Aminocidos y Protenas

-AMINOCIDOS (AA): estructura

Unidad estructural bsica de las protenas El grupo amino est unido al C- , el C contiguo al grupo carboxilo. Al C- tambin est unido un H y una cadena lateral R. Se han descrito ms de 100 AA pero slo 20 de ellos participan en la sntesis de protenas.

AMINOCIDOS: estructura
Los AA difieren entre s por el grupo R (grupo sustitutivo). R: adjudican diferentes propiedades a cada uno de los AA y determinan su funcin biolgica.

AMINOCIDOS: estructura
A pH fisiolgico el pKa de los grupos carboxilo y amino de los AA es aproximadamente 2 y 10 respectivamente. El grupo COOH pierde un protn y el grupo amino capta un protn para dar la forma Zwitterion (in vivo).

Estructura de los aminocidos

Por su estructura, los AA se ionizan en solucin acuosa de manera que pueden funcionar como cidos y como bases (anfolticos). Los AA que poseen un g. amino y un g. carboxilo (Gly, Leu, Ile) se convierten en iones dipolares (Zwitteriones). Estos iones en soluciones acuosas son elctricamente neutros y no emigran ni se someten a campos elctricos. La ionizacin de un AA depende del pH de la solucin.

Estereoqumica

de los AA

Se presentan en dos formas isomricas, imgenes especulares no superponibles. Los ismeros de la serie L poseen el grupo alfa amino a la izquierda. Los AA que se encuentran en las protenas son de la serie L y tienen mayor participacin metablica celular. Los AA de la serie D participan en las paredes celulares bacterianas. Todos los AA excepto la Gly pueden existir en las formas D y L.

Propiedades de los AA de las protenas

Nomenclatura de los AA
Alanina Arginina+ Asparragina Ala Arg Asn A R N D C Q E G H I Leucina * Lisina* Metionina* Leu Lys Met L K M F P S T W Y V

Ac. Aspartico Asp Cisteina Glutamina Cys Gln

Fenilalanina* Phe Prolina Serina Treonina* Triptofano* Tirosina Valina* Pro Ser Thr Trp Tyr Val

Ac. glutamico Glu Glicina Histidina + Isoleucina* Gly His Ile

+: Esencial en la niez *: Esencial durante toda la

Tres letras Una letra

AMINOCIDOS
Clasificacin
Propiedades qumicas de las cadenas laterales 1. Cadenas alifticas 2. Cadenas con hidroxilo o azufre 3. Aromticos 4. Bsicos 5. cidos y sus amidas

Aminocidos con cadenas laterales alifticos

El grupo R se extiende ms y se hace ms hidrfobo. Los aminocidos hidrfobos se encuentran normalmente en el interior de las molculas proteicas.

Aminocidos con cadenas laterales hidroxilo o azufre Cadenas laterales son dbilmente polares Son en general ms hidrfilos que sus anlogos alifticos La metionina es bastante hidrfoba Puede producirse una oxidacin entre pares de cadenas laterales de cistena para formar un enlace disulfuro (cistina)

Aminocidos bsicos
Llevan grupos bsicos en sus cadenas laterales. Existen a valores de pH prximos a la neutralidad La histidina es el menos bsico de los tres Son muy polares Suelen hallarse normalmente en las superficies exteriores de las protenas

Histidina Lisina Arginina

Aminocidos cidos y sus amidas

Son los nicos aminocidos que llevan cargas negativas a pH 7. Estn acompaados por sus amidas, la asparagina y la glutamina. - Tienen cadenas laterales sin carga, aunque son claramente polares, tambin son hidrfilos y tienden a encontrarse en la superficie de las molculas de protena, en contacto con el agua.

Aminocidos aromticos
Presentan cadenas laterales aromticas. La fenilalanina junto con los AA alifticos (val, leu, ile), es uno de los AA ms hidrfobos. La tirosina y el triptfano tambin presentan un carcter ligeramente hidrfobo

Aminocidos modificados
Algunos AA son modificados (cadenas laterales) postranscripcin. Por ejemplo: - Fosfoserina (sntesis de serina a partir de 3fosfoglicerato) - 4-hidroxiprolina: colgeno - Hidroxilisina: colgeno - cido -carboxiglutmico: estructura de la osteocalcina (10-25% prot no colgena del hueso ) dependiente de Vit K

FORMACIN DE PPTIDOS Y POLIPPTIDOS

Los AA se unen o polimerizan por medio de enlaces peptdicos: la unin qumica entre el grupo -carboxilo de un AA con el grupo -amino de otro AA, con la liberacin de una molcula de agua. La reaccin ms importante de los AA es la formacin de un enlace peptdico. ste enlace carece de carga a cualquier pH de inters fisiolgico. Es un enlace covalente por formacin de un enlace amida

Enlace peptdico y formacin de pptidos

DIPEPTIDO

PPTIDOS Y POLIPPTIDOS
Las cadenas que contienen unos pocos residuos de AA se denominan oligopptidos: - 2 AA dipptido - 3 AA tripptido Si la cadena es muy larga se llama polipptido. Grupo amino que no ha reaccionado en un extremo (amino terminal o N-terminal) Grupo carboxilo sin reaccionar en el otro extremo (carboxilo terminal o C-terminal)

Enlace peptdico y formacin de pptidos

TETRAPEPTIDO

Cada vez que se aade un AA a la cadena, debe eliminarse una molcula de agua.

Estabilidad y formacin del enlace peptdico

En un entorno acuoso este proceso no est favorecido termodinmicamente. Las protenas se hidrolizan en disolucin acuosa cuando est presente un catalizador. La formacin del enlace peptdico se acopla con la hidrlisis de compuestos de fosfato de alta energa (ATP) (activacin de los AA).

Actividad biolgica: Pptidos

1. Pptidos vasoactivos: angiotensina II, bradicinina 2. Hormonas: oxitocina, vasopresina, somatostatina, TRH, GRH, ACTH, insulina, glucagn, gastrina, secretina, colecistoquinina, VIP (pptido intestinal vasoactivo) 3. Neurotransmisores: encefalinas, sustancia P

PROTEINAS: polipptidos de secuencia definida

Cada protena tiene un orden definido de residuos de AA. Son polipptidos largos: Mb humana tiene 153 AA. Hay protenas que son similares pero NO idnticas.

PROTENAS
C o m p n e t s E t s r u c a l e C o l g e n e t a l d r n r T a n s p o t d e e d S u t s a n c i H b

FUNCIONES
C o n r t a c i M u s c l a r A c n i t a y m o s

H o m r n s a n I s u i l a

Respuesta Inmunitaria Coagulacin sangunea

C t a i l z d o r e s e d x r s q E n i z m a s C o m p n e t s e d s e q u l t o n i r t a c e u l

Clasificacin de las protenas

Desde un punto de vista qumico, existen dos grandes grupos de protenas: 1. Protenas simples: formadas exclusivamente por a-aminocidos, como es el caso de la ubiquitina, una proteasa intracelular formada por 53 AA. 2. Protenas conjugadas: que contienen adems de la cadena polipeptdica un componente no aminoacdico llamado grupo prosttico, que puede ser un azcar, un lpido, un cido nucleico o simplemente un in inorgnico. La protena en ausencia de su grupo prosttico no es funcional, y se llama apoprotena. La protena unida a su grupo prosttico es funcional, y se llama holoprotena (holoprotena = apoprotena + grupo prosttico). Son protenas conjugadas la hemoglobina, la mioglobina, los citocromos, etc.

Clasificacin
En cuanto a su forma molecular, podemos distinguir: 1. Protenas globulares: la cadena polipeptdica aparece enrollada sobre s misma dando lugar a una estructura ms o menos esfrica y compacta. Ejem: Mioglobina y Hemoglobina 2. Protenas fibrosas: tienen funciones estructurales. Protenas de: piel, tejido conjuntivo, pelo y seda. Son siempre alargadas Son menos abundantes que las globulares Ejem: queratina, colgeno, elastina, fibroina

Niveles de organizacin estructural de las protenas

Estructura 1`
(secuencia de AA)

Estructura 2`
Plegado de la cadena polipptica (local)

Estructura 4
Asociacin de varias cadenas polipeptdicas

Estructura 3`
Nivel de plegado superior (global)

Estructura primaria
Acomodamiento de las cadenas de AA (orden secuencial de AA), estabilizado por enlaces peptdicos, puentes disulfuros (cistena). Al alterar este orden tambin se altera el tipo o las propiedades de la protena. Est determinada por un gen concreto.

Estructura secundaria

Se encuentran con > frecuencia son la hlice , la lamina y la hlice 310

Estructura 2.
Son rearreglos especiales originados por el establecimiento de puentes de H entre los grupos que conforman los enlaces peptdicos de los AA cercanos. alfa hlice: es un ordenamiento helicoidal en el que el g. R de los AA se orienta hacia el exterior de la hlice. - Se estabiliza por la formacin de puentes de H entre los componentes del enlace peptdico de AA cercanos en la estructura 1. de la protena. - Ejem: protenas fibrosas: colgeno, alfa queratina. laminar: - El esqueleto se ordena en forma de zigzag. - Los grupos R de AA se orientan en direcciones opuestas con un patrn alternante y hacia afuera - se estabiliza por puentes de H.

ESTRUCTURA TERCIARIA

ESTRUCTURA TERCIARIA
Las protenas globulares no solo poseen estructuras 2. sino que, adems, tambin se pliegan formando estructuras terciarias compactas. Es una modificacin en el espacio. Es el plegamiento tridimensional total de la cadena de una protena. Esta conformacin facilita la solubilidad en agua y, por ende, la realizacin de funciones de transporte,

Estructuras de las protenas globulares

La mayora de las protenas estn formadas por ms de un dominio; Dominio: regin compacta, plegada localmente, de la estructura 3. Los principales patrones de plegado: 1. Los producidos alrededor de un empaquetamiento de hlices alfa 2. Los construidos sobre un entramado de estructuras laminas beta

ESTRUCTURA TERCIARIA
Esta conformacin se mantiene estable gracias a la existencia de enlaces entre los radicales R de los aminocidos. Aparecen varios tipos de enlaces: Los puentes de hidrgeno Interacciones de Van der Waals Los puentes elctricos entre AA de carga diferente llamados tambin atracciones electrostticas Las interacciones hidrfobas formacin de un ncleo hidrofbico o

Estructura 4.
Es el nivel ms complejo de organizacin. Se refiere a interacciones no covalentes que unen varias cadenas polipeptdicas en una sola molcula. Ejem: la hemoglobina que tiene 4 cadenas. Cada una de estas cadenas polipeptdicas recibe el nombre de subunidades. El nmero de subunidades (cadenas) vara desde dos como en la hexoquinasa, cuatro como en la hemoglobina,

Niveles de estructura proteica

Estructura cuaternaria Homotpicas: asociacin de cadenas polipeptdicas idnticas o casi idnticas Heterotpicas: interacciones entre subunidades con estructuras muy distintas

Propiedades

Se llama desnaturalizacin de las protenas a la prdida de las estructuras de orden superior (secundaria, terciaria y cuaternaria), quedando la cadena polipeptdica reducida a un polmero estadstico sin ninguna estructura tridimensional fija La desnaturalizacin provoca diversos efectos en la protena: 1. Cambios en las propiedades hidrodinmicas de la protena: aumenta la viscosidad y disminuye el coeficiente de difusin 2. Una drstica disminucin de su solubilidad, ya que los residuos hidrofbicos del interior aparecen en la superficie 3. Prdida de las propiedades biolgicas

ESTADO NATIVO

ESTADO DESNATURALIZADO

DESNATURALIZACION
Los agentes que provocan la desnaturalizacin de una protena se llaman agentes desnaturalizantes. Se distinguen agentes fsicos (calor) y qumicos (detergentes, disolventes orgnicos, pH, fuerza inica). Como en algunos casos el fenmeno de la desnaturalizacin es reversible, es posible precipitar protenas de manera selectiva mediante cambios en: (1) la polaridad del disolvente (2) la fuerza inica (3) el pH (4) la temperatura