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Généralités
Les
équipements de
laboratoire
Les techniques
de séparation et
Analyses bactériologique de l’eau
d’identification
Application à
l’analyse de
l’eau
Synthèse
Diapo n°1
Sommaire
1. Généralités
Région Centre Est
La mise en 4. L’identification
culture et
isolement 4.1 Colorations
4.2 Morphologie
L’identification 4.3 Caractères biochimiques
5. Le dénombrement
Le 5.1 Le prélèvement
dénombrement
5.2 Dénombrement par dilution (NPP)
5.3 Dénombrement par filtration sur membrane
Les exigences
de qualité 5.4 Méthode « Colilert »
5.5 Méthode « en continu » : E Colimètre
La signification 6. Les exigences de qualité
des paramètres
pris en compte
7. La signification des paramètres pris en compte
Microbiologie 8. Microbiologie des eaux usées
des eaux usées
Diapo n°2
1. Généralités
Région Centre Est
Généralités
La microbiologie est la science qui étudie les organismes
vivants microscopiques qui sont unicellulaires ou
Les
équipements de multicellulaires. Elle est scindée en plusieurs spécialités :
laboratoire
- la mycologie
- la bactériologie
La mise en
culture et - la virologie
isolement
- l’algologie
- la protozoologie
L’identification
Les exigences
de qualité
La classification des bactéries (taxonomie) a été d’abord fondée
sur l’étude de leur caractère phénotypique (morphologie, mode
de déplacement, caractéristiques de colonies, coloration,
La signification
des paramètres condition de vie et caractère biochimique), puis génotypique.
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°3
2. Les équipements de laboratoire
Région Centre Est
2.1. Les équipements de désinfection
Généralités
Autoclave
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°4
Région Centre Est
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Bec Bunsen
Les exigences Pot à
de qualité
Javel
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°5
Zone de stérilité
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°6
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°7
2.2. Les équipements d’ensemencement et de culture
Région Centre Est Les étuves d’incubation
Généralités
- 22°C
- 37°C
- 44°C
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
Boite de PETRI
des eaux usées
Diapo n°8
2.3. Les Réactifs
Région Centre Est
Généralités
Le sérum physiologique
Eau contenant 7 g/l de NaCl
Les
équipements de
laboratoire Les milieux de culture
• Les milieux d’enrichissement
La mise en
culture et Ils sont destinés à favoriser le
isolement
développement des germes présents dans
l’ensemencement : Gélose nutritive
L’identification • Les milieux spécifiques
Ils favorisent le développement du germe choisi.
Le Ils contiennent des substrats et des réactifs qui permettent
dénombrement
d’identifier les germes par leur caractères biochimiques1
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°9
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°10
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°11
3. La mise en culture et isolement
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des Microbiologie
eaux usées
des eaux usées Diapo n°12
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°13
4. L’identification
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°14
4.1 Colorations
Région Centre Est
Généralités La coloration de Gram doit son nom au bactériologiste danois Hans Christian
Gram qui mis au point le protocole en 1884.
Les bactéries présentent toutes une paroi constituée d'une substance, la
Les
équipements de
muréine qui est un peptidoglycanne. Celle-ci est recouverte par une membrane
laboratoire externe chez les bactéries Gram-, tandis que les bactéries à Gram+ en sont
dépourvues. Cette paroi de part son organisation permet de les classer soit dans
les Gram+ ou les Gram-.
La mise en
culture et Cette information est importante car elle est utilisée dans la taxonomie. Elle
isolement permet ainsi, avec la reconnaissance de la morphologique et le mode de
groupement des bactéries de renseigner sur l'ordre dont fait partie les bactéries
étudiées
L’identification
Le
dénombrement
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°15
Région Centre Est 4.2 Morphologie
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°16
4.3 Caractères biochimiques
Région Centre Est
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°17
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°18
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°19
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°20
5. Le dénombrement
Région Centre Est
L’identification
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°21
5.2. Dénombrement par dilution : NPP (Nombre le Plus Probable)
Région Centre Est
Généralités
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°22
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
1 ml
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°23
5.3. Dénombrement par filtration sur membrane
Région Centre Est
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°24
5.4. Méthodes « Colilert »
Région Centre Est
Généralités
Cette méthode est spécifique du diagnostic de présence de
Escherichia Coli et peut permettre sa quantification (Coliquant).
Les
équipements de
laboratoire
Un volume connu d’eau à analyser est versé dans un flacon
stérile contenant un milieu liquide spécifique (bouillon lauryl tryptose
La mise en contenant du méthyl umbélliféryl-glucuronidase : MUG) . Le milieu devient
culture et
isolement fluorescent lors de sa lyse par des bactéries possédant la ß-
glucuronidase (caractère spécifique de E Coli). L’incubation dure 48h à
L’identification
35°C.
La quantification « Coliquant »
Le
s’effectue en transvasant le milieu ensemencé
dénombrement dans un poche plastique contenant 100 alvéoles.
La poche est ensuite scéllée et mise en
incubation. Par rayonnement UV, on met en
Les exigences
de qualité évidence les alvéoles où la réaction s’est produit
par présence de germes et ainsi déterminer la
teneur initiale dans l’échantillon.
La signification
des paramètres
pris en compte
Cette méthode « de terrain » est agréée par l’autorité sanitaire de
Microbiologie
nombreux pays.
des eaux usées
Diapo n°25
5.5. Méthodes « en continu » : E. Colimètre
Région Centre Est
Généralités
Escherichia Coli a la propriété de dégrader le lactose avec
production de gaz (lactose + ; gaz + : caractère spécifique).
Le gaz produit est de l’hydrogène qui peut être détecté par une
Les
équipements de électrode spécifique.
laboratoire
Cette production d’hydrogène est mesurable au bout de 11 h à
partir de la mise en incubation de 100 ml d’eau à analyser contenant :
La mise en 1 E Coli. Ce temps diminue de 1 h par puissance 10 de la teneur en E
culture et
isolement Coli présents dans l’échantillon.
L’identification
2 Cellules de mesure fonctionnant en décalé permettent de
déterminer en continu, au plus toutes les 5h30, la qualité
bactériologique de l’eau
Le
dénombrement
Les phases vidange, nettoyage, désinfection, mise en place du
milieu, ensemencement et incubation se font automatiquement.
Les exigences
de qualité
Ce type d’appareil a été utilisé en contrôle qualité de l’eau
potable et en détermination d’abattement de la population bactérienne
La signification
des paramètres en traitement tertiaire d’épuration (Vals les Bains).
pris en compte
Microbiologie
Il n’a pas eu le développement commercial espéré.
des eaux usées
Diapo n°26
6. Les Exigences de qualité
Région Centre Est
Généralités
Les
Germes totaux à 22°C ≤ 10 u / 100 ml
équipements de
laboratoire
L’identification
Coliformes thermotolérants 0 u / 100 ml
Le
Escherichia Coli 0 u / 100 ml
dénombrement
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°27
7. Signification des paramètres pris en compte
Région Centre Est
La mise en
Coliformes totaux :
culture et
isolement
C’est une limite de qualité. Leur présence témoigne d’une eau non
conforme. Cette eau a été contaminée par ces germes dont l’origine est aussi
bien tellurique que fécale.
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°29
Cette présence d’une culture bactérienne entraîne le
Région Centre Est
développement d’une microfaune composée principalement
Généralités
d’organismes prédateurs et représentée par des protozoaires
et métazoaires. L’ensemble de ces microorganismes constitue
Les
équipements de l’édifice biologique de la station d’épuration.
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°30
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°31
La pression sélective du milieu « boues activées » est très forte
Région Centre Est
et illustrée par le tableau suivant indiquant le nombre
Généralités
d’individus recensés.
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°32
Dans les boues activées, les bactéries sont pour la
Région Centre Est
plupart aérobies facultatives « Gram négatif » mobiles
Généralités
provenant essentiellement du sol ou des eaux. Les bactéries
fécales et les bactéries pathogènes ne se développent pas dans
Les
équipements de ce milieu très sélectif.
laboratoire
Les bactéries jouent un rôle essentiel par rapport aux
autres microorganismes. Il est basé essentiellement sur la
La mise en
culture et
croissance floculée des bactéries. Ce type de croissance est
isolement
obtenu dans des conditions bien précises du métabolisme
bactérien.
L’identification
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°33
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
Ce sont ces sucres complexes qui favorisent la cohésion
pris en compte
des bactéries
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°34
Région Centre Est
Généralités
Croissance dispersée
Les X 1 000
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Croissance floculée
X 400
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°35
Région Centre Est
Généralités
Croissance filamenteuse
X 100
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°36
8.1. La microfaune
Région Centre Est
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°37
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°38
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°39
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°40
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°41
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°42
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°43
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°44
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°45
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°46
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°47
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°48
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°49
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°50
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°51
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°52
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°53
Région Centre Est
Aspidisca
Généralités
Très mobile
Fonctionnement stable ; bonne épuration
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°54
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Euplote
Fonctionnement stable ; bonne épuration
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°55
Vorticella Opercularia
Région Centre Est
Fonctionnement stable ; bonne épuration
Généralités
Déficit en oxygène épuration incomplète
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°56
Arcella
Région Centre Est
Se développe lors de la nitrification
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°57
Région Centre Est Les Bactéries filamenteuses
Généralités
La mise en
-Foisonnement des boues : Mauvaise décantation
culture et
isolement
Le
dénombrement
Leur présence est due à la nature de l’effluent
(septicité, composition) et à de mauvaises
Les exigences
conditions de fonctionnement (charge massique)
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°58
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°59
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°60
Région Centre Est
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Thiothrix
Microbiologie
des eaux usées
Diapo n°61
Région Centre Est
Pour finir, un beau bouquet …
Généralités
Les
équipements de
laboratoire
La mise en
culture et
isolement
L’identification
Le
dénombrement
Les exigences
de qualité
La signification
des paramètres
pris en compte
Microbiologie
… de Vorticella !
des eaux usées
Diapo n°62