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Genomica
700nm
Gb
Mb (1000 Kb)
(1000Mb)
30nm
Nucleotide
2nm (1 bp)
Human Chromosomes
p arm
Male 46,XY
centromere
Transcribed gene
EUCHROMATIN 1,5%
1 gene 1 protein old dogma!
intragenic = introns
Intergenic
repetitive
G-BANDING KARYOTYPE
Cromosoma 12 Cloni/Sonde Geni
regione 12q12 regione 12q12
Metodi utilizzati
Cariotipo
Gene
Candidato
FISH (PDGFRB 5q33)
Chromosome 5
9.4
3’
PDGFRB
q33
4.1
der(12)
der(12)
nl(5)
der(5)
Interphase FISH
ABL1
D-FISH, dual colour dual fusion
ABL1
fusion
BCR fusion
normale Ph+
BCR
Braccio corto, p
Braccio lungo, q
banda gene
genecandidato
candidato separazione
rottura e (break apart)(split)
separazione
CROMOSOMA
PV
WT
INS 959_960 CATG vs CCTG
WT
959
965
WT GATCT CT G GC AG T G G A G G AAGTCTCTTTAAGAAAATAG
B GATCT CT G CATG GC AG T G G A G G AAGTCTCTTTAAGAAAATAG
D GATCT CT G CCTG GC AG T G G A G G AAGTCTCTTTAAGAAAATAG
Journal of Molecular Diagnostics,2006
Types of genes wich may mutate to cause cancer
food
proto-oncogenes
chemical
DNA repair genes
checkpoint genes
somatic mutation
DNA
RNA Proteine
Microarray showing genes
distinguishing ALL from AML.
The 50 genes most highly
correlated with the ALL-AML
class distinction are shown. Each
row corresponds to a gene, with
the columns corresponding to
expression levels in different
samples. Expression levels for
each gene are normalized across
the samples such that the mean is
0 and the SD is 1. expression
levels greater than the mean are
shaded in red, and those below
the mean are shaded in blue. The
scales indicated SDs above or
below the mean.
Epigenetica:
( Espressione Genica )
Metilazione
De-acetilazione
RNA interferents
Epigenetica: Metilazione
* * *
ATG
• acetilazione istonica
• acetilazione istonica • metilazione
• metilazione
Substrati non-Istonici
Fattori di trascrizione
Bartel DP, Cell 2004;116:281-297
t(9;22)(q34;q11) D-FISH
normal BCR/ABL1
der(9)
+ DNA probe+apten
DNA target
DENATURATION DETECTION
Ab
I) anti-apten
Ab
HYBRIDIZATION II)
Mutations can be
induced by
chemical
modification
of a base
B.G. 138/00
Tecniche di Citogenetica e di Biologia Molecolare
Epigenetica:
( Espressione Genica )
Metilazione
Acetilazione
RNA interferents
Bartel DP, Cell 2004;116:281-297
Gene
Expression
is
a multistage
process
WHO Integrated Classifications
Morphology: Immunology:
Cytology Immuno-cyto-
Histopathology histochemistry
Molecular
Cytogenetic Genetics
The New England Journal of Medicine. Jan 4, Vol 356, No. 1, 79-81
Eredità di tipo Mendeliano
Dominante
Recessiva
Penetranza
Cancers Selected Syndromes
Selected human
cancers
associated
with
Mendelian
syndromes
Oncogeni
Proto - Oncogeni (c-onc)
Mutazioni
Virus RNA
Oncogene tumorali
(v-onc)
spliced RNA copies
of the c-onc
no introns
Domande
• Che cos’è la citogenetica molecolare ?
• Che cos’è un oncogene ?
• Che cos’è un gene checkpoint ?
• Che cosa studia l’epigenetica ?
• Quale è la differenza tra DNA genomico e cDNA ?
• Strumenti di analisi dell’espressione genica
• Che cos’è un gene soppressore?
• A cosa servono i telomeri?
B.G. 138/00
• Enhanced Mutagenesis Spontaneous
biosynthetic errors induced by
endogenous/exogenous agents
• Inefficient repair
• Clonal selection
REPAIR GENES
Migrazione Elettroforesi
I-FISH
-NUMERICAL ABERRATIONS
Monosomy / Trisomy
Amplification
-STRUCTURAL ABERRATIONS
Deletion / Duplication
Translocation / Inversion
Epigenetica:Metilazione Methylation Specific PCR (MSP)
‘‘U’’ Primer:
Trattamento con Sodio Bisulfito
NH2
* *O * DNA NON metilato:
CACATTACCACTAAC
N Deaminazione NH 5’…. GUGTAATGGUGATUG ….3’
ATG
* CpG Island:
CITOSINA
Sequenze diURACILE 5’…. GCGTAATGGCGATCG
DNA di 200-2000 basi con una più….3’
alta frequenza di CG ‘‘M’’ rispetto
Primer: al resto del
NH2
genoma. NH2 DNA NON metilato:
CH3 CH3 CGCATTACCGCTAGC
N Circa 30000 nelNgenoma, il 50-60% è localizzato
Deaminazione
all’interno dei promotori5’….
genici.
GUGTAATGGUGATUG ….3’
N O N O
H La metilazione
H del DNA
promotore
metilato: a livello delle
5-metilcitosina CpG è associata
5-metilcitosina
CGCATTACCGCTAGC
a silenziamento trascrizionale
e deacetilazione degli istoni.
5’…. GCGTAATGGCGATCG ….3’