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Résumé du cours microbio

Les microbes comprennent les:


Champignons inférieurs (5-10µm).
Algues unicellulaires (2- 200µm).
Protozoaires (1-200µm).
Bactéries (0,2- 50µm ).
Virus (0.03 -4µm).
Règne des Procaryotes
(d’après le Bergey’s Manual of Determinatives Bacteriology)
Arbre phylogénétique hypothétique de tous les organismes vivants. L'arbre est
basé sur des séquences de l'ARNr 16S. À l'origine proposé par Carl Woese, il
montre l'histoire évolutive des trois domaines du vivant (bactéries, archaea et
eucaryotes
Chap 1: Morphologie et structure
des micro-organismes

• 1.Cellule bactérienne
• La bactérie est un micro-organisme ubiquiste,
unicellulaire et sans noyau (procaryote) dont
le génome est constitué d’ADN .
• Celui-ci consiste en un seul chromosome, et
on note éventuellement la présence de
plasmides (petit morceau d'ADN circulaire).
• L'ensemble des bactéries forme le règne des
eubactéries (Eubacteria).
Schéma de la cellule bactérienne typique. Cependant, certains des éléments
présentés ici, comme les flagelles qui servent à la locomotion, n'équipent pas
toutes les bactéries
Fig.1 Les formes et regroupement des bactéries
2. Caractéristiques des procaryotes

Principaux caractères distinctifs des procaryotes et eucaryotes

caractéristiques procaryotes eucaryotes


Taille habituelle 0,3 – 2,5 μm 2 – 20 μm
Noyau avec membrane non oui
Nombre de chromosome 1 >1
Réplication par mitose non oui
Position de l’ADN nucléoïde ou plasmide noyau et organites IC
Organites intra-cellulaires non mitochondries, Golgi
Membranes avec stérols non souvent
Enveloppes cellulaires hétéropolymère cellulose et polysaccharides
glucido-peptidique chez les plantes
Flagelles, cils éléménts inconstants agencement typique
Les éléments constants de la cellule bactérienne

1- La paroi bactérienne
Enveloppe rigide assurant l'intégrité de la bactérie, donc
responsable de la forme des cellules. Elle protège des variations
de pression osmotique (mer).
Elle est absente chez les Mollicutes (Mycoplasma).

En dehors des bactéries halophiles ou thermophiles, la partie


commune à toutes les parois bactériennes est le peptidoglycane,
enveloppe la plus interne.
LPS, Endotoxine Gram-
Acide teichoïque Gram+
Les parois des bactéries Gram-
positives sont plus résistantes que
les bactéries Gram-négatives vis-
à-vis des antibiotiques.
COMPOSITION CHIMIQUE
 Les osamines
 Les acides aminés
 Acides techoiques (2 types polyribitol P et
poly glycérol P).
 les oses simples
 les lipides
 les acides mycoliques
Hétéropolymère = + des acides aminés
La structure du peptidoglycane est importante pour la
taxonomie des bactéries Gram+ et notamment des
actinomycètes,
Schleifer et kandler ont proposé un système de
classification des peptidoglycanes reposant sur :
La position des ponts interpeptidiques (type A ou B).
Type A: Ils s’établissent généralement entre le dernier
(4eme) d’un tétra peptide et le troisième acide aminé
d’un tétra peptide de la chaine avoisine.
Type B: Entre le 4eme et le deuxième
 La nature des ponts interpeptidiques
( désigné par des chiffres :1,2,3,4 ou 5)
 La nature du troisième aa des unités
tetrapeptidiques ( désigné par les lettres
greques : α, δ, β, ou σ).
 Un signe prime « ‘ » indique que le
premier acide aminé et la Ser ou Gly et
non la l-Ala
EXEMPLE : Staphylococcus aureus possède un peptidoglycane
De type A 3 α.
les ponts interpeptidiques sont constitués chez Staphylococcus aureus d'une
chaîne de 5 molécules de glycine entre la D-alanine terminale et la L-lysine
en position 3.
En résumé
Le peptidoglycane est un polymère complexe formé
de 3 éléments différents :
 une épine dorsale faite d'une alternance de
molécules de N-acétylglucosamine et d'acide N-
acétylmuramique ;
 un ensemble de chaînes latérales peptidiques
identiques, composées de 4 acides aminés et
attachées à l'acide N-acétylmuramique ;
 un ensemble de « ponts interpeptidiques »
identiques.
La membrane externe
Les protéines majeures
70%

= Porines

Diffusion passive
Les protéines mineures
Nombre: une 20 aine
Fonctions principales de la membrane
externe:
1. Servir de barrière de protection
=
( diminue l’entrée des antibiotiques, des
toxines)
2. Empêche la perte des constituants
périplasmiques comme les enzymes
3. Transport (sélectif et non sélectif)

N.B. La membrane externe possède les caractéristiques


fondamentales d’une membrane biologique (Mosaïque fluide:
constitué d’une double couche de phospholipide amphipathique dans
laquelle une assez large fraction de ces molécules
Les lipopolysaccharides (LPS)
En résumé: Le LPS est le composant majeur de la
membrane externe des bactéries à Gram
négatif.
 IL protège la membrane de certains types
d’attaques chimiques.
 Le LPS induit une forte réponse des systèmes
immunitaires.
 Il comprend trois parties:
Antigène O (ou polysaccharide O)
Core Oligosaccharide
Lipide A
Outer
membrane
proteines
= antibact

Ou pénicilline ou
B lactamine
La membrane cytoplasmique
La membrane cytoplasmique, ou membrane interne
Elle est constituée d’une double couche d’unités de phospholipides
(35 %) et de protéines qui lui sont associées (65 %).
Certaines de ces protéines jouent un rôle dans la synthèse du
peptidoglycane et sont appelées protéines de liaison aux pénicillines
(PLP) ou penicillin-binding-proteins (PBP) car elles sont également
la cible d'action des bêta-lactamines, famille d'antibiotiques à
laquelle appartient la pénicilline.
La membrane cytoplasmique des bactéries se
distingue de celle des cellules eucaryotes par
l'absence de stérols.
Elle est caractérisée par son extrême fluidité qui est
liée au déplacement et à la rotation des groupements
lipidiques.
 Fonctions principales de la membrane cytoplasmique

Les fonctions principales de la membrane cytoplasmique sont les


suivantes :
•perméabilité sélective et transport des substances solubles à
l'intérieur de la bactérie : la membrane est à la fois une barrière
osmotique et un lieu de transport actif grâce à des perméases ;

• fonction respiratoire par transport d'électrons et


phosphorylation oxydative dans les espèces bactériennes aérobies
(rôle équivalent à celui des mitochondries des eucaryotes) 
• excrétion d'enzymes hydrolytiques, qui dégradent
les polymères en sous-unités suffisamment petites pour
pouvoir traverser la membrane cytoplasmique et être
importés dans la bactérie ;

• support d'enzymes et de transporteurs de molécules


impliqués dans la biosynthèse de l'ADN, des polymères
de la paroi et des lipides membranaires.
 Le cytoplasme bactérien
•La structure du cytoplasme bactérien est beaucoup plus simple que celle du
cytoplasme des cellules eucaryotes.

• Le cytoplasme ne contient pas en effet de mitochondries :

• En revanche, il est particulièrement riche en ARN solubles (ARN messager et


ARN de transfert) et surtout en ARN particulaire ou ribosomal.

• Les ribosomes, au nombre de 15000 environ par bactérie,

• Les ribosomes sont la cible d'action de nombreux antibiotiques, aminosides,


phénicols, cyclines, macrolides
Le matériel génétique d’une bactérie
comprend:
(i) un "chromosome" ou nucléoïde ou
appareil nucléaire,
(ii) des éléments extra- chromosomiques ou
plasmides responsable de l’expression
phénotypique de nombreux caractères
métaboliques additionnel.
NB: le nucléoïde ou région nucléaire est
l’espace cytoplasmique du chromosome
4-3 la réplication bidirectionnelle et le réplisome
•Chaque fourche contient une multitude de de protéines q
fonctionnent de façon dynamique et s’associent pour form
large complexe ou réplisome
•Le brin d’ADN retardé se ré enroule plus loin pour perme
au réplisome d’avancer doucement en faisant passé l’ADN
ce n’est pas l’ADN polymérase qui se déplace mais l’ADN
•En résumé le réplisome contient en plus de la polyméra
1- ADN gyrase: suprime les super enroulement
2- ADN hélicase / primase (le primosome): déroule et
amorce l’ADN
3- Protéines de liaison simple brin: empèchent les brins
séparés de reformer la double hélice
Déroulement par petit
fragment

LA REPLICATION DE L’ADN
Single Stand
Binding Protein
Stabilise les
brins séparés

Brin directeur ou avancé ou (3’


vers 5’)
Brin retardé, réplication
discontinue (5’vers 3’)
Les plasmides sont des éléments
génétiques extra chromosomiques qui
ne sont pas essentiels á la croissance, et
portent des gènes qui leur permettent
de se répliquer de manière autonome.
Ce sont des réplicons
2.Les Propriétés codées par les plasmides ou
activité biologiques
•Les plasmides de virulence (production de
substance à rôle pathogène).
•Les plasmides conjugatifs
•Les plasmides de résistance aux ATB.
• les plasmides métaboliques
•Les plasmides de bactériocines
TRANSFERT
• Les plasmides sont transmis verticalement aux
cellules filles en nombre égale au moment de la
division cellulaire. Transmis aussi horizontalement
c.a.d cellule à cellule se trouvant dans le même
milieu même espèce ou non dans ce cas le tansfert
se fait par conjugaison.
• Les plasmides peuvent être transmis également par
transduction (transfert par l’intermédiaire d’un
phage) ou par transformation (absorption d ADN
dissous présent en solution dans le milieu).
La spore (endospore) bactérienne

On les appelle spores ou endospores


puisque leur formation est
intracellulaire. La sporulation a lieu
dans les conditions du milieu
défavorables ou lorsque la cellule est
en fin de phase exponentielle.
• La sporulation est un phénomène qu’on retrouve
seulement dans certains genres bactériens
comme Bacillus, Clostridium et Sporosarcina.
Tous ces genres sont Gram positifs. Ce
processus de sporulation aboutit toujours à la
formation d’un nouveau type de cellule qui est
la spore dont le métabolisme est très bas et qui
peut rester très longtemps à l’état de dormance.
• Il faut noter que la spore ne peut pas
respirer car la paroi sporale ne contient pas
de cytochromes.
• Elle est très résistante aux conditions
de vie défavorables, c'est-à-dire à pH
extrêmes, températures extrêmes, elle
résiste aussi à la dessiccation, aux
radiations et aux agents chimiques
• la spore est thermorésistante car sa
teneur en eau est très faible
• Les spores résistent également aux radiations, aux
pressions, aux antibiotiques, aux antiseptiques et
aux désinfectants.
• La thermo résistance pose des problèmes dans les
hopitaux et en industries agroalimentaires.
La membrane cytoplasmique, analogue à
celle de la cellule végétative, est entourée
de
• la paroi sporale elle contient un peptido
glycanne qui deviendra la paroi de la
cellule végétative.
• Le cortex qui fait suite á une couche
épaisse.
Il est formé de peptido glycane mais de
type inhabituel très sensible aux
lysosymes.
• La tunique est composée d’une
protéine ‘de type kératine riche en
ponts disulfure . Cette couche
imperméable est responsable de la
grande résistance de la spore aux
agents chimique.
• L’exosporium, tégument le plus
externe est une membrane
lipoproteique contenant 20%
de sucres n’est pas essentiel á la survie
de la spore et sa fonction est mal connue
• Une fois les tuniques sont synthétisées, la
spore est réfractile mais pas résistante a la
chaleur.
La résistance est acquise par deux
phénomène chimiques.
• Le pompage massif d'ions calcium par
la Cell
• la synthèse d’un composé chimique
spécifique absent dans la forme
végétative (acide dipicolinique)
• Toutes les bactéries ont besoin:
• - d'eau,
• - d'une source d'énergie,
• - d'une source de carbone,
• - d'une source d'azote et
• - d'éléments minéraux.
• Les espèce bactérienne sont très hétérogènes quant
à leurs besoins nutritifs et physiques. Il faut donc
pour un certains nombre de bactéries, adapter les
conditions de culture selon leurs besoins.
• La nutrition doit être satisfaite par deux types de
substances:
1. Les substance élémentaires: eau, carbone , azote,
sels mnx
2. Les substances énergétiques: permettant à la
cellule de réaliser la synthèse de ses propres
constituants
• Substrats énergétiques ou une source
d’énergie (ex: lumière) conduisant à la
production d’énergie sous forme d’ATP
nécessaire aux biosynthèses cellulaires 

• Substances élémentaires ou constitutifs


(eau , C, N, S, P, éléments minéraux) pour
les biosynthèses. 
• Dans ces conditions bcp d’espèces peuvent
croitre et se multiplier.
On distingue 3 Types trophiques selon la
source d’énergie
Classe du besoin Nature du Type trophique
besoin
Rayonnement Phototrophe
lumineux =Photosynthé
tique
Oxydation de Chimiotrophe
Source d'énergie composés =Chimiosynth
organiques ou étique
inorganiques
Cellule hôte Paratrophe =
virus
Besoin en minéraux
• Ions quantitativement les plus nécessaires:
HPO42-, Cl-, SO42-, K+, Na+, Co2+, Mg2+.
• Oligoéléments: ils ne sont nécessaires qu'à
une concentration très faible: Mn2+, Fe2+,
Ca2+, Cu2+.
Types nutritionnels
• - Energie lumineuse: Energie Chimique :
Photo Chimio

Donneur d’e- Donneur d’e-

Inorganique :: litho
Inorganique litho Organique : Organo Inorganique : litho Organique : Organo
(H2S, H2O, etc….

CO2 Source CO2, H2S, H2,


Source
organique SO4, e organique
( CO2
Le CO2
peut utilisé)
peut utilisé

Photorganohétérotrophes Chimioorganohétérotrophes
Chimioorganohétérotrophes
Photorganohétérotrophes
Photolithoautotrophes
Photolithoautotrophes Chimiolithoautotrophes
Chimiolithoautotrophes
Algues Bs oxydants le S, H, Fe Protozoaires
Bs sulfureuses Bs non sulfureuses Bs nutrifiantes Mycètes
pourpres et vertes pourpres et vertes (Cycles La plupart des
cyanobactéries biogéochimiques) bactéries pathogènes
consiste à ensemencer une
suspension d'Haemophilus sur un
milieu gélosé au sang (facteur X) et
puis à ajouter une strie de S.
aureus (facteur V). Ceci induit un
satellitisme typique, Haemophilus
influenzae poussant autour de la
strie de staphylocoques.
3.1 Classification et propriété des facteurs de
croissance
3 catégories de facteurs
• 3.3 Syntrophie: Au cours, et surtout en fin de
croissance, les métabolites essentiels peuvent
être retrouvés dans le milieu extracellulaire.
Ce phénomène explique que, des bactéries
ayant des exigences nutritives différentes
puissent croitre quand elles sont
ensemencées ensemble dans un milieu sans
facteur de croissance.
4. Facteurs physiques
4.5 Effet de l’eau libre
• L’activité de l’eau est inversement
proportionnelle à la pression osmotique d’un
composé. Ainsi elle est affectée par la présence
+ou- importante de sels et de sucres.
• Halophiles: bactéries nécessite du sel pour
leurs croissance
• Halotolérantes: acceptent des concentrations
modérées de sels mais non obligatoire pour
leurs croissance
• Osmophiles : nécessitent du sucre pour leurs
croissance
• Osmotolérentes: acceptent des
concentrations modérées de sucres mais pas
obligatoires
• Xérophiles: peuvent se multipliées en
l’absence d’eau
Croissance sur milieu

Solide Liquide
une colonie en 24h Trouble
Le milieu liquide constitue le milieu favorable à
l’étude de la croissance bactérienne. Il y a une
bonne dispersion des cellules ; d’autre part on
peut suivre la croissance dans le temps par prise
d’échantillons à des intervalles de temps.
Méthodes de mesure de la croissance bactérienne :
Les techniques de mesure de la croissance sont basées
sur l’évaluation du nombre de bactéries ou de leur
masse par unité de volume ou de poids du milieu.
B. Mesure de la croissance (VOIR TD)
I. Mesure du nombre de cellules
1. Lecture au microscope
2. Dénombrement des cellules
après culture
II. Mesure de la masse
1.Détermination du poids sec
2.Mesure du trouble
III. Mesure de l’activité
Croissance en discontinue ou en ’’ Batch’’
Ici les éléments nutritifs ne sont pas renouvelés, la
phase de croissance ne dure que quelques heures
I. Constantes de la croissance
La culture peut être définie par deux constantes:
La croissance d’une bactérie placée dans des
conditions idéales de culture peut être définie par
deux constantes :
Le temps de génération= G
Le taux de croissance = 
3- Courbe de croissance

N= N0

Cette phase de latence s’observe pour tous les microorganismes : levures,


champignons, protozoaires, bactéries, etc
Figure 4 : Courbe de croissance dans un milieu contenant
deux glucides (par exemple : I : utilisation du glucose et
II : utilisation du lactose).
Triauxie: 3 sucres glucose, glycerol-sorbitol
N= f(T)

N= f(T)

Ǿ stationnaire réuite Ǿ stationnaire lente

µTrès fort µTrès faible

Exemple: chez E. coli µ varie en fonction de la


température; µ=0,5 à 18°C et µ = 3,3 à 40°C
Système fonctionnant en discontinu
ou en batch (Système fermé)

Inoculum

Substrat Formation de la Biomasse


Le système est fermé
Chargement Déchargement
la transformation se déroule

Début de réaction Fin de réaction

temps
Le chémostat est la plus féquente des
cultures continues.
Chemostat

Les chémostats inoculés avec une souche pure présentent une


propriété remarquable :
au bout d'un certain temps de fonctionnement ils atteignent un état
d'équilibre stationnaire où se trouvent en mode "lavage".
Autorégulation de D en fonction de la concentration bactérienne
mesure =µ maximal et croissance continue + population constante