Estructura general de nucletidos

Base Prica Pirimdica

O5'

Fosfato O-

P O

CH
4'

O H H 1' H
2'

Pentosa

H
3'

OH
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OH
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Estructura de la Purina y de la Pirimidina

H C N 3 4 5 CH HC 2 1 6 CH N Pirimidina

H C N1
6

HC2 3 N

5C 4C

N
7 8 CH 9

N H

Purina

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Bases Pricas

NH2

O N
7
8 CH 9

C
H1
6

C
H2N1 C2
6
5C 4C

N
7 8 CH 9

HC2 3 N

5C 4C

N H

H2N

N H
Guanina

Adenina

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Bases Pirimdicas

O C

NH2 CH3 C N 3 4 5 CH C2 1 6 CH O N H

O C HN3 4 5 CH C 2 1 6 CH O N H

HN 3 4 5 C
C2 1 6 CH O N H

Timina

Citosina

Uracilo

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Bases pricas y pirimdicas secundarias en el DNA

CH3 NH2 C HN1 HC2
6 5C

O C N
7 8 CH 9

HN1 C2

4C

N H

CH3 N H
NH2 C N3
4

5C 4C

N
7 8 CH 9

N H

N2-Metilguanina

N6-Metiladenina

NH2
CH3 C N3 4 5C C2 1 6 CH O N H
5-Hidroximetilcitosina

C2 1 O N H

5C 6 CH

CH2OH

5-Metilcitosina

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Bases puricas y pirimdicas de baja frecuencia en el tRNA

O C O
Pseudouracilo
5C 4C

HN1
HC2

N
7 8 CH 9

C HN
Hipoxantina
4

N H

C 2 1 CH O N H

5 6

NH

S C

O C HN1 C2 H2N
7-Metilguanina
6
4C 7 5C

+ N

CH3

HN3 4 5 CH C 2 1 6 CH O N H
Tiouracilo

8 CH 9

N H

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James D. Watson y Francis Crick

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E. Chargaff

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Difraccin de rayos X del DNA

Forma B

Forma A

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Modelo de Watson y Crick de la estructura del DNA

0.34 nm Surco Menor

Surco Mayor

3.6 nm

2.0 nm

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Puentes de hidrgeno en los pares de bases de Watson y Crick

n 0. 28

H
Adenina

N N C C C

H
n 0. 30 m

O C H N

CH3 C C C O N

Timina

C N C-1'

N C H

C-1'

1.8 n m

H
nm 0. 29

H C C C N

Guanina

O N C C C C N C H

N C N O

Citocina

nm 0. 30

H N H

C-1'

N C-1'

nm 0. 29

1.8 n m

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DNAs artificiales

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Formas A, B y Z del DNA

2.3 nm

Forma A

Forma B

Forma Z

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Espectros de absorcin de los nucletidos ms comunes

14,000
12,000

GMP

AMP
dTMP UMP CMP

10,000 8,000 6,000 4,000 2,000

240

260

280

240

260

280

Longitud de onda (nm)

Longitud de onda (nm)

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La desnaturalizacin del DNA

G + C % del total de nucletidos

100 80
Desnaturalizacin (%)

60 40 20
tm

100

50

tm

60

70

80

90

100 110

tm (C)
75 80 85

Temperatura (C)

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Ensayo de Hibridacin

Especie 1

Especie 2

Dplex de la Especie 1

Dplex Hbrido

Dplex de la Especie 2

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Los sitios de control en el DNA proporcionan sitios de unin para las protenas. Las regiones codificadoras se expresan va la sntesis de RNA

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Un sitio de control que acta en cis influencia el DNA adyacente pero no influencia al otro alelo.

En el tipo silvestre, los dos alelos sintetizan RNA

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Una mutacin en un sitio de control afecta solamente al DNA contiguo.

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Una mutacin que acta en trans en una protena afecta ambos genes que controla.

La protena activa acta en ambos alelos

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La protena mutante no se puede unir a la regin de control de ningn alelo.

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Enrollamiento y superenrollamiento

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Superenrollamiento
Eje

DNA de doble hlice (enrollado) enrollado

DNA superenrollado superenrollado

Eje

(a) (b)
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Topoismeros cruciformes
DNA relajado

DNA parcialmente desenrollado

Rearreglo cruciforme del DNA

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Nmero de Enlace

Lk = 1

Lk = 6

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Mecanismo de la Topoisomerasa II

(+)

(-)

(-)

(-)

(-)

DNA circular sin superenrollamiento Lk = 0 Biologa Molecular

Lk = 0

Lk = -2

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DNA superenrollado plectonmico

Puntos de ramificacin

Eje del superenrollamiento

(a)

(b)

(c)

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Nmero de enlace en molculas de DNA circular cerrado

Se presentan tres formas de un DNA circular cerrado de 210 pares de bases.

Lk = 20 = Lk0 Rompimiento de una cadena (a)

muesca (nick)

(a) relajado Lk = 20 (b) relajado con un mella (nick) en una de las cadenas Lk no definido (c) desenrollado con dos vueltas menos, Lk = 18. Las molcula desenrollada puede encontrarse superenrollada (izquierda) o con las hebras separadas (derecha).

Lk = -2

Lk no definido (b)

Lk = 18 (c)

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Nmero de enlace y desenrollamiento del DNA

DNA relajado Lk = 20 Lk = -2 Lk = +2

Superhelicidad negativa Lk = 18

Superhelicidad positiva Lk = 22

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Torsin y Giro
a
Cinta lineal (DNA relajado)

b
Gran torsin, poco cambio en giro

Torsin igual a cero, mucho cambio en el giro

Modelo de cintas para ilustrar la torsin y el giro. La cinta en (a) es el eje de una molcula relajada de DNA. La tensin introducida por el giro de la cinta (desenrollamiento) puede manifestarse como cambio en la torsin (b) o en el giro (c). Los cambios en el nmero de enlace pueden estar acompaados por cambios tanto en la torsin como en el giro.

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Superhelicidad en los plsmidos

Plsmido de doble hebra circular relajado

Incremento en el superenrollamiento

Plsmido de doble hebra circular con alto grado de superenrollamiento Biologa Molecular

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Electroforesis en gel de agarosa de plsmidos circulares con diferentes grados de superhelicidad

DNA relajado

DNA altamente superenrollado

1 2 3

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Cromosoma circular del bacteriofago

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Ensamblaje de cromatina en un DNA circular cerrado

DNA

Ncleo de histonas

Superenrollamiento negativo unido a histonas (solenoidal) topoisomerasa Lk = 0

Lk = 0

Supernerollamiento positivo deslocalizado (plectonmico)

Super enrollamiento negativo neto

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Nucleosoma

DNA H2B H2A H4 H3 H3

H2B

146 pares de bases se enrollan alrededor del ncleo del nucleosoma. El DNA forma un superenrollamiento solenoidal con giro a la izquierda que circunda el complejo de histonas 1.8 veces.

H2A

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Interaccin DNA - nucleosoma

Abundancia de pares G=C

Abundancia de pares A=T

DNA Nucleo de Histonas

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Fibra de 30 nm
(a)

30 nm

(b)

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Cromosoma humano parcialmente desplegado

Fibras de DNA

Esqueleto nuclear

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Bucles de DNA cromosmico

Fibra de 30 nm

Genes de Histonas H2B H3 H4 H2A H1 Esqueleto nuclear

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Del DNA al Cromosoma

"Cuentas de rosario" de la cromatina

Un rosetn (6 bucles)

Una vuelta de espiral (30 rosetones)

Fibra de 30 nm DNA

Un bucle (50 X 106 pb)

Dos cromtidas (de 2 X 10 vueltas de espiral)

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