
à la translocation de la protéin
Ref : Alberts 5° ed
3 modes d’entrainement de la translocation
protéique au travers de translocateurs de
structure similaire..
Ref : Alberts 5° ed
Intégration dans la mb
du RE d’une protéine à
un seul passage
transmb porteuse
d’une séquence signal
interne.

Ref : Alberts 5° ed
V-2 [Modifications des protéines
dans le RE]

Une protéine subit des modifications


importantes dans le RE qui conduisent à
l’acquisition de conformation tridimentionnelle

Ces modifications peuvent être:

- co-traductionnelles
et /ou
- post-traductionnelles.
[Glycosylation]

La principale modification chimique de la


majorité des protéines qui deviennent
glycoprotéines

oligosaccharide transféré en bloc

- risque d’agrégation

-rôle dans repliement

-rôle dans propriétés fonctionnelles


dans les milieux extracellulaires
*ASN: asparagine

Réf 2: ALBERTS (B) ,L’essentiel

Glycosylation d’une protéine dans le RE rugueux


Copie de l’enzyme associée à chaque
protéine de translocation dans mb du RE.
[Les ancres GPI]
Les protéines mb peuvent être ancrées aux
bicouches mb par *GPI , cette liaison covalente
entre la protéine et ce groupement se fait dans le RE.

(*GPI: Glycosyl-Phosphatidyl –inositol.)


[Formation de ponts disulfure]

Ces liaisons covalentes sont formées


par liaisons oxydatives des groupes
thiols de 2 résidus cystéine présents
dans la même protéine.

La formation de ces ponts dépend de la


disulfure isomérase présente dans la
lumière du RE de toutes les cellules
d’eucaryotes .
[Repliement des polypeptides
nouvellement synthétisées]

Le repliement complet ne se produit


qu’après libération de la chaine polypeptidique
du ribosome.

 Chaque polypeptide a un mécanisme de


repliement particulier , dictée par sa
séquence.

Néanmoins ,les enzymes qui facilitent ces


processus sont généralement les mêmes.
[La sortie du RE ]

Etape importante de contrôle de qualité:

protéines repliées incorrectement


ou
assemblées à partenaires anormaux

retenues dans le RE
et puis dégradées.
Ref : Alberts 5° ed

Exportation et dégradation protéines du RE mal


repliées.( elles sont transloquées dans cytosol ou
elles sont déglycosylées , ubiquitinylées et
dégradées dans protéasome.
Dégradation dans le protéasome
des protéines mal repliées.
[Synthèse lipidique]

La plupart des lipides cellulaires sont


synthétisés dans RE et dans l’AG,

Cette synthèse est indispensable aux


besoins de la voie d’exocytose et aux
fonctions cellu qui dépendent des mb et des
molécules de signalisation lipidique.

La plupart des glycérophopspholipides


sont synthétisés dans RE ,les sphingolipides
essentiellement dans AG.
[Stockage du calcium]

Une autre fonction du RE dans la plupart


des cellu euc : séquestration des Ca++
cytosoliques .

Le cycle libération/ récupération des Ca++


du RE dans cytosol est responsable de la
médiation d’un grand nombre de réponses
rapides à des signaux cellulaires.
Conclusion

L’origine au cours de l’évolution , des


organites entourés d’une mb permet
d’interpréter leurs relations topologiques.

Les protéines de chaque compartiment


lui confèrent :
-ses caractéristiques structurales
-ses propriétés fonctionnelles
les protéines sont modifiées pendant et
après leur synthèse : tri, repliement ou
protection contre les protéases.

 Les protéines catalysent les réactions qui


s’y produisent et transportent sélecti-
vement les petites molécules en les faisant
entrer ou sortir.

Comment conserver les différences entre


les compartiment face au transport
intracellulaire?
Quelles sont les composants de la
machinerie de fusion vésiculaire?
leur mise en jeu lors du transport?.
leur voies de destination?