Exemple  (3ème étape du BLAST):

Extension à droite et à gauche du hit

<----- hit ------>
……………………I L H L K M L L M……………… sequence requête
…………………………………………….I L H L K M L L M……………………séquence de la base de données

Score (BLOSUM62) : 44 8 4 55 44 5
<------ ----->

Explication: L’extension est réalisée de part et d’autre du hit, les scores cumulés sont
calculés de la manière suivante:

Score cumulé (à droite) : 4+5+5+4+4+5 …… > BLAST continue l’extension à droite

Score cumulé à gauche : 5+5+4+8+4+4………> BLAST continue l’extension à gauche

Si le score cumulé (à droite et à gauche) décroit de plus d’une valeur seuil l’extension
s’arrête :
- Un hit étendu donne naissance à un LMSP (Localy Maximal scoring Segment Pair)
- Les HSP (High scoring Segment Pair): sont des LMSP de score supérieur à un score
seuil

Chaque hit peut donner naissance à un HSP, ce qui montre que plusieurs HSP seront détectés
à la fin de la troisième étape du BLAST. Ce programme effectue ensuite une évaluation
statistique (Calcul du E-value). Plus la valeur E est faible, plus le HSP est significatif.