ENZYMOLOGIE

niveau : M1

Université Ain-Temouchent
Présentée par Dr Meryem ABI-AYAD
m.abi,ayad.2007@gmail.com
Année universitaire : 2020-2021
ENZYMOLOGIE
Chapitre 01: COENZYMES

INTRODUCTION:

Dans de nombreux cas, l'activité d'une enzyme exige la présence de molécules de faible
poids moléculaire appelées cofacteurs et coenzymes de la réaction enzymatique, selon le cas.
En leur absence, l'enzyme est inactive.

COFACTEURS

COENZYMES
1.1 définition du coenzyme.

 COFACTEURS:
Molécules chimiques non protéique intervenant dans une réaction chimique.
-Pour le transport d’un substrat,
-Pour la réception d’un produit.
-Comme participant a la structure de l’enzyme.
Exemple : Zn, Mg….
Metaux de transition>
 coenzymes.
Molécules organiques non protéique intervenant dans la catalyse d’une réaction chimique.
Les coenzymes sont des molécules biologiques synthétisées par le corps ou apportées par l’alimentation: cet
aliment indispensable s’appelle une vitamine.

Exemple: le coenzyme A, le
Il y’a deux types de coenzymes. coenzyme Q ,les cytochromes, l’acide
ascorbique (vitamine C), la biotine
(vitamine B8), la cobalamine
Coenzymes libres (NAD+)
(coenzyme B12), le glutathion

Coenzymes liées (FAD+)

Certains auteurs utilisent le mot cofacteur et coenzyme comme synonyme.

 • Se dissocie de l’enzyme a la fin de la
C.O LIBRE reaction .
(C.O de transport • Liaisons faibles (électrostatique)
Cosubstrat) • [ coenzyme]=[substrat]
• Reaction stoechiometrique

C.O LIEES • Ne se dissocie pas a la fin de reaction.

(groupe prosthetique • Liaisons fortes( covalentes)
[coenzyme]=[enzyme]
C.O de transport)
• Reaction catalytique

C.O COENZYMES
Apoenzyme: La partie
Protéique de l’enzyme.
INACTIF
Holoenzyme:
Apoenzyme+Coenzymes
(cofacteurs)
Partie active. L’enzyme active
1.2 Les différents types de coenzymes

 Nicotinamide
 Flavinique
 COASH
 Lipoate
 Gluthation
 Thiamine pyrophosphate
 Phosphate pyrodoxal
 Biotine
 S-adenosylmethionine
Coenzymes Coenzymes
Les coenzymes Nicotinique
d’oxydo-reduction
flavinique
Quinonique
metalloporphyrine
Proteine fer-soufre
Les coenzymes de Coenzyme de
transport des transport de CO2 la
radicaux biotine
monocarbones Coenzyme de
transport de
radicaux autres que
le CO2.
Acide folique
S-adenosyl
methionine
Coenzyme de Thiamine
transport de pyrophosphate
radicaux de 2 ou Enzyme COASH
plusieurs carbones
 1.2 Coenzymes d’oxydo-reduction:
1.2.1- (NAD+/NADH) et (NADP+/NADPH)
1.2.2-FMN

Rappel:

Les coenzymes d’oxydo-reductions participent aux reactions d’oxydo-reductions (transport des atomes d’hydrogenes sous
Forme d’electrons ou de protons.
-Participe aux reactions de respiration (NAD+/NADH) et de photosynthese (NADP+/NADPH)
-Les enzymes qui catalysent les reactions dans lesquelles sont impliques ces coenzymes sont des deshydrognease ou des
Reductases.
-Participe aux
reactions de
respiration
(NAD+/NADH) et
de photosynthese
(NADP+/NADPH)
RAPPEL
Propriétés et structures: LE MOTIF NICOTINAMIDE: Le site actif du coenzyme

Le nicotinamide
adénine
dinucléotide (NAD)
s'agit d'un dinucléotide,
dans la mesure où la
molécule est constituée
d'un premier nucléotide,
dont la base nucléique
est l'adénine, uni à un
second nucléotide, dont
la base est le
nicotinamide.
Un nuclotide ;
Une base purique ou
pyrimidique lie a un
ribose lie avec un
pyrophosphate
Le site actif NAD. Le noyau nicotinamide.

Oxydation

Reduction
+ ion hydrure
(H-)

NAD+ NADH
Forme oxydée Forme réduite
(oxydant) (reducteur)
details
Explication du mecanisme

 Stéréospécificité du transfert de l'atome d'hydrogène

 La réaction est : NAD(P)+ + H2 <=> NAD(P)H
 Lors de la déshydrogénation (H2 = 2 H+ + 2 e-) du substrat, les transferts suivants
s'opèrent :
 l'atome d'hydrogène (H+ + e-) est transféré sur le carbone 4 de la nicotinamide
 l'électron de l'atome d'hydrogène du groupement hydroxyle est transféré sur l'azote de la
nicotinamide et neutralise la charge positive du groupement nicotinique
Ils interviennent dans les R d’oxydo-reduction de l’alcool vers l’acide carboxylique ou vise-
versa.

CH3CH2OH + NAD+ → CH3CHO + NADH + H+

CH3CHO + NAD+ + CoA → acetyl-CoA + NADH + H+

 Ca donne ca

1. “Figure 07 01 01ab” By CNX OpenStax (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia

2. https://pediaa.com/what-is-the-difference-between-nad-and-nadp/
 L’origine de la NAD et NADP est la vitamine B3 apportée par l’alimentation.
 Vit B03 ou niacine ou PP (pellagra prevention)

La niacine peut être obtenue dans l'alimentation ou métabolisée à partir du tryptophane.

En général, les bonnes sources de niacine sont les produits riches en protéines. Le foie, les
viandes, les poissons et les volailles sont riches en niacine et en tryptophane. Les
arachides contiennent aussi la niacine.

Tryptophane Niacine NAD

 La Vitamine B3 est composée de 2 molécules : la niacine (aussi appelée
acide nicotinique) et la nicotinamide (ou niacinamide). C’est le scientifique
autrichien Hugo Weidel qui isolera en premier cette vitamine, à partir de la
nicotine : voilà pourquoi ces molécules ont une étymologie si proche ! Plus
tard, pour éviter d’insinuer que la nicotine et donc la cigarette étaient riches en
vitamines, le nom de la Vitamine B3 a un peu évolué. Il devient « niacine »,
pour « nicotin acid vitamin ».

Vers 1937, le biochimiste en nutrition américain Conrad Elvehjem réussit à

isoler cette vitamine à partir du foie. A cette époque, une maladie fait rage
partout dans le monde : la pellagre. Il s’agit d’une maladie due à la
malnutrition, provoquant des démangeaisons, des diarrhées et parfois même de
la démence. Grâce aux recherches du biochimiste et de ses confrères, on finit
par faire le lien : c’est la carence en vitamine B3 qui provoque cette maladie.
Voilà que la vitamine B3 se trouve encore un nouveau nom : la Vitamine PP, «
Pellarga preventing ».

Suite à ces découvertes, les scientifiques se sont intéressés à la synthèse de la

niacine. C’est dans la flore intestinale et le foie que l’on retrouve son foyer de
synthèse. Là-bas, l’organisme transforme le tryptophane, un acide aminé
essentiel obtenu à partir des protéines de notre alimentation.
Ø E + NAD+ ¬¾® E-NAD+ (holoenzyme)
Ø E-NAD+ + SH2 ¬¾® H2S-E-NAD+ (Complexe ternaire)
Ø H2S-E-NAD+¬¾® S-E-NADH,H+ (Echange des électrons et
des protons)
Ø S-E-NADH,H+ ¾® E-NADH,H+ + S (Libération du produit)
Ø E-NADH,H+ ¾® E + NADH,H+ (Dissociation de l’holoenzyme)
 1.2.2 LES COENZYMES
FLAVINIQUES

Ces coenzymes sont des composés hydrosolubles, de

couleur jaune. Ils dérivent de la vitamine B2 ou
riboflavine. On distingue :
- la flavine mononucléotide (FMN) qui est l'ester
phosphorique en 5' de la riboflavine. Elle est
membranaire et intervient dans le transport d’électrons
dans la chaîne respiratoire;
- et la flavine Adénine nucléotide (FAD),
cytosolique, qui comporte un 2e nucléoside uni au
premier par une liaison pyrophosphate.

1 https://rnbio.upmc.fr/Biochimie_metabolisme_navettes
2 https://fr.wikipedia.org/wiki/Cha
%C3%AEne_respiratoire
 Les coenzymes flaviniques sont liés à leur apoenzyme par une liaison covalente.
L’ensemble a la structure d’holoenzyme. On les appelle encore flavoprotéines. Les
coenzymes constituent les groupements prosthétiques de ces enzymes.
 La partie réactive du FAD et du FMN qui participe à l'oxydoréduction est le noyau
diméthylisoalloxazine de la riboflavine
PROPRIÉTÉS ET STRUCTURE
Figure 2 – Structure des deux coenzymes
flaviniques dérivés de la riboflavine (Vit B2).
Le couple FMN/FMNH2 ne se rencontre
que dans le transport des électrons de la
chaîne respiratoire. Le couple
FAD/FADH2 est donneur ou accepteur
d’électrons dans les réactions de
catabolism

ZINSOU
dimethyl isoalloxazine
 Les déshydrogénases flaviniques catalysent les réactions responsables de la
formation ou de la réduction des doubles liaisons. Les réactions dans lesquelles
elles sont impliquées sont du type :

R-CH2-CH2-R1 + E-FAD ¬¾® R-CH=CH-R1 + E-FADH2

SH2 + E-FMN ¬¾® S + E-FMNH2

Mecanisme d’action

o x a z ine c o m porte 2
ll
Le noyau isoa ju g u é es capables
o ns c o n
doubles liais e n t d e ux atomes
ib le m
de fixer révers
d'hydrogène.
 Origine de la FMN/FAD.
 La vitamine B2 est sensible à la cuisson et éliminée avec l’eau de
cuisson. Elle craint également la lumière. Pour la protéger, il faut
conserver les aliments à l’abri de la lumière et privilégier l’achat
de produit frais.
 Levure alimentaire , concombre, lentilles, noisettes…..
 Le manque de vitamine B2 se traduit par des lésions de la peau
(dermite séborrhéique) et des muqueuses (gerçures des lèvres et
des coins de la bouche, langue rougeâtre ou noirâtre), des troubles
oculaires : larmoiements, vascularisation excessive des
conjonctives, hypersensibilité à la lumière.
 Excercice: Etude d’une coenzyme NADP+

 1)Preciser le shema structural, le mode d’action et les proprietes spectrales de cette coenzyme.
 2)Utilisation du NADP+pour le dosage d’un melange glucose-1-phosphate et de glucose -6-
hosphate.
 A)Ecrire l’equation des reactions catalysees par la glucose -6-hosphate.
deshydrogenase et par la phosphogucoutase.
B)Application numerique: Dans la cuve d’un spectrophotometre(trajet optique:1cm) on ajoute
1cm3 d’une solution contenant un melange de glucose 6 phosphate et de glucose-1phosphate , 1,5
cm3 d’un reactif renfermant un exces de NADP+, de MgCl2, de glucose 6phosphate
deshydrogenase.
L’absorbance lue a 340nm augmente de 0,47.Puis on ajoute au contenu de la curve 1,5 CM3 d’une
solution de phosphoglucomutase.
L’absorbance augmente jusqu’à 0.6 .
Deduire de ces experiences les concentrations molaires de la solution initiale en glucose1phosphate
et en glucose 6-phosphate.
Justifiez les calculs effectues.
Donnee: coefficient d’extinction molaire: NADPH a 340nm . 6,3.10 -3cm-1.dm3.mol-1
Coenzymes Coenzymes
Les Nicotinique
coenzymes flavinique
d’oxydo-
reduction Quinonique
metalloporphy
rine
Proteine fer-
soufre
Les Coenzyme de
coenzymes de transport de
transport des CO2 la biotine
radicaux
monocarbones Coenzyme de
transport de
radicaux
autres que le
CO2.
Acide folique
S-adenosyl
methionine

Coenzyme de Thiamine
transport de pyrophosphate
radicaux de 2
1.3 Les coenzymes de transport des radicaux monocarbones
1.3.1 Coenzyme de transport de CO2: La biotine

La biotine est un transporteur de CO2.

La biotine est un coenzyme qui est réuni à l'apoenzyme par une liaison covalente
amide (entre -COOH de la chaîne latérale de la biotine et -NH2 d’une lysine de
l'apoenzyme) à un résidu lysine. Elle est formée de 2 hétérocycles accolés dont l’un
contient 2 atomes d’azote et l’autre un atome de soufre. Elle sert de coenzyme à la
pyruvate carboxylase, une enzyme importante du métabolisme des glucides. La
réaction se déroule en deux étapes :

1) E-biotine + ATP + CO2 ¾® E-biotine-CO2 + ADP + Pi

2) CH3-CO-COO- + E-biotine-CO2 ¾® -OOC-CH2-CO-COO- + H+ + E-Biotine
 Elle sert aussi de transporteur à l’Acétyl-CoA carboxylase, une autre
enzyme capitale dans la synthèse des acides gras.

1) E-biotine + ATP + CO2 ¾®E-biotine-CO2+ ADP + Pi

2) CH3-CO~SCoA + E-biotine-CO2 ¾® E-Biotine + HOOC-CH2-CO~SCoA
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1.3.2 COENZYMES DE TRANSPORT DE RADICAUX AUTRES QUE CO 2
S-ADENOSYL METHIONINE
COENZYMES DE TRANSPORT DE RADICAUX AUTRES QUE
CO2 .
S-ADENOSYL METHIONINE

Ce coenzyme dérive de la méthionine, acide aminé

indispensable, apporté dans l'alimentation. C'est la forme active de
transport et de fixation du radical méthyle (-CH3). Il est formé à partir
de la réaction de l’ATP sur la méthionine. C’est la seule réaction
dans laquelle l’ATP perd ses 3 groupements phosphates (figure 7). Il
est donneur de méthyle dans les réactions catalysées par le groupe
de méthyltransférases qui fixent des groupements méthyles aux
accepteurs convenables comme
- les acides nucléiques
- les protéines
- les colamines pour former les cholines
- le nicotinamide pour former le méthylnicotinamide, forme
d'élimination de cette vitamine
La perte du méthyle transforme le cofacteur en S-ADENOSYL-HOMOCYSTEINE.

Exemple
Ethanolamine + 3 S-adénosylméthionine ¾® Choline + 3 S-adénosylhomocystéine

Figure 7 – Réaction de formation et

structure de la S-Adénosylméthionine
 1.3.3 COENZYMES DE TRANSPORT DE RADIC AUX AUTRES QUE CO2
ACIDES FOLIQUES (ES FOLATES)

En fait les acides foliques sont nombreux et sont rencontrés principalement dans les feuilles. Ils contiennent deux noyaux que ne
peuvent synthétiser les animaux et certains microorganismes. Il s'agit des noyaux ptérine et le radical p-aminobenzoique. Associés à leur
apoenzyme l'ensemble constitue les ptéroprotéines (figure 8). L'acide tétrahydrofolique (THFou FH4) est la forme activée et fonctionne
comme cofacteur de nombreux systèmes enzymatiques de transfert de radicaux à un carbone autre que le CO2. Le radical méthyle est
transporté sur l'azote 5 qui peut être transféré ensuite sur la désoxyribo-uridine pour former la désoxythimidine. Le coenzyme peut
transporter aussi le groupement formyle sur l'azote N10 suivant la formule ci-dessus : La synthèse du
noyau purique et des acides nucléiques dépend des réactions de transformylation (transport de –CHO).

Figure 8 – L’acide folique

sous sa forme
tétrahydrofolique est un
transporteur de radicaux
monocarbonés autres que
le CO2
 1.4 - COENZYMES DE TRANSPORT DE RADICAUX A DEUX OU PLUSIEURS CARBONES
1.4.1 THIAMINE PYROPHOSPHATE (TPP)

Ce coenzyme (groupement prosthétique) dérive de la thiamine (vit B1). La thiamine est formée dans de très nombreuses bactéries et végétaux. Il
contient un noyau pyrimidique et un noyau imidazole (figure 9).

Il sert de coenzyme à des enzymes libérant des radicaux R-CO- à partir de molécules carbonées plus complexes et les transfèrent sur d'autres
coenzymes ou substrats. Il intervient particulièrement dans la décarboxylation oxydative des acides a-cétoniques en particulier le pyruvate et l'a-
cétoglutarate.

Figure 9 –
Structure de la
thiamine
pyrophosphat
e, coenzyme
dérivé de la
vitamine B1.
Mécanisme
d’action de
la déshydrog
énase au
niveau de son
coenzyme,
groupement
prosthétique
 Le type des enzymes est le complexe multi-enzymatique de
la pyruvate déshydrogénase et de l’a-cétoglutarate déshydrogénase.
La composante (E1) de chacun des complexes cités :

1- fixe la fonction cétonique de l’acide sur le carbone 2 du noyau

imidazole, site réactif du coenzyme. C’est la prise en charge du
substrat (figure 9) ;

. 2 - effectue le départ du CO2. Le radical obtenu sera transféré sur le

lipoate toujours par la composante (E1).

La thiamine pyrophosphate intervient comme coenzyme accepteur de

radicaux dans les réactions de transcétolation (Voie des pentoses
phosphates et cycle de Calvin). Dans ce cas c'est le radical -CO-CH2OH qui
est transporté sur le ribose 5-P.
 1.4 COENZYMES DE TRANSPORT DE RADICAUX A
DEUX OU PLUSIEURS CARBONES

1.4.2 LE COENZYME A OU HSCOA

Ce coenzyme existe dans toutes les cellules. Il sert d’activateur des acides gras
dans les réactions de dégradations. Il joue en même temps le rôle de transporteur de
radical acyle R-CO-. Il est capable de les rendre solubles dans le cytoplasme. Sa structure
présente une analogie avec un dinucléotide . Elle résulte de l'union de

- l'adénosine 5'-diphosphate
- de l’acide pantothénique, qui est le facteur vitaminique (non synthétisé par les
animaux)
- et de la mercaptoéthylamine.

La fixation du radical sur la fonction thiol produit la formation d'un thioester à haut potentiel
énergétique R-CO~SCoA. Les réactions d’activation dans lesquelles intervient le Coenzyme
A sont décrites ci-dessous.
Figure – Structure du coenzyme A (1) – Réaction de transfert des
radicaux acyles de l’acyllipoate sur le Coenzyme A (2).
ACTIVATION DE L’ACÉTATE ET DES ACIDES GRAS
La formation directe de l’acétyl~CoA à partir de l’acétate n'est pas courante chez les
animaux. Par contre elle se produit chez les bactéries et les végétaux avec consommation
d'une molécule d'ATP (avec consommation de deux liaisons phosphates riches en énergie).
Sous l'action de l'acétylthiokinase ou de l’acétyl~CoA synthétase (qui n'existe pas chez les
animaux) on a :

CH3-COO- + H+ + ATP ¾® CH3-CO~AMP + PPi

CH3-CO~AMP + HSCoA ¾® CH3-CO~SCoA + AMP
La réaction globale est donc, en additionnant les deux réactions précédentes :
CH3-COO- + H+ + ATP + HSCoA ¾® CH3-CO~SCoA + AMP+ PPi
Chez les animaux les acétyl-CoA sont formés au cours de la b-oxydation des acides gras, ou
à l’issue de la déshydrogénation du pyruvate.

Les cellules animales forment des acyl~CoA (réaction d’activation) suivant le même
mécanisme et la réaction est catalysée par l'acyl~CoA synthétase.

R-COO- + H+ + ATP ¾® R-COO~AMP + PPi

R-COO~AMP + HSCoA ¾® R-CO~SCoA + AMP
La réaction globale est :
R-COO- + H+ + ATP + HSCoA ¾® R-CO~SCoA + AMP+ PPi
 - RÉACTION DE CARBOXYLATION
Certaines réactions de carboxylation ne sont possibles que si le
composé est lié au coenzyme A. sous forme d’acyl~CoA. Les deux carboxylations
importantes impliquant le
coenzyme A sont celles de l'Acétyl~CoA pour former du malonyl~CoA et du
propionyl~CoA en vue de former du succinyl~CoA. Le CO2 est apporté par la
carboxybiotine.

CH3-CO~SCoA + ATP + CO2 ¾® HOOC-CH2-CO-SCoA + ADP + Pi.

CH3-CH2-CO~SCoA + ATP + CO2 ¾® HOOC-CH2-CH2-CO-SCoA + ADP + P

 COENZYME DES AMINOTRANSFERASES : LE PYRIDOXAL PHOSPHATE

Le pyridoxal phosphate (PLP) est un coenzyme d'une importance capitale. Il

est commun à toutes les aminotransférases. Il intervient dans les réactions
de transamination aussi bien de dégradation que de synthèse des acides
aminés. C'est un groupement prosthétique qui est relié à son apoenzyme par
liaison covalente avec laquelle elle forme une base de Schiff, imine
aromatique. Lors de la catalyse il forme aussi une base de Schiff avec l'acide
aminé. Sa structure dérive de la vitamine B6 comprenant la pyridoxine, la
pyridoxamine, le pyridoxal et le pyridoxal phosphate. Le coenzyme actif est le
pyridoxal phosphate.

La spécificité de l'activité enzymatique est déterminée par l'apoenzyme et

peut conduire aux résultats différents. Nous ne citons que 2 exemples : :

Ø Transamination : échange du racical amine entre un acide aminé et

un a-cétoacide par l’intermédiaire de la pyridoxamine phosphate.
: aspartate + a-cétoglutarate ¬¾® oxaloacétate + glutamate.

Ø Elimination des fonction thiol et amine sur la cystéine

HS-CH2-CH(NH2)-COO- + H2O ¾® H2S + NH3 + CH3-CO-COO-
Figure – Structure du pyridoxal phosphate (PLP), coenzyme groupement
prosthétique des aminotransférases
 Prochain cours:
Enzymes a deux substrats,