Aalto en microbiologie médicale édition 2015'ERIENCE utte contre nfectieuses Référentiel ome en microbiologie 10° Cstite or *o£c* CBA? médicale ‘sySTREAM™ DAS* BRAHMS. PCT™ 5e édition 2015, TEKS ree? Tome | a a STANCE” ‘sistance Threat * oe,Référentiel en microbiologie médicale TOME! LICENCE D'UTILISATION ET PRECAUTIONS D'USAGE La Soule Frangaite do Mirblologle décine tout responsable, de queaue nature ‘Vl sot pouvant reser dune négigenco ou dune mauvaise wilson de tous prods, Ifarumertstecniques ou concepts présente dans ce ire. “Tous rts de vation, adaptation ot de reproducton par tous procédé réservés pour ous bays, Tule repreduction ou représentaon intgfale ou paral, par quolaue procéde que ce Sol des pages publoes dane le présentouvrago, fae sans Fautaisaton de Féeu est ite ‘teonsite une contelogon, Seules sont aoneses, une pat le reproductions sticement ‘serves &Tusage priv. copie tron destinees & une usin coectve et, ute part, lee courtes chatons sees parle carci scientique ou dinfomation de 'oewve Gans Taquoletessontincorprées (Lou 11 mare 1987, ares 40 ett et Code Perl, acl 425), es photocopies payantes peuvent dre réaksées avec accord de deur, Sadresser au Cente rangle explotation dy dot de cople-CFC, 20 rue des Grande-Augustins, 75008 Parla, T0844 07 47 70 (© oct Francaise de Mleobiologle La Loi 11 mars 1967 intr is copies reproductions destndes uno uation colective. “Toute epeaantaton ou reproduction intgraeou paral fatla par quelque proc que so ans le consentoment do aulou sea ayant ase let ot contite une conretagon Sanctonnéeparles arses 425 e suvans u Code Penal ISON Socks Frangalee de Microbiologie: 978-2-87805.032-5, “Toute rtérance@ un chap du Relérentel en micrbiloge médicale se mentonne dele fagon suvante Socttt Frangaize de Micbiclonle “ive du chap. In: REMIC : Soe Frangaie de Microbiologie E2015: p XXX ee eae ae ee La 5 eon a parasiologia. Gémarere nouve faumende medic co tava ambit. ractours (cea tence dans leur tout euteng de! Le promior tome cat des 9 Le second ome tparastes, Ccttenouvele gone et para Parasioigi a ‘Comme pour es fun confit din feurape de og: La Socits Fran las qui ont pe Le Comite Este médicale uot {ores. Les oma tat doa Saxe a |vetave nature Je tous produits, servis pourtous ‘rocédo que co itor otic tions ticemant et, dare par, Je foeure dans nal rie 425). 1 Staesser au ‘gust, 75006 sation colectve, code que co sot, ‘ne contetagon rmentonne dela xX NOTE AUX LECTEURS La 5" eiton du REMIC a vou rassamblerls principles natons de bactiologle, velo, parasiclogie, myclgie ot hygiene ules & la prague médeale. Cest conc aton une Aemarche nouvel, vers unite des prblématiquos du mande des agatsinfecteux posées ‘sumonde médieal Ele ceva saméhorer encore dane le futures eons Co ravallambideux 82 taut par deux volumes, 11 chapives et 56 pages. Les auteurs, redctours (césgnos par) et olcure, au nombre de 20, sont rcannus pou eur comps: tence dans lau domaine. Le Cons Extra les remeria chaaurevsement pou lou aval tout autong dela gonése de co referent Le premier ome tale de sets gknéraux en microbicoae, de again en clog med cals et des lagnostes merobisoglques da sensible dela rsstance des mico-orge remos ax antnfoctou, dee corres et la prevention, Le second tome est dda aux micro-organismes spéctiques: bales, vis, champignens ‘et parastes. Cette nowvaleéction rempiace deco fat ton de 2010 et aussi la REVIR. Pour las char Pianons et parases, ces chaptes ont eo fats avec le sovien ol Socite Francaise do Parasioiogle et dela Soc Frangais de Mycologia Médicale Comme pou es Gtons presidents, ls membves du Comité Gora détarent navi a: ‘un confit nts directs suscepties de porter atsnts sux données publiees dans cet ‘rage, de fason conforme aux objects de la Sooelé Francaise de Micesaog Lp Soc Frangalse de Microbiologie remer las indies pour urs insarons commer ‘aes ql ont pormis de réduire le coat de production Se cos deux ves. Le Comité Ector souhalto que les informations do co rtérentel soln ules la pratique mdeale quotdionne des mirobiologistes ot un eouton pour Taccrédtaion ce lure labore {ojes. Les remarques et es suggestions camdoraton sorties Bionvenues eupos du sec. {art dela Soak Francaise de Nerobologe, Bion coailemont “Thomas Bourte "Rene Courea Jeantous Hermann Laurence Lacneud git Lamy Pati Laudat Béatrice Pangon Héléne Peigue-ateuleAUTEURS —— Soon s wma fre onpecaesc nem SS a Saket Sepeneneee eS nene | gees See sm, Sereeenoneney SS Se = = a foe ee ——- hn Sorgen, (Sencar S— — Vege Das —a = = Se wns oct ember =s=—. ES == ae, Ee EE nae see,ce Pte Sera eitaannet Seer ahaa = ee ae a a Ee ENE ee Pad cer Seale sas Bemsie = ES nee Veengevicet eeceettem al eepecw ‘ie Soo. ace. Sees eae Sao ees Rectan —— BERET ns Eetelione into Ra a = Picci = coe Eetiveoee 2ér0, Quelle mi GENERALITES. 1. Las tapes e merebo 2, Place dela rierbiloh 8. Notions ey en microbe 4. Specromét rmoroblog 5. Stroop Statut vac 5. Sércogi 7. Recherche anal nf 8 Recherche ane i in 9. LeMenage 10, Contr 11. Automata ‘icooenn charges? LEGISLATION E 12 Logiiatin 18. Larecect es porson biAcNosrics: 44, Bacténm hemes 15, Enéocarat 16, Dispstite (cataterSOMMAIRE TOME! 610, Quolemicebioiogio on 2018 7.11 GENERALITES. 1. Les tapes de ranaiyse de miroboiogl 15 2 Place dea biologie molar on microbilegio 2 3, Notions éépisémicogle maléulare en mierobioioge 36 4. Specrométi do masts on miecbileg a7 5, Sérologl tnfctions bacérennes - ‘Stat vein 53 ‘Séecogi tinction Vale 81 Recherche dantcorps at antigen ans ls infections paras... 68 8. Rochorche santorps at Santigdnes ans ls infections fongiques.... 75 9, LeMansgement dela qua... 81 10. Contruit des sins on mirbiclone 99 11, Automation des cutures Imcrbiennes: quel eaher des charges ? 105 LEGISLATION EN BIOLOGIE MEDICALE 12, Ligation e blologle méscle..113 19, Larecherche nique ota protection ‘es personnes: lo context iat a9 DIAGNOSTICS MICROBIOLOGIQUES 14, Bactéries et fongémies- hemmocutures 125 15. Endocaries 139 16. Disposiits inre-vasculares (catheter. chamére implaiabe).. 145 17. Infections du sytéme norveu conta 155 18. Infections wrinaies 165 19, Infectonsbrencho-pumona (tors tuberclose et mucovisciose) 170 20. Infections broeho pulmonale ‘tmucoistsos, 189 25. Gastoenttes 201 22, Infections parestares du systime digest. 207 Infectons uro-gnitales et senuotement vanamissblet on. 211 24, Examen mirbiclegique du sperms "229 25, Infecbons ORL. 25 26, Infecton cclaes 27 27. lnfectos fongiques dol peau ot dos rants 253, 28, Lesion et suppuratons cutanées otainebacterenne. an 28, Collections cosas et des sérouses (ont iqudos de oan ot dalyse nec a 30, Infection esseuses ot aricularos 298 31, Lepled dabétique noc... 208 32, Infections matemo foetal ot peinataes a1 38. Le grand wae 313 5, Meroblologle do proxmté dans los pays en développement 317 SENSIBILITE ET RESISTANCE DES MICRO-ORGANISMES AUX ANTLINFECTIEUX 5, Méthodes de déterminaon de le sensi aux anibiotques 32738, Mithodes de déteminatin da 43, Accidnts cexposion au sang tou sonst ax aniveaux 333 Iquides bilogaues, 378 7. Mites de determination da 4, Mesures cnygine, de stout ot de sonetate ax anfongiques 41 rele biologiques au abort. 38 38, Mihoslope pours surveilance de la itance de miro-orgaiemes. ‘suxanbintociour or 45, Conroles mrcbologiquos ds iquidos (CONTROLE ET PREVENTION Seeencavaten Gopnos on aOT 29, Prélvements de dépistage portage 47. Conte microbilopque du lait Recher de bactros| es aa estas. 359 —— 48, Examen micobioiogique des 40. Dépstage du portage de = pralavements post mats. 15 eee 49, Les maladies &cclaraionobigatore 441, Quaifleatin das donneurs Corgaes, on 2015 Role du misobioogite. 221 do Gus et de caues costings 8 la 50. Viglancos saitars Role du Ces 369 TN merebioiogiste ar 42, Examen mirobiclogique des prouls sanguin ae. 375 GLOSSAIRE SOMMAIRE TOME I MICRO-ORGANISMES SPECIFIQUES- 65. storia monocytogenes. sr aes 5. Nelesora gonrrhoowe. 533 5, Anaéobis. a i oe bot ettteerisas 487 63, Mycobaciorum tuborcucsiet ares 58, Bordeolaspp. 46 mycobactéres, 545 St, Borel burgdefor sonsu lato. 485 69, Mycoplasma spp 559 55. Brucella spp 47170, Rickotsies et bactries apparentéos 58. Campyobactr sp. 477 (Cowes spp.- Ehrictia sp)... 587 57. Chama spp. 4st 71. Treponema patisum. 575 58. Clostum cio 42972. Trophenma whip 588 58. E coVenr-némoragiqus.....487 78. Yersinia spp peste excl)... 581 eee 503 wiCRO-ORGANISMES SPECIFIQUES - 61. Hoomophius infuenzao. 507 VIRUS 62, Hollcobacter pyr S11 74 Adénovis (ADV). sor 63, Legionella sep. 515 75, Virus Herpes Simplex (HSV) x. 601 64. Leptospira sp. 152376, Virus Vail Zona (VZV)... 607 1. 18 1. eeapes 2. wr. . @. eerie pee a a. 9 Es ytomégalo ies peta Hemesvius He Eniérovis Parechoviy ‘Ves de Vis de me ius de me ius de ne us de ne Virus dela ‘utr vive reiions Rougeoe ubéoe Enthrovis Rota. Aves vis Peploma Palyomavin Vins det c). evovius + La rage et 400. Fives hon 01 Above 1MIcRO-ORGAN ‘CHAMPIGNON. 402, Preumooyt 103. Asporios 108, Conddoset 105. Cypococe 106. Dermatooh oe2 sang tou 79 sbounte et de oat 385 ‘onnement (eau ar, 397 ues des quis ADT sedutat an des toc AAS en obigatore bilgi. 421 Role dus aor * or ey 539 doi ot autres os 559 ‘epparenties (2500) 867 575 595 07 HSV) non 601 Wenn 607 ”. 7. a SSSEBREERES8ReBR 8, 9 (ytomégalovius (CMY). Vis Epstein Sar (EBV) Horpesvius humains 6,7 ot 8 (HHV6, HH, HIN). Enérovis Parechoveus Vis de thépatie (HAV). ius de hepato E (HEV). ius de thépatte 8 (HBV). ius de rhépatie Dts (HOV) Virus do thépatieC (HCV). Vis dea griope. Autres vrs espatoires. Oreitens. Rougeok. Rubéol Enyhrovins B19, Ravin ‘Autos ves dos gasroontctes Ppilomavieus humains (HPV) Potyomsvirus BKV el CV. ei 619 225 635 or ot os ost 055 063 269 eat 63 a0 3 09 705 m ius de immunodéticlence Humaine cay. Retrovius HTLV La rage ete Lyssavi. 100. Fiowes hémoragiques vale. 101, Arboioees| 718 720 729 m1 153 MICRO-ORGANIGMES SPECIFIQUES - CCHAMPIGNONS 102, Preumacystose 103, Asperloss. 404, Canddoses 108. Cypococcose 108. Dermatophycses. 162 169 m 733 MICRO-ORGANISMES SPECIFIQUES - PARASITES 107, Biharsse, 701 108.6 705 109, Leiehmanoees. 709 110, Patucisme, 202 11, Toxoplasmose. en ANNEXES 112. Conduits tee au borate 4a mireboogi on cas oo risque Dotororiste et de patogénes. ‘mergers 823 113. Rages embalage ot de transport es matires Bologques, 333 114 Modaités de conservation des ‘oucnes,strams et echailons Diogives... es GLossaREQuelle mic Comité édit 4. ETaTD Depuls ta domie 2010, les biog changamens. 3 fifa Bogie m tales 8 se ror Faceédtaton de farsi quo so st formes do mice tomme en miou pebiologiies so fans 1 regroup. Catto infxion = pulsion du cons: Fsmorgenco de gtons ANID GeV on 2013, te ‘ncn 63 automates ror Ie espn est fait os ta me font coll bones de santé Eo occupe ou) lors que les © tite @vtdlene ‘une maladie la a proves fongigue ou pa = agoste pos Aiaifrente » event un « in fee la mason fn eallaboration fous au taunt 2 ACCR ‘veo Lois ‘atores de mice 2 deux ot der ment aceite. e répondre 8Chapitro Quelle microbiologie en 2015 7 Comité éditorial 4. ETAT DES LIEUX Depus la deme éton du REMIC, on 2010, es biologists méeaux ont vécu das ‘changements <écisfe. Ordomnance st Lol fla Dologia méccala ent cbige la Iabo- fatores @ se regrouper pour mene & bion Facerédtion da leu cul de aval. Cet fins que se sont consttuées dos plato formes de mrobiloge en secteur idl comme en mile hospital. De pus, les ‘pobbotogstes se sont euxcmémos engages dans le regroupement de lous clscipines. Cotte infexon seat fate sous la double in: pulton du constat dela roougence et de Fomergence de miroorgaiomes tls qe Ia ‘ope AGINT)pdZ008 an 207, le MERS: CoV en 2013, le vius Ebola en 2014, o de In nbcoske éconamqve de mutuals tous automates regroupés en plteformes. ins Ia lepine ost - of resie-ncvisble ca 88 frat ost la mime, te au service du pa- tent el oll dot colette pou ie pro. bles de santé publique corre infectious Ee eccupe toujours une poston marginale alors que is cirions reconnassont son Ui @uoernemert. Un patint soutre ‘Tune madi infectouse et non Sune ma lado a pro veal «ou» bacérinne « ou» fongique ou parastare. Co gui riest pas ‘diagnose posit de Tune eat « eagnos- tecitrenel» de auto, Le microbiologists ovint un « ifoctelogue au laboratore » fvoc la mission aber doe agentes & tous ls niveau echniquese dcisionnel) fon collaboration avec Te pratcion x infact. Togue aut du mal » 2. ACCREDITATION ‘Aveo! Lol sur biologie male, les abo- Fatores de micebiniogi ot été audtés une 1 deux fot depus Tobigaton dre totale ‘ment sesrédé a Porzon 2020. injoncton de répondre 8 ces obligations ses fate le pus souvent a moyons constants, écono- rriques et humains, on particular on dtu hantietomps de ochricins et de bilogistos ors cota fait. Pour quello finale at. Tours? intalomert, son bjectt, incontost- blement lusble, iat die un oul dame Train des praiques professionnetes. En ou do tomps, los aus ont te vécus (et Pals subs) comme des cones tations Seta raga, on comme a vrleaten de la mise on place des recommanéations dos Sects savantes. Ars que dane los sures Aiscipinesbciogaues, une demande dana. yee envaine 12 production dun parame, en micrbiciogie, une demande enraine une Aiversté coreniations dagnostiques. Aus- 5 fos austours sont tones valor lo teva du mirebioiogiste dans un rgorisme Stil ot déshuransant, pals suréalto. Autant soumate lo travel mecca) & Tic trospecion est enicissan, aula Faban- donner dans les maine das audtoure et 8 Taune dune noms iesue du monde indus tel est dangoreu pour Tavent do a lo (ie médeal. La médecine fete un eft qu 52 fonde, de pis en plus, sur des données Slentiques, Son exerle requert une part de cxdaié et dinittves pour des sue tons paris Inédtos mate nécessant une Prise de decisions qui échapperont uous ne procure soe, fee fa pus com plo, Puissent les audits caccrdiaton, ot lanorme, évouee vers une meilaire prise on ‘compte du tava du biologist, ot vt une tertine « dématvaton » ou déeafectaton fos Jounos medecins ou phamacins pout laasopine qu sera dletere pourla soi té: Lee autos de sant aurnt a esoudre 8 aul apparat comme une conadicion majeure le souhat do « médealoe la bio lege », ce ql est ouabl, et le danger da ar exemple). ten mycoogie souinvasts ‘ements ea ne or. ont ele bensen os. sues larogénes, ‘sme, ou Tabord our les supp un organe ceux, ‘abosese. An de bactries anaéro dns sont in ‘ses une seringus iret obturte par 3 ed eang) ‘plete cos prle- fures. Sity'a do fon soit mon-mi ‘= contenant une ‘dont le vom semeness aut fe culture bqude Iquote do mati 3 pourun examen {mesure du pos leu getose. {ee mode de on le content tenis ou de mu: fersies def p= Teves, bipsios cements l ‘utandes& pivlgir dans certains cas, en fason dune meiloure senebt (echerche ‘de mycobacries par example), grating » ‘es muquouses afin de collector des calles pourlarcterche de microorganisms 8 ‘oloppement invaceluse, « gratiage » od Bopsis de fagments de tgumonts eu de phanéres cans lo cadre de rocherehes my oiogiques. La nature de Fécouilon cond tonne larécupératon des mxo-organismes ‘sous lo non ous dacron en présence dn Iileu de transport sont recommandés. Le Colon ete bos ne savant pus ere uieds Les modal de prétovemenis eles modal ts dachominement son faction de chaque ‘ype dexaman ot sont cals dana ls che ites correspondents, 2.21.2. En vioiogie Ls prééverent sult ls mémes regis o& érles. Au cous ce inocton aig, st oalisé au début des manstaione cl riques (atecions respratoves vile, par fxompl). Apres un contage présum, los prélovements pour rechersber une pron fecion doivent tenir compte do la phase Sincabaton habit, De fagon générale, tuto sion accessible ot “tre prlevee (sions cutanéorme ‘queuses, stcrtons rrino-pharyngees, par frame). Les doowlons cont ls mimes (que coux ders pus haut Se deat acne minamen xc 2 (berétons naso-pha- Fyngses, prlavement une, peleverert aU niveau du cot de futérs, par exemple) ‘oranspréevemonts sont mis dane un mi lieu do transport adap & la wologe co ype Hanks, confonant des antbataves emp®- chant ia prlfration bactetenne ov yoo: ‘sigue. Le tqude cephaloractsion ext pr levé sur acon ste sans ant-coaguant Le ang polevé pour Ia rcnerehe ou a quant cation de gnomes vrux ext recall dans lun ube avec un antcoaguant & exclusion de Fhépaine. Le sang pour la sérlege ou la rochorche cfanigones viaue exte-cel- Iatros est rece dans un tbe sans a ‘eeoagulant. Las modaltéspecises de pr levemonts sont tases dans les chaptes correspondents. De Tagen gone, i ‘quanto suffsart do marie! dot etree ‘yoy6e a labortove plsioure vs powant ‘donner le méme taieau clinique (efecions fespiatoires, ifectons neuioméningees, fovres érupives, hepatte, par exemple) Les recherenes powvant comport nom breux marquou's, cast graco 8 in qualité 4 dialogue prescnpieurbcigiste quune higrarchsation ou une orientation cifeente dos rechorehes dot re fate dane Fn ‘4 patient, do la collects et des cots de Iacont, 522. Prlovements de dépistage Les prlivements destins & preven la suvenue "éifecions nesceamials oy ‘connate a fore résidents (ge reporter a chapite dé) lis sot prélevés sur écouvlon. Une cot boron étoe ent micrbisiogisis, cl- icons et hygenstes est nécossaie afin ‘talc une meéshodologierigoureuse adap- tee au but ocnerehs, 4, DELAI DE TRANSPORT ET CONSERVATION DES ECHANTILLONS Les das et los conditions de tanspot et e conservation devon ve mates parle ‘lg tout au ong de Face anaiyiue (52 reporter aux chapires dédiés pour chaque "ype de prteveron). 5. LASECURITE Durant tout le processus, les précautons dies standards doivent bre prises pout ‘ous les 6ehantilons. Tout produit patholo ‘iq doit re consaéré comme potent. Tomont infectoux, c'est & dre susceptible e content des miroorganismes comus (4 non, rechorenés OU no lore doe ive ‘gators ‘oiogiques, est fondementa de rapper quo fos précautons arygiéne ‘owen! sappiquer, quale que sola natire 4 Texamen demandé ot quote que cola ‘signe biologique otf abort oes Bréldverents sont tats, non seulement on mcrbilogie, mais aussi en boeimieou en hematloge (se reporter au chap dade).1 Lng dere oe miosis La fermeture des réclants dat re Demétque, pour ne pos. conaraner ‘enter des acon ou des bes + Le protdures de désnftion covert {re conues “Te recipient dent la = {ace entre a et contaminéa et le ‘8 dans un deuséme réiplnt ou dans tn sc en lastque forms hermétquo- ment La prescription accompagnart lo prélevement est alors pacoe & Test. four de cet embatage supplementare + Loraquun repiant ut, en rele gené- fale fest tu sons ete manu Uorequit ne peut @ve place dans un ‘ure répientetanche, I faut Suter de te vansporer. Un ute échartuon ct nique est Params ou laboratoe dans In mesure. Gu posse. Totes, on fas échantilondlelement renou Velabie (bipse,prlevement cbr, préloverent peropératore ou inva, par exemple Tanase est néanmoins txbcitbo oto sat ost lors bans nis sous résorvo, aps accord avec le proscipow Cote procédure parton We ot re acto ‘+ Iino faut jamassrecapuchoner le a gulls ni, 2 forte, wansporer une se- Fingue avec son sigulle. Cole-ci dot fie rotréegrdco& un cispostt do é- cunt. La serngue,pugée dar, de ype (gaz du sang, est obturée stérimen ule placée dans un sao pasique fer- 6 hormatiquament ou, do prternce, Te conten do la serngue es vido dans Un ube site (avec ou sans milou do yanspet selon los p05 de pole ment) (o0 reporer au chap 6d Surles rages femblage etd rane on, en fonelon de Forantaton linique (@- snoste de Neve homaragique, suspicion do Kreutaiit Jakob - nv par exemple) ou ‘un résltat conn, des précautons supp. Imeniaies adaptées peuvent savérernécos- 6. _ LES RISQUES D'ERREURS ee circonstanees lées_ au_pclevement ‘went conde a do résats microbe ‘ies faussés done san ute clique es exemples cont nombreux “lston tun soit contenant un an- tsepique pour recuel ecanton our une analyse bactrilogique “+ ansport_ou slockago impropre dos fchanbtons: + conditoonement dans un miieu de transport inappropré + our déiquetage au It du patient, par ‘xomple, Diauires facteurs peuvent gbneriarecherche ‘Je Tagent doiogique ou empécher far Incase dune ifecton. Ce sont armen. + vatement anvinfectieux en cours au ‘moment du pévernnt + les ciicults de preevement pouvant ‘rendre dele, vore posable, Tob tenon dun éehanlen representa ‘processus Infoctoux (pencion hemor ‘lave, par exemple) +l contaminaton parla fore endogéne e cortans sts de prétverent + Isticuts do aistinguar une spl co lenzation dune vrtabe incon ue & es bactios opportunites. Sites prelevemonts sont ofoctués avec los précautons raconmandéos, io nvoau de onfiance atioub aux résutats de Tanalyse micrbilogiue est renfore, CConoornant a phase analiue ot ls pra- tiquos au on es tortor, aut Fp per que, de méme que chague sérum dun Datent dot sre analy séparément cage ‘ilu de cate on bacrolgie ne da re Ul ave pour un seul dean. La ru [sation de fou cepoaitf pour agnostic est ‘videmment ormetoment inert 7. USTEDES ‘CIRCONSTANCES JUSTIFIANT UN REFUS D’ANALYSE PAR LE BIOLOGISTE (Tableau Il) Dilgite pout riser de procéder & analyse do cotans échantions quan les onatons do prolovement, do anspor, Ccnaervaton a didenfiston sont piu Ccabee ala sécu do ranalye ota vali tes rca, analyse ¢Senanions on ces amea0i6 “Soettonse, roprésontatte du loner des ru font 8 dos rou ratoents indy fs donalons ‘ont ox foncame Seentbeaton rentonnses se rots dun éehan rohis dot et preserpeur et au ‘anti st 2c En tele genera Joumge dun mr Intl, en dahore cu dun aude 06 fate volo oogite roovar poutleconsorver fons et contacts ‘utr avec I de pour étayer unde En vioogi, I paren pour Fant est indepen neesai Quat fagon lagale (NA brlaverent San fsromale deo tonto pas ri larmbme jounde prom analyse tu douteurpourt fantigone HSee tope detenye demttooge 4 ie ngue ‘eontanan un an ‘ust achantion cterlogaue ge Improore des ine un mites 6 'Wt cu patent, par gtveria recherche Smpschor dtabir Son rotannert: tecture cous au sent Sevoment powvant 2 impossible, fob- ‘on representa du poncion némor a: a fora endogéne oraiverent: usr una simple co- ‘ble infecton due nites ‘fetiss avec los Ses, le niveau de ‘ants do ranayse rob Diyigue et es prs sovea, faut rap- ‘chaque sérum dun ‘partment chaque ‘ogi ne dt ee Chenin. Ls rt pour dagnoste est iterate. Ices. JNREFUS *AR LE (Tableau i) 12" do proctder & ‘anilons quand los 1 de vanspor. do {atlon sont pb aya va 3eéchantons non ‘Tableau I Echantlon jusfant dun ets pour analyse micebiog gue. {Si sagt ur rater aetna hr pat re ae ae eee rere cn pnt eroloer carton contr eel eseoat e B b Aten ce emcees, sn carn ce LR un ay rane rt pep es ‘intr dna aa cane sete pment aie deme pn wae oars ‘toe ig Hrs 8 eos oT. reprbsontatis 6 processus infctoux pout omer dos résulas inappropnes cone Sant os ores de dagnoste et 8 de ‘taloment inedapés. Un éhquetage caect es dehanilons fat au mement au prelove- ‘mont es fondamentl pour euiterles erreurs Sweniicaton du malade. Les stuatons ‘menonnées dans e Tabled Ii Justin lo telus dun échantion part bilogista. Ce felis dot te inmedatement aignalé pesorpteur ot au prlovour, atm quuun autre ‘Echantlon sot ocrese, En rage gardai, analyse dans fa méme Journde dun méme tps de prleverent est Intl, en dohors du sang pour hémocature ‘ou dun quis céphalovachicin protve du {att févotaion un sycrome mings. Le Biologist rcovant un douxmo échantiton pout le consawver dans les moitoures cond lions et contactor le presarpteur pour as- utr avec de a state la pus efcace pour saver un agnostic die En vircogi, il este copendant des, cas peut pour Tesquels un 2" piven ment est indipensable sans qu'un deal sot Ioessare. Quave suatons imposent de fagon lgale (NABM) de rbcamer un sure prélovement sanguin en dehors de toe Snomate de prooéoure pour te meme pas tei fe lus rapidement possible, voir cans lar mre jounse. I 39% doa cas ol une promiére analyse a monte un eau posit bu douteux pour un des marqueure avant fntigene He du virus de Pepa 8, ant comps digs contr le vius de thépatteC, Conte la vtus HIVI et HIV2, et conte les HTLVIMTLVAL Cette procitire obligatcire ‘tcestina @ vii Fabeenoe derreur aur Front du paint 8. PHASE POST-ANALYTIQUE LLerdonnance relative & Ia biologie médicale postionne et renfore le re du biogiste médical dans Ia preston de conse. A ce ti, olla prond une place essontole. Cest ‘usa une exgence dela noe ISO 15189. Ua prestaton ce consed sare parkcuro- ment importante dans e domaine dela m- (pobiloge made, acpine dans quale lemicrobilogiste apport, bien aude de a simple interprétaon des resus examen, Son exparies canal cadre du aaiogue avec las médecins cncions pour une prise en ‘charge optimale du patent, 8.1, La prestation de consell la Phase postanalytique 8.1.4. ntorprétation des restate Linierpeétation des résultats est cbigstre st ot igre earoment, chaque fos quo né Cassa, su le compleendu, Ele est ren (ue possible grce a Fostanton des données Cinquos onvisagéosci-ossus ‘tre exemple, davent asl epparaive Clarement sure compo-rnd1 Leap dete emesis + La onsignifeatit une espboe mi- ‘obienne rerowve omen! dans Un prelavament chamocuture (Sophy oque 2 coogulace négatne, Coyne: bacterium sep, par exemple) + Umerpétaton dun ECBU au rogors de son rsult cute, clot ta ‘contexte clinique, + Cintrpétaton e'un mécanisme do 18 ‘islanoe aux antbotques notin! cla Tomantiesconséquancos on mate do piso on charge du patent at dhygione {prscautons complements) + intrpetason un ganoyeage en termes de letance au aniaix + Cintorprétation des suas de séroo- ‘le iectouse + Eenacossts éventuote de cone un ‘sult sur un ato peeveront + Carndeesat vertvese de complter tun ban pour iterpetaon un ru {at ou la prise en charg futuro du pa- ont + Corsines reéronces. sur esquotes ‘Sappule le Bolle pour fae son n= + Cinterpréiaton dot ve harmonise fente is dlterents belogsts ula oatore commentaires codes. st presets conconsualment oie los Boogie incus dans lo stam i fomanque. Vergansaton rogullre de reunions interes ene Blotes dt {act Tappticaton de os mesures. 8.1.2. Tranamision des résultats a prestaton do consol stefoctve au quot en en communiquant on gence des Silas dente ou paral (examen micros opique sur hémocltur, par exemple) im paras pour la piso on charge du paint, fentarsant Gvotualement dos aicisons th ‘apeutques rides ou un sul rapproche Darou convent da mate on pace oe bulls permotiant assure une vagabil dos ‘Spel reg ou sans camer. rgite, [Rfomatique) mentonnant is données com ‘muniguées ot los intervenants. Loran. ‘ind taboeaore dt falter applcaton e ces dspostions par exemple en tenant & Jourun tableau de conc prcisant le biol- (9st contactor. 181.3. Dialogue avec le clnen-conso therapeutiue De par sa competence, le microbiologiste sdalogue au quotidian avec ls cinicens nen Ssauiemont en termes de démarche dagroe ‘que mas égalomont on tamos de pis en charge notamment thérapeutique es pa ‘ints. 1 convint, patculérement cans ce ‘eran cas, de respecte champ d'action {e chaque pressonnel st aperécer im act consi donne, Ans, sile micobiol- ‘iste na par ls egtimte de oo subsituer & Tinectoiogue ou au spicalit,i dit cope ‘dant pariperactverent eu consed there poutgve et de pres en charge dane cacre ‘Sune approche plulsopinare, 82. Autres aspects de a prestation de consels 821. Enmatére dhypléne hospitals Le mcrobllalste es un partanaie inp sable des hyginists, I esto calaborstour Privatgie de TEOH, a appote son expertise ‘ane fs déisons ot ae actions & mene. ‘ol parte a CLIN ou a sous-comms: sion de a CME charge de ce domaine. 8.22. Enmatire de bon usage des atin fectouc La pretation do consol par le microbiol- ‘isto dot également sinsrro danse cadre transversal du Bon usage des antinfectous Lo microbilogiste dot done simpiquer twement dans los formations ot dans los insta ot cmvtés dant ola conte la mission, Le microbilgite a vocation par teiper aint “Nox actions de formation (EPU..) = AucRCP + Ala CAI (commission des anthinfo- tio): redaction de proocses, hoi et mlécules, Le micebicogsto dite auprés des cli ‘Sons ot auprbs dea instances ls données 4e la suvellance épidémiclgque mero- there dont la espensabit, Pour ls tabissomants qui ont mis en place lune équpe operational en Ifectologe, 22 crates Famicaois te miccobioigiste tourabie au sai tenarat avec le « 823. Pantcipa Le micrbieoge ‘on premiere ine rent infect Inpiqué dans le raids infcto: Une procéure 6 tl pou frat au chapive deci 9. CONeL ‘Sifanalyse dun Dnafon escoms possbés debt és teenies technique ara prelovenent Si fanaise dur stats qui ser Tee données cn ‘aves antoiour Ste de pratique chez le patent. Les prinies et tails pour cnac hapies coe Dans tours a lo prescriptur dae, depuis la usu Tinto support de proc cate collabora (quasté de Tr Bien audels dt ui sera esr ‘ol ofr une Ineuantia pectin st inorpettatin Ia connaissanet poure beni 5 pour le bene santé pubaue.te miroboiogite ‘cle cnn non Semarene gros termes de pse on ‘poutquo. Ges pa Te champ action et apprcie fim ‘si se mcrobilo- de se subettuar @ alto, ot caper {Cau consel ther tage dans facto Dinar. {ela pretation {ne hospitals darerave ndspen tle colabratour exe son expertse atone & mene, ‘a ous-comms- lee domaine. 1 usage des ant parle mierbiclo- ie dans care des ant-fectoux. one simpliqur ac- lone et dane es ‘cea constive tea vocation & pare aon (EPL) > proocoes, choix 2 aus dos cin sncos las données miologique miro abit [Mtont mis on pace le on infectooge, le mirobologisio dot dre un actor inoon- tourable au sin de cat stuctre en par tenarat ave le cnn fren tle phar 1823. Paricpaton au signalemont Lo microbiologist vouve frequernment ‘on premiareigne dare ia atacion ven tons infecioux particule, a co tiv il est Impiqué dans Ia délration obigatore des maladie infectious et danse signlement Une prosédure eer aulaboratare pet ere lle pour frmatisor cot aspect (9 roportor ‘au chap dics ax viganees sanaes, 9. CONCLUSIONS Sitanatyse dun échantlon ne donne pas le bnético escompt, convent do revo los possbiés doteni un agnostic! mod Ns diferentes de préiivement, ure st, techique canals La biologie mot consirabio dans te dee malas ‘eseontolament a ‘gerigue (ou PCR) eeiques drectems inques, ou ape: ‘togene. La POR for ou eaactricet micro-organismes Specoues. En backlog, dans un eotain ne ‘Fautes protocol approcnes molecy rmoteulre nécee ‘tures posts, tes aproches ation inverse sr produit ampiies En vicioge pon fut de otter elope tr tt 1860, au depart exemple), ou non {te fan pal ‘ava vo che (eagle mot stustionesuvante S Obtenon ds ecnantone © Steptoe ‘dun path fences) © Mycopias dun pe {eran + Stopteco Tevement te diagnoPlace de la Thomas Bourer” Jean-outs Herrmann” ‘eanatareRotain® 4. CONTEXTE La ditogie molbousite connait un essoe ‘considoabe dane fe domaine eu diagnos: ‘ie dos maladee ifeciouses. Ele uee tszontoloment la technique sampiioabon ‘nique (ou PCR) de Fragments cacides no Gliques directement & parr echnttons ‘niques, ou apres iolement de agent ae ‘hogone La PCR permet de aétcter quant foro caraeisr es acdes nuciques des ‘mico-organismes par des lets senses et spocriaues En bactrclople, cos tests ont remplacé dna un caraln nombre de eas la culture ou ‘Saares prtocolos de agnostic drect Les ‘oproches molsulaes usa hybridaton imoliodsre néceoste de traveller sur las ‘hares postves, ton st remplactes pr ‘Ses appochas da PCR sui prune yo ‘Selon nveree sur bandeletes pow ravers pout damplcation En vlog, plomies dans co domaine, os ‘outs de dtecbon melécuare se sont ‘elope tre 1, ds lo mou dos ar 1900, au depart pour délactr rapidement es vius non cultvabos (HBV, HCV par ‘exanpl), ou non culvabies asément (HV) ‘to fag parable au développement dos antvraux vor chapitos dae), {i bilogie moléulaie 8a pace dans los ‘suston sivantes : ‘+ Obteniion d'un ciagnosticrapie part <échanons clniqus. Par exemple © Stoptococeus agaicise apart ‘dun pebavement vagina (fone nose) © Mycoplasma preumonive pat {fun prlevement”-nasophannos (erfan ‘Streptococeus pneumonise et Nei feria meningitis parr un pre. Tbvemant da LOR ou de sang pout le dlagnoste do mening bac terme logie moléculaire en Enodpalitenerpque (HSV1/2) 8 par de LCR Meningie &enterovius Toroplasnose, pneumopathie & Proumocystis roveci, paludisme, asporglose Infections mater-frtaes “Tuberodose blir, Typage moléculaire dune souche bac: tinene, wal, paraslace u fengiqus des fins dlagnasiques lou ep riciogiques ‘Genotypage des méningocoques : ‘Genes eodant une ou Se oxnes (Ctostssim af, Stanhyiocoe- fs aureus, par sxorp9} Virus 30. Timmunedéficence ho. maine (g6nes pol etou env) ‘ius a thepatta C (gee NSS): Enlérovius (région VP1 esseniote- rent) Peapilomavits human (ypes onco- ‘genes et non-oncopenes) Piasmedum Pneumocystis ove SNC, \denticaton de bactéries non cut. vals & ce jour (Myeobacterum leprae, TBentiication de micro-organismes & (colsanoe fstciouse ou leno eur me eux de etre, Par example ossance lente ou fastiouse Bordetela spp. Kinga. kingao, Tropherma whippet Batorea henselse Mycobacterium tuber loss, par exemple autres mycobactéies (croissance tent) Ccolsance sur mieux spéciaiade fan présnce do calles eucaryotes (Chtamyeta cpp. Coxista buret, Ficketisa conan par exemple). crate2 Pasa io li en owioe + Identcaion molto (cbles 168: FRNA, rp0B, sp65, par exemple) un ‘Slat basin sefice ov ron able nue par ls techniques phénotypiques \yeompes le MALDLTOF + Idenfeaton & parte géchantons eS igus présentan une culture négave, ne dos stations crsquos avec at botherapio préalable: méningites, em ocares, par exemple + Idenifcaon de génes conférant une resistance aux anbbiciques ot antive Résistance des taphyocoquos 8a ratte mecA) Résistance des ertrocoques aux iycopepis © Résitanoe des acres & Gram nogatf aux Poctamings do 3 ot ‘generat Résistance des antrobaciries aux carbapénomes (KPC, NOM, OXA- {par exemple): © Ritance du HIV auc antetrove aux gine int ao): Résistance 6 la Hanpicne vore & Hisonazde chez Mycobacterium t- bereits: + Déteminaton du topisme val ds HIV (@oxete V3 du gine er. + Suivi des patcioges ctvoniques (charges vrais HIV, HCV, HBV), + Diagnosto ot suv infections oppor ists chez los patintsimmunedéps Inés (CMV EBV, HAVE). + Quaticaton dos dons Gorganes asso- bo aux marquours sérologques clas sues. 2. OBJECTIFS Les objects sont ce dtectr, ident et de carcter- ‘ser Fagot dolgique rsponssble + Gy assoc la cetamination rapt du ‘bnotype de resistance afn assure Fstauraton dune therapeutque ef +e tive fvoluton dune patologle Infectious on présence ou oh absonce e tratoment& aide dela quantoe- ton facies nucsbiques + depermatie 6 ve prophfactaue so- lament dun patent portur dun got Pathogéne. cotagioun, toxnogene ou rmuléletat. 3. PRELEVEMENTS “Tous fs prliverents biolopiques powent en thre fare Febjet dune recherche par ‘aplication géiquo (Tableau 1). est oF Sent! de vader chaque méthode damp ‘eatin stone provement ta pation aseocite. I nest pas commande utise Ue tctnique commerlalsge pou autos ‘rlevemonts que onux din pa I fade Cant I est commande da tester enous {ecmique developpte dans le laboatore ur chaque prlaverent et pathologle as soot {es prtovoments los plus équonts sont strum, le plasma, lo sang tf, LCR, Tos alctions ferméos, les prolovements pu ‘monaires of cutanée. En bactéroogo, Is PCR universe wx pls adap un pr ‘vermont mano-micrbien aloe gue la PER ‘ie es mise en uve pour un préieverent ssentalement plymicrabien 4, METHODES En mierobicloge Ia mate des techniques ‘moldulles actual sont fonds eu ar Biifeston génique. dune. séquonce. gna Imiqu aps extracton des aides cliques ‘Sparro prlaverent Uétape derracon, ont a qual condonne fe resulta, nécor- ‘so un fatemont cu protovemant pou ibsrer ‘a-eble de son environnement Cell! subt fensuite une éventuele ape de dénature- tion ot se rouve sou forme mosocatnaire 2 parte aque ex base amplicon ‘génique (PCR). Loxton peut ee ees: {ide manwallament ou de faganautoatooe 2 Taide de tousses commerciales cecées, Les stapes recon, Samplifcaton ot de révélation powent 8 séparbos ou regrou. tos sur des chines robolques. utems- {isos permetiant de vater smultanémant pluseu's échanillons pour la méme chia ou es shies aifeeni (ltoormes cuveres multparamotiques). I) existe également ‘Tableau | Prove igo tree Hi ne Seti ea va Sena (Sterna, tonmmeoe ‘opie oven esi aitnue es automates pe férenes apes dh ‘sation deat 5 raquents sont ota te LCR, os Prélevements pu pectéeaoge, 1a ‘dap 8 un pr lors que la POR c= suru pretverent bien 1 dos tocniques onde sur Fam. sbquenee géno- cides nteiques tape dextracton, le reo, ncn: ‘ement pour ibsrer ent Ca-ctsun lape de dénature- ‘ne monocatnaie liséeTamitcaon dn pest ere efec- fagon autematse eteaes dedées. ‘amplicon ot "pares ou rogrou- ‘ote. automa tee sastandman Fla mame do ou toformes owvertes ‘existe également Pace dannii enmriogs 2 ‘Tableau | Prlevements pour recherche motu bao aire ile ga a ert nia cp ee wn (Siponi lnm easiePcamabur La couevaaen escent stasis pices ake 24 etait ovat re coms pnd a 20°C FV 4-80 anv) our gre ‘Hea avn ecco pate wn a ‘Prsbeman ne ute EDTA. Nps par. ‘esas secu sae grt eee 20 Bop Sate tr i rap gn ah esate Ls ne Bat aston ar prosy {Basson opinoree dp ii ane 2a +0 ‘Couconl une tenpeen £26 Yume» 8 enon one cert, mare 248°C agar une enprne <- 20° Prevent a deowonagy crt scr anism era ce ane ratte ‘ie amiegve Eien Yt dr un bent, matter ents +24, lope se trainee +20 6 cv come ne tng #20. es automates permetint de rer les d- que bilogique ou en unites itenationalas {rents stapes de la PCR permetiant ainsi [Ul] par ml, pour un nombre donne de ost uisston de cette technique dane le caro _leS ou par ig SADN extra. e la conn des soins (60 roportar au chaplve dé). La détecton du sgnal peut 41. «Polymerase Chain Reaction » ‘18 qualtatve ou quantiatve tle résutat (PCR) ou empiiieation génique ‘prime on nombre e copies par ml de f+ 4.14. PCR en point nal2 Paden tinge mace on miige La PCR eet une technique enzymatiaue ut Santdos ameroos oiganuclbtiques depen Santos dela tmparature an do port a ‘eplcaton dun segment SADN spscsique Invi. Ele utse casiquarent 3 elas ‘eprésentant un eye sempliicaion : déna- ‘uration (95°C); ybridaton (65° 465°C par ‘xample) ;exonson (72°C); cassquement repels envton 40 fs grace & une enzyme, Ia'aq pelymérase. Le produit fal ¢ampi- tation ou arplioon aura 2" copes (ou 2 8 ‘tant le nome de cytes) du modelo SADN ‘hol en sore {inrevlaton des amplicon peu se fare st (apres migration dans un go agarose ‘marquage pa un agent ntralant do TADN ‘sats sous UV (est mathode et décon- elle cr peu epbcaue et potertialement ‘oxique pour e manpulateu), 2 par ise ion de sondes spactiques pus technique ELISA ou (2) par hybridaon sur membrane ou sur puces(nieo-aays) Mexico dos PCR des spécifques ou ci ‘isos destndes & détoctr quaatverent es cles speciiques de micro-organisms ‘Sesignés comme IM tuderubas, SeopIo foceus preumaniae, Netcare meningitis, Burana copaci, harps simplex, ene roviis, Preumooysts carn, Toxoplesme ‘ond, papomaurus (par_exorpi. Pur Sus ies peuvont te docs en un ‘ou tube réactonnel selon le pnape dele PCR multiplex Une tape pralabo de transcription inverse de TARN on ADNe ‘est nécessale avant Fampiifeaton génemique do vius ARN ou lors dele dtecton da TARNm do micro ‘panes powent permet de wit ur ‘abit atte méthode de PCR convenenntetond 2 re remplacée parla techneloge de en temps rea. 44.2. POR en tomps él ou eesti » PCR Cotto tectnigue est actuclomentla plus ui ‘8 en microbolgie. Cate techncogiecom- bine amplification ola dtecton doa ald rusbiques amplios dans Io. mémo tbe (syste form), Cate methode est basse Surle ul dala Ruorescance,émise sot par tine meléculo non spéciique (ae type SY- 'R-Groon®) sot par une sonde spéctique. Lfleaon de ce sondes marquées par dos uorochromes et eur yee varie en fonction fe Tapparllage dspontbl. Los sondos les Plus requemment ullsos sont los sondes Shyerotyse (condos Taqman ou MGB), les Sond FRET (Fureseance Reserance En ‘ry Trasfe eles sondes Molec Bea tone. La Muorescence est masurée durant chaque eyelet permet Beta « on tps ‘ols ie courte ampliicatn (analyse 69 ‘hase exponentle) ‘Getto msthode présente de nombreux aan tages parrapprtauxmétiodes de PCR las ‘siquss le tube de POR os jamals ower ‘Enfn de manipulation om quite ts conta mination sla réackon de POR est ps r= pido: esyetime de dlecton est besucoup plus sensible: Thyridaton des amoress et fe la sonde sont beaucoup plus spsciiquas ft est possible de quantfor le nombre de topioa SADN present dae Technion bio- logue teste. 42.___ Autres techniques ¢'ampiifcaion Les tests NASBA (Nucleic Acid Se ‘goance based Apifeation) o THA (Trans ipton Mediates Arpsleaten) combinant ecton dune reverse. vansorotase, une RRNAzo ot dune ARN polymerase ADN a6 Pendens tse déroulent tampsrature am Biante son esormais replace pat Ia technologie on toms ret 43. Séquencape, a La déterminaton aiomatobe de Fenchane ment nucloaique d'un Fagmont @ADN ou GFARN pout so fo par Tusaion de mar fqueurs Muorescots mltpes, une analyse Dar gels havtoront Gscluts ou pas eect Dortse capa. Lanalyse ost rendue pos ‘Sie par dos programmes dalgnement odo ornparaion dee sequences, Em micrbiclogo fe séquenage repose ac- {uallement sur la technique de Sanger ota ‘our principales appcatons etude dos eéquences associbes & Une ristance ax antbiotiqus (gbne mec) ou aux antvraux (HV, HBV, HBV, cw)" + Le page, + proche os loc eure ger epidemoioga rapeutiue (1 HOV, entra + Laréponse a et moan 11200: + Uiypersense Ls approches de bb» (NGS) sont recherche mais # tamment dane lo énotypique aux a 5. CIBLES. 54.___ Clos sp De norbrouses régions conserve tn diagnostic of ‘oe wrulnea, rei cles cites pect Tarmptcaton 6 ¢ reporter aux chap fe la terapouts piteation ei, | fer eon effeacts ‘ete est foncion tion surehaque st ‘Tablau i Outs BUST eset inven cach iets bites ecco,