ACIDOS NUCLEICOS

Bases nitrogenadas, nuclesidos y nucletidos. Polinucletidos, estructura y composicin Funcin del DNA  Caractersticas del DNA  Funcin de los genes Estructura qumica del DNA segn Watson y Crick Conformaciones del DNA Enlaces qumicos presentes en la cadena de DNA Desnaturalizacin y naturalizacin del DNA DNA circular  Superenrrollamiento Empaquetamientos del DNA: Localizacin del DNA en humanos  DNA nuclear  DNA mitocondrial Caractersticas del RNA

Bases nitrogenadas nuclesidos y nucletidos. Polinucletidos, estructura y composicin

CIDOS NUCLICOS

El DNA consiste en dos cadenas de polinucletidos que giran una alrededor de la otra

Bloques de construccin de los cidos nucleicos Cada nucletido consiste en tres partes. Una pentosa, un azcar de 5 carbones, una base nitrogenada y un grupo fosfato. nucletidos en el RNA son ribonucletidos, esto significa que contienen el azcar ribosa nucletidos en el DNA son deoxiribonucletidos, esto significa que contienen el azcar deoxiribosa
Los Los

nucletidos

FUNCION METABOLICA DE ALGUNOS NUCLEOTIDOS

Nucletido ATP AMPc (adenosin monofosfato cclico) Coenzima A (CoA-SH) FAD, NAD, NADP GMPc GTP Funcin Transporta y cede fosfatos y energa Segundo mensajero en seales hormonales y nerviosas Transporta y cede grupos acilo Transporta hidrgenos Segundo mensajero en seales hormonales y nerviosas Transporta y cede fosfatos y energa

Bases nitrogenadas de los cidos nucleicos

Las bases nitrogenadas pueden ser de dos clases: las purinas y las pirimidinas. Las purinas tienen dos anillos Las pirimidinas tienen un solo anillo

Bases nitrogenadas de los cidos nucleicos: diferencias principales entre DNA y RNA

Tomado de: la presentacion Information and Technology Sharing de David Lattier. USEPA Region 3 / USEPA Office of Research and Development National Exposure Research Laboratory Ecological Exposure Research Division

Funcin del DNA

Caractersticas del DNA Funcin de los genes

FUNCION PRINCIPAL DEL DNA Almacen de informacin gentica..



La informacin que contiene el DNA se encuentra organizada en unidades que se conocen con el nombre de genes.

Los genes son unidades hereditarias que controlan:

 

las caractersticas visibles en un organismo la informacin que se requiere para

  

la estructura y funcin celular en un organismo; la organizacin en tejidos, El desarrollo y la reproduccin del organismo.

La expresin del mensaje gentico. La informacin almacenada en genes dirige la sntesis de polipptidos especficos cuando stos son requeridos en las diferentes clulas.

Caractersticas del DNA

Capaz de autoduplicarse en forma precisa. La duplicacin del DNA es el medio para heredar instrucciones genticas de una clula a sus clulas hijas. Capaz de producir variacin: Sin la variacin gentica (producidas a travs de la mutacin y la recombinacin del libre apareo de cromosomas durante la meiosis y de la recombinacin de partes homlogas de los cromosomas), los organismos seran incapaces de cambiar y adaptarse y poder evolucionar genticamente.

Estructura qumica del DNA segn Watson y Crick

Elucidacin de la estructura molecular del DNA

En 1953 James D. Watson y Francis H. C. Crick fueron los primeros en disear la estructura del DNA tal y como la entendemos actualmente.

Caractersticas de la molcula de DNA en base al modelo propuesto por James D. Watson y Francis H. C. Crick
1. El DNA consiste en dos cadenas de polinucletidos que giran una alrededor de la otra en una hlice con vuelta a la derecha 2. Las columnas vertebrales de azcar-fosfato se localizan en las partes exteriores de la doble hlice y las bases se orientan en el eje central a manera de escaleras.

CARACTERSTICAS
Surco mayor

3. Cada par de bases se encuentran ligeramente inclinados (2) teniendo como resultado la presencia de un surco mayor y uno menor en la doble hlice. encuentran separados 0.34nm (3.4 ). Una vuelta completa de la doble hlice toma 3.4 nm (34 ), por lo tanto existen 10 pares de bases por vuelta.

Surco menor 4. Los pares de bases se

CARACTERSTICAS 5. Las dos cadenas del DNA son complementarias. El apareamiento de adenina con timina y de citocina con guanina son los nicos permisibles dadas las dimensiones de la doble hlice. Esto garantiza un grosor uniforme a lo largo de la cadena.

CARACTERSTICAS

5. Las dos cadenas del DNA son complementarias. (continuacin) La timina y la adenina de unen a travs de dos puentes de hidrgeno La guanina y la citocina se unen a travs de 3 puentes de hidrgeno

CARACTERSTICAS 6. Las dos cadenas son antiparalelas. Por lo tanto el DNA tiene polaridad. Una de las cadenas corre en direccin 5-3 y la otra cadena corre en direccin 3-5. Uno de los extremos de la cadena tiene un grupo 5-PO4 y el otro extremo tiene un grupo 3-OH, que no estn unidos a otro nucletido.

POLARIDAD DE LA DOBLE HELICE Si una de las cadenas tiene la secuencia 5-TATTCCGA-3 la cadena antiparalela tendr la secuencia 3-ATAAGGCT-5
5-TATTCCGA-3 TATTCCGA3-ATAAGGCT-5 3-ATAAGGCT-

DIRECCION DE LAS CADENAS

Podemos observar que ACG y GCA indica una diferente informacin gentica. La direccin de la secuencia de bases tiene importancia al momento de hablar de replicacin y transcripcin del DNA.

Conformaciones del DNA

CONFORMACIONES DEL DNA

El DNA puede adoptar las conformaciones DNAA, DNA-B y DNA-Z. Existen adems la C, D y E pero no se han encontrado en la naturaleza, solo se han producido experimentalmente. El DNA-B es la conformacin que constituye la mayor proporcin del DNA, el modelo que propusieron Watson y Crick est basada en sta conformacin.

A-DNA y B-DNA
La hlice del DNA-A es ms ancha y corta que la del DNA-B, esta conformacin es probable que sea la adoptada por los hbridos DNA-RNA.

DNA-Z
La conformacin DNA-Z produce una secuencia alterna donde los grupos fosfato externos forman zig-zag. Se cree que esta conformacin pudiera tener funcin reguladora ya que las protenas que unen al DNA-B no se unen al DNA-Z.

Izquierda: B DNA CENTRO: A DNA Derecha: Z DNA

Comparacin de DNAs A, B y Z
A *Shape Helix diameter *Screw sense *Base pairs per turn of helix Tilt of base pairs from normal to helix axis Major groove Broadest 25.5 Right-handed 11 19 Narrow and very deep Very broad and shallow B Intermediate 23.7 Right-handed 10.4 1 Wide and quite deep Narrow and quite deep Z Narrowest 18.4 Left-handed 12 9 Flat

Minor groove

Very narrow and deep

Enlaces qumicos presentes en la cadena de DNA

Enlaces qumicos en la cadena de DNA

Enlaces N-glicosdicos: Enlaces presentes entre el azcar y la base Enlaces fosfodister: enlaces presentes entre el azcar y el grupo fosfato Puentes de hidrgeno: Enlaces que unen pares de bases nitrogenadas

ENLACES N-GLICOSDICOS Los enlaces Nglucosdicos se forman entre el carbono 1 (C1) de la pentosa y el grupo amino de la base nitrogenada (posicin 9 o 7 segn la base)

ENLACES FOSFODISTER El grupo fosfato 5-PO reacciona con el grupo 3OH de la pentosa anterior para formar un enlace fosfodister 5-3

PUENTES HIDRGENO
La timina y la adenina de unen a travs de dos puentes de hidrgeno La guanina y la citocina se unen a travs de 3 puentes de hidrgeno Estos puentes hidrgeno son los que unen las dos cadenas de polinucletidos.

Desnaturalizacin y renaturalizacin del DNA

Desnaturalizacin del DNA

Debido a que la doble hlice se encuentra unida por medio de puentes de hidrgeno, cambios ligeros en la temperatura llegan a romper los enlaces entre las bases, dando lugar a cadenas separadas, este proceso se conoce como desnaturalizacin del DNA (o fusin del DNA). La separacin de las molculas de DNA se puede inducir en el laboratorio usando diferentes mtodos: Elevando la temperatura a 100C; exponer el DNA a un pH alto (pH 13); expocisin a soluciones hipotnicas; o soluciones concentradas de formamida o urea.

RENATURALIZACIN DEL DNA

Despus de haber pasado por un proceso de desnaturalizacin, las cadenas simples de DNA, complementarias, tienen capacidad para volver a asociarse, suceso denominado renaturalizacin . Las molculas monocatenarias de DNA se pueden reasociar exponiendo el DNA a 65C por perodos largos de tiempo etc. para permitir el reestablecimiento de los puentes de hidrgeno entre las bases. El tiempo que toma la renaturalizacin en una muestra de DNA depende de; la concentracin de DNA; tipo de secuencias presentes (secuencias repetitivas se renaturalizan ms rpidamente que secuencias nicas)

La capacidad natural de desnaturalizacin y renaturalizacin del DNA ha permitido la manipulacin de los cidos nucleicos in vitro
La hibridacin y desnaturalizacin del DNA han sido la base para la localizacin fsica de secuencias de DNA directamente en los cromosomas y para el mapeo fsico de genes usando tcnicas de hibridacin in situ utilizando sondas marcadas con sustancias fluorescentes y para la implementacin de las tcnicas de gentica molecular en general .

La capacidad natural de desnaturalizacin y renaturalizacin del DNA ha permitido la manipulacin de los cidos nucleicos in vitro
Molculas de DNA monocatenario marcadas radioactivamente pueden ser usadas como sondas para detectar DNA complementario en una poblacin grande de molculas de DNA, por ejemplo secuencias de un gen que queramos clonar!. El tamao de stas sondas puede ser tan pequeo como 15 nucletidos de largo.

Aplicaciones prcticas de la capacidad natural de desnaturalizacin y renaturalizacin del DNA

En la actualidad, las tcnicas de hibridacin in situ utilizando sondas marcadas con sustancias fluorescentes son muy usadas para diagnstico de enfermedades en consejo mdico.

Aplicaciones prcticas de la capacidad natural de desnaturalizacin y renaturalizacin del DNA

La capacidad del DNA de desnaturalizarse y de renaturalizarse por la accin de enzimas dentro del organismo capacita a sta molcula a cumplir sus papeles biolgicos como son replicacin del DNA y transcripcin.

Replicacin del DNA

DNA circular
Superenrrollamiento

Molculas circulares de DNA Se ha demostrado la

presencia de DNA circular, lo que se refiere a la continuidad de la cadena de DNA y no a su forma geomtrica. Las molculas de DNA circulares estn por lo general superenrrolladas. Todos los DNA genmicos procariontes y muchos DNA virales son molculas circulares.

PRESENCIA DE DNA CIRCULARES EN GENOMIO DE VIRUS El genomio de los virus puede consistir en cadenas sencillas o dobles de RNA; cadenas dobles de RNA o DNA o DNA circular.

DNA CIRCULAR: GENOMIO MITOCONDRIAL

Forma relajada

Forma superenrrollada

Superenrrollamientos del DNA

La doble cadena de DNA se puede envolver as misma para formar superenrrollamientos locales en su estructura despus de que sus cadenas se separan , por ejemplo, como preparacin para la replicacin de DNA o transcripcin. Un DNA superenrollado tiene una forma ms compacta que el DNA relajado correspondiente Adems el superenrollamiento puede influir en las interacciones que el DNA pueda tener con otras molculas.

Superenrrollamientos del DNA

Las topoisomerasas son enzimas que juegan un importante papel en la transisn de DNA superenrrollado a su estado relajado durante los procesos de replicacin del DNA, transcripcin y recombinacin
Estructura de la topoisomerasa I interactuando con un segmento de DNA humano

Superenrrollamientos del DNA

Mecanismo de la topoisomerasa 1
Cuando la topoisomerasa 1 se une al DNA, corta una cadena de DNA por reaccin entre el residuo de tirosina (Y) y el fosfato. Cuando la cadena ha sido cortada, gira alrededor de la otra cadena.. Este proceso resulta en una relajacin parcial o completa de un superenrrollamiento de DNA. La reaccin se completa con la formacin de un enlace covalente en la cadena fosfato-azcar.

Empaquetamiento

Empaquetamiento del DNA

La longitud del DNA contenido en cada cromosoma es como 10,000 veces ms grande comparado con el tamao de los cromosomas. La compactacin de DNA para que ste sea reducido al tamao de los cromosomas es llevada a cabo por protenas que enrrollan y doblan el DNA . El complejo que forman el DNA con las protenas histnicas y no-histnicas se conoce con el nombre de cromatina.

LONGITUD DEL DNA

Las molculas de DNA tienen que ser muy largas para codificar el gran nmero de protenas que contienen las clulas, an las ms simples.
Organismo Virus Vacuna Bacterias E. coli Pares de bases (millares) 190 4,000 Longitud del permetro (Qm) 65 1,360 4,600 990,000

Eucariotas 13,500 Levadura 2,900,000 Hombre

Empaquetamiento del DNA

Las histonas son unas de las protenas mas conservadas en los eucariontes. Las histonas son responsables por el primer nivel de compactacin del DNA: EL NUCLEOSOMA

Organizacin estructural de un nucleosoma

El nucleosoma consiste en alrededor de 200 pares de bases de DNA que envuelven un ncleo proteico formado por un octmero de histonas. La histona H1 se une al DNA y sella una seccin de dos vueltas (161 pares de bases)

Micrografa electrnica de nucleosomas

(A). La cromatina aislada directamente de un ncleo en interfase aparece en el microscopio electrnico como una fibra de 30 nm de grueso. (B) esta micrografa electrnica muestra la longitud de la cromatina que ha sido experimetalmente descompactada o descondensada para mostrar los nucleosomas en los que stos aparecen como un collar de perlas.

Niveles de compactacin del DNA para formar los cromosomas metafsicos Distribucion del (ADN) desde las cadenas dobles, su asociacin con los ncleos de histonas para formar nucleosomas, el empaquetamiento de nucleosomas para formar fibrillas de cromatina (solenoide), y los diferentes grados de condensacin de las fibrillas hasta constituir el cromosoma metafsico, estado de mxima condensacin de un cromosoma.

Cromosoma interfsico vs cromosoma metafsico

Interphase chromosome

Metaphase chromosome

Localizacin del DNA en humanos.

DNA nuclear DNA mitocondrial

Genomio Humano
El genomio humano contiene 2 componentes gnicos


Nucleares y mitocondriales

El genomio mitocondrial humano

El genomio mitocondrial humano es circular, pequeo , compacto y principalmente ocupado por secuencias gnicas.

RNA

Acido ribonucleico: RNA

Existe como una molcula sencilla (single stranded). Las estructuras secundarias se puede plegar al unirse con algunas bases complemetarias. Forma estructuras de burbujas donde no hay apareamiento de bases.

Acido ribonucleico: RNA

Como el DNA, el RNA es un polmero lineal de cuatro tipos de nucletidos diferentes unidos todos por enlaces fosfodister.

Acido ribonucleico: RNA

Los nucletidos en el RNA son ribonucletidos, esto significa que contienen el azcar ribosa en lugar de la deoxiribosa;

Acido ribonucleico: RNA

La base nitrogenada uracilo reemplaza la timina presente en el DNA

TIPOS DE RNA

Existen tres tipos de RNA:



RNA mensajero (RNAm) RNA ribosomal (RNAr) RNA de transferencia (RNAt)

Funciones principales del RNAm

Copia el mensaje a manera de secuencia de bases nitrogenadas directamente del DNA. Sale del ncleo al citoplasma donde se ubica en los ribosomas para que el mensaje sea traducido a protenas.

RNA ribosomal (rRNA)

El RNA ribosmico (RNAr) se asocia con un conjunto de protenas para formar ribosomas (organelos presentes en el citoplasma en donde tiene lugar la sntesis de protenas)

RNA de transferencia (tRNA)

RNA de transferencia (RNAt): transporta los aminocidos a un sitio del ribosoma y decifra la informacin contenida en el RNAm