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Biologie Moléculaire Fondamentale

Année 2022 – 2023

L3 BCPO et PCB

Daniela LENER, MCU, responsable de l’UE

d.lener@ibmc-cnrs.unistra.fr

UdS – Faculté des sciences de la Vie – BMF 2022-2023 – Daniela Lener


Description de l’UE Biologie Moléculaire Fondamentale

Le cours portera sur les mécanismes moléculaires du transfert et utilisation de


l’information génétique chez les procaryotes et les eucaryotes :

Ø Mécanismes de la réplication
Ø Réparation de l’ADN.
Ø Mécanismes de la transcription
Ø Modifications post-transcriptionnelles de l’ARN
Ø Mécanismes de la traduction
Ø Approches expérimentales simples

Acquérir et apprendre à exploiter des connaissances sur :


• Les mécanismes du transfert et de l’expression de l’information génétique
• Les réactions enzymatiques mises en œuvre
• Les méthodes expérimentales impliquées

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Modalités de contrôle des connaissances CM

Trois CC pour évaluer les connaissances théoriques acquises au travers


d’épreuves QCM et/ou rédactionnelles

Les épreuves CC1 (30 min) et CC2 (45 min) sont sans convocation

L’épreuve CC3 (1h) est avec convocation

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Bibliographie :

ü Principle of Biochemistry : Lehninger, Nelson, Cox (6ème édition)


ü Lewin’s Gene XII : Krebs, Goldstein, Kilpatrick (12ème édition ou
précédentes)
ü Biochemistry : Voet & Voet (4ème édition)

ü Molecular Biology : Robert F. Weaver (2ème à 5ème édition)


ü Biochimie : Berg, Tymoczko, Gatto, Stryer, (8ème édition)
ü Molecular Cell Biology : Lodish et al. (7ème édition)

Les diapositive du cours sont mises à disposition sur Moodle


(https://moodle3.unistra.fr) : BMF

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Révisions prérequises pour BMF

Avant de commencer BMF il faudrait réviser le cours sur les


nucléotides et acides nucléiques donné par M. Ryckelynck, UE
Biochimie en L2S3 :

Ø Diapositives de 4 à 42 sur les nucléotides

Ø Diapositives de 43 à 78 sur l’ADN

Tous les concepts et connaissances énoncés dans ces diapositives sont


considérés acquis pour BMF.

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La naissance de la Biologie Moléculaire :
un aperçu historique

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Le génome et les gènes
Hérédité à génome

Génome = longue séquence d’ADN qui porte toutes les « informations » héréditaires (gènes)
d’un organisme/une cellule

Informations à génome pas de rôle actif dans le développement mais les produits de
l’expression des séquences nucléotidiques du génome déterminent le développement

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L’hérédité, le génome et les gènes : un historique

1920 Les scientifiques ne savent pas si c’est l’ADN (nucléine ou acide thymonucléique) ou les
protéines à transmettre l’information génétique.
Hypothèse plus répandue à protéines (20 aa – grand nombre de combinaisons différentes),
l’ADN est écarté car il est composé que de 4 nucléotides.

1928 Griffith à découverte révolutionnaire en travaillant sur Streptococcus pneumoniae


(pneumonie). En mélangeant une souche non virulente avec une souche virulente mais morte
(traitement à la chaleur), il observe que la souche non virulente est transformé en souche
virulente et que elle tue la souris dans laquelle est inoculé.

Ce processus est appelé transformation. Le facteur transformant n’est pas identifié par Griffith
mais juste observé.

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L’hérédité, le génome et les gènes : un historique

Expérience de Griffith sur Streptococcus pneumoniae

Bactéries Bactéries non Bactéries virulentes (S) Bactéries R vivantes + bactéries


encapsulées*/virulentes (S) encapsulées*/non virulentes tuées à la chaleur S tuées à la chaleur injectées
vivantes injectées dans la (R) vivantes injectées dans la injectées dans la souris dans la souris
souris souris

Bactéries S Bactéries R x xx
x

La souris meurt La souris reste en bonne La souris reste en bonne La souris meurt
santé santé

Bactéries encapsulées* Quelques bactéries non Pas de bactéries isolées Bactéries


isolées de la souris morte encapsulées isolées de la de la souris sacrifiée encapsulées* isolées
souris sacrifiée de la souris morte

* Capsule de polysaccharides qui protège la bactérie du système immunitaire

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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1944 Avery, Macleod et McCarty à l’information génétique réside dans l’ADN.

Après l’expérience de Griffith, Avery découvre que : bactéries non virulentes «R» vivantes +
forme virulente «S» inerte (non vivante) dans un tube à essai à la forme «R» devenait la forme
mortelle «S».

Les souris n’étaient pas nécessaires à qu’est-ce qui a permis la «transformation»?


La question est biochimique : quelle est la substance responsable?

Avec Macleod et McCarty, Avery a entrepris de purifier le «facteur de transformation».

Dès 1936, Avery a noté qu’il ne semblait pas s’agir d’une protéine ou d’un glucide, mais d’un
acide nucléique.

Une analyse plus approfondie a montré qu’il s’agissait d’ADN.

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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1944 Avery, MacLeod et McCarty à l’information génétique réside dans l’ADN.


Expérience de Avery, MacLeod et McCarty 1- Elimination des lipides et
carbohydrates de l’échantillons de
S.pneumoniae virulent inactivé à la
chaleur. Les protéines, ADN et ARN
restent.

2- Traitement de l’échantillons avec


des enzymes qui dégradent soit les
protéine, soit l’ARN, soit l’ADN.

3- Addition de une aliquote de


chaque échantillon à une culture
contenant des S. pneumoniae non
virulent.
Observation de la culture : si il y a
présence de bactéries encapsulées
alors la transformation a eu lieu.

La transformation n’a pas lieu si l’ADN est absent. Matériel héréditaire à ADN.

Des doutes pourtant persistent, la pureté des préparations enzymatiques est mise en cause.
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1952 A. Hershey et M. Chase utilisent la relative simplicité des bactériophages, qui sont
constitués juste de protéines et ADN, pour montrer de façon formelle que le matériel
héréditaire est l’ADN.

Produire des bactériophages radioactifs à protéines marquées avec du soufre 35 (35S) et acides
nucléiques marqués avec phosphore 32 (32P)

1- Mélanger les phages radioactives avec les bactéries. Les phages infectent les cellules
bactériennes à capside protéique extérieure et l’acide nucléique intérieur.

2- Agiter la culture dans un mixeur pour séparer les phages, à l’extérieur, des bactéries et leur
contenu.

3- Centrifuger la culture pour sédimenter les bactéries et leur contenu.

4- Mesurer la radioactivité dans le culot et dans le surnageant.

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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1952 A. Hershey et M. Chase utilisent la relative simplicité des bactériophages, qui sont
constitués juste de protéines et ADN, pour montrer de façon formelle que le matériel
héréditaire est l’ADN.

Conclusion : les protéines du bactériophage T2 restent à l’extérieur de la bactérie, alors que l’ADN rentre
et permet l’infectionà le matériel héréditaire est l’ADN.
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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1950 La composition de l’ADN est connue depuis long temps. Plusieurs résultats suggèrent
que les molécules d’ADN cellulaire soient constituées de deux ou plusieurs polynucléotides
assemblés de quelque sorte.

1953 Watson et Crick proposent une structure pour l’ADN.


Trois types d’informations différentes :
1. la densité de l’ADN à deux chaines polynucléotidiques
2. diffractions au rayon X de molécules d’ADN (R. Franklin et M. Wilkins) à hélice régulière
3. rapport entre les bases : A = T et G = C (E. Chargaff)

Modèle à ADN a une structure hélicoïdale en forme de double hélice antiparallèle au sein de
laquelle les bases s’apparient par paires obligées : A avec T et G avec C.

Caractéristique qui fait proposer que un brin d’ADN sert de modèle pour recréer l’autre brin
pendant la réplication : Hp. de la réplication semi-conservative.

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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1958 Kornberg et col. découvrent la première ADN polymérase de E.coli à ADN pol I
Enzyme capable d’ajouter des deoxyribonucléotides à l’extrémité 3’OH d’un filament d’ADN
préexistant hybridé à un autre filament, qui est utilisé comme matrice.

Deoxyribonucléotide
triphosphate entrant

Filament d’ADN
amorce

Filament d’ADN
matrice

Leur résultats sont en accord avec le modèle semi-conservatif de la réplication de l’ADN.

Kornberg et Ochoa auront le prix Nobel de physiologie ou médecine en 1959.

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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1957 Crick, dans une allocution « Sur la Synthèse des Protéines », propose des idées qui ont
définitivement modifié la logique de la biologie.

Il soutient que la fonction principale de l’ADN est la fabrication de protéines. Les gènes
semblaient contrôler l’assemblage ordonné des acides aminés en protéines.

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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1957 Crick, dans une allocution « Sur la Synthèse des Protéines », propose des idées qui ont
définitivement modifié la logique de la biologie.

Il soutient que la fonction principale de l’ADN est la fabrication de protéines. Les gènes
semblaient contrôler l’assemblage ordonné des acides aminés en protéines.

Deux principes généraux.

1. L’hypothèse de séquence : l’ordre des bases de l’ADN à code pour la séquence d’acides
aminés d’une protéine. 4 bases d’ADN et 20 acides aminés à trois bases coderaient pour un
seul acide aminé (43 = 64) .

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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1957 Crick, dans une allocution « Sur la Synthèse des Protéines », propose des idées qui ont
définitivement modifié la logique de la biologie.

Il soutient que la fonction principale de l’ADN est la fabrication de protéines. Les gènes
semblaient contrôler l’assemblage ordonné des acides aminés en protéines.

Deux principes généraux.

1. L’hypothèse de séquence : l’ordre des bases de l’ADN à code pour la séquence d’acides
aminés d’une protéine. 4 bases d’ADN et 20 acides aminés à trois bases coderaient pour un
seul acide aminé (43 = 64) .

2. Le « dogme central » : l’information est transmise de l’ADN à l’ARN et de l’ARN aux


protéines, mais l’information ne peut pas être transmise d’une protéine à l’ADN.

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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1957 Le « dogme central » ou la Théorie Fondamentale de la Biologie Moléculaire :


l’information est transmise de l’ADN à l’ARN et de l’ARN aux protéines, mais l'information ne
peut pas être transmise d’une protéine à l'ADN.

Current Biology 25, R523–R548, June 29, 2015

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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1958 Meselson et Stahl montrent de façon formelle que la réplication de l’ADN est semi-
conservative.
Utilisation d’azote 15 (15N), isotope lourd de l’azote (14N), comme source d’azote dans le milieux
de croissance de E.Coli.
Incorporation dans les bases azotées à ADN lourd, plus dense, lors de la réplication de l’ADN
avant la division cellulaire.

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L’hérédité, les gènes et l’ADN : un historique

1958 Meselson et Stahl montrent de façon formelle que la réplication de l’ADN est semi-
conservative. Expérience de Meselson et Stahl
Extraction de l’ADN et centrifugation isopycnique sur gradient de chlorure de césium (CsCl)
Contrôles
Contrôles
Culture dede E.coli
E.coli dans
dans
Culture ADNparental
ADN parentallourd
lourd PP
milieu «« lourd
milieu
15
lourd »» 15NN Contrôles
Culture de E.coli dans ADN parental
léger lourd P
Culture de E.coli
E.coli15dans
dans ADN léger
Culture
milieu «delourd » 14 N
milieu « leger »
milieu « leger » N14 N
ADNmélangé
ADN
ADN mélangé
léger
Culture de E.coli dans
milieu « leger » 14N Contrôles
Expériences
Expériences
ADN mélangé
Culture de E.coli dans ADN après
parental P
ADN unelourd
réplication F1
milieu « lourd » 15N ADN après une
Expériences
Densité
réplication
intermédiaire F1
Densité intermédiaire
Culture de
de E.coli
E.coli alourdi
alourdi au 15N
au 15
Culture N ADN après
léger deux
dans Culture
milieu «de E.coli
leger » dans
14
14NN ADN
ADN après deux réplications
une réplication
réplications F2
F1 F2
dans milieu « leger » 14 Densité intermédiaire etlégère
légère
milieu « leger » N Densité intermédiaire et
Culture de E.coli alourdi au 15N ADN après trois
ADN mélangé
dans milieu « leger » 14N ADN après
ADN deux
après réplications
trois
réplications F2 F3
F3
Densité intermédiaire
réplications et légère
Expériences
ADN après trois
réplications F3
ADN après une réplication F1
Densité intermédiaire
Conclusion
Culture : les résultats
de E.coli alourdi au 15Nobservés s’expliquent seulement si chaque molécule d’ADN « fille » est
dansconstituée
milieu « leger 14N ADN après deux réplications F2
» filament parental et un filament néo-synthétisé à réplication est semi-conservative.
d’un Densité intermédiaire et légère 21
ADN
UdS – Faculté des sciences de la Vie – BMF après trois– Daniela Lener
2022-2023
réplications F3
La réplication bactérienne

UdS – Faculté des sciences de la Vie – BMF 2022-2023 – Daniela Lener


La réplication

ü La réplication est l’événement de duplication du génome qui a lieu


avant chaque division d’une cellule

ü La copie du génome doit être rapide et sans erreur

Génome 1copie
Réplication
2 copies à 1copie par cellule fille

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Comment est répliqué l’ADN ?

La confirmation que la réplication est semi-conservatrice a fait surgir


une foule de questions :

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Comment est répliqué l’ADN ?

La confirmation que la réplication est semi-conservatrice a fait surgir


une foule de questions :

1. Est-ce que les brins d’ADN parental sont-ils complètement


déroulés avant que chacun ne soit répliqué ?

2. La réplication commence-t-elle à des endroits aléatoires ou à un


point unique ?

3. Après l’initiation à n’importe quel point de l’ADN, la réplication


se déroule-t-elle dans une direction ou les deux ?

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La réplication chez E.coli

Expérience de John Cairns


Article de 1963 « The bacterial chromosome and its manner of replication as seen by
autoradiography »

L’ADN d’E. Coli a été


marqué avec de la thymidine
tritiée (3H) ;

Molécule d’ADN intacte


déposée sur une lame de
microscope

Recouverte d’une émulsion


photographique et incubé 2
mois avant d’être développé.

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La réplication des 2 brin d’ADN est simultanée

Expérience de John Cairns


Article de 1963 « The bacterial chromosome and its manner of replication as seen by
autoradiography »
Cairns montre que l’ADN de E.coli est une seule molécule qui se réplique à partir d’un seul
locus mobile (la fourche de réplication) auquel les deux de nouveaux brins d’ADN sont en
cours de synthèse.

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La réplication d’un ADN circulaire

Apparition d’un œil

Réplication d’un ADN


circulaire génère une
structure en thêta (q)

Images de microscopie électronique de l’ADN


en cours de réplication 28
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La réplication initie toujours au même endroit : l’origine

ü En 1966 mise au point de la cartographie par dénaturation à


caractérisation de l’ADN à dénaturation à la chaleur différentielle selon la
composition en nucléotides

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La dénaturation de l’ADN

Séquence riche en AT

Séquence riche en GC

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La réplication initie toujours au même endroit : l’origine

ü En 1966 mise au point de la cartographie par dénaturation à


caractérisation de l’ADN à dénaturation à la chaleur différentielle selon la
composition en nucléotides

ü Ross Inman a montré que l’ADN pouvait être dénaturé sélectivement au


niveau de séquences riche en AT à motif reproductible de « bulles »
simple brin

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L’ADN peut être dénaturé sélectivement

ü Ross Inman a montré que l’ADN pouvait être dénaturé sélectivement au


niveau de séquences riche en AT à motif reproductible de « bulles »
simple brin

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La réplication initie toujours au même endroit : l’origine

ü En 1966 mise au point de la cartographie par dénaturation à


caractérisation de l’ADN à dénaturation à la chaleur différentielle selon la
composition en nucléotides

ü Ross Inman a montré que l’ADN pouvait être dénaturé sélectivement au


niveau de séquences riche en AT à motif reproductible de « bulles »
simple brin

ü L’ADN isolé contenant des boucles de réplication peut être partiellement


dénaturé.

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La réplication d’un ADN circulaire

Apparition d’un œil

Réplication d’un ADN


circulaire génère une
structure en thêta (q)

Images de microscopie électronique de l’ADN


en cours de réplication 34
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La réplication initie toujours au même endroit : l’origine

ü En 1966 mise au point de la cartographie par dénaturation à


caractérisation de l’ADN à dénaturation à la chaleur différentielle selon la
composition en nucléotides

ü Ross Inman a montré que l’ADN pouvait être dénaturé sélectivement au


niveau de séquences riche en AT à motif reproductible de « bulles »
simple brin

ü L’ADN isolé contenant des boucles de réplication peut être partiellement


dénaturé.

ü La technique a révélé que dans ce système, les boucles de réplication


démarrent toujours à un point unique riche en AT, appelé origine et la
réplication est généralement bidirectionnelle.

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Comment est la synthèse de l’ADN ?

En 1966 on savait :
ü nouveau brin d’ADN toujours synthétisé dans la direction 5’ → 3’ en lisant
la matrice à partir du 3’
ü synthèse des nouveaux brin est simultanée sur les 2 brins parentaux

Comment concilier la polarité 5’→ 3’ de la synthèse de l’ADN avec la


simultanéité de la synthèse sur des brins antiparallèles?

5’

3’

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Comment est la synthèse de l’ADN ?

En 1966 : comment concilier la polarité 5’ → 3’ de la synthèse de l’ADN avec


la simultanéité de la synthèse sur des brins antiparallèles?

5’

?
3’

5’

3’ Synthèse continue

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Comment est la synthèse de l’ADN ?

En 1966 : comment concilier la polarité 5’ → 3’ de la synthèse de l’ADN avec


la simultanéité de la synthèse sur des brins antiparallèles?

5’

?
3’

5’

3’ Synthèse continue

5’

3’

5’ ?
3’
5’

3’
Synthèse semi-discontinue
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Comment est la synthèse de l’ADN ?

En 1966 : comment concilier la polarité 5’ → 3’ de la synthèse de l’ADN avec


la simultanéité de la synthèse sur des brins antiparallèles?

5’

?
3’

5’

3’ Synthèse continue

5’ 5’

3’
5’

? ?
3’
3’
5’
5’

3’ 3’
5’ 5’

3’
3’
Synthèse semi-discontinue Synthèse discontinue
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La synthèse de l’ADN est semi-discontinue

ü En 1968 R. & T. Okazaki à Incubation courte de bactéries en présence de


thymidine 3H à Arrêt de la synthèse et extraction de l’ADN à Analyse par
ultracentrifugation isocinétique de l’ADN dénaturé

5’

3’

5’

3’
5’

3’

5’

3’
5’

3’

5’

3’
5’

3’

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La synthèse de l’ADN est semi-discontinue

ü En 1968 R. & T. Okazaki à Incubation courte de bactéries en présence de


thymidine 3H à Arrêt de la synthèse et extraction de l’ADN à Analyse par
ultracentrifugation isocinétique de l’ADN dénaturé

Souche sauvage 5’

3’

5’

3’
5’

3’

5’

3’
5’

3’

5’

3’
5’

3’

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La synthèse de l’ADN est semi-discontinue

ü En 1968 R. & T. Okazaki à Incubation courte de bactéries en présence de


thymidine 3H à Arrêt de la synthèse et extraction de l’ADN à Analyse par
ultracentrifugation isocinétique de l’ADN dénaturé
Accumulation de fragments
Souche sauvage Mutant dépourvu de ligase
d’ADN de 1-2 kb à
fragments d’Okazaki

Présence de courts
fragments d’ARN (10-12
bases)

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La synthèse de l’ADN est semi-discontinue

ü En 1968 R. & T. Okazaki à synthèse de l’ADN est continue pour la copie


d’un des brins et discontinue pour la copie de l’autre brin

Le brin à synthèse continue est appelé :


brin précoce = brin directeur = leading strand

Le brin à synthèse discontinue est appelé :


brin tardif = brin retardé = lagging strand

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La réaction de polymérisation
Deoxyribonucléotide
Les ADN polymérases triphosphate entrant

synthétisent de l’ADN

Filament d’ADN
amorce

ü Nécessitent une amorce Filament d’ADN


présentant une extrémité matrice

3’OH

ü Synthèse de 5’→ 3’

3’

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La réaction de polymérisation

Les ADN polymérases


synthétisent de l’ADN

ü Nécessitent une amorce


présentant une extrémité
3’OH

ü Synthèse de 5’→ 3’

ü 2 ions Mg 2+ importants
pour le mécanisme
catalytique

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L’ADN polymérase I

1953 ADN polymérase I à 3 activités catalytiques dans 3 grand domaines


1) activité polymérase
2) activité 3’→ 5’ exonucléase
3) activité 5’→ 3’ exonucléase

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L’ADN polymérase I : activité 3’→ 5’ exonucléase

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L’ADN polymérase I : activité 5’→ 3’ exonucléase

Déplacement de la cassure

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L’ADN polymérase I

1953 ADN polymérase I à 3 activités catalytiques dans 3 grand domaines


1) activité polymérase
2) activité 3’→ 5’ exonucléase
3) activité 5’→ 3’ exonucléase

1970 Klenow digère l’ADN polymérase I par la subtilisine à un grand fragment


avec les activités polymérase et 3’→ 5’ exonucléase (fragment de Klenow) et un
petit fragment avec activité 5’→ 3’ exonucléase

1985 Première structure à fragment de Klenow de l’ADN polymérase I

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L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.

Domaine
polymérase
5’ à 3’

Domaine
exonucléase
3’ à 5’

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L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.

ü L’ADN se lie dans une grande fente composée de trois domaines.

Domaine
polymérase
5’ à 3’

Domaine
exonucléase
3’ à 5’

51
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L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.

ü L’ADN se lie dans une grande fente composée de trois domaines.

üLa paume à aa importants pour le site


catalytique actif
Domaine
polymérase
5’ à 3’

Domaine
exonucléase
3’ à 5’

52
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L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.

ü L’ADN se lie dans une grande fente composée de trois domaines.

üLa paume à aa importants pour le site


catalytique actif
Domaine
polymérase üLes «doigts» à positionnement correct
5’ à 3’ de la matrice et dNTP dans le site actif

Domaine
exonucléase
3’ à 5’

53
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L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.

ü L’ADN se lie dans une grande fente composée de trois domaines.

üLa paume à aa importants pour le site


catalytique actif
Domaine
polymérase üLes «doigts» à positionnement correct
5’ à 3’ de la matrice et dNTP dans le site actif

üLe «pouce» lie l’ADN à la sortie de


l’enzyme à processivité

Domaine
exonucléase
3’ à 5’

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L’ADN polymérase I à structure du fragment de Klenow
ü La structure de la polymérase divisée en 3 sous-domaines, qui sont, par
analogie avec une main droite, la paume, les doigts et le pouce.

ü L’ADN se lie dans une grande fente composée de trois domaines.

üLa paume à aa importants pour le site


catalytique actif
Domaine
polymérase üLes «doigts» à positionnement correct
5’ à 3’ de la matrice et dNTP dans le site actif

üLe «pouce» lie l’ADN à la sortie de


l’enzyme à processivité

Domaine üL’activité exonucléase à domaine


exonucléase
3’ à 5’ indépendant avec son propre site
catalytique
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L’ADN polymérase I

Site actif de l’ADN polymérase comprend deux parties :

1) le site d’insertion du nucléotide entrant à liaison


phosphodiester

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L’ADN polymérase I

Site actif de l’ADN polymérase comprend deux parties :

1) le site d’insertion du nucléotide entrant à liaison


phosphodiester

2) site de post-insertion à polymérase glisse vers l’avant


sur l’ADN à nouvelle paire dans cette position

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Fidélité de copie des ADN polymérases

ü L’intégrité du génome doit être maintenue lors de la réplication.


E. coli : le taux erreur de la biosynthèse de l’ADN est de 10-9 10-10
génome 4,6 x 106 pb à 1 erreur / 1000 –10000 réplications

ü En cas d’erreur, le nucléotide erroné est éliminé,

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Fidélité de copie des ADN polymérases

ü L’intégrité du génome doit être maintenue lors de la réplication.


E. coli : le taux erreur de la biosynthèse de l’ADN est de 10-9 10-10
génome 4,6 x 106 pb à 1 erreur / 1000 –10000 réplications

ü En cas d’erreur, le nucléotide erroné est éliminé,

Comment ce contrôle est-il assuré?

• Sélection géométrique au sein du site actif, contrôle avant la réaction


d’addition, avant la formation de la liaison phosphodiester

59
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Fidélité de copie des ADN polymérases

ü L’intégrité du génome doit être maintenue lors de la réplication.


E. coli : le taux erreur de la biosynthèse de l’ADN est de 10-9 10-10
génome 4,6 x 106 pb à 1 erreur / 1000 –10000 réplications

ü En cas d’erreur, le nucléotide erroné est éliminé,

Comment ce contrôle est-il assuré?

• Sélection géométrique au sein du site actif, contrôle avant la réaction


d’addition, avant la formation de la liaison phosphodiester

• Elimination du nucléotide après la réaction d’addition, ce contrôle est appelé


lecture de l’épreuve (proofreading)

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Fidélité de copie des ADN polymérases

ü Sélection géométrique au sein du site actif, contrôle avant la


réaction d’addition

L’ajustement de la paire de
bases est testé avant la
polymérisation

Seules les paires de bases


W-C donnent un stacking
correct à formation liaison
phosphodiester

Les données cristallographiques sont en faveur de l’ajustement induit


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Fidélité des ADN polymérases : sélection géométrique

L’ajustement de la paire de bases est


testé avant la formation de la liaison
phosphodiester

La base incorrecte peux être rejetée


avant la liaison

Erreurs de polymérisation 1/104 – 105

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Fidélité de copie des ADN polymérases

ü Sélection géométrique au sein du site actif, contrôle avant la


réaction d’addition

X
L’ajustement de la paire de
bases est testé avant la A
polymérisation
A

Si la base n’est pas correcte


il n’y aura pas de rotation
de l’hélice O à pas de
liaison phosphodiester
X

Les données cristallographiques sont en faveur de l’ajustement induit


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Fidélité de copie des ADN polymérases

ü Proofreading, élimination du nucléotide après la réaction d’addition


• L’addition d’un nucléotide erroné empêche la translocation de l’ADN
polymérase

Site actif de
Mode polymérisation
la polymérase
Brins orange et rouge

~ 30 Å

Mode édition
Site actif de
Brins bleu et vert
l’exonucléase
3’à5’

Fragment de Klenow de l’ADN polymérase I à enzyme dépourvu de son domaine N-ter (5’-3’ exonucléase) 64
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Fidélité de copie des ADN polymérases

ü Proofreading, élimination du nucléotide après la réaction d’addition


• L’addition d’un nucléotide erroné empêche la translocation de l’ADN
polymérase

Site actif de
Mode polymérisation
la polymérase
Brins orange et rouge

~ 30 Å

Mode édition
Site actif de
Brins bleu et vert
l’exonucléase
3’à5’

Fragment de Klenow de l’ADN polymérase I à enzyme dépourvu de son domaine N-ter (5’-3’ exonucléase) 65
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Fidélité de copie des ADN polymérases

ü Proofreading, élimination du nucléotide après la réaction d’addition


• L’addition d’un nucléotide erroné empêche la translocation de l’ADN
polymérase
• Elimination du nucléotide par l’activité 3’→ 5’ exonucléase
• Augmentation de la fidélité de 102 – 103 à taux d’erreur de 1/106 – 108

Site actif de
Mode polymérisation
la polymérase
Brins orange et rouge

~ 30 Å

Mode édition
Site actif de
Brins bleu et vert
l’exonucléase
3’à5’

Fragment de Klenow de l’ADN polymérase I à enzyme dépourvu de son domaine N-ter (5’-3’ exonucléase) 66
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Modèle pour la polymérisation et la correction d’épreuve

Mode polymérisation Fingers

Mode édition

Le passage en mode édition nécessite


une rupture locale des interactions
primer-template et une translocation
de l’extrémité 3’

Fragment de Klenow de l’ADN polymérase I


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Les ADN polymérases bactériennes

ADN Pol I II III IV V


N° de
1 1 22 (9 ≠) 1 3 (2 ≠)
sous-unités
Masse
103 88 1065 39 110
(kDa)
N°/cellule 400 ? 10 – 20 ? ?
Exo 3’ à 5’ + + + – –
Exo 5’ à 3’ + – – – –
Vitesse synthèse
16 – 20 40 250 – 1000 2–3 1
(nt/s)
Processivité (nt) 3 – 200 1500 >500000 1 6–8
Réplication/ Réparation Réparation
Fonction majeure Réparation Réplication
Réparation (a) (b)
Année de
1955 début 1970 début 1970 1999 1999
découverte

ü ADN Pol I et III : réplication ADN


ü ADN Pol II, IV et V : réparation ADN et réplication ADN endommagé

(a) : mutation spontanée (non ciblée, réponse SOS)


(b) : réparation (réponse SOS, synthèse à travers la lésion, error prone)
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