Les espèces anciennes et actuelles qui composent le monde microbien proviendraient par évolution d’un ancêtre commun INTRODUCTION Difficultés de classer le monde microbien Avec le développement des outils d’investigation; la classification est en constante évolution En bactériologie :Il y a une diversité du monde bactérien ; d’où la nécessité de classer : TAXONOMIE HISTORIQUE 1676: Anthony van leewenhoek Drapier hollandais (amateur de microscope ) •découvre « animalcules » • (protozoaire? bactéries?) •-Agrandissement : 50 a 300X
•IL dessine et envoie la description
de ses observations (Royal Society ) •Première description des microbes LE MONDE MICROBIEN Evolution des idées
• 1886 Selon HAECKEL
Végétal Animal
PROTISTES
ALGUES PROTOZOAIRES CHAMPIGNONS BACTERIRES
LE MONDE MICROBIEN Evolution des idées • 1938 : COPELAND
PROTISTES
ALGUES PROTOZOAIRES CHAMPIGNONS
LE MONDE MICROBIEN Evolution des idées • 1938 : COPELAND
PROTISTES
ALGUES PROTOZOAIRES CHAMPIGNONS
Règne BACTERIES MONERA LE MONDE MICROBIEN Evolution des idées
• 1959 : WITTAKER: Règnes
Animal Végétal
PROTISTES
PROTOZOAIRES Algues Mycètes
Même poids taxonomique a ces règnes MONERA Mais différence importante entre MONERA et les autres Bactéries LE MONDE MICROBIEN Evolution des idées
• Depuis : 1930 : CHATTON: Oppose
• Cellules Cellules
EUCARYOTES Noyau entouré membrane PROCARYOTE Possede organites Noyau pas de membrane organisation rudimentaire LE MONDE MICROBIEN Evolution des idées • 1968 : MURRAY : 2 règnes
PROCARYOTE m Ou MONERA EUCARYOTES DIVISIONS
Gracilicutes Firmicutes Tenericutes Mendosicutes
Paroi de GRAM(-) Paroi de Gr(+) Sans paroi Archéobactéries LE MONDE MICROBIEN Evolution des idées LA BIOLOGIE MOLECULAIRE • Reprend cette division simpliste en 2 règnes En Postulant : Tous les organismes vivants ont un génome qui dérive de celui de ses ancêtres Au cours du temps : apparition de mutations qui s’accumulent Il est possible de reconstruire l’histoire des organismes vivants ; Plus deux génomes sont semblables plus les organismes sont apparentés LE MONDE MICROBIEN • LA BIOLOGIE MOLECULAIRE – Compare des organismes éloignés – Utilise des séquences génétiques conservées durant plus de 100 de millions d’années – Les gènes de l’ARN ribosomal ont des fonctions universelles ; et sont présents chez tous les êtres vivants ; ils ont une structure conservée – Toute modification a des conséquences sur la synthèse protéique – Il existe des portions ARN r identiques chez tous les êtres vivants LE MONDE MICROBIEN • BIOLOGIE MOLECULAIRE (3) • CR WOESE : Analyse de séquences d’ARNr • Distingue 3 grands groupes ou domaines
Archaea EUCARYA Archéobactéries
Bacteria Eubacteria
Etude phylogénétique ARN r montre Archaea plus proche des Eucarya que bactéria LE MONDE MICROBIEN
• Les Bactéries d’intérêt médical et
vétérinaire se recrutent au sein du domaine Bacteria • On peut distinguer 3 groupes par la coloration de Gram - PROCARYOTES GRAM (-) pourvus de paroi - PROCARYOTE GRAM(+) pourvus de paroi - PROCARYOTES dépourvus de paroi LE MONDE du VIVANT • TAXONOMIE BACTERIENNE Très grande diversité des groupes bactériens: • Forme • Métabolisme • Propriétés Nécessité de les classer • C’est le rôle de la taxonomie ou systématique ( science qui en biologie étudie la classification des êtres vivants sur leur (ressemblance et leur évolution ) définit un TAXON LE MONDE du VIVANT • Nomenclature bactérienne • C’est la science des dénominations • Il y a des règles d’attribution d’un nom a chaque taxon • se fait sur la base d’un consensus international • Le but : Donner un nom au taxon permet de le désigner sans être obligé de décrire tous ses caractères • Noms latins : en italique • Genre : début Majuscule • espèce : écrit en minuscule LE MONDE MICROBIEN
DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES
A) PHENOTYPIQUE : Utilise un faible nombre de caractères • Morphologie ( mobilité) • Présence de spore • Caractères biochimiques jugés essentiels (fermentation ) • Ex : test : I .M .V .I .C. ( indole ; Rouge Méthyle . VP. Inositol ; Citrate ) • Ne reflète qu’une quantité d’information réduite .Le choix des caractères qualifiés importants dépend des auteurs LE MONDE MICROBIEN • DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES : B )TAXONOMIE Numérique (tables diagnostiques) • Utilise la taxonomie primitive • Exploite le plus grand nombre possible de caractères : -Morphologique -biochimique -culture -Antigénique -Constituants cellulaires particuliers ( ac gras membranaires ; quinones ) Méthodes de taxonomie B) Phénétique :TAXONOMIE Numérique Tables diagnostiques • Plus grand nombre de caractères • Donne a tous les caractères le même poids • codés 1 (présence du caractère) • ou 0 ( absence du caractère) • On rassemble dans une même classe de similitude les individus les plus semblables • Méthode qui n’explore pas toutes les potentialités de la bactérie TAXONOMIE Numérique • Tables diagnostiques • Contiennent les réponses a un certain nombre de tests retenus • D’un lot de taxons . les Résultats sont codés (+) ou (-) • Bergey’s Manual les expriment sous cette forme : • (+) = 90% des souches ont ce caractère • (-) = 90% ne possèdent pas ce caractère • (d)= 11 a 89% des souches ne possèdent pas le caractère • (v) = caractère instable • La souche X est soumise aux tests figurant sur la table • La comparaison est possible par ordinateur = identification numérique moderne Méthodes de taxonomie
C) CHIMIOTAXONOMIE Etude des constituants cellulaires Les plus utilisés sont le peptidoglycane les quinones ( méta quinones ou ubiquinones ) les lipides polaires ( acinétobacter) Acides mycoliques (corynébactéries) • Méthodes complexes ( laboratoires spécialisés ) LE MONDE MICROBIEN • DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES : D) TAXONOMIE MOLECULAIRE (1) • Seconde moitié XXe siècle • Les espèces sont décrites sur la base du taux d’hybridation élevé entre ADN –ADN bactériens > 70% • Principe : Contenu ADN en GC% • 2 molécules ADN dénaturées peuvent se réassocier a condition de présenter des homologies • Le contenu ADN en Guanine –Cytosine ou GC% est délaissé car peu reproductible (25 ; 75%) LE MONDE MICROBIEN • TAXONOMIE MOLECULAIRE (2) • Méthode: Séquençage ARN ribosomal • Résultats: • Deux séquences proches = 2 espèces voisines • Deux séquences non homologues = 2 espèces éloignées • Permet la découverte de nouvelles espèces cultivables et non cultivables • Permet l’établissement d’arbre phylogénétique En regroupant les individus bactériens qui partagent un ancêtre commun et la même évolution
• • LE MONDE MICROBIEN • DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES • Actuellement • TAXONOMIE MIXTE CONSENSUELLE – Méthode de caractérisation de nouvelle espèce basée sur une – approche polyphasique Classification qui tient compte d’un maximum de données (génétique ; phénotypique ; chimiotaxonomique et écologique ) Il faut l’agrément d’un maximum de bactériologistes LE MONDE MICROBIEN Méthodes de taxonomie actuelle : approche polyphasique LE MONDE MICROBIEN LES DIFFERENTS RANGS HIERARCHIQUES LE MONDE MICROBIEN • L’ESPECE BACTERIENNE • Définition espèce : Diffère selon les critères retenus pour apprécier la similitude des souches . (phénotype ; génotype ; ou chimie ) • Constitution de Comités Internationaux définissant les critères • Il n’existe aucune définition universellement admise de l’espèce bactérienne LE MONDE MICROBIEN • L’ESPECE BACTERIENNE • Constitution de comités internationaux • International Committee on Systematic Bacteriology • International Committee on Systematic of Bacteriology • Définition Génétique de l’espèce en 2002 • Homologie ADN –ADN / hybridation ≥70 (semblables) • Homologie ARN 16s >97% ; • Même si le % homologie ARN > 97% (impossible de conclure si les souches sont semblables ou pas ) • Il n’y a pas de consensus international sur le % d’homologie des séquences d’ARN 16s LE MONDE MICROBIEN • L’ESPECE BACTERIENNE • En bactériologie := • Souche type : + ensemble des souches considérées proches • Souche type conservée en collection avec codé d’identification • Souche type = première souche isolée LE MONDE MICROBIEN • LE GENRE BACTERIEN • Toutes les espèces sont dans un genre • La nomenclature est binomiale • Code international de Nomenclature • Désignation binomiale de l’espèce • Genre Escherichia • Espèce coli • Sous espèces : bio vars ; serovars, Pathovars LE MONDE MICROBIEN • LE GENRE BACTERIEN englobe : • les espèces phylogénétiques et Phénotypiquement apparentés • L’ Identification du genre est possible sur les caractères phénotypiques Le Genre = Définition génétique Appartiennent au même genre les souches présentant – 30 -60% d’ homologie ADN-ADN ou 90 -94% homologie séquence ARN16s : Une différence GC% > 10% : n’appartiennent pas au même genre • Le genre pour le bactériologiste :il a une utilité pratique pour le diagnostic Comparaison entre cellules Procaryotes et Eucaryotes Propriétés Procaryotes Eucaryotes Membrane nucléaire Non Oui Nombre de chromosome 1 Plusieurs Histones Non Oui Nucléoles Non Oui Mitochondries Non Oui Appareil de Golgi Non Oui Chloroplastes Non Oui/Plantes Taille des ribosomes 70S 80S Paroi (peptidoglycane) Oui Non Lysosomes Non Oui Microtubules Non Oui Exemples Bactéries Animaux; Plantes Champignons (mycètes); Algues; Protozoaires
