Para comenzar, el cdigo gentico es justamente eso: un cdigo.

Segn define la Real Academia Espaola (RAE), un cdigo es una combinacin de signos que tiene un determinado valor dentro de un sistema establecido, o tambin, un cifrado para formular y comprender mensajes secretos.

 El caso concreto del cdigo gentico puede explicarse como un diccionario molecular. A travs de l se relacionan los cidos nucleicos con las proteinas traducidas a partir de ellos, las cuales tienen la responsabilidad de lo que se ha dado en llamar la expresin gnica. Para comprender esto, es necesario conocer las estructuras moleculares de los protagonistas: cidos nucleicos y protenas. Em ambos casos se trata de polmeros macromoleculares, o lo que es lo mismo, grandes molculas constituidas por la unin de otras molculas ms pequeas, los monmeros. Los monmeros que constituyen los cidos nucleicos son los nucletidos y los que constituyen las proteinas son los aminocidos.

 Sin dudas es una de las preguntas ms difciles de responder. Recordemos que el cdigo gentico est formado por tripletes de nucletidos (codones) que reconocen a un determinado aminocido a travs del ARN de transferencia (ARNt), el cual tiene un triplete complementario en un extremo (anticodn) y un aminocido especfico en el otro.

Por qu los codones son selectivos para determinados aminocidos? Para responder a esta pregunta deberamos hallar un organismo que tenga un cdigo gentico primitivo o intermedio, pero no lo hay. Todos compartimos el mismo cdigo gentico, aunque en ciertos taxas grupos de organismos como bacterias u hongos presentan algunos codones particulares que codifican para aminocidos diferentes. Sin embargo, estos son casos muy particulares.

 La teora estereoqumica dice que el cdigo gentico se desarroll a partir de las interacciones de secuencias polinucleotdicas, los cuales tenan anticodones o codones con aminocidos especficos. Existen muchas protenas que se unen a secuencias de ADN (factores de transcripcin, histonas, etc.), y el complejo nucletidos-protenas ms primitivo de todos son los ribosomas. Los ribosomas no son ms que unas 50 protenas interactuando de manera extensiva con secuencias polinucleotdicas (ARN ribosomal) formando una estructura estable. Los ribosomas emergieron muy temprano en la evolucin de la vida y pusieron el punto de partida para la traduccin del cdigo gentico en el ltimo ancestro comn universal (de donde evolucionaron y divergieron todas las especies que hoy conocemos).

 Entonces, al ser el ribosoma una de las interacciones entre nucletidos y protenas especficamente entre nucletidos y aminocidos ms primitivas de todas, tal vez tenga ciertos vestigios de un cdigo gentico primordial. Fue as que investigadores del Instituto Salk de Estudios Biolgicos, liderados por D. Johnson y Lei Wang, hicieron un anlisis estructural del ribosoma para ver si el cdigo gentico que hoy conocemos es tambin aplicable a las interacciones de los aminocidos de las protenas del ribosoma con el ARNr.

 Muchos aminocidos fueron encontrados en contacto con tripletes codones o anticodones de ARNr. Se calcul el valor de enriquecimiento (Ex) de cada triplete con respecto a un aminocido. Este valor se obtiene de la probabilidad de encontrar un triplete unido a un aminocido (Px) con respecto a los otro 19 aminocidos (Nx). El requisito fundamental es que el aminocido se encuentre a 5 del triplete, por eso no todas las uniones fueron consideradas.

 Por ejemplo: La fenilalanina (Phe F) tiene dos codones (UUU y UUC). PF ser el nmero de veces que UUU UUC aparece a 5 de Phe entre el nmero de total de tripletes NNN (donde "N" es cualquier triplete) que estn a 5 de Phe; mientras que NF ser el nmero de veces que UUU UUC aparece a 5 de cualquiera de los otros 19 aminocidos entre el nmero total de tripletes NNN que estn a 5 de estos 19 aminocidos. De esta manera, el valor de enriquecimiento de Phe (EF) ser la divisin de PF entre NF. Si el valor es mayor a uno, habr una mayor probabilidad de encontrar una unin particular entre un aminocido y un triplete, lo que indicara una especificidad entre ellos, o sea un cdigo gentico.

 Luego, usando el mtodo de Fisher (una prueba estadstica) determinaron si los enriquecimientos eran significativos o no. Los investigadores encontraron once aminocidos significativamente enriquecidos con sus anticodones y ocho con sus codones (cdigos cannicos). Esto demuestra que determinados codones o anticodones son especficos (se encuentran muy cerca) a determinados aminocidos en el ribosoma.

 Pero fue esta interaccin particular de tripletes con determinados aminocidos productos del azar o ha sido como producto de alguna fuerza evolutiva que posteriormente dio origen al cdigo gentico que hoy conocemos. Para esto crearon un milln de secuencias de ARNr al azar y las reemplazaron por las secuencias de ARNr originales de los ribosomas y volvieron a hacer el estudio anterior. Luego compararon sus valores de enriquecimiento obtenidos con los valores de enriquecimiento de los 11 anticodones y 8 codones originales que tuvieron valores significativos. El 99.9555% de anticodones y 99.9716% de codones obtenidos al azar tuvieron valores de enriquecimiento promedio menores a los cdigos cannicos (originales), esto demuestra que no pudo ser producto del azar. Sin embargo, al tomar en cuenta todos los aminocidos, slo el 54.5447% de los codones obtenidos al azar tuvieron valores de enriquecimiento menores a los originales, mientras que el 99.0225% de los anticodones si lo eran. Esto demuestra que hay una mayor correlacin entre los aminocidos con sus anticodones que con sus codones.

 Entonces, cmo evolucion el cdigo gentico? En el cdigo gentico actual, de los 16 bloques que hay (donde solo el tercer nucletido cambia), ocho bloques estn compartido por dos aminocidos o por aminocidos con seales STOP y los otro ocho estn conformados por aminocidos nicos. Lo que creen los investigadores es que al comienzo, cada bloque corresponda para un aminocido. Para corroborar esta hiptesis, aquellos bloques que codifican para dos aminocidos fueron extendidos para que slo codifiquen para un aminocido y volvieron a determinar los valores de enriquecimiento. En este caso Leu, Ile, His y Lys aumentaron considerablemente su valor de enriquecimiento en el ribosoma, mientras que los Phe, Met, Gln y Asn no. Esto sugiere que en el cdigo gentico primitivo Leu, Ile, His y Lys tambin ocupaban un bloque entero. Adems, los cdigos al azar con altos valores de enriquecimiento disminuyeron, tanto en Leu, Ile, His y Lys (~50%) como en Met, Gln y Asn (~10%). Entonces hay evidencia para decir que Met captur el codn AUG de Ile, considerado como la captura de codn clave en la evolucin del cdigo gentico.

 Segn estos datos podemos sugerir que la formacin y evolucin del cdigo gentico se dio en dos partes. La primera se form un cdigo gentico para los primeros aminocidos que pudieron haber estado en la tierra primitiva segn el experimento de Miller & Urey (1979) y luego se aadieron los nuevos aminocidos. Sin embargo, que aminocidos fueron los primordiales y cuales se fueron aadiendo posteriormente ane s tema de debate. Lo que si se puede inferir de este estudio es el orden temporal en que se dio la interaccin anticodn-aminocido tuvo lugar.

 Entonces, cmo evolucion el cdigo gentico? En el cdigo gentico actual, de los 16 bloques que hay (donde solo el tercer nucletido cambia), ocho bloques estn compartido por dos aminocidos o por aminocidos con seales STOP y los otro ocho estn conformados por aminocidos nicos. Lo que creen los investigadores es que al comienzo, cada bloque corresponda para un aminocido.

 Para corroborar esta hiptesis, aquellos bloques que codifican para dos aminocidos fueron extendidos para que slo codifiquen para un aminocido y volvieron a determinar los valores de enriquecimiento. En este caso Leu, Ile, His y Lys aumentaron considerablemente su valor de enriquecimiento en el ribosoma, mientras que los Phe, Met, Gln y Asn no. Esto sugiere que en el cdigo gentico primitivo Leu, Ile, His y Lys tambin ocupaban un bloque entero. Adems, los cdigos al azar con altos valores de enriquecimiento disminuyeron, tanto en Leu, Ile, His y Lys (~50%) como en Met, Gln y Asn (~10%). Entonces hay evidencia para decir que Met captur el codn AUG de Ile, considerado como la captura de codn clave en la evolucin del cdigo gentico.

 Segn estos datos podemos sugerir que la formacin y evolucin del cdigo gentico se dio en dos partes. La primera se form un cdigo gentico para los primeros aminocidos que pudieron haber estado en la tierra primitiva segn el experimento de Miller & Urey (1979) y luego se aadieron los nuevos aminocidos. Sin embargo, que aminocidos fueron los primordiales y cuales se fueron aadiendo posteriormente ane s tema de debate. Lo que si se puede inferir de este estudio es el orden temporal en que se dio la interaccin anticodn-aminocido tuvo lugar.