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体,核酸编制了所有的信息,而基因的表达产物蛋白
质,才是各种生物功能的执行者。
• 蛋白质组是功能基因组的新前沿,对基因表达的时空
规律进行揭示,比较了不同生理条件下或不同发育时
期的功能蛋白质组的差别和多样性( mRNA 剪切的结
果或翻译后加工的结果),才能在分子水平上全面、
具体了解生命活动的过程,为个种生物学特征和生产
应用提供理论基础。
基因 疾病
环境
REAL COMPLEXITY…
IS IN CELLULAR ROTEOMES
• BEYOND THE GENOME…
• Tissue Specific Expression
• Alternate Splicing, (1/3 of all
genes)
• Post-Translational Modifications
– Types and Level:
– Signal Sequence cleavage
– Glycosylation
– Phosphorylation
– Farnylation
– Isoprenylation
– Acetylation
• All combine > 100-1000
fold increase in complexity
1, 蛋白质组的基本概念和历史
2 ,蛋白质组的特征
3 ,蛋白质组与基因组的关系
4 ,蛋白质组的研究技术和研究策略
5 ,蛋白质组研究的范例
1, 蛋白质组的基本概念和历史
Proteome
• 1994 M.Wilkins and K.W.Williams
• Macquarie University in
Sydney
•Total Proteins
Complement of a
PROTEOME : PROTEins expressed by a genOME
Proteomics
Large-scale Study of Proteins
Why is proteomics necessary
However ……
Why is proteomics necessary
You can have a protein in the cell when its mRNA is no longer present;
You can have lots of mRNA without tranlation of the message to protein
—— 结构蛋白质组学
—— 功能蛋白质组学
—— 亚细胞蛋白质组学
—— 修饰蛋白质组学
—— 相互作用组学
蛋白质组研究简况
Pre-stage (1970’s-1994)
- Two-dimensional electrophoesis
- database
- Human Protein Index
1 ,蛋白质组的完整性:
—— 基因组内基因(或 ORF )数量?
—— 基因表达?
2 ,蛋白质组的测定:
—— 修饰蛋白质的判据?
—— 蛋白质的动态变化(降解或转运)?
蛋白质的“四维”研究
—— 特定的时间:合成与降解
—— 特定的空间:区域性与运动性
蛋白质组研究技术的复杂性
——20 种化学和物理性质不同的氨基酸
—— 蛋白质量的动态差别( 106 )
—— 蛋白质的不稳定性
—— 蛋白质修饰的多样性和复杂性
Dynamic Proteomics ( 动态蛋白质组学 )
• 动 态 表 达
• 动 态 组 成
• 动 态 定 位
• 动 态 关 系
3 ,蛋白质组与基因组的关系
互相补充
转录水平 翻译水平
基因芯片 蛋白质组研究
互相帮助
1 ,基因组的注释( Annotation )
2, 蛋白质的质谱鉴定
3 ,依赖基因组研究技术的蛋白质组研究技术(双
杂交技术、噬菌体显示技术 )
蛋白质组研究不同于基因组研究
相对独立
结构基因组 功能基因组
紧密连接
结构蛋白质组
功能蛋白质组
4 ,蛋白质组的研究技术和研究策略
蛋白质组研究的策略:平台与整合
动物模型 / 细胞 人类疾病
功
能
分 蛋白 质组研究
析
生物信息学分析 蛋白质组新技术
蛋白质组生物信息学
Bioinformatics
Databases
Proteome Research
• Cell Proteins
• Identification
1 、基于二维电泳 - 质谱技术的蛋白质组研究
2 、基于质谱技术的蛋白质组研究
— 液相电泳 - 质谱技术
— 液相色谱 - 质联用技术
— Shotgun 质谱技术
— ICAT 技术
3 、蛋白质芯片
Two dimensional electrophoresis
!980s
The introduction of immobilised pH gradient (IPG)
eliminlated the problem of gradient instability and poor
sample loading capacity
Two-dimensional Electrophoresis (2-DE)
!980s
The introduction of immobilised pH gradient (IPG)
eliminlated the problem of gradient instability and poor
sample loading capacity
Sample Preparation
Urea, thiourea
Protein
extraction
2-DE
Image analysis
Scanning
Silver staining
荧光差 异电泳 ( DIGE )
EttanTM Workflow
Typhoon
CyDye IPGphor + Ettan
Scanner
DIGE Fluors Dalttwelve units
Sample Prep (minimal dyes)
DeCyder Software
Ettan
MALDI Pro
MS
Ettan Spotter Ettan Picker
Ettan Digester
Mass Spectrometry
High Vacuum System
F = Eq (1)
F = ma (2)
a = Eq/m (3)
O O O
NH2-CH C NH CH-C-NH-CH-C-OH
R1 R2 R3
xn yn zn
MALDI-TOF-MS of peptide mixture
80
75
1816.1
70 1473.0
Relative Abundance
65
1553.0
60 1555.1
1817.1
55 1566.9 1788.0
50
45 1567.9
40 1183.9 1474.0
35 1818.1
1185.0
30
1200.0 1938.0
1781.0
25 1275.9 1568.9
1779.9
1460.0
20 1675.9 1772.1
1201.1 1536.0 1940.0
1729.9 1819.0
15 1611.0
1277.0 1475.9
10 1331.9 1373.1 1425.9 1857.1
1247.5 1970.7
5
0
1200 1300 1400 1500 1600 1700 1800 1900 2000
m /z
RT: 0.01 - 60.05
100
95
35.27
* NL:
1.48E5
Base Peak
F: + d Z
90 ms
85
80
75
70
65
T4 43.48
Relative Abundance
60
55
T5
50
T2 37.34
45 35.01
5.73 6.66 T6
40
35
38.60
30 48.90
25 8.06 44.87
20
34.45
42.63
15 3.60 4.43 T1
55.07
10 8.49
45.91 49.18 53.17
5 9.35 41.12
10.70
15.08 18.28 22.38 28.33 30.05 33.55 59.22
0
5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60
Time (min)
Base peak chromatogram obtained by LC-MS analysis of tryptic digests from spot
7120. 6 peptides (T1~T6) were confidently matched to heat shock 27 kD protein
(HSP27)
S#: 769 RT: 35.22 AV: 1 NL: 3.22E6
T: + c Full ms [ 400.00 - 2000.00]
892.8
100
95
[M+2H]2+
90
85
80
75
70
Relative Abundance
65
60 953.8
55
50
45
40
35
30
25
20 1163.6
1164.7
[M+H]+
15 595.9 955.7
1783.7
1082.8 1146.1 1615.9
10 672.0 1497.9 1929.9 1962.9
1197.8 1309.0 1387.5
538.1 601.6 765.5 857.4 1056.6 1679.0 1758.5
5 521.6
0
400 500 600 700 800 900 1000 1100 1200 1300 1400 1500 1600 1700 1800 1900 2000
m/z
Mass spectrum of one tryptic peptide from spot 7120. The spectrum shows that the
most abundant ion with m/z 892.81 was produced from that peptide
MS for Characterization of
Proteins and peptide
Mass Determination
Sequence-specific MS/MS
Database identification
MS for Characterization of
Proteins and peptide
Matching
& Scoring
Digestion
Database theoretical digestion
MS for Characterization of
Proteins and peptide
Digestion
Peptide Mass
Database identification
Dynamic Proteomics ( 动态蛋白质组学 )
• 动 态 表 达
• 动 态 组 成
• 动 态 定 位
• 动 态 关 系
动态表达
研究内容:
疾病发生 , 发展 , 预后过程中的蛋白质差异谱构建 ,
跟踪关键蛋白质在疾病不同时期动态表达
研究方法:
多重稳定同位素标记
多重稳定同位素氨基酸参入
研究内容:
蛋白质翻译后修饰 , 如磷酸化,糖基化 ,
乙酰化等的大规模分析和监测
研究方法:
亲和捕获修饰蛋白质
特异检测修饰蛋白质
修饰位点的标记和检测
修饰的同位素标签定量分析
动态定位
研究内容:
亚细胞蛋白质组分析及定位,与功能相关的蛋白质
空间动态变化分析
研究方法:
亚细胞分级
高通量鉴定
差异定位
免疫荧光定位
动态关系
研究内容:
蛋白质功能复合物,蛋白质 - 蛋白质作用网络,
蛋白质与小分子配体相互作用分析
研究方法:
多级亲和标签与质谱分析
小分子亲和标签与质谱分析
蛋白质芯片
Thank
you !