Phylogénie : application des méthodes cladistique et phénétique

Les Oursins (Echinodermata, Echinoidea) sont un groupe offrant de nombreux caractères

morphologiques utilisables pour l'analyse phylogénétique, particulièrement au niveau du test. L'un
des plus intéressants problèmes phylogénétiques posés par ce groupe est la question de la
monophylie ou non du groupe appelé « Oursins Irréguliers » (à symétrie bilatérale, et à mode de
vie hypogée).

Quatre échantillons d'oursins ont été choisis. Ils appartiennent à 4 Ordres différents (cf. photos en
fin de document):
Cidaroïdes (Cidaris sp.)
Camarodontes (Paracentrotus lividus)
Clypéasteroïdes (Echinocyamus sp.)*
Spantangoïdes (Echinocardium cordatum)*

* « oursins irréguliers »

Les Etoiles de mer (Echinodermata, Asteroidea) seront utilisées comme groupe externe.

1- Utilisation de la méthode cladistique

Six caractères morphologiques ont été observés sur les tests de ces oursins et consignés dans le
tableau ci-dessous:

1 2 3 4 5 6
Asteroidea a b a ? ? b
Cidaroidea a b a b b a
Camarodonta a b b b a a
Clypeasteroidea b a b a b a
Spatangoidea b a b a a b

Liste des caractères:

1. Symétrie (a : pentaradiée - b : bilatérale)
2. Nombre de gonopores (a :4 - b :5)
3. Plaques ambulacraires (a : simples - b : soudées)
4. Aires ambulacraires de la face aborale (a : différenciés en pétaloïdes - b : non différenciés en pétaloïdes)
5. Fascioles (a : présents - b : absents)
6. Lanterne d'Aristote (a : présente- b : absente)
\

1) Comment s'appelle le tableau dans lequel nous avons consigné nos observations ?
2) Que représentent les chiffres de 1 à 6 ? Que représentent les lettres a et b pour chacun d'entre
eux ?
3) Rappelez les principales étapes d'une analyse cladistique
4) Certains de ces caractères sont-ils polarisables ? Si oui, lesquels et selon quel critère?
Réalisez la matrice avec les caractères polarisés.
5) Quels caractères sont informatifs?
6) Continuez l'analyse cladistique jusqu'à obtention d'un seul arbre
a) Selon quel critère cet arbre a-t-il été choisi?
b) L'arbre retenu est-il compatible avec la monophylie des « irréguliers » ?
c) Quelle interprétation peut-on tirer de ce résultat concernant l'évolution du caractère «
symétrie » ?
 2- Utilisation de la méthode phénétique

Les mêmes oursins ont fait l'objet d'une étude avec un marqueur moléculaire (gène codant pour
l'ARNr 28S).
Après alignement des séquences, la matrice de distances (brutes) ci-dessous a été obtenue:

Echinocvamus Paracentrotus Echinocardium Cidaris Asterias

Echinocyamus 0
Paracentrotus 25 0
Echinocardium 18 41 0
Cidaris 42 69 80 0
Asterias 120 100 115 95 0

1) Aurait-on pu utiliser la méthode cladistique sur ce type de données ?

2) Par quel calcul ont été obtenues les distances indiquées dans la matrice ?
3) Appliquez la méthode phénétique à la matrice fournie.
4) Comparez ce résultat à celui obtenu dans la partie l : discutez par rapport à la question posée
initialement et l'implication sur l'évolution du caractère « symétrie ». À votre avis qu'apporte
l'utilisation de différents types de caractères et de différentes méthodes à une analyse
phylogénétique ?

De gauche à droite et de haut en bas : Cidaris sp., Paracentrotus lividus, Echinocyamus sp. et Echinocardium
cordatum