Des molécules aux cellules (3BL1035)

Enseignants:

Prof. Joop Vermeer

Prof. Felix Kessler
Dr. Fiamma Longoni
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 Des molécules aux cellules
Structure du cours

Nous allons couvrir beaucoup de matériel ! En général, ce n'est pas un cours que vous
réussirez sans étudier (il y a toujours des exceptions).

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 Des molécules aux cellules
Structure du cours

Au début de chaque présentation, nous exposerons les objectifs d'apprentissage, afin de préciser ce que
nous attendons que vous compreniez (matériel d'examen).

Au début de chaque présentation, nous fournirons également un bref résumé de la conférence précédente.

Nous proposerons aussi fréquemment des tests via la plateforme Moodle pour évaluer la rétention du
matériel pédagogique.

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 Des molécules aux cellules
Structure du cours

Le thèmes principaux du cours sont la chimie vivant et la production d'énergie chimique sous une forme
utilisable pour les processus vitaux (par ex. ATP).

Pour comprendre la production d'énergie, il faut d'abord prendre du recul et partir de l'essentiel. Il nous faut
d'abord présenter les classes de molécules qui y contribuent . L'eau est une molécule essentielle à la vie et
constitue une partie importante des cellules. Il est très important que nous comprenions son rôle dans la
chimie du vivant (chapitres 1 à 5, Prof. Kessler / Prof. Vermeer).

Il nous faut en particulier introduire les catalyseurs, les enzymes (chapitre 6, Prof. Vermeer).

Le cœur du cours est la discussion du métabolisme énergétique (chapitre 7, Prof. Vermeer).

Réplication des chromosomes, transcription des gènes en ARN et traduction (production des protéines) sont
présentés au chapitre 8 (Dr. Longoni).

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 Des molécules aux cellules
Structure du cours

Après avoir discuté de toutes les parties biochimiques qui composent les cellules, nous allons faire un
voyage à travers la cellule, où nous apprendrons à connaître les organelles et leur fonction (chapitre 9,
Prof. Vermeer).

La transmission de signaux dans les cellules (chapitre 10, Prof Vermeer) est inclue pour compléter le
cours des étudiants en médecine. Cependant, cette partie vise également à illustrer comment différentes
molécules, protéines, organelles et cellules fonctionnent au cours du développement. Il s'agit déjà d'un
chapitre de biologie cellulaire (cours pour biologistes et autres au printemps).

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 Chapitres 1 à 5, Prof. Kessler / Prof. Vermeer
 Nous allons commencer par les bases. Nous devons connaître le tableau périodique des éléments et savoir
comment certains éléments peuvent subir une liaison moléculaire et l'importance des électrons.

 Nous devrons comprendre les principes de base de la chimie de la vie, et en particulier le rôle de l'eau.

 Afin de comprendre certaines réactions moléculaires, nous devons également comprendre reconnaître les
différents groupes fonctionnels, les structures chimiques et les classifications.

 Une partie très importante est le rôle des acides et des bases et le rôle de la protonation et de la déprotonation
des molécules.

 Le professeur Kessler fournira les concepts généraux de ces processus et couvrira également les bases des
macromolécules.

 Par la suite, le professeur Vermeer entrera dans les détails pour expliquer les informations plus fonctionnelles
de ces molécules.

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 Chapitres 1 à 5, Prof. Kessler / Prof. Vermeer

 Nous examinerons également de près la structure des protéines et les différents motifs au sein des protéines et
leurs fonctions.

 Nous discuterons des caractéristiques particulières des motifs structurels et du rôle des interactions
moléculaires qui les stabilisent, ainsi que du rôle des chaînes latérales des acides aminés.

 Une fois encore, la protonation et la déprotonation (des chaînes latérales) jouent un rôle important.

 Nous utiliserons l'hémoglobine comme exemple pour la structure et la fonction des protéines. Ceci en raison
de son importance, mais aussi parce qu'elle nous permet de parler de coopérativité. Ceci est également
important pour le chapitre suivant.

 Cette partie est cruciale car après elle, nous commençons à étudier la fonction des protéines, en particulier le
fonctionnement des enzymes.

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 Chapitre 6, Prof. Vermeer

 C'est l'une des principales sections de DMAC.

 Nous allons voir comment les enzymes fonctionnent et ce qu'elles font en général.

 Nous examinerons la cinétique des enzymes et comment elle peut être décrite et calculée.

 Nous discuterons également de plusieurs mécanismes catalytiques.

 Nous discuterons du rôle des cofacteurs dans la fonction enzymatique.

 Nous discuterons de différentes classes d'inhibiteurs et de la manière dont ils affectent l'activité des enzymes.

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 Chapitre 7, Prof. Vermeer

 Il s'agit d'une partie importante de ce cours.

 Nous étudierons les processus nécessaires à l'approvisionnement des cellules en énergie.

 En utilisant toutes nos connaissances acquises sur les molécules, les groupes fonctionnels et les réactions
chimiques, nous étudierons la glycolyse, le cycle de Kreb et la phosphorylation oxydative.

 Ces processus contiennent un grand nombre de réactions que vous devrez connaître à fond.

 Nous aborderons également la fermentation.

 Nous aborderons également la photosynthèse

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 Chapitre 8, Dr. Longoni

 Cette section est consacrée à la biologie moléculaire.

 Elle aborde les processus de réplication de l'ADN, de transcription et de traduction de l'ARN. Elle couvre à la
fois les procaryotes et les eucaryotes.

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 Chapitre 9+10, Prof. Vermeer

 Dans cette section, nous examinerons enfin l'organisation des cellules (procaryotes et euracyotes, cellules de
mammifères et de plantes.

 Nous discuterons des principales différences entre les différents types de cellules.

 Nous examinerons en détail les organites des cellules de mammifères et de plantes.

 Nous discuterons de la manière dont les signaux sont détectés par les cellules.

 Nous discuterons de la manière dont les signaux, une fois détectés, sont traduits en une sortie cellulaire.

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 Des molécules aux cellules
Structure du cours

Les étudiants en médecine n'auront pas besoin d'apprendre la partie sur la photosynthèse et ne recevront
pas de questions d'examen sur ce sujet. Ils auront des questions sur le TP qu'ils doivent suivre (ces
questions contribuent de manière significative à la note finale).

Tous les autres étudiants devront apprendre la photosynthèse et ce sera la matière de l'examen.

Les deux examens auront le même nombre de questions (60 questions QCM : dont ~40 Type A : une
seule réponse possible et ~20 Type K' : une ou plusieurs réponses possibles.

Nous n'utilisons pas de points négatifs pour les questions ; lorsqu'une réponse à une question de type A
est fausse = 0 point.

Pour les K', la fourchette sera de 0 à 1 ; par exemple, pour un K' avec 4 réponses, dont 2 sont les bonnes,
chaque bonne réponse sera +0,5, chaque mauvaise réponse -0,5. Cependant, le score total ne pourra pas
descendre en dessous de 0 !

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 Théorie scientifique

En sciences, une théorie est un modèle ou un cadre de travail pour la compréhension de la nature et de
l'humain. (…)
Pour qu’une théorie soit considérée comme faisant partie des connaissances établies, il est habituellement
nécessaire que celle-ci produise une expérience critique, c’est-à-dire un résultat expérimental non
prédictible par une autre théorie établie.
Si les conséquences prévues ne sont pas contredites par la réalité observée et mesurée, alors la théorie et ses
principes se trouvent confortés.
Si apparaissent des faits observés et mesurés que la théorie ne prévoit pas, alors soit il faut soit modifier la
théorie, soit en préciser les limites. Ainsi la théorie de la gravitation de Newton, pour les vitesses ou les
champs gravitationnels très élevés, demande non seulement un correctif, mais une réinterprétation complète
des relations entre l'espace et le temps qui constitue la théorie de la Relativité générale d'Einstein.

Tiré de l'article "Théorie" sur Wikipédia

Ne dites pas "c'est juste une théorie", dites "c'est juste une hypothèse"

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 Théories en biologie

 Théorie cellulaire

 Théorie de l'évolution

 Théorie de l'hérédité par les acides nucléiques

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L’"Arbre" Phylogénétique: Evolution des Eucaryotes

Eucaryotes
Cyanobactéries Plantes
α-Protéobactéries Asgard Archées

Bactéries
Archées

Dernier ancêtre unique commun (LUCA)

Echanges de gènes entre
✞ ✞
bactéries et archées

Premier ancêtre vivant

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 Les eucaryotes
Plantes

Champignons

Nous sommes ici

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Age de l’univers: 13.72 ± 0.12 milliards d’années
Age du système solaire : 4.54 ± 0.45 milliards d’années
Age de la terre: ~ 4.5 milliards d’années
Age de la vie: ~ 4 milliards d’années
Age de la photosynthèse: ~ 3.5 milliards d’années
Age des eucaryotes: ~1.8 milliards d’années
Age des multicellulaires: ~1.2 milliards d’années
Age des chordés: 500-550 millions d’années
Age des mammifères: ~240 millions d’années
Age des placentaires: ~130 millions d’années
Age des primates: ~60 millions d’années
Age des grands singes: ~30 millions d’années
Age du genre Homo: ~2.5 millions d’années
Age de Homo sapiens: ~300,000 ans
Histoire écrite: ~5,000 ans
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Dimensions en biologie

Unités

1 centimètre (cm) = 10–2 mètre (m)

1 millimètre (mm) = 10–3 m
1 micromètre (µm) = 10–3 mm = 10–6 m
1 nanomètre (nm) = 10–3 µm = 10–9 m

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 Analogie pour le rôle des gènes

Bibliothèque:
Ville fortifiée Contrôle des entrées
et sorties

Boulangerie,
boucherie,
et autres ateliers et
manufactures

Contrôle des entrées

et sorties

Forge

Surveillance des
environs 19
 Il n'y a pas de prince(ss)!

 Le comportement de la cellule est le résultat collectif des activités de tous les participants.
 Il est informé par des signaux internes et externes.
 Certaines cellules vivantes (globules rouges, plaquettes sanguines) n'ont pas (plus) de noyau, ni de
ribosomes, mais continuent de fonctionner pendant des mois.
 C'est pourquoi je vous expliquerai les bases du fonctionnement des cellules sans impliquer les
gènes (le noyau).
 Les rôles importants des gènes vous seront expliqués par le Dr. Longoni dans ce cours et par le
Prof. Roeder dans le cours de génétique, ainsi que dans mon cours de biologie cellulaire et
moléculaire (printemps).

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Des molécules aux cellules
Structure du cours

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 Des molécules aux cellules
Chap. Titre Enseignant
1 La chimie de la vie:
L’eau, le carbone, les groupes fonctionnels, le pH
2 Structures et fonctions des glucides, glycanes et nucléotides
Prof. Kessler / Prof. Vermeer
3 Structures et fonctions des lipides
4 Structures et fonctions des acides aminés et des protéines
Acides aminés, structures primaire, secondaire, tertiaire, quaternaire
5 Myoglobine et hémoglobine: Prof. Vermeer
coopérativité, allostérie, régulation, adaptation
6 Les enzymes, leurs mécanismes et leur régulation Prof. Vermeer
7 Métabolisme: production et transformation d’énergie biologique:
Catabolisme des sucres et des lipides, respiration, photosynthèse Prof. Vermeer / Prof. Kessler
8 Biologie moléculaire: Dr. Longoni
réplication, transcription et traduction
9 Un tour de la cellule Prof. Vermeer
10 Transmission de signaux à l'intérieur des cellules Prof. Vermeer

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 Exemples
Exemple

Lorsqu'une diapositive est mise en évidence par : Exemple, cela signifie qu'elle est juste montrée pour clarifier
certains processus et mécanismes. Chaque diapositive avec l'indication Exemple N’EST PAS un matériel
d'examen.

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 Posez des questions !

Posez-les pendant le cours, pendant les pauses,

aussi en (suisse) allemand, italien ou anglais

ou dans le Forum aux questions,

où vous pouvez aussi répondre
aux questions de vos collègues,
ou y lire leurs réponses.

Nous ne répondrons pas aux questions par courrier électronique.

Forum pour poser des questions sur DMAC

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 Tutorats
Cette année encore, nous avons organisé le programme de tutorat,
dont DMAC bénéficie également.

Les sessions de tutorat sont organisées et données par des étudiants

de 2ème et 3ème année de Bsc qui ont tous passé l'examen de DMAC
avec des notes élevées.
Chaque session de tutorat est consacrée à un certain sujet de DMAC
qui est connu pour être perçu comme difficile par de nombreux
étudiants.

Les tutorats sont GRATUITS, inscrivez-vous via Moodle pour le

tutorat de votre choix.

Lien pour video tutorats

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Date Enseignant Chapitres
21 septembre Introduction (Vermeer)
24 septembre
Kessler/Vermeer 1. Chemie du vivant
28 septembre
1 octobre
5 octobre Vermeer 2. Sucres
8 octobre Vermeer 3. Lipides
12 octobre
Vermeer 4. Protéines
15 octobre

19 octobre
22 octobre Vermeer 5. Hémoglobine

26 octobre
29 octobre
Vermeer 6. Enzymes
2 novembre
5 novembre
9 novembre
12 novembre Vermeer 7. Métabolisme

16 novembre
19 novembre Kessler 8. Photosynthèse
23 novembre
26 novembre
Longoni 9. Biologie Molèculaire
30 novembre
3 décembre
7 décembre
Vermeer 10. Tour de la cellule
10 décembre
14 décembre
Vermeer 11. Transmission de signaux
17 décembre
21 décembre Questions et réponses 26