Structure et fonction

des génomes
Master BFA / M1
2018-2019

Parties 4 et 5
Pr Faïza Bennis
Régulation de l’expression des gènes
Chez les eucaryotes
 Régulation de l’expression des gènes

Régulation de la transcription
et de l’expression de l’ARNm
Régulation quantitative Régulation qualitative
*Niveau de transcription *Structure des ARNm
*Accumulation des ARNm *Modification de la séquence
Régulation de la production et codante
de la nature des protéines

Régulation fortement dépendante de l’environnement

Existence de 3 types de gènes : gènes domestiques, gènes
spécifiques, gènes spécifiques régulés
Régulation de l’expression des gènes chez les eucaryotes

1- Chromatinien ADN Noyau

2- Transcriptionnel
3- Post-transcriptionnel ARNm ARNm mature

--------------------------------
4- Traductionnel
5-Post-traductionnel Protéine
Protéine
mature

Cytoplasme
Niveau chromatinien

- Décompaction de l’ADN
- Désenroulement
- Méthylation des cytosines
 Selon le type de modification, il y aura favorisation ou blocage de l’accessibilité à
certains facteurs de transcription par modification de la structure de la chromatine

Histones acétylées : transcription on – Histones désacétylées : transcription off

La triméthylation de la lysine 9 de H3 et l’hypoacétylation des H3 et H4 sont plus

reliées à la répression transcriptionnelle
 La méthylation de l’histone H3-K9 provoque la méthylation de l’ADN

HP1 : Heterochromatin Protein 1

DNMT : DNA métyltransférase
SUVAR39H1 : histone métyltransférase
 La méthylation de l’ADN provoque la désacétylation des histones

MeCP2 : Methyl CpG binding protein 2

HDAC : Histone de-acétylase
 Acétylation des histones et transcription

* Recrutement des facteurs de transcription

* Recrutement et mobilité de l’ARN Polymérase
Remodelage de la chromatine

ATP-Indépendant ATP-Dépendant
Méthylation de l'ADN

* 5 à 10% des cytosines sont méthylées

* Ilôts CpG
* Méthylases et profil de méthylation
- Méthylation conservatrice
- Méthylation de novo
- DNA-méthyltransférase (DNMT)
------> La méthylation diminue la transcription (cellules cancéreuses
hypométhylées)

------> Méthylation et empreinte génétique parentale

délétion en 15q11-13 allèle maternel : syndrome d’Angelman
délétion en 15q11-13 allèle paternel : syndrome de Prader-Willi
 ------> Méthylation et empreinte génétique parentale
délétion en 15q11-13 allèle maternel : syndrome d'Angelman
délétion en 15q11-13 allèle paternel : syndrome de Prader-Willi

IPW
UBE3A

Gène actif Gène inactif (méthylé)

IPW : Inprinted Prader Willi gene

UBE3A : Ubiquitin-protein ligase E3A 
------> La méthylation participe à l'inactivation du chromosome X
chez les femmes

Locus XIC méthylé : gène Xist non transcrit ------> chr X actif
Locus XIC non méthylé : gène Xist transcrit ------> chr X inactivé

Xist : X inactivation specific transcrit

XIC : X inactivation center
 Niveau transcriptionnel

Régions assurant le contrôle de la transcription des gènes

Région promoteur : séquences consensus

Facteurs de régulation Facteurs spécifiques FG (TFIID) de Transcription

Activateurs ou freinateurs Transcription de base Complexe basal
Facteurs tissu sp
Régulation quantitative
  Facteurs transcriptionnels ou régulation cis/trans
 Choix du promoteur

Régulation proximale : machinerie transcriptionnelle

Régulation distale : facteurs cis et trans régulation

Activateurs : Enhancers
Inhibiteurs : Silencers
Insulateurs : Insulator
- Insulateurs barrière : empêchent la propagation de l’hétérochromatine
- Enhancer-blocking-insulators : bloquent l’action d’enhancer (facteur CTCF)
Régulation cis/trans 2 partenaires :
- L’ADN : éléments cis-régulateurs
- Les protéines : éléments trans-régulateurs (FT)

Eléments cis-régulateurs
- Séquences promotrices
- Séquences régulatrices
* Activatrices : enhancer
* Inhibitrices : silencer
* Contrôlées : response element
Eléments trans-régulateurs : Facteurs de transcription
- Protéines multifonctionnelles (5-6 domaines)
- Similitudes structurales
- Susceptibles de s’associer
Structure : domaines fonctionnels
* Localisation nucléaire
* Liaison à l’ADN
* Transactivateur (liaison à d’autres facteurs)
* Dimérisation
* Régulation par une protéine de régulation
Facteurs de transcription
* Généraux
* Spécifiques (tissu, stade de développement…)
* Inductibles (phosphorylation…)
Motif d’interaction avec l’ADN

Zn++

- Domaine de liaison à l’ADN (région basique)

- Domaine d'action sur la transcription (en C-ter)
- Domaine flexible entre les 2
Interaction avec l’ADN
 Complexe de pré-initiation (CPI) sur un promoteur TATA+

TBP (TATA Binding Protein) ; TAFs (TBP Associated factors) ; CTD (C terminal Domain)
(Shandilya et Roberts, 2012)
 Médiateur : complexe
protéique faisant le
pont entre les facteurs
régulateurs et la
machinerie de transcription

Enzymes remodelant la chromatine :

- Chromatine Remodeler
- HAT

Klug W. et al. "Génétique" (Eds. Pearson Education, 8eme édition, 2006)

 Cycle productif de la transcription
Etape de « clearance » suivie du cycle productif une fois que 8 nucléotides sont synthétisés
(Shandilya et Roberts, 2012)
Niveau Post-transcriptionnel
Epissage alternatif
----> Protéines de fonction différentes

---> Familles de protéines aux fonctions voisines

exemple gène slo (35 exons)
≈ 500 transcrits différents
≈ 500 protéines SLO étendue de l'audition chez l'homme
 Modification éditoriale de l'ARNm

L’information génétique n’est pas (toujours) inscrite dans l’ADN

Exemple de l'apolippoprotéine B
Désamination
ApoB100 : foie (512 kDa)
C-U ; A-I
édité 2153 C>U ----> ApoB 48 : intestin ( 250 kDa)
Polyadénylation alternative

Exemple de la production d'anticorps dans les lymphocytes

Site de coupure ARNm court

Site de coupure ARNm long
+ CStF

Les séquences d'intron ne sont pas retirées

car pas de jonction d'epissage réceptrice

AAAAA

SECRETED

Anticorps relié à la membrane Anticorps sécrété

(terminaison hydrophobe) (peptide à terminaison hydrophile)
Modification de la stabilité des ARNm

ARNm Demi-vie Stabilité

β Globine > 10h Stable

Facteur de croissance 30 min Instable
Histone 1h en phase S Modulée
12 min en dehors
β Globine avec séq 3' Instable
facteur de croissance
Facteur de croissance Stable
sans extrémité 3'
β Globine + séq 3' Modulable
d'histone

Demi-vie fixe (stable ou instable) ou variable

 2 voies principales de dégradation des ARNm

Dégradation de l’ARNm par des exonucléases

* Raccourcissement de la queue polyA : si polyA < 30, perte de la coiffe et dégradation

de l'ARNm

* Séquences cibles de RBP (RNA-binding Protein)

* Eléments CU : gène de globine α grande stabilité
* Eléments AU (ARE=A/U rich element) situées en 3'UTR ou 5'UTR
Exemple : gènes c-fos, TNFα…1/2 vie très courte
* Eléments IRE reconnu par IRE-BP
Exemple : ARNm récepteur de la transferrine, IRE stabilisent l’ARNm quand
présent en 3’UTR
IRE : Iron Responsive Element
Contrôle de l’expression génique par ARN interférence

Les miARN (18-24 nucléotides) modifient le comportement des ARNm

 Mode d’action des mi-ARN

Diminution de la quantité des protéines traduites

RISC : RNA Induced Silencing Complex

Régulation par les ARN Long Non Codant : LNC ARN

Caractéristiques
•ARN transcrits par l’ARN pol II (>200 nucléotides)
•Coiffe, une queue polyA, peuvent être épissés
•Ne codent pas des protéines
•Transcrits à partir de gènes situés
* entre les gènes codant
* dans les introns
* sur les brins inverses
•Séquences faiblement conservées
 Mécanisme d’action

Lnc ARN :
modifie la chromatine
interagit avec les FT
interagit avec les ARNm
Niveau traductionnel

* Proche de la régulation chez les procaryotes

* Une protéine répresseur ou activateur
* Un signal associé reconnu par la protéine

Fixation de protéines sur l’extrémité 5’UTR de l’ARNm

Exemple : métabolisme du fer - Inhibition de la lecture de l’ARNm par RE en 5’
Régulation des facteurs de traduction
Exemple : phosphorylation de eIF2 et inactivation de eIF4
 Régulation coordonnée de la traduction de la ferritine et de la transferrine

I
+ Fe

Traduction ARNm instable

- Fe

Pas Traduction ARNm stable

Economie cellulaire Meilleure capture du fer

IRP : Iron Regulatory Protein ; IRE : Iron Responsive Element

 Inhibition des facteurs de traduction

= CBP

eIF2

Inhibition de l’initiation de la traduction

CBP : CAP Binding Protein
Exemple : Régulation de la synthèse β-globine par la disponibilité en hème

En présence d’hème, inhibition de la formation HRI, eIF2-GDP n’est pas phosphorylé

absence d’hème : HRI active eIF2 phosphorylé pas de Ʃ β-globine

En absence d’hème, HRI phosphoryle eIF2-GDP, qui est séquestré par eIF2-B

Régulation par recyclage

HRI : heme-regulated inhibitor (kinase)

eIF4E Actif sous forme phosphorylée

Régulation par phosphorylation

Séquences IRES

Mode de traduction utilisé par une minorité d’ARNm : viraux et cellulaires

IRES : Internal Ribosome Entry Site

Niveau post- traductionnel

- Modifications covalentes
* Phosphorylation, glycosylation, méthylation, adénylation…
- Coupures
* Clivage du peptide signal
* Maturation des précurseurs
Le dogme central de la biologie moléculaire

1953 2008

Réplication Réplication

ADN ADN

Transcription Transcription Transcription

reverse multiple

ARN
Evolution Epissage
ARN Formation Edition
de gènes Régulation
Epigénèse
Traduction
Traduction

Protéine Protéine S
Epigénomes
 1651 : William Harvey, physiologiste et anatomiste anglais : terme
d’ « épigénèse », au sens d’apparition progressive des organes
 1940-50 : Conrad Waddington, formalise le concept de « paysage
épigénétique ». Le paysage épigénétique est sous-tendu par les gènes
et leurs interactions avec l’environnement. Une fois engagée dans une
voie ou une autre de ce paysage, le destin de la cellule est quasiment
scellé.

Paysage épigénétique de Waddington. C.H.

Waddington (1957) The strategy of the genes,
London, Allen & Unwin
L'épigénome : ensemble des marques apposées sur le génome sans modifier la
séquence de l’ADN régulent l’expression des gènes

Marques épigénétiques : modifications chimiques de l’ADN ou des protéines qui

lui sont associées, les histones

NOUS SOMMES BIEN PLUS QUE L’ADDITION DE NOS GÈNES

« L’idée selon laquelle l’épigénétique – c'est-à-dire la manière dont est lu notre génome
– pourrait nous permettre d’espérer que nous sommes plus que la simple addition de
nos gènes, a suscité un vif intérêt et une grande curiosité dans le public et les média.
Sommes-nous en quelque sorte capables d’échapper au caractère inéluctable de notre
constitution génétique ? Est-ce que ce que nous mangeons, est-ce que l’air que nous
respirons, et même, est-ce que les émotions que nous éprouvons peuvent influencer
non seulement la manière dont nos gènes sont exprimés mais aussi la manière dont
seront exprimés demain les gènes de nos enfants et de nos petits-enfants ? »

Extrait de la leçon inaugurale d’Edith Heard, 13 décembre 2012, Chaire d’Épigénétique et

mémoire cellulaire du collège de France
Epigénome - Environnement

Environnement

Epigénome
Méthylations ADN Gènes « allumés »
Modifications Histones ou « éteints »

Transitoire Phénotype
Pérenne
 Epigénome - Environnement

Plasticité du génome en réponse à l’environnement

 Modifications de novo, ± durable

* alimentation
* stress biotiques ou abiotiques
* produits xénobiotiques (distilbène)
* interactions comportementales

dans certaines cellules

modifications de l’organisme

 Epigénétique et développement du fœtus

Mise en place de l’épigénome

Gamète

Disparition des marques épigénétiques Ȼ mères

Remplacement par des marques spécifiques

Hyperméthylation de l’ADN
Histones-Protamines
Différenciation

Nouvelles marques
Reprogrammation épigénétique

Fécondation

Vagues de méthylation-déméthylation Epigénome/ Ȼ

 Méthylation de l’ADN

 Méthylation cytosine (C5) contexte d’un dinucléotide CG ou CHG ou CHH (H=A, T,

C)

 Répartition des ilots CpG (70 à 80%) :

 Mammifères
* promoteurs de gènes (60%) Répression expression génique
Forte expression
* premier exon des gènes
* régions à proximité de l’extrémité 3’ des gènes
 C. elegans : Absence d’e méthylation du génome
 Végétaux : 50% du génome méthylé
 Drosophile : Faible (CpT)
 Autres modifications de l’ADN : 5-hydroxyméthylation
 Enzymes de méthylation-DNMT
 DNMT1 : maintien de la méthylation (réplication)
 Conséquences
Transmission marques épigénétiques
- Plantes : très documentée
- Mammifères : controverses

Influence de l’environnement sur l’expression des gènes

1- Modèle de la souris Agouti

- Susceptibilité de développer l’obésité

- Nourri : vitamines B
- Effet sur la descendance

Gène Avy méthylé : [brun]

Gène déméthylé : [jaune]
Méthylation différents degrés : dégradé [tacheté] Jirtle et Tyson, 2013
 2- Maternage chez la souris

Programmation comportementale du statut épigénétique en fonction du

comportement maternel

Léchage Activité NRC31 (hippocampe) Hormones de stress

Weaver et al., 2004

Expérience d’adoption croisée

La portée des mauvaises lécheuses soignées par les bonnes lécheuses a acquis toutes les
caractéristiques des bonnes lécheuses (nombre de récepteurs aux glucocorticoïdes dans
l’hippocampe) Et vice-versa
 3- Effet de l’Alimentation sur nos gènes

Exemple historique : famine hollandaise 1944

Famine vécue par les mères
* Taille plus petite
* Nombreuses pathologies (diabète, obésité…)

Modifications épigénétiques transmises aux générations futures

Rôle de l’épigénétique
 Largement admis : cancers
 Soupçonné et très étudié : Nombreuses Pathologies Multifactorielles
* Neurodégénératives (Alzheimer, Parkinson…)
* Métaboliques (diabète, obésité…)
 Encore des inconnues ??

 Nombre de modifications épigénétiques

 Effet de chacune d’elles, seule ou en combinaison avec d’autres
 Apposition des marques épigénétiques : mécanismes incomplètement élucidés
 Action des petits ARN non codants ?
 Importance dans l’évolution ?
 Transmission sur un nombre suffisant de générations pour donner prise à la
sélection naturelle ?