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BMF ReIplication 1 2022-2023
BMF ReIplication 1 2022-2023
L3 BCPO et PCB
d.lener@ibmc-cnrs.unistra.fr
Ø Mécanismes de la réplication
Ø Réparation de l’ADN.
Ø Mécanismes de la transcription
Ø Modifications post-transcriptionnelles de l’ARN
Ø Mécanismes de la traduction
Ø Approches expérimentales simples
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Modalités de contrôle des connaissances CM
Les épreuves CC1 (30 min) et CC2 (45 min) sont sans convocation
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Bibliographie :
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Révisions prérequises pour BMF
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La naissance de la Biologie Moléculaire :
un aperçu historique
Génome = longue séquence d’ADN qui porte toutes les « informations » héréditaires (gènes)
d’un organisme/une cellule
Informations à génome pas de rôle actif dans le développement mais les produits de
l’expression des séquences nucléotidiques du génome déterminent le développement
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L’hérédité, le génome et les gènes : un historique
1920 Les scientifiques ne savent pas si c’est l’ADN (nucléine ou acide thymonucléique) ou les
protéines à transmettre l’information génétique.
Hypothèse plus répandue à protéines (20 aa – grand nombre de combinaisons différentes),
l’ADN est écarté car il est composé que de 4 nucléotides.
Ce processus est appelé transformation. Le facteur transformant n’est pas identifié par Griffith
mais juste observé.
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L’hérédité, le génome et les gènes : un historique
Bactéries S Bactéries R x xx
x
La souris meurt La souris reste en bonne La souris reste en bonne La souris meurt
santé santé
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
Après l’expérience de Griffith, Avery découvre que : bactéries non virulentes «R» vivantes +
forme virulente «S» inerte (non vivante) dans un tube à essai à la forme «R» devenait la forme
mortelle «S».
Dès 1936, Avery a noté qu’il ne semblait pas s’agir d’une protéine ou d’un glucide, mais d’un
acide nucléique.
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
La transformation n’a pas lieu si l’ADN est absent. Matériel héréditaire à ADN.
Des doutes pourtant persistent, la pureté des préparations enzymatiques est mise en cause.
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
1952 A. Hershey et M. Chase utilisent la relative simplicité des bactériophages, qui sont
constitués juste de protéines et ADN, pour montrer de façon formelle que le matériel
héréditaire est l’ADN.
Produire des bactériophages radioactifs à protéines marquées avec du soufre 35 (35S) et acides
nucléiques marqués avec phosphore 32 (32P)
1- Mélanger les phages radioactives avec les bactéries. Les phages infectent les cellules
bactériennes à capside protéique extérieure et l’acide nucléique intérieur.
2- Agiter la culture dans un mixeur pour séparer les phages, à l’extérieur, des bactéries et leur
contenu.
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
1952 A. Hershey et M. Chase utilisent la relative simplicité des bactériophages, qui sont
constitués juste de protéines et ADN, pour montrer de façon formelle que le matériel
héréditaire est l’ADN.
Conclusion : les protéines du bactériophage T2 restent à l’extérieur de la bactérie, alors que l’ADN rentre
et permet l’infectionà le matériel héréditaire est l’ADN.
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
1950 La composition de l’ADN est connue depuis long temps. Plusieurs résultats suggèrent
que les molécules d’ADN cellulaire soient constituées de deux ou plusieurs polynucléotides
assemblés de quelque sorte.
Modèle à ADN a une structure hélicoïdale en forme de double hélice antiparallèle au sein de
laquelle les bases s’apparient par paires obligées : A avec T et G avec C.
Caractéristique qui fait proposer que un brin d’ADN sert de modèle pour recréer l’autre brin
pendant la réplication : Hp. de la réplication semi-conservative.
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
1958 Kornberg et col. découvrent la première ADN polymérase de E.coli à ADN pol I
Enzyme capable d’ajouter des deoxyribonucléotides à l’extrémité 3’OH d’un filament d’ADN
préexistant hybridé à un autre filament, qui est utilisé comme matrice.
Deoxyribonucléotide
triphosphate entrant
Filament d’ADN
amorce
Filament d’ADN
matrice
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
1957 Crick, dans une allocution « Sur la Synthèse des Protéines », propose des idées qui ont
définitivement modifié la logique de la biologie.
Il soutient que la fonction principale de l’ADN est la fabrication de protéines. Les gènes
semblaient contrôler l’assemblage ordonné des acides aminés en protéines.
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
1957 Crick, dans une allocution « Sur la Synthèse des Protéines », propose des idées qui ont
définitivement modifié la logique de la biologie.
Il soutient que la fonction principale de l’ADN est la fabrication de protéines. Les gènes
semblaient contrôler l’assemblage ordonné des acides aminés en protéines.
1. L’hypothèse de séquence : l’ordre des bases de l’ADN à code pour la séquence d’acides
aminés d’une protéine. 4 bases d’ADN et 20 acides aminés à trois bases coderaient pour un
seul acide aminé (43 = 64) .
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
1957 Crick, dans une allocution « Sur la Synthèse des Protéines », propose des idées qui ont
définitivement modifié la logique de la biologie.
Il soutient que la fonction principale de l’ADN est la fabrication de protéines. Les gènes
semblaient contrôler l’assemblage ordonné des acides aminés en protéines.
1. L’hypothèse de séquence : l’ordre des bases de l’ADN à code pour la séquence d’acides
aminés d’une protéine. 4 bases d’ADN et 20 acides aminés à trois bases coderaient pour un
seul acide aminé (43 = 64) .
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
1958 Meselson et Stahl montrent de façon formelle que la réplication de l’ADN est semi-
conservative.
Utilisation d’azote 15 (15N), isotope lourd de l’azote (14N), comme source d’azote dans le milieux
de croissance de E.Coli.
Incorporation dans les bases azotées à ADN lourd, plus dense, lors de la réplication de l’ADN
avant la division cellulaire.
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique
1958 Meselson et Stahl montrent de façon formelle que la réplication de l’ADN est semi-
conservative. Expérience de Meselson et Stahl
Extraction de l’ADN et centrifugation isopycnique sur gradient de chlorure de césium (CsCl)
Contrôles
Contrôles
Culture dede E.coli
E.coli dans
dans
Culture ADNparental
ADN parentallourd
lourd PP
milieu «« lourd
milieu
15
lourd »» 15NN Contrôles
Culture de E.coli dans ADN parental
léger lourd P
Culture de E.coli
E.coli15dans
dans ADN léger
Culture
milieu «delourd » 14 N
milieu « leger »
milieu « leger » N14 N
ADNmélangé
ADN
ADN mélangé
léger
Culture de E.coli dans
milieu « leger » 14N Contrôles
Expériences
Expériences
ADN mélangé
Culture de E.coli dans ADN après
parental P
ADN unelourd
réplication F1
milieu « lourd » 15N ADN après une
Expériences
Densité
réplication
intermédiaire F1
Densité intermédiaire
Culture de
de E.coli
E.coli alourdi
alourdi au 15N
au 15
Culture N ADN après
léger deux
dans Culture
milieu «de E.coli
leger » dans
14
14NN ADN
ADN après deux réplications
une réplication
réplications F2
F1 F2
dans milieu « leger » 14 Densité intermédiaire etlégère
légère
milieu « leger » N Densité intermédiaire et
Culture de E.coli alourdi au 15N ADN après trois
ADN mélangé
dans milieu « leger » 14N ADN après
ADN deux
après réplications
trois
réplications F2 F3
F3
Densité intermédiaire
réplications et légère
Expériences
ADN après trois
réplications F3
ADN après une réplication F1
Densité intermédiaire
Conclusion
Culture : les résultats
de E.coli alourdi au 15Nobservés s’expliquent seulement si chaque molécule d’ADN « fille » est
dansconstituée
milieu « leger 14N ADN après deux réplications F2
» filament parental et un filament néo-synthétisé à réplication est semi-conservative.
d’un Densité intermédiaire et légère 21
ADN
UdS – Faculté des sciences de la Vie – BMF après trois– Daniela Lener
2022-2023
réplications F3
La réplication bactérienne
Génome 1copie
Réplication
2 copies à 1copie par cellule fille
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Comment est répliqué l’ADN ?
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Comment est répliqué l’ADN ?
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La réplication chez E.coli
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La réplication des 2 brin d’ADN est simultanée
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La réplication d’un ADN circulaire
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La dénaturation de l’ADN
Séquence riche en AT
Séquence riche en GC
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La réplication initie toujours au même endroit : l’origine
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L’ADN peut être dénaturé sélectivement
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La réplication initie toujours au même endroit : l’origine
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La réplication d’un ADN circulaire
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Comment est la synthèse de l’ADN ?
En 1966 on savait :
ü nouveau brin d’ADN toujours synthétisé dans la direction 5’ → 3’ en lisant
la matrice à partir du 3’
ü synthèse des nouveaux brin est simultanée sur les 2 brins parentaux
5’
3’
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Comment est la synthèse de l’ADN ?
5’
?
3’
5’
3’ Synthèse continue
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Comment est la synthèse de l’ADN ?
5’
?
3’
5’
3’ Synthèse continue
5’
3’
5’ ?
3’
5’
3’
Synthèse semi-discontinue
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Comment est la synthèse de l’ADN ?
5’
?
3’
5’
3’ Synthèse continue
5’ 5’
3’
5’
? ?
3’
3’
5’
5’
3’ 3’
5’ 5’
3’
3’
Synthèse semi-discontinue Synthèse discontinue
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La synthèse de l’ADN est semi-discontinue
5’
3’
5’
3’
5’
3’
5’
3’
5’
3’
5’
3’
5’
3’
40
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La synthèse de l’ADN est semi-discontinue
Souche sauvage 5’
3’
5’
3’
5’
3’
5’
3’
5’
3’
5’
3’
5’
3’
41
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La synthèse de l’ADN est semi-discontinue
Présence de courts
fragments d’ARN (10-12
bases)
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La synthèse de l’ADN est semi-discontinue
43
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La réaction de polymérisation
Deoxyribonucléotide
Les ADN polymérases triphosphate entrant
synthétisent de l’ADN
Filament d’ADN
amorce
3’OH
ü Synthèse de 5’→ 3’
3’
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La réaction de polymérisation
ü Synthèse de 5’→ 3’
ü 2 ions Mg 2+ importants
pour le mécanisme
catalytique
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L’ADN polymérase I
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L’ADN polymérase I : activité 3’→ 5’ exonucléase
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L’ADN polymérase I : activité 5’→ 3’ exonucléase
Déplacement de la cassure
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L’ADN polymérase I
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L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.
Domaine
polymérase
5’ à 3’
Domaine
exonucléase
3’ à 5’
50
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L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.
Domaine
polymérase
5’ à 3’
Domaine
exonucléase
3’ à 5’
51
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L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.
Domaine
exonucléase
3’ à 5’
52
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L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.
Domaine
exonucléase
3’ à 5’
53
UdS – Faculté des sciences de la Vie – BMF 2022-2023 – Daniela Lener
L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.
Domaine
exonucléase
3’ à 5’
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UdS – Faculté des sciences de la Vie – BMF 2022-2023 – Daniela Lener
L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.
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L’ADN polymérase I
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Fidélité de copie des ADN polymérases
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Fidélité de copie des ADN polymérases
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Fidélité de copie des ADN polymérases
60
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Fidélité de copie des ADN polymérases
L’ajustement de la paire de
bases est testé avant la
polymérisation
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Fidélité de copie des ADN polymérases
X
L’ajustement de la paire de
bases est testé avant la A
polymérisation
A
Site actif de
Mode polymérisation
la polymérase
Brins orange et rouge
~ 30 Å
Mode édition
Site actif de
Brins bleu et vert
l’exonucléase
3’à5’
Fragment de Klenow de l’ADN polymérase I à enzyme dépourvu de son domaine N-ter (5’-3’ exonucléase) 64
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Fidélité de copie des ADN polymérases
Site actif de
Mode polymérisation
la polymérase
Brins orange et rouge
~ 30 Å
Mode édition
Site actif de
Brins bleu et vert
l’exonucléase
3’à5’
Fragment de Klenow de l’ADN polymérase I à enzyme dépourvu de son domaine N-ter (5’-3’ exonucléase) 65
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Fidélité de copie des ADN polymérases
Site actif de
Mode polymérisation
la polymérase
Brins orange et rouge
~ 30 Å
Mode édition
Site actif de
Brins bleu et vert
l’exonucléase
3’à5’
Fragment de Klenow de l’ADN polymérase I à enzyme dépourvu de son domaine N-ter (5’-3’ exonucléase) 66
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Modèle pour la polymérisation et la correction d’épreuve
Mode édition