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Chimie du

vivant

1
Niveau chimique (Biologie moléculaire)
Cellule
Organite
Biochimie Macromolécule
(laboratoire-hématologie) Molécule
Chimie
Atome
-Protons
Physique -Neutrons
(Médecine nucléaire)
-Électrons
2
La matière
La matière, c’est tout ce qui occupe un
espace (un volume) et qui possède une
masse.
Peut exister sous forme solide, liquide ou
gazeuse.
Eau
Humidité de l’air
Liquide
Glace

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3
L’énergie
Capacité à fournir un travail ou de mettre de
la matière en mouvement.

Plus grand est le travail, plus grande est la


dépense d’énergie.
Deux principales formes d’énergies
L’énergie cinétique
L’énergie potentielle
Ces formes sont interchangeables
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4
Autres formes d’énergie ?
É. chimique
É. électrique
É. mécanique
É. lumineuse
É. thermique
É. hydraulique
É. solaire
É. éolienne

5
Matière Énergie
L’énergie chimique est
emmagasinée dans les
liaisons des diverses
substances chimiques
(atomes).
Lors des réactions chimiques
(réarrangements des
atomes), l’énergie est
transformée en matière, la
matière est transformée en
énergie.
Ex: la respiration cellulaire
la contraction musculaire

6
Toute matière est constituée de substances
fondamentales appelées atomes (éléments
chimiques).
Tableau périodique des éléments (p.1137)
Vous y trouverez tous les éléments fondamentaux
(112 éléments, dont 92 présents dans la nature)
avec leur symbole chimique.
25 d’entre eux sont utilisés couramment dans la
nature.
4 de ces éléments sont particulièrement
importants : carbone (C), hydrogène (H), oxygène
(O) et azote (N).
• Ces quatre éléments représentent 96% de notre masse
corporelle.

Tableau 2.1 (p.29)


7
(Symbole chimique)

8
Structure d’un atome
Constitués de : Protons,
Neutrons et Électrons
Chaque atome possède :
Un noyau de charge globale (+)
constitué :
• De protons : charge électrique
(p+)
• De neutrons: charge électrique
neutre (n0)
Des électrons (e-) orbitant
autour du noyau
99.9% de la masse
atomique est représentée
par le noyau (protons +
Fig. 2.1 (p.27)
neutrons) 9
Différents modèles structuraux

Modèle planétaire Modèle des orbitales


Fig.2.1 10
Tous les atomes sont électriquement
neutres

Nombre d’électrons = nombre de protons


Ex:
Hydrogène : 1 é- et 1 p+
Soufre : 16 é- et 16 p+
Oxygène : 8 é- et 8 p+

Fig.2.2 (p.28)
11
Identification des éléments
Les atomes des éléments
sont composés d’un
nombre différent de p+, e-
et n0.
Numéro atomique
Égal au nombre de p+,
donc aussi d’e-.
Nbre de n0 = variable
Nombre de masse
Masse des p+ et des n0
Ex: Hé (2 p+, 2 n0) = 4

Page 1137 12
Isotopes
Chaque élément a au
moins deux variétés
d’atomes.
Ils ont le même numéro
atomique mais;
Les nombres de masse
diffèrent car les nombres
de neutrons varient.

Si on change le nombre
de protons, ça ne
donne plus le même
élément.

Page 28 13
Isotopes de carbone

14
Masse atomique
La masse atomique n’est pas égale au
nombre de masse (mais à peu près…)
C’est la moyenne des masses relatives
(nombres de masse) de tous les
isotopes d’un élément donné en
fonction de leur abondance relative
dans la nature.

15
Radio-isotopes

Isotopes les plus lourds d’un élément sont souvent


instables.
Leurs atomes se décomposent en formes plus
stables.
Ex: 14C en 12C
Ce processus = radioactivité 16
Réactions et liaisons
chimiques
Les atomes sont instables.
Pour compléter leur dernière couche de
valence.
Ils tendent à partager, à perdre ou à
gagner un ou des électrons.
De cette façon ils vont créer des
liaisons chimiques

17
Réactions chimiques
.
Les atomes ayant plus
d'une couche ont
tendance à réagir avec
d'autres atomes pour
combler leur couche
externe à 8 électrons
(ou 2 électrons sur la 1ière
couche).
Ce qui leur permet
d'atteindre un état stable.

18
Les atomes se lient entre eux pour former
des molécules. Ces atomes peuvent être
identiques...

O + O -->O2

- ou être différents : dans ce cas ils forment


des composés.

O + C + O -->CO2 ( le gaz carbonique)

19
Rôle des électrons
Couches
électroniques (ou
niveaux d’énergie)
Les électrons de la
couche la plus
éloignée ( couche
de valence) ont la
plus grande énergie.

20
Le Na a tendance à céder l’électron unique de sa
dernière couche. Ainsi, le sodium est un donneur
d'électrons.
Le Cl a 7 électrons sur sa couche externe. Il a donc
tendance à accepter un électron supplémentaire pour
combler cette couche à 8 électrons. Ainsi, le chlore
est un accepteur d'électrons.
21
22
Types de liaisons chimiques

1) Liaisons ioniques

2) Liaisons covalentes
• Polaires

• Non-polaires

3) Liaisons hydrogènes

23
Liaisons ioniques

Dans une liaison ionique,


il y a transfert d'électron(s)
d'un élément vers un
autre.
Il y a des donneurs et des
accepteurs d'électrons.

24
Liaisons covalentes
Il y a liaison
covalente quand
deux atomes
partagent certain(s)
de leurs électrons.
Ils mettent en
commun leurs
électrons pour
compléter leurs
couches externes
respectives à 8.
25
Liaisons covalentes

Les liaisons
covalentes peuvent
être :
Simples
Doubles
Triples

26
Molécule polaire

Si la répartition des électrons


est inégale.
Forme asymétrique
O est plus volumineux que H
et a tendance à attirer plus
fortement l'électron vers lui.
Ce qui se traduit par une
nouvelle répartition des
charges comme suit:
O devient électronégatif et
H électropositif.

27
Liaisons hydrogènes

Liaisons faibles entre:


H et O ou
H et N

Ainsi, chaque molécule


d'eau a le potentiel de
se lier simultanément
par lien hydrogène à 4
autres molécules d'eau.

28
Modes de réactions chimiques
Trois modes de réactions chimiques :
• Synthèse
• Dégradation
• Échange

Un 4ième mode : les réactions d’oxydo-


réduction:
• Type particulier de réaction d’échange ou de
dégradation
29
Réaction de synthèse
Combinaison d’atomes ou de molécules pour
former une molécule plus grosse et plus
complexe.
A + B ---> AB

Base des activités anaboliques des cellules.


Ex : ac. aminé + ac. aminé --> protéine
Polymérisation = synthèse = anabolisme

30
Réaction de dégradation
Se produit lorsqu’une molécule est brisée en
molécules plus petites ou en chacun des
atomes qui la constituaient :

AB --> A + B

Base des activités cataboliques des cellules.

Ex : Glycogène --> molécules de glucose

31
Réactions d’échange
(ou de substitution)

Certaines molécules changent de


partenaires et forment ainsi de nouvelles
molécules.

AB + C --> AC + B
AB + CD --> AD + BC

32
La Biochimie
Étude de la composition chimique de la
matière vivante et des réactions qui se
produisent dans celle-ci.
Deux grandes classes de composés :
Composés inorganiques :
• Eau
• Sels
• Acides
• Bases
Composés organiques (contiennent du
carbone) :
• Glucides
• Lipides
• Protéines
• Acides nucléiques 33
L’Eau
H2O H+ + OH-
60 à 80 % du volume de la plupart des
cellules vivantes.
5 grandes propriétés : (liens d’hydrogènes)
Grande capacité thermique
Grande chaleur de vaporisation
Polarité et qualités de solvant
• Solvant universel
Réactivité
Amortissement
Lubrifiant
34
Les Sels

Formés de cations autres que H+ et d’anions


autres que OH-.
Se dissolvent dans l’eau.
Les ions agissent comme électrolytes
(substances qui conduisent l’électricité lorsqu’elles
sont en solution).

Ex.: NaCl MgCl2

35
Acides
Les acides sont des donneurs de protons.

Dans l’eau, ils s’ionisent et se dissocient


en libérant des ions hydrogènes (H+) et
des anions.
• Ex : HCl

• HCl H+ + Cl-

36
Bases
Les bases sont des donneurs de OH-
et des accepteurs de (H+) protons.
Ex. NaOH Na+ + OH-
Elles libèrent des ions hydroxyle (OH-)
Et vu que OH- + H+ --> H2O
(équilibre entre H2O, OH- et H+ dans de l’eau liquide)

Donc, elles acceptent des ions hydrogène,


ou plutôt elles enlèvent les H+ du milieu.

37
Notion de pH
Quantité d’ H+ libres dans un milieu
(quantité d’ H+ libres ): 10-1, 10-5, 10-7, 10-8, 10-14
10-1 = .1 et 10-7 = .00000001 d’ H+ libres

Échelle de 0 à 14 (valeur de l’exposant de 10)


Neutre à 7
Acidité: plus on va vers 0, plus c’est acide
Alcalinité: plus on va vers 14, plus c’est alcalin
(ou basique)

38
Tampons

Pour maintenir l’équilibre acido-basique.


Acides forts : HCl
Se dissocient complètement
Acides faibles :H2CO3
Se dissocient partiellement
Bases fortes (accepteurs de protons) : NaOH
Bases faibles : bicarbonate de sodium
Système tampon acide carbonique-
bicarbonate
H2CO3 H2CO3- + H+
39
Composés Organiques

Quatre types :

Glucides
Lipides
Protéines
Acides nucléiques

40
Caractéristiques des composés
organiques
Contrairement aux composés inorganiques,
les composés organiques contiennent tous
des chaînes carbone, c’est-à-dire plus de 2
carbones.

Ex. : C-C-C-C-C-C

41
Glucide

42
Caractéristiques
(Amidon)
Regroupe les sucres
Contiennent C, H, O.
Rapport 2:1 entre H et O.
Hydrates de carbones
Cn(H2O)n n= 1,2,3,4, etc…

Classification selon leur taille et


leur solubilité. Plus la molécule
est grosse, moins elle est
soluble.

43
Trois classes de glucides

Monosaccharides
un sucre
Disaccharides
deux sucres
Polysaccharides
nombreux sucres

44
Monosaccharides
Unité de base de tous les glucides.

Une chaîne ou une structure cyclique de 3 à 6


carbones.

pentoses : 5 C

hexoses : 6 C

Formule générale (CH2O)n

1:2:1 ; C:H:O

Glucose : C6H12O6
45
Monosaccharides
Glucose, fructose,
galactose :

Isomères

•même formule
moléculaire : C6H12O6

•disposition différente

Ribose et désoxyribose :
important pour la
formation des acides
nucléiques (ADN et ARN)
46
Disaccharides

Sucre double

Combinaison de deux monosaccharides (réaction


de synthèse)
C6H12O6 + C6H12O6 ---> C12H22O11 + H2O

Libération d’une molécule d’eau


47
Polysaccharides
Assemblage de plus de deux
monosaccharides par synthèse.

Cellulose: paroi cellulaire des


cellules végétales (fibres)

Glycogène :

mise en réserve de glucose dans


les tissus animaux

Amidon :

mise en réserve du glucose chez


les végétaux

48
Lipides

49
Lipides Q uickTim e™ and a G r aphics decom pr essor ar e needed t o see t his pict ur e.

Insolubles dans l’eau


Solubles dans les autres lipides et dans
les solvants organiques (alcool, éther,...)
C, H, O (mais O en plus faible
proportion)

50
Catégories de lipides

Graisses neutres (ou triglycérides)


Phospholipides
Stéroïdes

51
Graisses neutres

deux types d’éléments


constitutifs:
acides gras
•chaînes linéaires de C et de H

•un groupement -COOH


glycérol
•glucide modifié (sucre alcool)

52
Phospholipides

triglycérides modifiés contenant un groupement phosphate


(polaire) et deux chaînes d’acides gras (non-polaires)
constituants fondamentaux de la membrane cellulaire
53
Stéroïdes

Quatre cycles de
carbone
Le plus important : le
cholestérol
Constituant essentiel des
hormones, des
membranes cellulaires et
de la vitamine D.

54
Protéines

55
Les Protéines
Rôles structurel et fonctionnel pour l’organisme.
structure (collagène, kératine), régulation (hormones),
mouvement (actine, myosine), transport (hémoglobine),
immunité (anticorps), récepteur et transporteur
membranaire, métabolisme (enzyme)
Molécules les plus variées.
Contiennent tous du C, H, O et du N (azote).
Unités de base : acides aminés

56
Protéines

Polymères d’acides aminés.


20 types d’acides aminés
2 groupements fonctionnels:

•amine (-NH2)

•acide (-COOH)

diffèrent grâce à leurs


groupements radicaux (R)

57
Liaison peptidique

lors de la liaison, le groupement amine (NH2) d’un a.a. est


lié au groupement acide (COOH) d’un autre a.a.
dipeptide : deux a.a.
polypeptide : plus de 10 a.a. 58
Acides nucléiques

59
Acides nucléiques

ADN (acide désoxyribonucléique) et ARN (acide


ribonucléique)

Composés de C, H, O, N et P

Les nucléotides sont leurs unités de base.

Trois composantes (base-sucre-phosphate):

•une base azotée (5 types)

•une molécule de pentose (sucre à 5 C)

•un groupement phosphate


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