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Le aquaponique a des racines anciennes, mais il ya dsaccord sur o et quand il est originaire: Un retour aux cultures mso-amricaines dans ce cas, les Aztques pratiquaient une forme prcoce de Acupona par la pisciculture avec les cultures. Ils ont construit des les artificielles appeles Chinampas" (du nahuatl chinamitl , haie ou prs de roseaux) est une mthode d'agriculture et l'expansion territoriale, par une sorte de radeaux couverts de salet, ils ont t utiliss pour cultiver le mas, les courges, les fleurs et lgumes, entre autres, ainsi que d'largir le territoire sur la surface des lacs et des tangs de la valle de Mexico, Mexico-Tenochtitlan faire une ville flottante. Dans les cours d'eau qui entourent les les ont t utiliss pour l'levage de poissons. Les dchets de poisson qui est tomb au fond des canaux ont t rcuprs pour fertiliser les plantes.
D'autre part dans le sud de la Chine et de la Thalande qui cultivaient les rizires en combinaison avec du poisson, sont dsigns comme des exemples de dbut aquaponique. Ces systmes de polyculture culturelles existent dans de nombreux pays d'Extrme-Orient et a grandi poisson comme l'Asie mudloach, anguille de boue, la carpe commune et le carassin ainsi que limnids dans les rizires. En Chine, les agriculteurs savaient que les dchets d'levage pourrait tre ajoute leurs champs ou des tangs pour augmenter la production de lgumes et de fruits. A cette poque, nous avons plusieurs technologies qui sont entirement durables et adaptes aux diffrents lieux se rapprocher de la mission d'avoir une plante durable et auto amlioration de la qualit de vie en harmonie avec la nature