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Les Mycobactéries:

Présentée par Dr S. Kara Slimane,


Maitre-Assistante en Microbiologie,
EPH Mostaganem,
Laboratoire Central. 1
Le Plan:

Les Mycobactéries: Les Mycobactéries (Suite):


Les Mycobactéries: Diagnostic:
Introduction.
Prélèvements.
Morphologie.
La Paroi.
Diagnostic Direct:
La Coloration de Ziehl Neelson. Microscopie.
La Culture. Culture.
Ecologie: Humain, Animal, Environnment, Méthodes moléculaires.
Survie à l’extérieur de l’hôte. Diagnostic indirect.
Pouvoir pathogène pour l’humain:
Bases de la thérapeutique.
Colonisation-Invasion.
Prophylaxie.
Toxine et Enzymes.
Clinique.
Epidémiologie.
Sensibilité aux Thérapeutiques.

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Mycobacterium tuberculosis:

• appartient au "complexe tuberculosis", avec M. bovis, M. africanum,


• Ces trois espèces sont responsables de la tuberculose humaine.

La distinction est maintenue du fait de particularités épidémiologiques.


• Nom commun : Bacille tuberculeux, Bacille de Koch.

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Mycobacterium tuberculosis

Morphologie:

Bacille fin, rectiligne, +/- incurvé, aux extrémités arrondies, non capsulé, non
sporulé, immobile.
Dans les produits pathologiques, sous forme isolée ou en petits amas.
En culture, formes coccoïdes ou filamenteuses possibles (cordes, torsades).
Bacilles difficilement colorables par les colorants usuels.
Coloration de Ziehl-Neelsen spécifique des mycobactéries qui apparaissent en rose
sur fond bleu (bacilles acido-alcoolo résistants).

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Paroi des Mycobactéries:

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Mycobacterium tuberculosis
Aspect au Microscope Optique:
Coloration de Ziehl-Neelson:

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Mycobacterium tuberculosis:

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Mycobacterium tuberculosis:
Lecture de la coloration des frottis de Ziehl-Neelson:

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Mycobacterium tuberculosis

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Mycobacterium tuberculosis:

• Culture
• Milieux
• Milieux spéciaux :
– milieux solides à l'oeuf coagulé (Löwenstein-Jensen et Coletsos) ;
– milieux solides gélosés (7H10) ;
– milieux liquides (7H9, MGIT).
• Particularités culturales identifiées:
Culture lente (2 à 4 semaines en milieu solide), plus rapide en milieu semi-liquide
(8 à 15 jours). Besoin nutritif en glycérol.
[Température habituelle de croissance : 35 à 37°C]
Aérobies stricts. Humidité et CO2 (10%) nécessaires à la culture sur milieux gélosés.
La croissance est accélérée en présence de 10-20% de CO2.
Nitrate + ; Niacine + (production d'acide nicotinique).

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La Culture:

• Les sécrétions respiratoires, les urines, autres prélèvements contaminés par une flore
bactérienne doivent être décontaminés avant d'être ensemencés.
• Aérobies strictes, ayant des exigences nutritives et cultivent lentement.
Les ponctions et les prélèvements mono-microbiens peuvent être ensemencés tels
quels.
• Les milieux solides sélectifs à l'oeuf coagulé de Loewenstein-Jensen et de Coletsos
définissent les caractères culturaux classiques de M. tuberculosis: colonies rugueuses
de couleur chamois apparaissant sous l'aspect de "verrue" ou de "chou-fleur" en 3
semaines environ après incubation à 37°C en atmosphère ambiante.
Ces délais sont de 6 semaines pour M. africanum et M. bovis.
Les milieux liquides permettent de réduire les délais de positivité:
à quelques jours pour les prélèvements très riches en bacilles
et à un peu plus de 2 semaines en moyenne pour ceux paucibacillaires.
En milieu liquide, M. tuberculosis apparait sous la forme de longues "cordes" mises en
évidence par la coloration de Ziehl-Nelseen.
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Ces milieux permettent une détection plus sensible et automatisée.
Le Genre Mycobactérium: La Culture
sur le milieu de Lowenstein-Jensen:

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Mycobacterium tuberculosis:

• Ecologie:
• Humain:
Parasite strict de l'homme qui est à la fois réservoir et agent de transmission du bacille.
L'homme est très sensible à l'infection tuberculeuse mais seuls 5 % des sujets infectés
développent une tuberculose pulmonaire.
• Animal:
Animaux infectés en contact avec l'homme (chiens, chats) :
faible rôle dans la dissémination de la maladie.
• Environnement:
Absent de l'environnement hors contamination par un malade.
Survie à l'extérieur de l'hôte:
Résistance à la dessication (restent virulents dans les gouttelettes de Pflügge désséchées).
Les acides et les bases détruisent les mycobactéries.
Propriété mise à profit pour décontaminer certains prélèvements (crachats, urines) tout en
conservant la viabilité des mycobactéries.
Milieu sec non organique : quelques heures à quelques jours.
Milieu organique humide : de l'ordre du mois.
Milieu organique sec : de l'ordre de la semaine.
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Très sensible à certains agents physiques : chaleur, lumière, rayons UV. Air. Eau.
Mycobacterium tuberculosis:

• Pouvoir pathogène pour l'humain:


• Déterminisme:
• Colonisation-Invasion :
– Les lipides complexes et à longues chaines forment 60 % de la paroi (acides
mycoliques et cires). Ils sont liés à des polysaccharides et à des protéines.
La composition de la paroi explique la résistance de la bactérie dans
l'environnement et la résistance partielle à la phagocytose :
c'est une bactérie qui peut subsister et se multiplier dans les macrophages.

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Mycobacterium tuberculosis:

• Déterminisme:
• Colonisation-Invasion (Suite 1):
Les bacilles sont phagocytés par les macrophages et se multiplient dans ces
cellules.
En cas de contamination par un petit nombre de bacilles tuberculeux, d'une bonne
immunité naturelle du sujet, la multiplication des bacilles est limitée.
En 3 à 6 semaines apparaît un petit tubercule (cellules épithélioïdes et cellules
géantes entourées d'une couronne de lymphocytes), au centre, une zone de
nécrose dite caseuse (caseum).
L'immunité cellulaire se constitue et persiste.
Les bacilles dans un environnement défavorable peu oxygéné sont détruits
progressivement par les cellules immunitaires stimulées.
C'est la primo-infection latente.
L'immunité acquise apparaît chez le sujet tuberculeux un peu plus tardivement que
l'hypersensibilité tuberculinique ou allergie tuberculeuse, réaction lymphocytaire à
certaines protéines de M. tuberculosis.
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Mycobacterium tuberculosis:

• Déterminisme:
• Colonisation-Invasion (Suite2):
En cas d'échec de cette réponse de l'organisme, les ganglions efférents sont
envahis et les bacilles essaiment dans tout l'organisme par voie lymphatique et
sanguine.
Les lésions nécrotiques pulmonaires s'étendent et deviennent détectables à la
radiographie.
L'encapsulement de la nécrose caséeuse initiale et sa stérilisation spontanée
survient dans 90% des cas, sinon l'abcès s'évacue et forme une caverne
tuberculeuse ouverte sur les bronches.
L'aération entraine le développement des bacilles.
Le malade crache et élimine des bacilles en quantité.
Les lésions observées dans la tuberculose pulmonaire sont dues à l'action toxique
des macrophages activés par les lymphocytes T.
• Toxines et enzymes.
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Mycobacterium tuberculosis:

Clinique: les cas les plus habituels:


Infections suppuratives: ganglionnaires.
Infections cutanées, sous-cutanées et muqueuses : cutanées rares.
Infection de plaies : néant.
Infections de la sphère ORL : néant.
Infections oculaires : néant.
Infections urinaires et rénales : cystites, pyélonéphrites.
Infections ostéoarticulaires : infection vertébrale (mal de Pott), arthrites.
Septicémies (et endocardites) : oui.
Infections pulmonaires : caverne tuberculeuse, ganglions médiastinaux, miliaire tuberculeuse.
Infections neuro-méningées : méningites.
Infections des séreuses : pleurésies.
Infections digestives: très rare.
Toxi-infections alimentaires : néant.
Chocs : néant.
Maladie typique (éventuellement):
Tuberculose primaire : développe successivement un chancre d'inoculation (alvéolite), des adénopathies, voire
une dissémination hématogène dans les organes. Evolution vers la guérison dans 95 % des cas.
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Tuberculose-maladie : le plus souvent par réactivation endogène, tout organe peut être atteint.
Mycobacterium tuberculosis:

• Circonstances:
• Mode de transmission:
Interhumain. L'homme est à la fois l'unique réservoir et l'agent de transmission du
bacille. Les malades présentant une caverne pulmonaire sont les principaux
disséminateurs du bacille (gouttelettes rejetées lors de parole, toux, éternuement).
Les infections autres que pulmonaires ont un rôle disséminateur moindre.
• Période d'incubation
3-6 semaines pour la primo-infection.
Variable et indéterminée pour la tuberculose patente.
• Facteurs favorisants ou aggravants:
Immunodépression, corticothérapie. SIDA. Hygiène précaire. Conditions socio-
économiques défavorables.

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Mycobacterium tuberculosis:

• Epidémiologie:
Répartition des cas:
Répartition mondiale : 7 millions de sujets contagieux dans le monde (3/4 dans les
pays en voie de développement). Chaque année, 3,5 millions de nouveaux cas et 2
à 3 millions de décès.
Hôtes hors humain et zoonoses : Non, parasite strict de l'homme.
Maladie à déclaration obligatoire: Oui.

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Mycobacterium tuberculosis:

• Sensibilité aux thérapeutiques:


• Antibiotiques et mécanismes de résistance:
Sensibilité aux antituberculeux.
Résistances dues à des mutations chromosomiques.
Multi-résistance définie par la résistance à la rifampicine et à l'isoniazide.
• Antiseptiques et désinfectants:
Sensible à de nombreux désinfectants - hypochlorite de sodium à 1 %, solution
d'iode et d'alcool, glutaraldéhyde, formaldéhyde.
Antiseptiques : tensio-actifs cationiques (ammoniums quaternaires) ;
inactifs sur les mycobactéries.

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Mycobacterium tuberculosis:

• Diagnostic:
• Prélèvements habituels:
• Recueil des crachats le matin au réveil.
Recueil des mucosités bronchiques dégluties, si le sujet ne crache pas, par tubage gastrique.
Il faut répéter les prélèvements trois jours de suite et les effectuer avant la mise en route de
l'antibiothérapie.
Recueil des mucosités bronchiques par fibroscopie (aspiration, brossage et/ou lavage
bronchoalvéolaire).
Si tuberculose non pulmonaire, il faut recueillir les liquides de ponction (LCR, liquide pleural,
liquide articulaire).
La recherche de Mycobacterium tuberculosis dans les urines doit se faire sur la totalité les
urines de la nuit et n'est licite que si les urines contiennent des polynucléaires ou des
hématies.
• Traitement des prélèvements :
– produits stériles (LCR, ponctions) : concentration des bacilles par centrifugation ;
– crachats : fluidification et décontamination (technique à l'acétyl-cystéine-soude) pour
éliminer les germes banals, puis contrifugation.
– urines : centrifugation - décontamination. 22
Mycobacterium tuberculosis:

• Diagnostic Direct
• Microscopie :
– Etalements du culot sur une lame et coloration par auramine ou l'acridine
orange (microscopie à fluorescence) et/ou coloration de Ziehl à la fuchsine
phéniquée (en microscopie classique à immersion).
La présence de bacilles à coloration acido-alcoolo-résistante dans les produits
pathologiques permet seulement d'évoquer la présence d'une mycobactérie
dans le prélèvement ; elle devient évocatrice de tuberculose dans un contexte
clinique lui même évocateur.
– L'abondance des bacilles à coloration acido-alcoolo-résistante observés est
exprimée sous forme d'un résultat semi-quantitatif.

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Mycobacterium tuberculosis:

• Diagnostic Direct (Suite1):


Culture:
On ensemence des milieux solides (Löwenstein-Jensen et/ou Coletsos), et/ou
liquides (MGIT/MB Redox).
Cultures gardées trois mois à 37°C.
Première lecture à la première semaine pour éliminer les tubes contaminés et
repérer les mycobactéries à croissance rapide (note : elles peuvent être
pathogènes).
M. tuberculosis pousse en 2 à 4 semaines voire davantage en milieu semi-liquide,
mais plus rapidement en milieu liquide.
Les colonies sont habituellement rugueuses (R), en chou-fleur, de couleur crème.

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Mycobacterium tuberculosis:

• Méthodes Moléculaires:
A partir des cultures : identification à l'aide de sondes nucléiques spécifiques du
complexe tuberculosis.
Directement à partir des produits pathologiques : détection rapide par PCR (en cas
de suspicion clinique de tuberculose ou pour accélérer la prise de décision si
examen direct positif).

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Mycobacterium tuberculosis:

Diagnostic indirect (par exemple sérologie):


L'intérêt de la recherche d'une hypersensibilité retardée par
L'intradermo-réaction (IDR) à la tuberculine permet de vérifier si un sujet a déjà été
au contact de M. tuberculosis.
si positivité, on observe une réaction locale d'hypersensibilité retardée (infiltration
cutanée, rougeur, papule).
• Le test consiste à injecter 10 UI de tuberculine par voie strictement intradermique
sous un volume de 0,1 ml.

• Le résultat est lu par mesure du diamètre d'induration au point d'injection à la 72


ème heure.

• Trois situations peuvent se présenter de signification clinique variable :

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Le test IDR:

Diamètre mesuré (mm) Signification clinique


<5 Absence.
5- 10 Réaction non spécifique ou vaccination par le BCG
Supérieur à 10 témoigne d'une infection d'autant que la réaction est
phlycténulaire.

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Mycobacterium tuberculosis:

Bases de la thérapeutique:
De l'infection déclarée:
Sur la base des spectres remis à jour annuellement (Dictionnaire VIDAL®) ou sur la
base de données locales (Comité des Antibiotiques de l'Hôpital).
Individuellement sur la base de l'antibiogramme.
Antibiotiques normalement actifs sur Mycobacterium tuberculosis :
isoniazide, rifampicine, pyrazinamide, éthambutol, éthionamide, streptomycine,
sensibilité à confirmer par antibiogramme.
En début de traitement, on associe trois à quatre antibiotiques pour s'affranchir de
la résistance primaire, bithérapie par la suite.
Durée du traitement de l'ordre de 6 à 9 mois.
Au cours des dernières années, des souches de Mycobacterium tuberculosis
multirésistantes (résistantes à l'isoniazide et à la rifampicine) sont apparues (0,5 %
en France).

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L’Antibiogramme des Mycobactéries:
• Un antibiogramme est systématiquement entrepris dès l'isolement de la souche et
seront systématiquement testés 5 antituberculeux:
isoniazide (INH), streptomycine, ethambutol, rifampicine et pyrazinamide.
- Plusieurs techniques existent reposant sur:
la méthode des proportions telle que la technique en milieu solide (délai de 3
semaines au minimum) ou en milieu liquide (délai plus court de 8 -10 jours).

- La résistance acquise est un mécanisme chromosomique, ( non transmissible par


des plasmides).
• L'explication de la rareté de ces souches résulte du strict respect de la
quadrithérapie en cas de suspicion de résistance initiale ou primaire lors de la mise
en œuvre du traitement.
• D'autres antituberculeux comme la clarithromycine, la rifabutine, l'amikacine, les
fluoroquinolones, surtout utilisées dans le traitement d'infections à mycobactéries
atypiques peuvent être étudiés vis-à-vis de souches de M. tuberculosis
multirésistantes. 29
Mycobacterium tuberculosis:

Prophylaxie
• Générale : Lavage antiseptique des mains en milieu médical, port de masques (type
"canard") si malade avec tuberculose ouverte.
Le diagnostic et le traitement précoces des tuberculeux pulmonaires éliminant des
bacilles est une mesure préventive essentielle.
Milieu hospitalier : Isolement des malades ayant une tuberculose pulmonaire
jusqu'à négativation des examens directs.
• Prophylaxie vaccinale : Vaccination par le BCG (Bacille de Calmette et Guérin) :
souche de M. bovis ayant perdu son pouvoir pathogène pour l'homme.
Injection intra-dermique, à des sujets ayant une IDR à la tuberculine négative.
Vaccination obligatoire en France à partir de l'âge de 6 ans.
Vaccin vivant d'où contre-indication si déficit immunitaire ou grossesse.
Provoque une infection inapparente qui induit la protection (n'empêche pas la
primo-infection mais réduit la survenue d'une miliaire ou d'une méningite
tuberculeuse, surtout chez les jeunes enfants).
• Chimioprophylaxie (antibioprophylaxie) : INH pour les sujets contact (contrôler si la
souche isolée chez le malade est sensible à l'INH). 30
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