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Introduction au

Bio-informatique
Bio-informatique

Bio informatique: biologie + informatique


 recouvre l’ensemble des utilisations de l’informatique pour:
la gestion, l’entreposage, l’analyse, le traitement, l’organisation, la
comparaison et la diffusion de données relatives à l’ensemble des sciences.
Hardware

La partie physique des appareils, des dispositifs de télécommunication,


de stockage, et des périphériques en général.

Ensemble de l'équipement matériel, mécanique, magnétique, électrique


et électronique, qui entre dans la constitution des machines de
traitement de l'information en général.
Software

La partie intangible de l'ordinateur c'est à dire ses logiciels : système


d'exploitation, applications ou programmes.
 Ils servent à créer, supprimer et/ou exploiter des fichiers et des
données. Ils permettent à l'utilisateur d'exploiter la partie Hardware de
l'ordinateur.
Les types de logiciels
 Les logiciels de programmation sont conçus pour élaborer de
nouveaux programmes et de nouveaux logiciels ;
 Le logiciel système établit une relation entre l'être humain et la
machine, comme Android, Linux, Windows, MacOs et iOs ;
 Les logiciels d'application exécutent des tâches précises (calculatrices,
éditeurs, applications de réseaux sociaux, lecteurs vidéo et musicaux,
navigateurs, etc.).
Language de programmation

Un langage de programmation est un langage informatique, permettant à


un être humain d'écrire un code source qui sera analysé par une machine,
généralement un ordinateur.
L'activité de rédaction du code source d'un programme est
nommée programmation.
Le code source subit ensuite une transformation ou une évaluation dans
une forme exploitable par la machine, ce qui permet d'obtenir un
programme.
Script

Programme informatique qui ne nécessite pas de compilation avant


d'être exécuté.
Pour fonctionner, les scripts doivent être interprétés par un programme
ou un serveur dédié au langage dans lequel ils ont été écrits.
Syntaxe

 La syntaxe est liée à la forme d'un programme écrit en un langage. C'est
la syntaxe qui détermine si l'on utilise des accolades ou des mots-clés
comme begin et end pour déterminer un bloc d'instructions, etc.
Ligne de commande

Une commande est une instruction spécifique donnée à une application


informatique pour exécuter un type de tâche ou de fonction.
Chaque commande répond à une syntaxe stricte et toutes les
commandes doivent être entrées dans ce que l’on nomme un interpréteur
de ligne de commande.
JAVA

La technologie Java définit à la fois un langage de programmation orienté


objet et une plateforme informatique.
On la retrouve donc sur les ordinateurs, mais aussi sur les téléphones
mobiles, les consoles de jeux, etc.
Exemple
VBS

VBScript (diminutif de Microsoft Visual Basic Scripting Edition, créé


par Microsoft) est un sous-ensemble de Visual Basic utilisé en tant
que langage de script d'usage général. Il est souvent comparé au JScript.
Exemple
Perl

 Permet de traiter facilement l'information de type textuel.


Efficace pour extraire commodement des informations de fichiers texte
et d’en établir des rapports.
 Efficace pour le traitement des chaines de caractère. (AND)
R

R est un langage de programmation et un logiciel libre destiné


aux statistiques et à la science des données soutenu par la R Foundation
for Statistical Computing.
Python
 Python est un langage portable.
La syntaxe de Python est très simple et, combinée à des types de
données évolués.
Python est orienté-objet. Il supporte l'héritage multiple et la surcharge
des opérateurs
Python comporte un système d'exceptions, qui permettent de simplifier
considérablement la gestion des erreurs.
Biopython

Ensemble d’outils écrits en python pour la biologie


computationnelle et la bioinformatique.
La possibilité d’accéder automatiquement aux bases de données en
ligne et d’en utiliser les outils permet d’intégrer facilement des
traitements dans les analyse automatisés.
Introduction au python

 Premiers calculs

Pour calculer une puissance:


Introduction au python

L’opérateur % (appelé opérateur modulo) fournit le reste de la


division entière d’un nombre par un autre.
Introduction au python

 Affichage - la fonction Print
Introduction au python

La function len()


Introduction au python

 Lecture d’informations au clavier - la function input()


Introduction au python

 Pour faire une répétition : l’instruction for


Introduction au python

 Pour faire un test : l’instruction if


Introduction au python

 Les commentaires
Merci pour votre attention

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