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Procaryotes / Eucaryotes

 Compartimentation

Contact permanent avec cytoplasme Membrane nucléaire


Procaryotes / Eucaryotes

 Taille

 Escherichia coli ~ 1-2 µm

 Saccharomyces cerevisiae ~ 3-5 µm

 Cellule humaine ~ 100 µm

 Division

 Procaryotes : Fission binaire (masse cellulaire)

 Eucaryotes : Fission couplée à une mitose


Chromosome

 Le terme chromosome ne devrait pas être utilisé pour les


procaryotes étant donné qu’il est différent du chromosome
eucaryote
On parle de “ Chromonema ” ou “ Génophore ” ou ...
... “ Nucléoïde ” (structure du chromosome dans la cellule)

 Eucaryote : Le chromosome forme un complexe hautement


organisé ADN-histones

 Procaryote : Le chromosome n’a pas une organisation ADN-


protéines régulière : “ Transient association ”  Rôles dans
la régulation de l’expression des gènes
Haploïdie

 A une exception près (Rhodobacter sphaeroides) , les


Procaryotes
possèdent leur information génétique en un seul chromosome
( à l’inverse des Eucaryotes )

 Ce chromosome unique peut se trouver en une seule copie /


cellule ou plus, selon l’espèce et les conditions de croissance
ex: E. coli peut avoir jusqu’à 4 copies lorsqu’elle se divise dans un
milieu très riche

 Exception à la règle : Cas d’échanges génétiques (transductions,


conjugaisons)
Circularité

 Cairns (1963)
a montré par
microscopie
électronique
que le
chromosome
bactérien est
sous forme
circulaire

 C’est aussi le cas de l’ADN mitochondrial et chloroplastique, et


de l’ADN plasmidique (à quelques rares exceptions)

 Des chromosomes linéaires ont cependant été décrits chez


quelques Spirochètes et quelques souches de Borrelia
Taille de l’ADN

 La taille de l’ADN peut être exprimée dans différentes unités :

 daltons (masse moléculaire)


 1 pb = 0.65x103 Da = 0.65 kDa
 bases / paires de bases

 La taille des petites molécules (plasmides ou chromosomes viraux)


peut être estimée selon la longueur observée en microscopie
électronique :

1 µm = 3x103 pb = 2x106 Da
Taille de l’ADN

 Cette taille varie énormément: 0.5x109 (Mycoplasmes) à 9x109 Da


(Cyanobactéries, Streptomycètes, Myxobacteries)

 La plupart des Procaryotes ont un génome dont la taille varie


entre 2x109 et 4x109 Daltons (ex: E. coli  ~3x109 Da)
0 1 2.5 5 7.5 10 12.5 (x10 6 bp)
Genome size
H. influenzae, Streptococcus, Cyanobacteria (I), Pseudomonas
% total
strains Mycoplasmas
examined E. coli, B. subtilis, Cyanobacteria (I & II)
10 Chlamydiae

Rhizobium

Mycobacterium, Prochloron

5
M. xanthus

Cyanobacteria (IV)

Streptomyces

0
0 2 4 6 8 (x10 9 Daltons)
Taille de l’ADN

Organisme Taille (pb) Poids (Daltons)

Bactériophage λ ~ 4.8 x 104 ~ 3.1 x 107

Bactériophage T2 ~ 2.0 x 105 ~ 1.3 x 108

E. coli ~ 4.0 x 106 ~ 2.5 x 109

Levure (S. cerevisiae) ~ 1.6 x 107 ~ 1.0 x 1010

Nématode ~ 8.0 x 107 ~ 5.0 x 1010

Drosophile ~ 1.2 x 108 ~ 7.7 x 1010

Mammifères ~ 3.0 x 109 ~ 1.9 x 1012


Plasmides

 D’autres structures à réplication autonome peuvent être trouvées


et maintenues de manière stable chez les bactéries : plasmides

 La plupart des plasmides sont facultatifs, les bactéries qui n’en


ont pas sont parfaitement viables

 La taille des plasmides est extrêmement variable, allant d’une


100aine pb à plusieurs 100aines kb
Plasmides

La régulation de la réplication des plasmides dépend de 2 critères :

 Nombre de copies
 Haut nombre de copies  Faible nombre de copies
Petits plasmides Grands plasmides
100-1.000 copies / cellule 1-2 copies / cellule

Plasmide Taille (kb) Nombre copies


ColE1 (E. coli) 6.4 Elevé
R6K (E. coli) 38 13-40
F (E. coli) 94.5 1
RP4 (Gram-) 60 4-7
R1 (E. coli) 100 2
pIJ101 (Streptomyces) 4.4 20-25
Plasmides
 Groupe d’incompatibilité

 Définition : Incapacité des plasmides à être maintenus de manière


stable dans une même cellule

 2 plasmides s'excluant mutuellement, c-à-d ne pouvant coexister


dans la même bactérie, appartiennent au même groupe
d'incompatibilité.
 Groupe F-like est le groupe le mieux étudié
Plusieurs sous-groupes : IncFI à IncFV
Spectre d’hôtes très étroit
Conjugaison entre Gram-, réplication instable
 IncP : groupe qui montre le plus large spectre d’hôtes
Groupe d’incompatibilité Exemples

IncI ColIb-P9
IncN N3, pCU1, pKM101, RP6
IncP RK2 (RP4, R68, RP1)
IncQ R300B, RSF1010
IncW R388, pSa
Marqueurs portés par les plasmides

 Résistance aux antibiotiques


 ß-lactamines (pénicillines, céphalosporines, ...)
Plasmides des Gram- (enzymes TEM, SHV, OXA, CARB, ...) et
des Gram+ (enzymes A, B, C, D de S. aureus)

 Chloramphénicol
Plasmides des Gram- et Gram+ (Staphylococcus, ...)

 Tétracycline
Plasmides des Entérobactéries (gènes tetA à E), Staphylococcus,
bacilles du sol, Streptococcus, ...

 Aminoglycoside (Km, Nm, Sm, ...)


Plasmides des Gram- et des Gram+

 MLS (Macrolides, Lincosamides, Streptogramines)


Plasmides conjugatifs des Gram+ (S. aureus, Streptococcus, ...),
et des Gram- (Bacteroides Spp.)
Marqueurs portés par les plasmides

 Résistance aux ions toxiques (ex: métaux lourds)

 Production de bactériocines (ex: colicine par E. coli, subtilisine par


B. subtilis) et de toxines (ex: hémolysine par E. coli)

 Plasmides de dégradation (ex: plasmide TOL de Pseudomonas


putida qui code pour des enzymes dégradant le toluène)

 Plasmides des bactéries lactiques (ex: plasmides de Streptococcus


lactis qui codent pour des fonctions utiles à l’industrie laitière:
dégradation lactose, galactose, ...)

 Plasmides symbiotiques (ex: plasmides géants 200 Mda / 1.500 kb


de Rhizobium)

 Plasmides inducteurs de tumeurs (ex: plasmide Ti d’Agrobacterium)


Le pourcentage en GC

 Pour la majorité des espèces, %GC est aux alentours de 50 %

 La variation peut cependant être très large, avec des extrêmes :


 26-27 % pour Mycoplasma spp. et Clostridium spp.
 76 % pour Micrococcus

 Ceci est en accord avec le calcul théorique du %GC minimum


nécessaire pour qu’une espèce puisse assurer une synthèse
normale d’acides aminés

 C’est le premier citère taxonomique moléculaire qui a été utilisé

 Par exemple, %GC a permis de différencier les Myxobactéries


(70 %GC) et les Cythophagales (30 %GC) qui ont pourtant des
caractéristiques métaboliques et physiologiques similaires
Le pourcentage d’hybridation

 Il est basée sur l’hybridation de l’ADN total entre espèces

 Il permet de déterminer si deux souches appartiennent à la


même espèce ou à deux espèces différentes :

 ~ 80% d’hybridation  Espèces proches

 < 20% d’hybridation  Espèces différentes


Séquences des ARNs ribosomaux (rARNs)

 Woese (1987,1990) propose de les utiliser en taxonomie

 Les rARNs montrent des régions extrêmement conservées, alors


que d’autres régions, bien qu’ayant divergé, ont divergé plus
lentement que les gènes “ordinaires”

 Ce sont des “chronomètres” de l’évolution

Bacteria Archaea Eukarya

 Les rARNs ont ainsi


permis de définir 3
grands domaines :

Progenote

 Le développement des techniques de biologie moléculaire fait que


la phyllogénie moléculaire va remplacer la taxonomie classique
L’ADN est sous forme condensée dans la cellule

 La taille de la molécule d’ADN est considérablement plus grande


que celle de la cellule  Notion de Condensation

 Eucaryotes :
La molécule d’ADN de 3x109 pb a une longueur de 2 mètres et
elle est condensée dans une cellule de 100 µm
 Facteur de condensation : ~ 1.000

 Procaryotes :
Par exemple, la molécule d’ADN de E. coli de 4.6x106 pb a une
longueur de 15 millimètres et elle est condensée dans une cellule
qui fait de 1-5 µm
 Facteur de condensation : ~ 1.000
L’ADN Procaryote est lui aussi organisé

 On a longtemps considéré que l’ADN des procaryotes était diffus


dans la cellule, non ordonné et non condensé : ceci est FAUX

 L’ADN procaryote est sous forme


condensée, mais instable

 Il présente un aspect proche des


nucléosomes eucaryotes

 Cette forme condensée de l’ADN


chez les Procayotes est appellée
“ Nucléoïde ”
L’ADN Procaryote est super-enroulé

 L’ADN Procaryote est une molécule super-enroulée négativement

 Niveau de super-hélicité  1 tour / 200 pb

200 pb


L’ADN Procaryote est super-enroulé

 Nombre de tours de super-hélice


 Densité superhélicoïdale  =
 Nombre de tours d’hélice
- 1 / 200
 soit : = -0.05
1 / 10

 L’électrophorèse sur gel permet de mesurer le super-enroulement

ADN relaché

ADN super-enroulé
Rôles de la super-hélicité

 La super-hélicité négative facilite :

 Séparation des brins d’ADN


 Fixation de protéines
 Formation de structures IIaires et IIIaires

 La super-hélicité est impliquée :

 Réplication
 Transcription
 Recombinaison ...
Super-hélicité chez les Eucaryotes et les Procaryotes

 La super-hélicité de l’ADN des Eucaryotes est presque totalement


due à l’enroulement de l’ADN autour des histones

 Chez les Procaryotes, deux composantes sont responsables de la


super-hélicité :

 Super-hélicité libre  due à l’action des topoisomérases

 Super-hélicité contrainte  hors action des topoisomérases

 Y’a-t-il des protéines qui


jouent un rôle similaire à celui
des histones ???
Super-hélicité libre

 Chez E. coli, 4 enzymes topoisomérases ont été identifiées :

 Topoisomérase I (Wang, 1975)


 Topoisomérase III (Dean et al., 1983)  Relâchent l’ADN
 Topoisomérase IV (Kato et al., 1990)

 Gyrase (Gelbert et al., 1976)  Introduit des super-tours


négatifs dans l’ADN en
présence d’ATP

 Régulation homéostatique  Ajustement de l’accumulation et de


l’activité des Topoisomérases (I) et de la Gyrase
Super-hélicité contrainte

Y’a-t-il des protéines Histones chez les Procaryotes ?

 Un ensemble de protéines associées au nucléoïde bactérien ont


été identifiées

 Ces protéines participent, comme les histones des Eucaryotes, à


la réalisation de structures de type nucléosome

 De par leur propriétés structurales et fonctionnelles, et du fait


de leur abondance, elles sont considérées comme “ histone-like ”