-TERMINOLOGIE -HISTORIQUE DE LA PHYTOPATHOLOGIE -DIAGNOSTIQUE EN PATHOLOGIE VEGETALE -CLASSIFICATION DES MALADIES
Chapitre 2 : GENERALITES SUR LES AGENTS PATHOGENES
Champignons, bactéries, virus, mycoplasmes, viroïdes, nématodes et
phanérogames parasites.
Chapitre 3 : SYMPTÔMES ET LUTTES CONTRE LES MALADIES A :
Myxomycètes, Phycomycètes, Oomycètes, Ascomycètes et champignons imparfaits et Basidiomycètes A- TERMINOLOGIE
La phytopathologie ou pathologie générale c’est la science qui
traite les maladies des plantes. Elle étudie :
-Les causes parasitaires et les conditions environnementales qui
provoquent des perturbations dans la croissance et le développement des végétaux -L’interaction entre ces agents et la plante malade -Les méthodes pour prévenir ou contrôler les maladies Elle regroupe: - L’étiologie la science qui étudie les causes des maladies - La symptomatologie la science qui étudie les symptômes - L’épidémiologie la science qui étudie les modalités d’extension spatiale et temporelle de la maladie au sein d’une population de plantes saines HISTORIQUE DE LA PHYTOPATHOLOGIE
L ’ergot des céréales
L'histoire a retenu maints souvenirs
de cas d'ergotisme généralisé, liés aux périodes de disette, notamment au Moyen Age. En 1722, l'ergot de seigle aurait provoqué l'effondrement de l'armée du tsar Pierre le Grand de Russie, en marche vers la Turquie. L'un des derniers cas d'ergotisme eut lieu en 1951 à Pont Saint-Esprit (France).
. L ’ergot des céréales
Ces sclérotes contiennent des alcaloïdes toxiques
(parmi lesquels l'acide lysergique) dont l'absorption provoque des affections convulsives (le “ feu sacré ”) ou gangreneuses (déformations et nécroses des membres) pouvant conduire à la mort des personnes ou des animaux intoxiqués. Le mildiou de la pomme de terre, une maladie qui a fait l ’HISTOIRE
1845, l ’agent du mildiou de
la pomme, originaire d ’Amérique latine, est introduit accidentellement en Irlande et émigration vers USA... Le mildiou de la pomme de terre, une maladie qui a fait l ’HISTOIRE
En 1917, le même mildiou provoque une famine en
Allemagne, hâtant peut-être la défaite du Kaiser... 1918 : la famine en Allemagne DIAGNOSTIQUE EN PATHOLOGIE VEGETALE
Symptôme = modification du phénotype par rapport à
celui qui est attendu ENVIRONNEMENT ABIOTIQUE
Génotype mis en culture Phénotype observé
ENVIRONNEMENT = Symptôme BIOTIQUE
Phénotype attendu Figure1 : Effet des maladies sur les principales fonctions d’une plante Symptomatologie • 1. Modifications de couleur • 2. Altérations d ’organes • 3. Modifications anatomiques des rameaux et des tiges • 4. Modification au niveau des feuilles • 5. Modifications touchant les fleurs • 6. Anomalies de croissance • 7. Anomalies internes • 8. Excroissances pathologiques Exemple d ’anthocyanose
Anthocyanose virale sur carotte
Photo FUSAGx Exemple de chlorose
Carence en fer chez le chêne
Exemple de mélanose
Photo FUSAGx
La maladie « des taches noires » du rosier
Exemple de mosaïque
Virus de la mosaïque dorée du haricot
A. Sartorato Embrapa 2. Altérations d ’organes
• Nécrose : altération résultant de la mort des
cellules • Pourriture : altération résultant d ’une décomposition des tissus • Déformation: excroissance (Hernie de chou) • Flétrissement : perte de turgescence Exemples de nécrose
Photo R.Paul, FUSAGx
Nécrose de l ’extrémité des feuilles
sur millepertuis (pollution au fluor) Photo A.Sartorato, FUSAGx Nécrose bactérienne sur haricot Exemples de pourriture
Photo USAGx
Pourriture à Sclerotinia sur carotte
Photo FUSAGx Photo FUSAGx
Pourriture de pommes en conservation
Exemple de flétrissement
Université d ’Edinburgh Photo FUSAGx
Flétrissement d ’une plante
Photo Brancard, INRA de betterave 3. Modifications anatomiques des rameaux et des tiges • Balai de sorcière : prolifération abondante des ramifications d ’une tige • Chancre : altération localisée de l ’écorce Exemple de balai de sorcière
Trèfle (infection par un phytoplasme)
Exemples de chancre
Chancre à Colletotrichum sur manioc
Chancre à Nectria sur poirier
4. Modification au niveau des feuilles
• Frisolée : boursouflure et gaufrement du
limbe foliaire Exemple de frisolée
Ipomoea nil infecté par des virus
de la patate douce 5. Modifications touchant les fleurs
• Virescence : pièces florales restant vertes
• Chloranthie : transformation de verticilles
floraux en organes foliacés Exemple de virescence
Infection à phytoplasmes sur pervenche
Exemples de Chloranthie
Infections à phytoplasmes 6. Anomalies de croissance
• Nanisme et atrophie : réduction de la taille
de la plante ou de ses organes • Déformations d ’organes Exemple de nanisme
Nanisme d’une plante d’orge
infectée par le virus de la jaunisse nanisante de l’orge (BaYDV) Exemple de déformation de fruits due au Virus du bois strié du pommier 7. Anomalies internes
• Thyllose : expansion vésiculeuse se formant
dans le xylème à partir de cellules • Dépôts anormaux : callose Exemple d’anomalie interne
Photo FUSAGx Thylles dans des vaisseaux de xylème d ’une plante de tomate infectée par Verticillium albo-atrum Exemple d’anomalie interne
Dépôts anormaux de callose
dans le phloème d’une plante de pomme de terre infectée par le virus de l ’enroulement 1.3.8. Excroissances pathologiques
• Gale : altération superficielle de l ’épiderme
de la plante • Galle : excroissance dues aux insectes, bactéries et champignons • Tumeur : prolifération anarchique des tissus suite à une modification génétique des ces cellules végétales Exemple de gale
Gale ordinaire de la pomme de terre
(Streptomyces scabies) Exemple de galle
Galles dues à des insectes sur érable
Exemple de tumeur chez la tomate
Ministry Agriculture Fisheries Food
L ’étiologie est la discipline qui étudie les causes des maladies
• Deux grands types de maladies (et de
causes de celles-ci) chez les plantes : Maladies parasitaires
Maladies non parasitaires
Maladies parasitaires
Les maladies parasitaires
Ce sont les maladies causées par l'action
d'agents pathogènes (virus, phytoplasmes, bactéries, champignons, etc.) Ces parasites sont infectieux(ils envahissent l’hôte et s’y multiplient) et contagieux (ils se transmettent d’une plante infectée à une plate saine) Maladies parasitaires
Les maladies parasitaires
• Agents pathogènes responsables des
maladies parasitaires (=diseases) : – Les virus et viroïdes – Les procaryotes (phytoplasmes et bactéries) – Les protozoaires – Les champignons – Les phanérogames parasites Maladies non parasitaires
L ’étiologie des maladies non
parasitaires Elles résultent d'une inadéquation des conditions écologiques.
Il peut s ’agir de problèmes liés aux
conditions climatiques, aux phénomènes de pollution ou à des problèmes nutritifs.
. Maladies non parasitaires
L ’étiologie des maladies non
parasitaires • Quelques causes de maladies non parasitaires – Des carences nutritives – Le climat – La pollution – La toxicité des pesticides Synthèse des causes des maladies chez les plantes
En cas de températures excessives, les symptômes observés sont dus à une
transpiration dépassant les quantités d'eau fournies par le système conducteur. Les feuilles perdent leur rigidité et se fanent, les chlorophylles sont détruites, induisant chloroses et de nécroses.
Altération de l'écorce due à une élévation de la température
Les températures basses ("chilling")
Les effets des températures de 0 à 5 C (refroidissement de type "
chilling ") sont distincts des dégâts de gel. Un coup de froid correspondant à une telle chute de température est d'autant plus redoutable qu'il survient brusquement et rapidement (exemple sur agrume).
Dégâts de type "chilling" sur agrume
Le gel
Le stress causé par le gel se manifeste à des températures inférieures au
point de congélation. Comme la concentration du liquide cellulaire varie considérablement, ce point limite diffère d'une espèce à l'autre. Les dégâts sont dus à la formation de cristaux de glace dans la cellule ou dans les espaces intercellulaires, avec plasmolyse et déshydratation du protoplasme. La sécheresse
La sécheresse a pour effet direct la déshydratation des cellules,
qui reste totalement réversible jusqu'à une teneur limite en eau. Au-delà de ce seuil d'hydratation, la cellule ne pourra plus se ré imbiber normalement et le dégât sera irréversible. Il existe un certain parallélisme entre les effets de la sécheresse, de la salinité et du gel : dans les trois cas, il y a indisponibilité de l'eau. L'excès d'eau
L'excès d'eau (ou submersion) est défini comme étant la présence
d'eau, dans le sol, en quantité dépassant celle de la capacité au champ
Effet dépressif sur la croissance d'un excès
d'eau dans le sol (combiné à une mauvaise structure du sol) Le stress salin
La salinité accentue les effets de la sécheresse en limitant le
prélèvement de l'eau par la plante, par réduction de la différence des potentiels osmotiques entre la solution du sol et les cellules végétales. Le stress salin est cependant plus complexe que le stress hydrique, car cet effet physique est combiné à des phénomènes de toxicité ionique et à des interactions nutritionnelles
Observez les nécroses
marginales qui traduisent un stress hydrique de la plante soumise à cet excès de salinité) La phytotoxicité
Parmi les ions, certains sont toxiques à des concentrations moyennes et d'autres (comme ceux de Hg, Se, I, Cd, Ti,…) le sont à des concentrations de quelques ppm. Les concentrations en métaux lourds dans les sols et les végétaux sont anormalement élevées dans un certain nombre de circonstances : - les sites métallifères - les zones industrielles - les zones urbaines - les zones de trafic - les zones rurales La phytotoxicité liée à des pratiques culturales (pesticides) Excès ou carences en substances nutritives
En fonction de sa concentration, de sa mobilité dans le sol, et de la
présence ou non d'autres ions, un élément nutritif essentiel (donc nécessaire a priori) peut provoquer des effets toxiques. La carence en un élément entraîne des anomalies de croissance, conséquence directe du déficit de sa présence, de son immobilisation sous une forme insoluble, ou encore d'effets antagonistes d'autres composés Les symptômes sont très souvent peu caractéristiques. Cette figure tente de dégager quelques pistes pour des éléments important Maladies parasitaires
Généralités sur Les maladies parasitaires
• Agents pathogènes responsables des
maladies parasitaires (=diseases) : – Les virus et viroïdes – Les procaryotes (phytoplasmes = mycoplasmes et bactéries) – Les protozoaires – Les champignons – Les phanérogames parasites Figure 1 : Diagramme représentatif des formes et taille des différents agents pathogènes en relation avec la cellule végétale 1- Maladies virales = viroses
Les virus ont une structure très simple: une coque de protection = capside, renfermant une information génétique sous forme (ARN) ou (ADN). Ils ne comportent q’un petit nombre de gène. Ce sont des organismes les plus simples, ils ne sont pas vu par un microscopique optique, ne sont pas retenus par des filtres et sont des parasites obligatoires des cellules de la plantes hôte, ils y se multiplient et provoques des perturbations métaboliques conduisant à l’expression des symptômes. Les viroses des plantes sont des maladies généralisées (le virus gagne l’ensemble du végétal: racine, tige, feuille, fleurs et fruit), persistantes et généralement transmises par des insectes. Spicules = projections de surface = boutons = antirécepteur viral Structure des virus
+ Enveloppe Acide nucléique (ADN ou ARN)
Forme parfois complexe Simple ou double brin (parfois les deux Fragmenté ou non, linéaire ou circulaire Parfois associé à des nucléoprotéines basiques (NC) pour le stabiliser et former le core ou nucléoïde NC
+/- tégument (= matrice, protéines MA - Spicules des structure finale des virus cohésion)
Nucléocapside + virus nus
enveloppés (= structure finale des
virus nus) Hélicoïdale Capside (protéines CA) Parfois en plusieurs couches « coque »
+/- autres molécules : nucléiques (ex : ARNt) ou
protéiques (ex : réplicases) Schémas d’un modèle de virus de la mosaïque du Tabac
Les viroïdes sont les plus petits microorganismes, plus petits que les virus, contiennent un seul ARN circulaire avec très peu de nucléotides (200-400) et n'ont pas de capside. Les viroïdes diffèrent des virus en six points: - Ils existent à l'intérieur des cellules en tant que particules d'ARN uniquement, sans capside ni enveloppe. Ils n'ont qu'un seul ARN circulaire qui contient très peu de nucléotides Leur ARN ne code pour aucune protéine Contrairement à certains virus, les viroïdes n'ont pas besoin de l'aide d'un virus pour infecter une cellule Contrairement au virus dont l'ARN peut être copié dans le cytoplasme ou le noyau, l'ARN des viroïdes est copié dans le noyau uniquement Il faut utiliser des techniques spéciales pour les détecter dans les tissus Principaux symptômes retrouvés chez les plantes infectées par des viroïdes
Retard de croissance chez Chlorose sur des feuilles de pêcher
des plants de tomates 3- Maladie d’origine bactérienne = phytobactériose
Les bactéries sont des organismes vivants unicellulaires procaryotes
caractérisées par une absence de noyau et d ‘organites. La plupart des bactéries ont une paroi cellulaire glucidique, le peptidoglycane. Les bactéries mesurent quelques micromètres de long et peuvent présenter différentes formes : des formes sphériques (cocci), des formes allongées ou en bâtonnets (bacilles). Les symptômes provoqués par les bactéries sont classées en 4 types (voir tableau n°: 2) - Nécroses: ex: Pseudomonas syringae p.v. tomate; Xanthomonas campestris - Flétrissements, ex: Crynebacterium michiganes - Pourritures molles: ex: Erwinia carotovora - Phénomènes de prolifération, tumeur, ex: Agrobactérium tumefacciens Les bactéries sont disséminées à partir d’exsudats sous forme de gouttelettes chargées de bactéries qui suintent à travers les stomates ou les fentes des tissus infectés, des éclaboussures de pluie,les insectes, les limaces ou d’autres animaux La quasi-totalité des bactéries phytopathogènes sont regroupées dans les genres suivants : Pseudomonas, Corynebactérium, Agrobactérium, Xanthomonas et Streptomyces. Différents symptômes des phytobactéries pathogènes Corynebacterium michiganense pv Xanthomonas vesicatoria Pseudomonas syringae pv. Tomato sur feuille Pseudomonas syringae pv. Tomato sur fruit Erwinia carotovora Streptomyces scabies crown gall Agrobacterium tumefaciens 4- Mycoplasmes
Les mycoplasmes sont des procaryotes unicellulaires qui n'ont pas de paroi ces petites cellules de taille variante de 100 à 1000 µm, contenant deux acides nucléiques. Ils peuvent se déformer et passer dans les vaisseaux conducteurs de la sève élaborées. Ils se sont détectés au microscopiques électroniques exp: Mycoplasmes spiralé des agrumes (Spiroplasma citri) ou jaunisse des carottes = Jaunisse ou jaunisse de I'aster Aster yellows mycoplasma (AYM) : Premièrement apparaît le jaunissement et la décoloration des nervures des jeunes feuilles au centre du collet, Plus tard, les nombreuses pousses malades surgissant de celui-ci donnent au sommet du plant l'aspect d'un balai de sorcière. Les feuilles âgées blanchissent au début puis deviennent cuivrées De nombreuses radicelles fibreuses et difformes croissent habituellement en quatre rangées le long de l'axe de la racine principale Jaunisse ou jaunisse de I'aster Aster yellows mycoplasma (AYM) 5- Phanérogames parasites
IL s’agit des plantes supérieures avec des feuilles et des fleurs, appartenant à des genres et des familles différentes. Le parasitisme peut être total, la plante parasite dépourvue de chlorophylle, tire de son hôte toute son alimentation, exemple de l’Orobanche, ou bien partielle, la plante parasite ne prélevant que l’eau et les éléments minéraux mais conserve son pouvoir de synthèse chlorophyllienne. Elles peuvent être selon le cas des parasites spécifiques de certaines espèces (le gui) ou bien plus généralistes. Gui blanc (Viscum album) Champ infesté par Orobanche. crenata O. ramosa sur tomate 6-Champignons phytopathogènes
Plus de 8 000 espèces de champignons s’attaquent aux plantes. Ce sont des
organismes généralement microscopiques ne possèdent pas de chlorophylle ni de tissus conducteurs, ils sont, donc, hétérotrophes. Les champignons qui vivent au dépend des êtres vivants sont considérés comme des parasites, ceux qui se développent sur des détritus organiques sont appelés saprophytes. La partie végétative d’un champignon est constituée par le thalle, on distingue: thalle plasmodial ou plasmode, qui est une masse protoplasmique nue, avec en suspension un grand nombre de noyaux. Ce type de thalle caractérise certains champignons primitifs Archimycètes, thalle filamenteux c’est un mycélium composé de filaments ou d’hyphes qui peut être siphonné sans cloisons (Phycomycètes= Siphomycètes) ou articulé avec cloisons (Septomycètes champignons plus évolués. 7- Nématodes phytopathogènes
Les nématodes c’est la classe de vers cylindriques, ils provoquent de nombreuses
maladies de plantes, Selon la partie du végétal on classe les nématodes en 3 groupes: + endoparasites qui deviennent adultes et pondent dans les organes du végétal (racines, feuilles , tige) tes que: Hetroderma + semi endoparasites, qui vivant sur les radicelles, pondent à l’extérieur tel que: Tylenchulus sur les racines des agrumes
L'arbre dépérit à la suite des attaques du Nématode
+ ectoparasites, qui vivent à l’extérieur et piquent la plante pour se nourrir
![Methodes d'Etude Virus l3 2019 2020.Ppt [Mode de Compatibilité]](https://imgv2-2-f.scribdassets.com/img/document/503985922/149x198/7b78065411/1619025074?v=1)
