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Enantioselectivité

• Les enzymes sont énantioselectives c'est à dire qu'elles reconnaissent


un seul des énantiomère du substrat.

• Exemple:

– les protéases sont spécifiques de l'hydrolyse des liaisons


peptidiques impliquant un acide aminé de la série L.

– une liaison peptidique impliquant un acide aminé de la


série D ne sera pas hydrolysée.

– un acide aminé de la série D sera un inhibiteur de la


réaction d'hydrolyse
Les 6 principaux groupes

• EC 1. Oxydo-réductases (accépeteur d’e-, receveur d’e)-


oxydation ou réduction de divers groupements
les sous groupes concernent le type de fonction :
aldéhyde, liaison C-C ou C-N, …
Exemple: catalase EC 1.11.1.6

• EC 2. Transférases
transfert d'un groupement d'une molécule à une autre
les sous groupes concernent le type de groupement:
monocarboné, aldéhyde ou cétone, acyle, …
Exemple: pyruvate kinase EC 2.7.1.40
Les 6 principaux groupes
Types d’industries/groupe d’enzyme
• EC 3. Hydrolases
Hydrolyse de liaisons les sous groupes concernent le type de liaisons :
ester, osidique, peptidique, …
Exemple: alpha amylase EC 3.2.1.1

• EC 4. Lyases
création de liaisons C-C, C-O, C-N sans source
Exemple: aspartate ammonia lyase EC 4.3.1.1

• EC 5. Isomérases
Transformation d'un substrat en une molécule voisine
Exemple: glucose isomérase ou épimérase

• EC 6. Ligases
Création de liaisons en présence d'une source d'énergie formation de laisonsC-O,C
C-N ou C-C
Exemple: pyruvate carboxylase EC 6.4.1.3
Complexité et simplicité

Nombreux facteurs affectent l'activité des enzymes

- des paramètres physico-chimiques comme la température, le pH, la force


ionique,…

- des paramètres chimiques comme les réactifs covalents, les agents dénaturants,
les métaux, …

- des inhibiteurs réversibles


Effet de la température

• Les courbes P = f (t) à différentes températures montrent deux effets :


- l'un sur l'activité
- l'autre sur la stabilité

• En augmentant la température de la réaction on observe :


- une augmentation de la vitesse initiale de libération du produit
-une perte d'activité de plus en en plus rapide avec l'augmentation de température

• Ces deux effets sont très importants pour le choix du temps pour la mesure de la
vitesse.
Effet du pH sur les enzymes

• Le pH modifie l'état d'ionisation de la protéine et ceci affecte l'activité

• Aux pH extrêmes, l'enzyme est inactivée par dénaturation

• Aux pH plus neutres c'est l'ionisation de groupements essentiels


à l'activité qui intervient

• On observe en général une courbe "en cloche" qui définit un pH optimum


Métaux et cations divalents

• Les ions métalliques ( ex Fe+2) ou les cations (ex Ca+2) sont quelquefois
essentiels à l'activité enzymatique

• Ils interviennent comme :


- élément essentiel de la catalyse
-agent stabilisant la structure tertiaire

• Exemples

• Fe - cytochromes, hémoglobine (transport électrons et oxygène)


- catalase et peroxydase (réactions faisant intervenir l'eau oxygénée)
- monooxygénases (Cyt P450, métabolisme xénobiotiques)
- superoxyde dismutase (ion superoxyde)
Métaux et cations divalents

• Cu - cytochrome oxydase (transport électrons)


-tyrosinase (formation de la mélanine)

• Zn - anhydrase carbonique (fixation du CO2)


- carboxypeptidase (protéase)
-amylase (hydrolyse de l'amidon) Ca -
- protéase de la coagulation sanguine

• Mg - enzymes mettant en jeu ATP ou ADP


- synthétases et kinases
Autres effecteurs

• De nombreux autres effecteurs affectent l'activité des enzymes


• Ils ne sont pas traités ici, pour mémoire on peut citer :

- les solvants organiques miscibles à l'eau (éthanol, acétone,


DMF, …), il diminuent l'activité
- agents dénaturants (urée, SDS, chlorhydrate de guanidine,
…), ils détruisent la structure tertiaire
- la force ionique (forte concentration en sel), elle diminue
l'activité
- les réactifs covalents (forment des liaisons covalentes
irréversibles) c'est la modification chimique
Vitesse maximum et constante
catalytique

• La vitesse maximum Vm est la vitesse de la réaction lorsque


tout l'enzyme est sous forme ES (c'est à dire à S grand ou
(S/KM >> 1)

• Ce qui limite la vitesse dans ce cas c'est le recyclage de


l'enzyme libre une fois que ES a donné EP
Inhibition

• En général un inhibiteur est une molécule dont la structure


ressemble à celle du substrat, il peut donc se fixer à l'enzyme,
au site actif, mais la réaction chimique n'a pas lieu
・ aspartyl aminopeptidase (DAP)・・・ high specificity

・ prolyl aminopeptidase (PAP) ・・・ high specificity


・ leucine aminopeptidase (LAP)・・・ broad specificity

DAP ( aspartyl aminopeptidase )

• An aminopeptidase which recognizes amino-


terminal acidic amino acid residue (Glu, Asp)
of peptides and releases them

Asp
NH2- or Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa -COOH
Glu Kusumoto et al. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2008
PAP(prolyl aminopeptidase)

• An aminopeptidase which recognizes amino-terminal


prolyl residue of peptides and releases proline

NH2- Pro Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa -COOH

Proline (sweet taste)


Matsushita-Morita et al. J. Appl. Microbiol. 2010
GAD(Glycine-D-alanine
aminopeptidase)
• An aminopeptidase which recognizes amino-terminal glycyl
and D-alanyl residue of peptides and releases proline

NH2- Gly Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa -COOH

Glycine (sweet taste)


Marui et al. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2012