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ENSB
Dr. Ammar Azioune 30/11/2014
Motivation
Connaitre les fonction des biomolécules
1. Les biomolécules (ex. protéines) communiquent
(interagissent) entre elles selon leur structures.
(liaison peptidique)
- Liaisons ioniques qui se forment entre les parties positives et négatives de la chaine
protéique (flèche en bleu).
- Liaisons covalentes polaires peuvent se former au sein de cette protéine (flèche violette).
- Ponts hydrogènes, faibles, mais ils peuvent assurer la conservation de la conformation
adéquate (flèche noire).
- Attractions hydrophobes pour le maintien de la forme moléculaire (flèche rouge).
1. a. Liaisons ioniques
Les liaisons ioniques sont des liaisons chimiques fortes, qui peuvent
apparaitre suite à un transfert complet d’un ou plusieurs électrons d’un atome
vers un autre.
Les charges positives (+) et négatives (-) se compensent exactement, de sorte que le
chlorure de sodium (NaCl) est un composé qui, globalement, est neutre.
Na Cl Na+ Cl-
Nombre de 11 17 11 17
protons
Nombres 11 17 10 18
d’électrons
Charge 0 0 -1 +1
électrique
Comparaison avec les liaisons covalentes:
1é
H: 1s1
La couche extérieure du
C
carbone est saturée: 8 é
C
4é
C: 1s2 2s2 2p2 Une paire d’électrons est partagée symétriquement
entre deux atomes.
Les couches externes se recouvrent et la paire
d’électrons se concentre dans l’espace interatomique.
Résumé sur les liaisons ioniques:
Au contraire de ce qui se passe dans les liaisons covalentes, les couches électroniques
externes des deux ions ne se recouvrent pas.
Les charges opposées présentent sur ces deux ions sont maintenues à proximité
immédiate dans le composé.
Exemple: CaCl2
Cl Ca Cl
Liaisons ioniques
Cl- Ca2+ Cl-
1. b. Liaisons covalentes polaires
Dans une liaison covalente, il arrive que les électrons mis en commun se partagent de
manière dissymétrique. C.-à-d. qu’un atome gagne d’avantage de densité électronique par
rapport à la moitié de la paire.
De même, dans un composé ionique, les électrons peuvent ne pas être transférés
complètement d’un atome à l’autre.
Ce type de liaisons s’établit lorsque les éléments réunis sont différents. La paire électronique
sera répartie de manière dissymétrique.
La différence d’électronégativité ( entre les éléments impliqués dans une liaison indique
l’inégalité relative du partage des électrons.
Exemple: C-H, = 2,5-2,1 = 0,4. Le déplacement des électrons dans cette liaison est assez
faible. Le nuage électronique est plus attiré vers l’élément le plus électronégatif.
On emploi le terme polarisation pour la liaison de ce type: C-H est légèrement polarisée
O-H, = 3,5 - 2,1 = 1,4. le nuage électronique assurant cette liaison est fortement attiré
par l’oxygène. La liaison est donc, fortement polarisée
De même pour la liaison N-H. = 0,9. La liaison est fortement polarisée.
Résumé sur les liaisons polaires:
Dans une liaison polaire, les électrons sont partagés de manière dissymétrique
Classiquement, le caractère polaire d’une liaison est indiqué par une charge
électrique partielle, placée au-dessus du symbole des éléments concernés.
- + - +
N-H O-H
Exemples: C-N
C-N: La différence d’électronégativité = 0,5 La liaison est faiblement polarisée
+ - + - + -
- + - + - +
Exemple: CHCl3
Le trichlorométhane (Chloroforme) est une molécule tétraédrique présentant des liaisons
C-Cl qui sont polaires.
Cl Exemple: CHCl3
-
Cl
C
H Cl
+
Cl C -
H Cl
1. Formule de structure de la molécule -
Cl
-
- Cl
Cl
+
+ C -
C - H Cl
H Cl -
-
Cl
Cl
- + -
O H O
La charge positive véhiculée par le noyau d’hydrogène est fortement attirée par la
charge négative des paires électroniques libres situées sur l’atome de l’oxygène d’une
molécule voisine. Ces électrons constituent l’extrémité négative d’un dipôle.
H
H
H H O
O H O
H O H
H
+
H O -
O H
H H
H H
H O O
H
Solvatation d’un Cation Solvatation d’un Anion
En solution aqueuse, les cations sont fortement solvatés par les paires
électroniques libres de l’oxygène des molécules d’eau. De même, la solvatation des
anions fait intervenir les atomes d’hydrogène électropositifs de l’eau.
Exemples
hélice