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LE MONDE MICROBIEN

INTRODUCTION

• Plus de 500 000 Espèces répertoriées

 Caractérisées par leur diversité


 Les espèces anciennes et actuelles qui
composent le monde microbien
proviendraient par évolution d’un ancêtre
commun
INTRODUCTION
 Difficultés de classer le monde microbien
 Avec le développement des outils
d’investigation; la classification est en
constante évolution
 En bactériologie :Il y a une diversité du
monde bactérien ; d’où la nécessité de
classer : TAXONOMIE
HISTORIQUE
1676: Anthony van leewenhoek
Drapier hollandais
(amateur de microscope )
•découvre « animalcules »
• (protozoaire? bactéries?)
•-Agrandissement : 50 a 300X

•IL dessine et envoie la description


de ses observations (Royal Society )
•Première description des microbes
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Evolution des idées

• 1886 Selon HAECKEL

Végétal Animal

PROTISTES

ALGUES PROTOZOAIRES CHAMPIGNONS BACTERIRES


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Evolution des idées
• 1938 : COPELAND

PROTISTES

ALGUES PROTOZOAIRES CHAMPIGNONS


LE MONDE MICROBIEN
Evolution des idées
• 1938 : COPELAND

PROTISTES

ALGUES PROTOZOAIRES CHAMPIGNONS

Règne BACTERIES
MONERA
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Evolution des idées

• 1959 : WITTAKER: Règnes


Animal
Végétal

PROTISTES

PROTOZOAIRES Algues Mycètes


Même poids taxonomique
a ces règnes
MONERA
Mais différence importante
entre MONERA et les autres Bactéries
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• Depuis : 1930 : CHATTON: Oppose


• Cellules Cellules

EUCARYOTES
Noyau entouré membrane PROCARYOTE
Possede organites Noyau pas de membrane
organisation rudimentaire
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• 1968 : MURRAY : 2 règnes

PROCARYOTE
m Ou MONERA
EUCARYOTES
DIVISIONS

Gracilicutes Firmicutes Tenericutes Mendosicutes


Paroi de GRAM(-) Paroi de Gr(+) Sans paroi Archéobactéries
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LA BIOLOGIE MOLECULAIRE
• Reprend cette division simpliste en 2 règnes
En Postulant : Tous les organismes vivants ont un
génome qui dérive de celui de ses ancêtres
Au cours du temps : apparition de mutations qui
s’accumulent
Il est possible de reconstruire l’histoire des
organismes vivants ;
Plus deux génomes sont semblables plus les
organismes sont apparentés
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• LA BIOLOGIE MOLECULAIRE
– Compare des organismes éloignés
– Utilise des séquences génétiques conservées
durant plus de 100 de millions d’années
– Les gènes de l’ARN ribosomal ont des
fonctions universelles ; et sont présents chez
tous les êtres vivants ; ils ont une structure
conservée
– Toute modification a des conséquences sur la
synthèse protéique
– Il existe des portions ARN r identiques chez
tous les êtres vivants
LE MONDE MICROBIEN
• BIOLOGIE MOLECULAIRE (3)
• CR WOESE : Analyse de séquences d’ARNr
• Distingue 3 grands groupes ou domaines

Archaea
EUCARYA Archéobactéries

Bacteria
Eubacteria

Etude phylogénétique ARN r montre Archaea plus proche des Eucarya que
bactéria
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• Les Bactéries d’intérêt médical et


vétérinaire se recrutent au sein du domaine
Bacteria
• On peut distinguer 3 groupes par la
coloration de Gram
- PROCARYOTES GRAM (-) pourvus de paroi
- PROCARYOTE GRAM(+) pourvus de paroi
- PROCARYOTES dépourvus de paroi
LE MONDE du VIVANT
• TAXONOMIE BACTERIENNE
 Très grande diversité des groupes bactériens:
• Forme
• Métabolisme
• Propriétés
 Nécessité de les classer
• C’est le rôle de la taxonomie ou systématique ( science qui
en biologie étudie la classification des êtres vivants sur leur
(ressemblance et leur évolution ) définit un TAXON
LE MONDE du VIVANT
• Nomenclature bactérienne
• C’est la science des dénominations
• Il y a des règles d’attribution d’un nom a chaque
taxon
• se fait sur la base d’un consensus international
• Le but : Donner un nom au taxon permet de le
désigner sans être obligé de décrire tous ses
caractères
• Noms latins : en italique
• Genre : début Majuscule
• espèce : écrit en minuscule
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DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES


A) PHENOTYPIQUE :
Utilise un faible nombre de caractères
• Morphologie ( mobilité)
• Présence de spore
• Caractères biochimiques jugés essentiels
(fermentation )
• Ex : test : I .M .V .I .C. ( indole ; Rouge
Méthyle . VP. Inositol ; Citrate )
• Ne reflète qu’une quantité d’information
réduite .Le choix des caractères qualifiés
importants dépend des auteurs
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• DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES :
B )TAXONOMIE Numérique (tables
diagnostiques)
• Utilise la taxonomie primitive
• Exploite le plus grand nombre possible de
caractères :
-Morphologique
-biochimique
-culture
-Antigénique
-Constituants cellulaires particuliers
( ac gras membranaires ; quinones )
Méthodes de taxonomie
B) Phénétique :TAXONOMIE
Numérique Tables diagnostiques
• Plus grand nombre de caractères
• Donne a tous les caractères le même poids
• codés 1 (présence du caractère)
• ou 0 ( absence du caractère)
• On rassemble dans une même classe de similitude les
individus les plus semblables
• Méthode qui n’explore pas toutes les potentialités de la
bactérie
TAXONOMIE Numérique
• Tables diagnostiques
• Contiennent les réponses a un certain nombre de tests
retenus
• D’un lot de taxons . les Résultats sont codés (+) ou (-)
• Bergey’s Manual les expriment sous cette forme :
• (+) = 90% des souches ont ce caractère
• (-) = 90% ne possèdent pas ce caractère
• (d)= 11 a 89% des souches ne possèdent pas le
caractère
• (v) = caractère instable
• La souche X est soumise aux tests figurant sur la table
• La comparaison est possible par ordinateur =
identification numérique moderne
Méthodes de taxonomie

C) CHIMIOTAXONOMIE
Etude des constituants cellulaires
Les plus utilisés sont le peptidoglycane
les quinones ( méta quinones ou ubiquinones )
les lipides polaires ( acinétobacter)
Acides mycoliques (corynébactéries)
• Méthodes complexes ( laboratoires
spécialisés )
LE MONDE MICROBIEN
• DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES :
D) TAXONOMIE MOLECULAIRE (1)
• Seconde moitié XXe siècle
• Les espèces sont décrites sur la base du taux d’hybridation
élevé entre ADN –ADN bactériens > 70%
• Principe : Contenu ADN en GC%
• 2 molécules ADN dénaturées peuvent se réassocier a
condition de présenter des homologies
• Le contenu ADN en Guanine –Cytosine ou GC% est
délaissé car peu reproductible (25 ; 75%)
LE MONDE MICROBIEN
• TAXONOMIE MOLECULAIRE (2)
• Méthode: Séquençage ARN ribosomal
• Résultats:
• Deux séquences proches = 2 espèces voisines
• Deux séquences non homologues = 2 espèces éloignées
• Permet la découverte de nouvelles espèces cultivables et non
cultivables
• Permet l’établissement d’arbre phylogénétique
En regroupant les individus bactériens qui partagent un ancêtre
commun et la même évolution



LE MONDE MICROBIEN
• DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES
• Actuellement
• TAXONOMIE MIXTE CONSENSUELLE
– Méthode de caractérisation de nouvelle espèce
basée sur une
– approche polyphasique
Classification qui tient compte d’un maximum
de données (génétique ; phénotypique ;
chimiotaxonomique et écologique )
Il faut l’agrément d’un maximum de bactériologistes
LE MONDE MICROBIEN
Méthodes de taxonomie actuelle : approche polyphasique
LE MONDE MICROBIEN
LES DIFFERENTS RANGS
HIERARCHIQUES
LE MONDE MICROBIEN
• L’ESPECE BACTERIENNE
• Définition espèce : Diffère selon les critères
retenus pour apprécier la similitude des
souches . (phénotype ; génotype ; ou chimie )
• Constitution de Comités Internationaux
définissant les critères
• Il n’existe aucune définition universellement
admise de l’espèce bactérienne
LE MONDE MICROBIEN
• L’ESPECE BACTERIENNE
• Constitution de comités internationaux
• International Committee on Systematic Bacteriology
• International Committee on Systematic of
Bacteriology
• Définition Génétique de l’espèce en 2002
• Homologie ADN –ADN / hybridation ≥70
(semblables)
• Homologie ARN 16s >97% ;
• Même si le % homologie ARN > 97% (impossible
de conclure si les souches sont semblables ou pas )
• Il n’y a pas de consensus international sur le %
d’homologie des séquences d’ARN 16s
LE MONDE MICROBIEN
• L’ESPECE BACTERIENNE
• En bactériologie :=
• Souche type : + ensemble des souches
considérées proches
• Souche type conservée en collection avec
codé d’identification
• Souche type = première souche isolée
LE MONDE MICROBIEN
• LE GENRE BACTERIEN
• Toutes les espèces sont dans un genre
• La nomenclature est binomiale
• Code international de Nomenclature
• Désignation binomiale de l’espèce
• Genre Escherichia
• Espèce coli
• Sous espèces : bio vars ; serovars, Pathovars
LE MONDE MICROBIEN
• LE GENRE BACTERIEN englobe :
• les espèces phylogénétiques et Phénotypiquement
apparentés
• L’ Identification du genre est possible sur les caractères
phénotypiques
Le Genre = Définition génétique
Appartiennent au même genre les souches présentant
– 30 -60% d’ homologie ADN-ADN ou
90 -94% homologie séquence ARN16s :
Une différence GC% > 10% : n’appartiennent pas au même
genre
• Le genre pour le bactériologiste :il a une utilité pratique
pour le diagnostic
Comparaison entre cellules Procaryotes et
Eucaryotes
Propriétés Procaryotes Eucaryotes
Membrane nucléaire Non Oui
Nombre de chromosome 1 Plusieurs
Histones Non Oui
Nucléoles Non Oui
Mitochondries Non Oui
Appareil de Golgi Non Oui
Chloroplastes Non Oui/Plantes
Taille des ribosomes 70S 80S
Paroi (peptidoglycane) Oui Non
Lysosomes Non Oui
Microtubules Non Oui
Exemples Bactéries Animaux;
Plantes
Champignons (mycètes);
Algues;
Protozoaires

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