Pour assurer le service de contrôle, un contrôleur utilise principalement les clairances (ou
autorisation) : il s'agit d'instructions et d'autorisations accordées à un aéronef pour pouvoir circuler dans des conditions spécifiées. Le commandant de bord d'un aéronef peut toutefois décider de déroger à une clairance mais doit pouvoir justifier sa décision pour une raison de sécurité (par exemple, virage qu'il estime trop serré). Le non-respect d'une instruction du contrôle aérien peut mener à une infraction selon le Code de l'aviation civile. Les moyens qu'utilise le contrôleur pour prévenir les collisions sont :
La séparation (anciennement « espacement »), qui consiste à ménager entre deux
aéronefs une distance minimale, garantissant la sécurité de ces deux avions. L'information de trafic : c'est une information précise, autant que faire se peut, sur la position d'un autre aéronef susceptible de se rapprocher dangereusement. Cela peut aider un pilote à voir un autre aéronef conflictuel, afin de lui permettre de l'éviter. Le moyen utilisé pour prévenir les abordages dépend du régime de vol et de la classe de l'espace considéré.