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Prambules Notions de base pour lutilisation du shell Fichiers et rpertoires Expressions rgulires Redirection Les ltres Quelques lments

pour la programmation. Contrle des processus Rseau Dautres outils bien pratiques...

Lenvironnement UNIX/Linux
D. Puthier1
1

ERM206/Technologies Avances pour le Gnome et la Clinique

ESIL, 2008

D. Puthier

UNIX/Linux

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PLAN
Prambules. Commandes de base pour lutilisation du shell. Fichiers et rpertoires. Expressions rgulires. Redirection. Les ltres. Quelques lments pour la programmation. Contrle des processus.
D. Puthier UNIX/Linux

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Architecture dun ordinateur Quest ce quun systme dexploitation ? Pourquoi utiliser Linux ? Gratuit ? libre ? Historique Caractristiques principales de Linux Les ingrdients (composants) de Linux : Installation

Prambules

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Architecture dun ordinateur


Composants dun ordinateur
Un micro-processeur (CPU, Central Process Unit) : pour le traitement des donnes De la mmoire RAM (Random Access Memory, mmoire accs alatoire) : stockage temporaire de linformation (donnes, programmes). Une mmoire morte (ROM ou Read-Only Memory) : mmoire non volatile dans laquelle est stock le BIOS (Basic Input Output System, permet le contrle et lintitialisation/contrle des composants au dmarrage). Des priphriques (disque dur pour stocker les programmes et les donnes, carte graphique,...). Des bus qui relient les lments.
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Quest ce quun systme dexploitation ?

Assure les communications entre les ressources matrielles et les applications diverses (explorateur, traitement de texte,...).
Programme -> requte vers OS (Operating system == systme dexploitation) -> pilote -> matriel. Limite la redondance (sinon chaque application devrait assurer linterface avec le matriel)

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Constituants du systme :
le noyau (kernel)
Gestion des processus (programmes). Gestion de la mmoire Gestion des entres-sorties Communication avec le matriel

La coquille (shell) -> permet de donner des instructions au systme dexploitation. Le systme de chiers (FS, File System) qui permet de stocker et dorganiser les chiers.

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Pourquoi utiliser Linux ?

Linux est libre et gratuit Windows (98/2000/XP/Vista/Seven, Microsoft), Mac OS (Apple)


consommation de masse <-> simplicit

Linux (diffrentes distributions : Ubuntu, Suse, RedHat, Mandriva,...) :


Issu dun systme dexploitation austre (Unix). Le passage vers une interface simple et intuitive est plus rcent.

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Windows + :
Dj install ! Quasi universel (95% des PCs) Tradition de simplicit dutilisation Tous les priphriques sont adapts pour Windows (imprimantes, appareils photo numriques, balladeur MP3...), au moins temporairement,...

Windows - :
Systme extrmement verrouill : condentialit ? ? ? Trs cher (OS + programmes) Instable (beaucoup damliorations avec windows seven) Vulnrables aux attaques Gestion des processus peu volue

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Linux + :
Gratuit ! ! ! Open source : code source disponible et modiable (pour les dveloppeurs...). Les tches effectues par les applications sont bien identies (condentialit, libert). Mode de dveloppement collaboratif ! ! ! Contrle n des processus <-> stabilit Dispose de nombreux logiciels gratuits et trs aboutis.
Internet Explorer --> Mozilla-Firefox, Konqueror,... Microsoft Word --> Openoffice Writer Microsoft Excel --> OpenOffice Calc Microsoft Powerpoint --> OpenOffice impress Notepad --> Kate, emacs, vi ... Photoshop --> The Gimp Access --> Mysql, PhpMyAdmin... Windows media player --> kaffeine, xine, Mplayer... Logiciel audio: Amarok, juk... Visualisation dimage: digiKam, kuickshow... Dessin 3D: Blender...
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Linux + (suite) :
Systme scuris (virus quasi inexistant, pas de spyware). Firewall intgr (shorewall). Documentation exhaustive.

Linux - :
Compatibilit des priphriques (linux est boud par certains constructeurs). Ncessite parfois quelques paramtrages aprs linstallation. Comptences en informatique requise ( ? ?).

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Gratuit ? libre ?

Attention ne pas pas confondre :


logiciels gratuits : Acrobat reader, Macromedia Flash, Realplayer... Ces logiciels ne sont pas payants, mais ils ne sont pas libres (on na pas accs au code source, on ne peut donc pas le modier et on ne sait pas ce quils font...) logiciels libres : Linux, GNU, OpenOfce... Ces logiciels sont libres (code source accessible) mais pas forcement gratuits (ils peuvent tre vendus).

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Historique
Quelques repres chronologiques :
1969 : Ken Thomson et Dennis Ritchie (Bell Labs AT&T) dveloppent UNIX. 1973 : 1re version dUNIX en langage C. 1978 : Unix V7 (ofcielle). 1991 : Freax (Linus Torvalds) 1994 : Linux V1.0 (Intgre le noyau dvelopp par Linus Torvalds et les outils GNU dvlopps par Richard matthew Stallman). 1996 : dbut du projet KDE dinterface graphique 1997 : dbut du projet GNOME comme projet concurrent de KDE

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Caractristiques principales de Linux

Systme multi-utilisateurs
Utilisateur standard (droits rduits) Super-utilisateur (root) > tous les droits sur tous les chiers

Systme bas sur lutilisation en rseau :


Travailler sur nimporte quel ordinateur partir de nimporte quel autre Nombreux outils de communication en rseau : FTP (File Transfert Protocol), NFS (Network File System NFS), SSH (Secure Shell)...

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Les ingrdients (composants) de Linux :


Noyau (kernel) Le shell (coquille)
Cest linterprteur de commandes. Premier niveau dinterface entre lutilisateur et le systme dexploitation : il vous permet de communiquer et de donner des ordres au systme. Le shell comprend et interprte les commandes de base comme

cd, ls, pwd,...


Il dispose dun langage de programmation rudimentaire mais trs efcace : le shell-script. Il existe plusieurs versions de shell (ex : bash).

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Le serveur X : serveur graphique


Linux peut tre utilis :
en mode graphique via (le systme de fentrage X Window et aux interfaces GNOME et KDE) en mode texte (<ctrl>+<alt>+F2, F3,F4,...). <ctrl>+<alt>+F7 permet de revenir sur la session par dfaut. en emulant le mode texte (depuis lenvironnement graphique) en utilisant un terminal (konsole, xterm,...). On aura alors accs un interprteur de commandes (bash dans notre cas)

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http ://www.ubuntu.fr

Graver le CD, linsrer, partitionner le disque* (-> dual boot) WUBI : Installation en tant quapplication windows (WUBI, -> dual boot) En utilisant VirtualBox (virtualisation, possibilit de lancer le systme ubuntu depuis windows). * Prfrable de faire une partition / et une partition /home.

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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes

Notions de base pour lutilisation du shell

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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes

Quelques bonnes habitudes


Remarque sur les noms des rpertoires et chiers : Pas despaces, viter les caractres accentus les caractres spciaux. Uniquement des caractres alphanumriques et les caractres - et _ Mettre une extension aux noms de chiers permettant de deviner leurs types
.txt pour un chier de texte .sh pour un script shell .pl pour un script Perl ...

Attention : distinction entre les lettres majuscules et les lettres minuscules (sensible la casse).
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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes

Linvite de commande (prompt)


[puthier@mamachine ~]

En rgle gnrale, elle renseigne : Le nom de lutilisateur courant La machine utilise Le dossier courant Elle peut tre modie dans le chier /home/monLogin/.bashrc.
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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes

Aide sur les commandes


Toutes les commandes unix, sont bien documentes. Laccs cette documentation se fait laide de la commande man (manual).
[puthier@mamachine] man tail TAIL(1) NOM tail - Afficher la dernire partie dun fichier. Manuel de l utilisateur Linux

SYNOPSIS tail [-c [+]N[bkm]] [-n [+]N] [-fqv] [--bytes=[+]N[bkm]] [--lines=[+]N] [--follow] [--quie [--version] [fichier...] tail [{-,+}Nbcfklmqv] [fichier...] DESCRIPTION Cette page de manuel documente la version GNU de tail ([NDT] tail = queue). ...

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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes

On trouvera dans laide une section SYNOPSIS > vue densemble des options du programme. Dans cette section, le principe pour les arguments est le suivant : Tout ce qui se trouve entre crochets est facultatif. Ce qui nest pas entre crochet est ncessaire. Tout ce qui se trouve entre accolade correspond un choix (souvent exclusif). La rubrique OPTIONS explique linuence de chacune des options sur le droulement du programme.

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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes

Pour effectuer une recherche dans laide on tapera la chaine de caractre recherche prcde du caractre / (ex : /OPTIONS pour rechercher le terme OPTIONS. Pour aller la prochaine occurrence on utilisera la touche n (next) pour se rendre loccurrence prcdente on utilisera <shift> + n. On utilisera <ctrl> + < et <ctrl> + <shift>+< pour se rendre la n et au dbut du chier daide respectivement. On utilisera q pour quitter laide (quit).

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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes

Recherche de termes travers les chiers daide. On pourra utiliser la commande man avec loption -k. On recherchera alors loccurrence dune chane de caractres donne dans tous les paragraphes description des chiers daide. On obtiendrait le mme rsultat avec la commande apropos

[puthier@mamachine] man -k jpeg


jpeg2ktopam (1) jpeg2yuv (1) jpegicc (1) jpegtopnm (1) jpegtran (1) lav2wav (1) lav2yuv (1) convert JPEG-2000 code stream to PAM/PNM Convert jpeg images to the yuv format. little cms ICC profile applier for JPEG. convert JPEG/JFIF file to PPM or PGM image lossless transformation of JPEG files Extract the audio out of MJPEG container files to stdout Convert a MJPEG file to raw yuv

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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers

Fichiers et rpertoires

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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers

Organisation des chiers sous Linux

les objets (chiers, rpertoires) sont organiss en arborescence.


chaque objet est dsign par un chemin daccs. 2 lments connaitre : votre position, la position du chier/rpertoire dintrt.

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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers

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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers

Le repertoire racine est dsign par /. > C :\ sous windows


contient un certain nombre de sous rpertoires (/bin, /boot, ..., /var).

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/bin Programmes systme (binaries). /boot Noyau, Bootmanager. /dev Fichiers des priphriques (devices). /etc Fichiers de conguration. /home Rpertoires des utilisateurs. /lib Librairies partages. /mnt Rpertoire de montage pour cdrom, oppy... (mount). /opt Installations supplmentaires. /proc Informations sur le systme et les processus en cours (process). /root Rpertoire personnel de root. /sbin Programmes systme pour le root. /tmp Donnes temporaires. /usr Programmes des utilisateurs. /var Fichiers divers et certains chiers de logs (variable)

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Le rpertoire home.
Contient les dossiers de travail et de conguration de chacun des utilisateurs /home/puthier, /home/dupont, /home/duchsmock, ... Il peut tre symbolis par : Si je suis connect en tant que puthier : == /home/puthier Si je suis connect en tant que martin : == /home/martin

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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers

Chemins relatifs et absolus


Chemin daccs absolu = se rfre la racine / > similaire quelque soit le rpertoire courant Chemin relatif = se rfre au rpertoire courant. Ex : On se trouve dans le rpertoire Document. On dsigne le chier toto.txt - chemin relatif au rpertoire Document : toto.txt - chemin absolu du chier toto.txt : /home/puthier/Documents/toto.txt

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home puthier

tutu.txt

Documents

toto.txt

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En criture relative .. signie rpertoire suprieur Ex : On se trouve dans le rpertoire Document. On dsigne le chier tutu.txt - chemin relatif au chier tutu.txt : ../tutu.txt - chemin absolu du chier tutu.txt : /home/puthier/tutu.txt

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En ecriture relative ./ signie le rpertoire courant Ex : On se trouve dans le rpertoire Document. ./toto.txt <=> toto.txt

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Oprations sur les dossiers


La commande cd (change directory) Ex 1 : On se trouve dans Document. On souhaite se rendre dans /home En absolue :

cd /home
ou

cd ~
En relatif :

cd ../..
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Ex 2 : On se trouve dans Document. On souhaite se rendre la racine En absolue :

cd /
En relatif :

cd ../../..
NB : Pensez toujours utiliser la compltion (touche tabulation)

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pwd, print working directory (afcher le rpertoire courant) Ex : on se trouve dans Document
[puthier@mamachine] pwd /home/puthier/Documents

ls, list (lister les chiers et dossiers dun rpertoire) Ex : on se trouve dans Document
[puthier@mamachine] ls toto.txt [puthier@mamachine] ls tutu.txt [puthier@mamachine] ls tutu.txt /home/puthier ~

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Les options de ls ls -l : (long) afche les droits, les tailles et les dates de cration/modication des chiers et rpertoires ls -a : (all) afche tous les chiers et rpertoires, mme les chiers/dossiers cachs (leurs noms commencent par .) ls -R : (recursive) afche tous les chiers et le contenu des dossiers. ls sort=time : trie les chiers par date de cration ls sort=size : trie les chiers par tailles ls -1 : prsente les nom des chiers/dossiers en une seule colonne On peut combiner les options des commmandes :

[puthier@mamachine] ls -la /home/puthier/


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mkdir, make directory (crer un rpertoire) Ex : on se trouve dans Document


[puthier@mamachine] mkdir analyses [puthier@mamachine] ls analyses tutu.txt

rmdir, remove directory (dlter un rpertoire) Ex : on se trouve dans Document


[puthier@mamachine] rmdir analyses [puthier@mamachine] ls tutu.txt

rmdir quivaut rm -Rf analyses.

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NB : Les caractres joker. Permettent de dsigner un ensemble de chiers ? : Dsigne un caractre quelconque (prsent). * : Dsigne un ensemble de caractres quelconques (prsents ou absents).

[puthier@mamachine] ls file12.txt file1.txt

file2.txt

file.txt f.sh

[puthier@mamachine] ls file* file12.txt file1.txt file2.txt [puthier@mamachine] ls file?.txt file1.txt file2.txt


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file.txt

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du (disk usage) afcher la taille totale des chiers contenus dans un rpertoire :

[puthier@mamachine] du -sh /home/puthier/ 824M /home/puthier/


Options : du -h : (human readable) (afche la taille en ko, Mo, Go) du -s : (sum) (afche le somme de tous les chiers et sous rpertoires)

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Oprations sur les chiers


cat : afcher le contenu dun chier :

[puthier@mamachine] cat /home/puthier/tutu.txt


less : afcher le contenu dun chier page par page :

[puthier@mamachine] less /home/puthier/tutu.txt


On utilisera <ctrl> + < et <ctrl> + <shift>+< pour se rendre la n et au dbut du chier daide respectivement. On utilisera q pour quitter laide (quit).

[puthier@mamachine] more /home/puthier/tutu.txt


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NB : Sous Unix et windows le retour la ligne est cod diffremment dans les chiers :

[puthier@mamachine] od -c exemple.unix.txt 0000000 A \n B \n C \n 0000006 [puthier@mamachine] od -c exemple.win.txt 0000000 A \r \n B \r \n C \r \n 0000012


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Connatre les droits des chiers, leurs tailles ... :

[puthier@mamachine] ls -l /home/puthier/

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chmod, (change mode) changer les droits dun chier :

chmod [ugoa] {+,-,=} [rwx] <Fichier>


user, group, other, all read, write, execute

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Ex : chier week.html

--> -rw-r--r-- 1 puthier users

16K week.html

Enlever les droits de lecture sur le chier week.html pour tous sauf lutilisateur et le groupe :

[puthier@mamachine] chmod o-r week.html -rw-r----- 1 puthier users 16K week.html


Ajouter les droits de lecture/criture pour tous :

[puthier@mamachine] chmod a+rw week.html -rw-rw-rw- 1 puthier users 16K week.html

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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers

la commande wc (word count) afche 3 valeurs : le nombre de lignes le nombre de mots (spars par des blancs) le nombre doctets

[puthier@mamachine] wc GSE7671_family.soft 7899 60663 461473 GSE7671_family.soft


connatre le nombre de lignes dans un chier :

[puthier@mamachine] wc -l GSE7671_family.soft 7889

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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers

la commande tail. Afche les n dernires lignes dun chier.

[puthier@mamachine] tail -4 GSE7671_family.soft 376 -1.02 15393 377 NULL NULL 378 NULL NULL 379 0.008 1111
la commande head. Afche les n premires lignes dun chier.

[puthier@mamachine] head -4 GSE7671_family.soft ^DATABASE !Database_name !Database_institute !Database_web_link


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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers

Copier un chier :

cp <origine> <destination>
Exemple (le chier garde le nom toto.txt) :

cp toto.txt ..
Exemple (copie avec changement de nom) :

cp toto.txt ../titi.txt

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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers

mv : (move), dplacer un chier :

mv <origine> <destination>
Exemple (le chier est dplac et conserve son nom original) :

mv /home/puthier/Documents/toto.txt /tmp
Exemple (le chier est deplac et renomm) :

mv /home/puthier/Documents/toto.txt /tmp/f.txt
mv est utilis pour renommer les chiers

mv file.old.txt file.new.txt

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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers

La fonction cut :
Pour les chiers contenant plusieurs colonnes, il est utile de pouvoir extraire certaines dentre elles.

cut [-fd] <fichier>


-f=field, -d=separator. Exemple :

[puthier@mamachine] cut -f3,5 fichier.txt


Extrait la 3ime et la 5ime colonnes du chier chier.txt. Par dfaut, le sparateur de colonne est une tabulation.

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Dnition

Expressions rgulires

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Dnition

Dnition
Elles permettent de dcrire une motif au sein dune chane de caractres. .

[a z ] [A Z ] [ABc ] [ABab]
$ x* x+ x{n,m}

un caractre quelconque. une lettre minuscule (interval, ex : [u w ]). une lettre majuscule (interval, ex : [A E ]). A ou B ou c. Toute lettre diffrente de a et b. Dbut de ligne. Fin de ligne. 0 ou n fois le caractres x. 1 ou n fois le caractre x. Le caractre x rpt entre n et m fois. Caractre dchappement.
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Dnition

Exemples

\.txt$ [A B ] .{4,6}\.txt$ [A Z ].*\.txt$


$ [0 9]*\.sh$

Toute chane nissant par .txt Une chane dbutant par une majuscule. Quatre 6 caractres suivis de .txt Une chane dbutant par une majuscule et nissant par .txt Une chane de caractres vide. Une chane ne contenant pas de chiffres et se terminant par .sh

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E\S dun processus. Les oprateurs de redirection Les tubes (pipes).

Redirection

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E\S dun processus. Les oprateurs de redirection Les tubes (pipes).

E\S dun processus.


Dans un processus les ux E\S sont au nombre de trois. Lentre standard est le ux dentre par lequel du texte ou toute autre donne peut tre entr dans un programme. La sortie standard est le ux de sortie dans lequel les donnes sont crites par le programme. Les donnes sont habituellement crites lcran. Lerreur standard est le ux de sortie permettant aux programmes dmettre des messages derreur et des diagnostics.

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E\S dun processus. Les oprateurs de redirection Les tubes (pipes).

Les oprateurs de redirection

On utilise des oprateurs pour rediriger un chier vers lentre dun processus ou rediriger les sorties dun processus. < Suivi du nom du chier indique sa redirection vers un processus donn. > : redirection de la sortie standard dun processus vers un chier (celui-ci
est cras). >> : redirection de la sortie standard dun processus vers un chier (ajout) 2 > : redirection de lerreur standard vers un chier.

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E\S dun processus. Les oprateurs de redirection Les tubes (pipes).

Exemple 1 : les noms des chiers prsents dans /tmp sont stocks dans le chier tmp.txt

[puthier@mamachine] ls /tmp > tmp.txt


Exemple 2 : On ajoute la liste des chiers du dossier /home/puthier

[puthier@mamachine] ls /home/puthier >> tmp.txt


Exemple 3 : On concatne des chiers.

[puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] 123 456


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echo "123" > f1.txt echo "456" > f2.txt cat f*.txt >> result.txt cat result.txt

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E\S dun processus. Les oprateurs de redirection Les tubes (pipes).

Les tubes (pipes)

Ces processus peuvent senchaner. Un tel enchainement est symbolis par le caractre | (tube ou pipe).

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E\S dun processus. Les oprateurs de redirection Les tubes (pipes).

Exemple denchanement : [puthier@mamachine] cat file_test.txt Martine Alain Julien Aline Aline Robert

[puthier@mamachine] cat file_test.txt | sort | uniq Alain Aline Julien Martine Robert
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E\S dun processus. Les oprateurs de redirection Les tubes (pipes).

Exemple denchanement :
[puthier@mamachine] Martine Alain Julien Aline Aline Robert cat file_test.txt

[puthier@mamachine] cat file_test.txt|grep -E "^[AM].*e$"|head -2 Martine Aline

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Dnition La commande grep La commande sort La commande tr

Les ltres

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Dnition La commande grep La commande sort La commande tr

Dnition

Un ltre est une commande capable de lire un ux sur son entre standart, deffectuer un traitement et dcrire le rsultat sur sa sortie standard. On peut les enchaner avec des tubes.

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Dnition La commande grep La commande sort La commande tr

Exemple de ltres :
grep, sort, tr, sed, wc, head, tail, paste, awk, (perl), ...

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Dnition La commande grep La commande sort La commande tr

La commande grep

La commande grep : (general regular expression processor) permet de ltrer lentre via lutilisation dune expression regulire. Son entre peut tre un chier ou un ux.
Exemple (notez loption -E pour lutilisation dexpressions rgulires tendues) :
[puthier@mamachine] echo -e "456\n567\n775" |grep -E "^.5" 456

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Dnition La commande grep La commande sort La commande tr

La commande grep (suite).


*** A noter loption -r (recursive), permet de rechercher un terme en mode rcursif.
[puthier@mamachine] grep -r "toto" ./*

*** A noter largument -vinvert-match (afche les lignes ne contenant pas le motif.
[puthier@mamachine] 456 echo -e "123\n456"|grep -vE "^1"

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Dnition La commande grep La commande sort La commande tr

La commande sort
La commande sort (tri).
sort [-t separateur] [-kPOS1[,POS2]] [-nr] <fichier>

numrique, reverse. Exemple : tri sur la troisime colonne


[puthier@mamachine] b 1 a 2 c 5 [puthier@mamachine] c 5 a 2 b 1 cat toto.txt C B A sort -k3 toto.txt A B C

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Dnition La commande grep La commande sort La commande tr

La commande tr
Transpose ou limine des caractres (translate).

tr [options] chane1 chane2 <entree >sortie


Exemple 1 : transposition.
[puthier@mamachine] CBCDE echo "ABCDE"|tr A C

[puthier@mamachine] tr url URL < week.html > result.txt [puthier@mamachine] echo "ABCDE"|tr -d A BCDE

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Dnition La commande grep La commande sort La commande tr

La commande sed : "stream editor". etant donn un ux, recherche loccurence dune expression rgulire et effectue les modications.
Exemple
[puthier@mamachine] echo -e "ABCDEF\nDEFAA" ABCDEF DEFAA [puthier@mamachine] echo -e "ABCDEF\nDEFAA" | sed s/A/F/g FBCDEF DEFFF

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variables Les boucles Backquoting

Les variables
En plus dun ensemble de fonctions trs diverses le script shell permet de dclarer des variables et dispose de structures de contrle et de structure permettant deffectuer des boucles.
Cration dune variable. Exemple

[puthier@mamachine] a=2 [puthier@mamachine] echo $a 2

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variables Les boucles Backquoting

Les boucles
Exemple dutilisation de variables : les boucles.
[puthier@mamachine] ls *.txt f1.txt f2.txt f3.txt [puthier@mamachine] for i in *.txt;do mv $i $i.tmp;done [puthier@mamachine] ls *.tmp f1.txt.tmp f2.txt.tmp f3.txt.tmp [puthier@mamachine] ls *.bmp |wc -l 12 [puthier@mamachine] for i in *.bmp; do convert $i $i.jpg;done [puthier@mamachine] ls *.jpg |wc -l 12

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variables Les boucles Backquoting

Backquoting

Permet de stocker le rsultat dune commande dans une variable.


Ex : renommer des chiers ou parcourir les lignes dun chier

[puthier@mamachine] for i in seq 1 4; do touch tp.file.$i.txt;done tp.file.1.txt tp.file.2.txt tp.file.3.txt tp.file.4.txt [puthier@mamachine] for i in *.txt;do n=echo $i | sed s/tp\.//; mv $i $n;done file.1.txt file.2.txt file.3.txt file.4.txt [puthier@mamachine] rm -f ls --color=none| grep -v 4 file.4.txt [puthier@mamachine] for i in cat file.4.txt; do ...;done

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variables Les boucles Backquoting

Contrle des processus

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Dnition top Premier plan et arrire plan La commande nohup

Dnition

Lorsque vous lancez une commande ou un programme, vous dmarrez un processus. A ces processus sont associs un PID (Process ID : nombre unique permettant de les identier. Les commandes top et ps permettent de lister ces processus. La commande kill permet de tuer ces processus.

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Dnition top Premier plan et arrire plan La commande nohup

La commande top
Loption -u permet de ne prsenter que les processus dun utilisateur donn.
[puthier@mamachine] top -u puthier PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM 4406 puthier 15 0 656m 165m 29m S 11 8.2 4359 puthier 15 0 33364 16m 12m R 0 0.8 11559 puthier 15 0 2380 1064 764 R 0 0.1 3813 puthier 18 0 3224 1460 1184 S 0 0.1 3875 puthier 15 0 2500 388 268 S 0 0.0 ...
dun processus peut aussi tre effectu via la commande kill.

TIME+ 3:30.46 1:38.10 0:00.06 0:00.17 0:00.00

COMM java kons top kde gpg-

Dans top la touche k permet de choisir un processus dtruire (indiquer son PID). larrt

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Dnition top Premier plan et arrire plan La commande nohup

Premier plan et arrire plan


un terminal naccepte quun processus au premier plan. On peut arrter temporairement un processus avec <ctrl> + z. On peut mettre n au processus avec <ctrl> + c. bg -> processus en arrire plan (background). fg -> processus au premier plan (foreground).

[puthier@mamachine] kate # je nai plus la main -> <ctrl> + z puis "bg

Lorsquon lance un processus on peut le mettre directement en arrire plan avec le caractre .
[puthier@mamachine] kate& # Le processus se lance en arrire plan.

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Dnition top Premier plan et arrire plan La commande nohup

La commande nohup

Une commande est associe un terminal. Si on ferme le terminal, les processus qui en dpendent sont tus. Pour viter cela, il faut utiliser nohup.
[puthier@mamachine] nohup macommande&

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Un point fort

Rseau

La communication rseau est trs bien intgre dans unix (ftp, ssh, http,...).
[puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] ...

ftp tagc.univ-mrs.fr # ou lftp, ncftp ssh 10.1.1.53 ssh -X 10.1.1.53 # avec affichage graphique. curl http://tagc.univ-mrs.fr # recupration des sources dun page web. wget http://tagc.univ-mrs.fr/welcome/IMG/logo_inserm.gif #rcupration d curlftpfs ftp://tagc.univ-mrs.fr

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A L TEX Emacs EMBOSS

Dautres outils bien pratiques...

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A L TEX Emacs EMBOSS

Un traitement de texte puissant

A LTEXest un logiciel de composition typographique : il permet de produire des documents crits.


A LTEXnest PAS un traitement de texte WYSIWYG. Traitement de texte bas sur des balises Le document texte gnr doit tre compil pour produire un document au format postscript (.ps) ou pdf (.pdf) Possibilit de traduire un document latex en html avec latex2html.

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A L TEX Emacs EMBOSS

Un exemple basique (i)


Il faut tout dabord gnrer un document texte avec lextension .tex.
\documentclass[11pt]{article} \usepackage[utf8]{inputenc} % LaTeX, comprends les accents ! \usepackage[francais]{babel} % Style Franais \begin{document} \renewcommand{\contentsname}{Sommaire} \title{Mon premier document} \author{Denis Puthier } \maketitle \section{Introduction} Voici un exemple de Document. \section{Rsultats} Nous avons ralis un document de type article. \section{Conclusion} Jaime bien latex \end{document}
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Un exemple basique (ii)

La compilation se fait avec la commande suivante.


[puthier@mamachine] pdflatex leNomDuDocument.tex

On peut ensuite visualiser avec un logiciel permettant de lire le format pdf (evince, kpdf, acrobat reader,...).
[puthier@mamachine] kpdf leNomDuDocument.pdf

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Un diteur de texte lger et puissant


Contient de nombreux raccourcis trs pratiques. Intrt : pour des sessions distances (cf : vi)
[puthier@mamachine] emacs -nw leNomDuDocument&

<ctrl> + a : dbut de ligne <ctrl> + e : n de ligne <ctrl> + < dbut de document <ctrl> + > n de document <ctrl> + g annuler <ctrl> + x <ctrl> + s sauver <ctrl> + x <ctrl> +c quitter alt + x : choisir une fonction (ex : replace-string)
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A L TEX Emacs EMBOSS

Une suite logiciel sous unix pour la bioinformatique

EMBOSS : The European Molecular Biology Open Software Suite. Suite logicielle dveloppe par lEBI et linstitut Sanger. Actuellement : environ 160 programmes couvrant les principaux domaines de la Bioinformatique (alignements de squences, recherche dans des banques de donnes, dition et visualisation de squences, analyses de squences, identication de motifs protiques...)

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A L TEX Emacs EMBOSS

Plusieurs solutions pour utiliser la suite EMBOSS

Sous Unix/Linux en ligne de commande. Grce une interface graphique : Jemboss (Java), Kaptain (KDE GUIs for EMBOSS) Grce une interface web (Emboss-explorer).

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Laide dans EMBOSS

En fonction du niveau de verbosit requis.


[puthier@mamachine] needle -help [puthier@mamachine] needle -help -verbose [puthier@mamachine] tfm needle

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Installer une base de donnes de squence dans EMBOSS


Avec dbiat (genbank, embl, swissprot) ou dbifasta (fasta). Exemple : installer les donnes de la base de donnes Uniprot pour les rendre facilement accessible en ligne de commande :

[puthier@mamachine] wget ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/ current_release/knowledgebase/taxonomic_divisions/ uniprot_sprot_human.dat.gz [puthier@mamachine] gunzip uniprot_sprot_human.dat.gz [puthier@mamachine] mv uniprot_sprot_human.dat u_s_hs.dat [puthier@mamachine] dbiflat -dbname uniprot_hs -directory /home/puthier/EMBOSS/ -filenames u_s_hs.dat -idformat SWISS -fields acnum,seqvn,des,taxon,keyword

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Installer une base de donnes de squence dans EMBOSS


Indiquer EMBOSS le chemin vers le chier index.
[puthier@mamachine] emacs ~/.embossrc DB uniprot_hs [ type: P comment: "Uniprot sequences" method: emblcd format: swiss dbalias: u_hs dir: /home/puthier/EMBOSS file: u_s_hs.dat ] [puthier@mamachine] showdb Displays information on the currently available databases # Name Type ID Qry All Comment # ============ ==== == === === ======= uniprot_hs P OK OK OK Uniprot sequences

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Le format USA
Permet de manipuler de faon standardise les noms de squences sans ambiguit. Les squences peuvent tre stockes dans une banques de donnes, dans un chier, ou un rpertoire.
La syntaxe USA prcise

le format de squence le dossier ou la banque de donnes explorer lentre rechercher


format : :le <- (fasta,embl,swiss,gcc) : :chier format : :le :entry <- (fasta,embl,swiss,gcc) : :chier :un_identiant dbname :entry <- (base de donne) :un_identiant @listle (un dossier des noms de chier)
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La fonction seqret

En utilisant la syntaxe USA, partir dun base de donnes :


[puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] seqret seqret seqret seqret uniprot_hs:MCL1_HUMAN fasta:mcl1_human.fasta uniprot_hs:MCL1_HUMAN swiss:mcl1_human.swiss uniprot_hs:MCL1_HUMAN -outseq stdout genbank:\* -outseq stdout

En utilisant la syntaxe USA, partir dun chier :


[puthier@mamachine] seqret fasta::allseq.fa:MCL1_HUMAN embl:mcl1_human.embl

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Quelques commandes...
[puthier@mamachine] wossname seq allversusall Sequence similarity data from all-versus-all comparison backtranambig Back-translate a protein sequence to ambiguous nucleotide sequence backtranseq Back-translate a protein sequence to a nucleotide sequence biosed Replace or delete sequence sections compseq Calculate the composition of unique words in sequences consambig Create an ambiguous consensus sequence from a multiple alignment cpgplot Identify and plot CpG islands in nucleotide sequence(s) cpgreport Identify and report CpG-rich regions in nucleotide sequence(s) cutseq Removes a section from a sequence degapseq Removes non-alphabetic (e.g. gap) characters from sequences descseq Alter the name or description of a sequence diffseq Compare and report features of two similar sequences distmat Create a distance matrix from a multiple sequence alignment domainseqs Adds sequence records to a DCF file dotmatcher Draw a threshold dotplot of two sequences dotpath Draw a non-overlapping wordmatch dotplot of two sequences dottup Displays a wordmatch dotplot of two sequences dreg Regular expression search of nucleotide sequence(s) edialign Local multiple alignment of sequences einverted Finds inverted repeats in nucleotide sequences emma Multiple sequence alignment (ClustalW wrapper) emowse Search protein sequences by digest fragment molecular weight D. Puthier UNIX/Linux entret Retrieves sequence entries from flatfile databases and files

Prambules Notions de base pour lutilisation du shell Fichiers et rpertoires Expressions rgulires Redirection Les ltres Quelques lments pour la programmation. Contrle des processus Rseau Dautres outils bien pratiques...

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Pour en savoir plus...

D. Puthier

UNIX/Linux

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Le point de vue de R. Stallman (conf. LENS)

http://framablog.org/index.php/post/2007/04/11/ Stallman-en-grande-forme-conference-ENST-03-avril-20
Unix RefCard Unix Refcard (the One Page Linux Manual) Linux : Initiation et utilisation (J.P. Armspach, P. Colin, F. Ostr-Waerzeggers) Introduction aux scripts-shell (A. Robbins, N.H.F Beebe) Les TD Linux (D. Puthier) ...
D. Puthier UNIX/Linux

http://www.ai.univ-paris8.fr/~djedi/poo/unix-refcard

http://homepage.powerup.com.au/~squadron/linux_manua

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