 section Z : Section centrale ;

 section 1 : Stratégies et questions fondamentales ;

 section 2 : Coopération européenne et internationale en matière de formation et de recherche ;
 section 3 : Formation professionnelle et formation continue ;
 section 4 : Systèmes de recherche ;
 section 5 : Technologies-clefs – Recherche pour l’innovation ;
 section 6 : Biologie – Recherche pour la santé ;
 section 7 : Prévoyance – Recherche pour la culture, fondements et durabilité.
Le budget fédéral attribue au ministère 8,518 milliards d’euros pour 20074.
Le ministre fédéral est assisté de deux secrétaires d’État parlementaires et de deux secrétaires d’État.

Le ministère a son siège principal à Bonn, et dispose d’un siège secondaire à Berlin.

Histoire
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Le premier ministère à caractère scientifique de la République fédérale d'Allemagne (RFA) voit le jour le 20 octobre 1955 sous le nom de ministère fédéral des Questions nucléaires (Bundesministerium für Atomfragen). Ses compétences s'accroissent aux questions énergétiquespuis scientifiques, et il est renommé ministère fédéral de la Recherche scientifique (Bundesministerium für Wissenschaftliche Forschung) en 1962.

Il change de nouveau de nom en 1969 pour devenir le ministère fédéral de l'Éducation et de la Science (Bundesministerium für Bildung und Wissenschaft), mais perd une partie de ses compétences au profit du ministère fédéral de la Recherche et de la Technologie (Bundesministerium für Forschung und Technologie), créé en 1972 et auquel est rattaché, jusqu'en 1974, le ministère fédéral des Postes et des Télécommunications. 

En 1990, lors de la réunification allemande il étend ses activités sur le territoire de l'ancienne République démocratique allemande aux dépens du ministère de l'Éducation de la RDA qui a été dissout, dont les prérogatives ont été réparties entre l'état fédéral et les nouveaux Länder. Néanmoins, le siège principal du ministère reste à Bonn et ne déménagement pas Berlin comme la plupart des organes du pouvoir fédéral.

En 1994, les deux portefeuilles fédéraux de l'Éducation et de la Science d'une part et celui de la Recherche et de la Technologie d'autre part, sont fusionnés au sein du ministère fédéral de l'Éducation, de la Science, de la Recherche et de la Technologie ( Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft, Forschung und Technologie). Les compétences technologiques sont transférées au ministère fédéral de l'Économie quatre ans plus tard, et le ministère prend le nom de

ministère fédéral de l'Éducation et de la Recherche (Bundesministerium für Bildung und Forschung).