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Classification des diatomes par les descripteurs de Fourier du contour

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Numro 4 > Recherche de formes et vision

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Classification des diatomes par les descripteurs de Fourier du contour

Abdelkader SIDDO UR, Dpartement de Mathmatique et Informatique, Universit du Qubec Trois-Rivires, C.P. 500 Trois-Rivires, G9A 5H7, Qubec, Canada, abdelkader.siddour@uqtr.ca. Fathallah NO UBO UD, Dpartement de Mathmatique et Informatique, Universit du Qubec Trois-Rivires, C.P. 500 Trois-Rivires, G9A 5H7, Qubec, Canada, fathallah.nouboud@uqtr.ca. Driss MAMMASS , Dpartement de Mathmatiques et Informatique, Facult des Sciences, Universit IbnZohr Agadir, Maroc, mammass@univ-ibnzohr.ac.ma. Alain CHALIFO UR, Dpartement de Mathmatique et Informatique, Universit du Qubec Trois-Rivires, C.P. 500 Trois-Rivires, G9A 5H7, Qubec, Canada, alain.chalifour@uqtr.ca.
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Stphane CAMPEAU, Dpartement de sciences humaines, Universit du Qubec Trois-Rivires, C.P. 500 TroisRivires, G9A 5H7, Qubec, Canada, Stephane.Campeau@uqtr.ca. Date de publication : 20 juillet 2007 Rsum Nous prsentons dans cet article un systme automatique de classification des diatomes fonde sur une extraction des angles normaux dun contour 8-connect antihoraire. Pour cela, nous avons utilis un modle paramtrique qui consiste caractriser le contour des diatomes suivant un vecteur des descripteurs de Fourier. Sur une base de donnes dimages de diatomes de 450 images, nous avons obtenu un taux de bonne classification de 97%. Abstract We present in this paper an automatic system for the classification of diatoms based on the extraction of the normal angles of an anticlockwise 8-connected contour. For that, we used a parametric model that consists in characterizing the contour of the diatoms according to a vector of the Fourier descriptors. The correct classification rate is around 97% of the 450 diatom images examined. Table des matires

1. I NTRODUCTION 2. APPROXIMATION POLYGONALE 3. CONTOUR 8-CONNECT

DU CONTOUR

ANTIHORAIRE ET ANGLES AU CONTOUR NORMAUX

3.1 Extraction du contour 8-connect antihoraire 3.2. Angles normaux au contour

4. DESCRIPTEURS 5. ANALYSE

DE

FOURIER

DISCRIMINANTE ET CLASSIFICATION BAYSIENNE

5.1. Analyse discriminante 5.2. Classification Baysienne

6. RSULTATS 7. CONCLUSION
Texte intgral

1. INTRODUCTION
Les diatomes sont des algues unicellulaires constitues dun squelette siliceux compos de deux valves caractrises par la prsence dornementations. Il est possible dapprcier lincidence de perturbations sur un cosystme aquatique partir de l'tude des diatomes qui renseignent, par leur prsence (ou leur absence) et/ou leur abondance, sur la qualit de leau. La classification des diatomes est base sur la structure et la morphologie de la valve; elle est trs difficile, du fait du grand nombre despces connues. Pour ces raisons, le traitement automatique par analyse dimages peut apporter une contribution inestimable. Dans de rcents travaux, le contour, la taille, la forme, lornementation et la symtrie de la valve ont t parmi les caractres morphologiques utiliss pour la classification et lidentification automatiques des diatomes (Du Buf, Mann et al.), (Guo, Chalifour et al., 2004). Nous prsentons dans cet article une mthode pour la classification automatique des diatomes qui est base sur lextraction des angles normaux dun contour 8-connect antihoraire (Chalifour, Beauchemin et al. 1998). Nous utilisons des images niveau de gris avec un fond net (blanc ou noir). la section 2, nous prsentons une mthode dapproximation polygonale du contour afin de pallier les difficults dues lextraction des images. La section 3 est consacre lextraction du contour 8-connect antihoraire des diatomes et au calcul des angles normaux au contour. Lextraction des paramtres caractristiques (Descripteurs
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de Fourier) et la mthode de classification choisie, sont prsentes dans les sections 4 et 5. La section 6 est consacre aux rsultats des tests exprimentaux.

2. APPROXIMATION POLYGONALE DU CONTOUR

Lextraction et le nettoyage des images de diatomes fait apparatre des successions de pixels aligns sur de courtes distances suivis de changement brusques de direction. De plus, du fait que le nombre dangles admissibles est rduit, que ces angles sont exprims en radians, entre et , et que lcart entre deux angles successifs est infrieur arctan(0.5), il sensuit que la courbe de variations des angles est impropre au lissage si le contour est bruit. Afin de pallier cette difficult, une approximation polygonale du contour est ralise. Gnralement, l'objectif d'une mthode d'approximation polygonale est de fournir un dcoupage d'une chane de points en segments de faon minimiser un critre d'erreur global ou ne pas dpasser localement une erreur. L'intrt est de donner une description qui soit plus compacte et plus adapte pour des traitements ultrieurs d'interprtation ou de reconnaissance de formes (Rennesson-Debled, Tabbone et al., 2004), (Perez et Vidal, 1994). De nombreuses mthodes concernant l'approximation polygonale ont t proposes ces dernires annes. En gnral, on examine successivement les points pour dterminer le plus long segment qui vrifie un seuil de tolrance prdfini. Dans notre cas, nous avons utilis un algorithme qui consiste trouver le segment reliant les deux points les plus loigns sur le contour (Bergevin, 2003). Ceci consiste considrer la distance maximum du barycentre de lobjet au contour donnant un point de dpart P0 et rpter de faon itrative lalgorithme qui converge rapidement vers le segment maximum. La figure 1 donne le rsultat de cet algorithme sur une image de diatome.

(a)

(b)

(c)

Figure1: (a) Image originale, (b) et (c) contour avant et aprs lapproximation polygonale

3. CONTOUR 8-CONNECT ANTIHORAIRE ET ANGLES

AU CONTOUR NORMAUX

3.1 Extraction du contour 8-connect antihoraire

Considrons, aprs lapproximation polygonale, une image binaire o chaque pixel noir est indic par la valeur 0 et chaque pixel blanc par la valeur 255 (voir Figure 2). Notre objectif est de construire, un contour ferm de pixels. partir de ce contour, nous calculerons les angles normaux.

Le contour dune diatome, est un chemin simple ou faiblement simple, ferm et orient positivement (antihoraire) et dpaisseur gale un pixel (Chalifour, Beauchemin et al. 1998). De plus, le contour dune diatome est une chane de longueur minimale au sens de la 8-connectivit. Pour une diatome D, domaine connexe, on dfinit le contour C laide dune chane de pixels noirs [P1 ,P2 , ,Pi,Pi+1 ,,PL,PL+1 =P1 ] o L est la longueur de la chane et Pi est le ime pixel de coordonnes entires (xi, y i). Le pixel P1 est appel pixel de dpart du contour C. Un contour est dit simple (Chalifour, Beauchemin et al. 1998) si tous les pixels de la chane sont diffrents lexception des deux extrmits. Un contour est dit faiblement simple sil possde une ou plusieurs adhrences simples ou composes. Une adhrence simple est dfinie comme tant un chemin non simple de largeur dun pixel, c'est--dire quil nentoure aucun domaine connexe constitu de pixels blancs. De plus, chacun des pixels dune adhrence simple est parcouru deux fois dans la chane, sauf lextrmit terminale. La largeur dune adhrence est ncessairement de longueur impaire (Chalifour, Beauchemin et al. 1998).
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Figure2. Images binaires

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On a la reprsentation suivante dune adhrence simple : [Pk ,Pk+1 ,,Pt ,,Pm-1 , Pm ] o Pt-1 = Pt+1 pour tout 1 i m - t avec t k = m t et Pt est le pixel terminal de ladhrence simple. On dfinit comme extrmits potentielles de dpart des contours de la diatome, les pixels noirs de coordonnes (i, j) tels que le pixel de coordonnes (i+1, j-1) soit un pixel noir et le pixel (i+1, j) soit un pixel blanc. Le dplacement de (i, j) (i+1, j) est dindice de Freeman gale 5. Soit D une diatome et notons P1 = (x1 , y 1 ) les coordonnes du premier pixel de dpart potentiel du contour C, alors, par construction, le second pixel du contour orient est le pixel noir de cordonnes P2 = (x2 , y 2 ). On peut associer au premier arc du contour, que lon note a1 = [P1 P2 ], lindice de Freeman 1 = 5.. partir de ce premier dplacement, il est possible de construire successivement et de faon univoque les arcs du contour de longueur minimale dune diatome puisque chaque arc ak = [Pk Pk+1 ] pour k 2 construit partir de larc ak-1 doit respecter les deux hypothses (Chalifour, Beauchemin et al. 1998) : H1 : Il minimise la longueur du contour dans le sens de la 8-connectivit. H2 : La chane construite est antihoraire; autrement dit, les extrmits de chaque arc sont des pixels noirs et les pixels gauche de larc, par rapport au dplacement orient, sont blancs. Avec ces hypothses, tant donn un arc ak-1 , il existe un et un seul arc orient ralisant simultanment les hypothses H1et H2. Le choix du pixel Pk+2 seffectue en fonction du pixel Pk+1 = (xk+1 , y k+1 ). Si on utilise les indices de Freeman pour indiquer les directions de chaque arc, les seules paires (i, j) de dplacement successifs et admissibles sont prsentes dans le tableau ci-dessous o le premier indice i (ligne) indique la direction dun arc ak et lindice j (colonne) indique la direction admissible de larc suivant ak+1 minimisant la longueur de la chane de contour. Tableau1. Paires des directions successives admissibles i j 0 1 2 3 4 5 6 7 X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X 0 1 2 3 4 5 6 7

De plus, certaines configurations reprsentent deux directions successives opposes. La prise en compte de ces configurations permettra la construction de chemins faiblement simples. Comme consquence de cette construction, nous obtenons pour chaque diatome D un contour C de longueur L dfini par une suite de pixels [P1 ,P2 ,,Pi,Pi+1 ,,PL, PL+1 =P1 ], o larc [P1 ,P2 ] est obligatoirement dindice de Freeman gal 5 et P1 est le pixel de dpart. De plus, chaque paire de pixels successifs dfinit un arc ayant une direction au sens de Freeman. On associe au contour C une suite de directions : 1 , 2 ,, k , , L, o k est la direction de larc [Pk ,Pk+1 ] pour k=1,,L. Cette suite de pixels et de directions nous permettra de calculer les angles normaux au contour.

3.2. Angles normaux au contour

Soit [P1 ,P2 ,,Pi,Pi+1 ,,PL, PL+1 =P1 ] un contour dune diatome orient positivement. chaque pixel Pi dune paire de dplacements successifs admissibles [Pi-1 , Pi, Pi+1 ], on associe la valeur moyenne i des angles en radians que font les normales extrieures des deux dplacements adjacents au pixel. Pour les dplacements admissibles prsents au tableau 1, les angles possibles sont : = 0, arctg(0.5), * et arctg(2) et leurs rotations ( + *k*), k appartient lensemble {1,2,3}. Si on note la suite de directions normales associes aux pixels du contour par 1 , 2 ,, i-1 , i, i+1 ,, L, L+1 = 1 , on obtient une fonction des angles normaux, discrte et priodique, en fonction de la position des pixels dans
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la chane du contour (cf. figure 3).

Figure 3. Exemples de diatomes et de fonctions dangles associes

4. DESCRIPTEURS

DE FOURIER

Soit C = [P1 ,P2 ,,Pi,Pi+1 ,,PL, PL+1 =P1 ] un contour de longueur L orient positivement, et soit la suite [ 1 , 2 ,, i-1 , i, i+1 ,, L, L+1 = 1 ] de directions normales associes aux pixels du contour C. A partir de cette description, nous pouvons gnrer une fonction temporelle priodique, sur laquelle peut tre calcule une transforme de Fourier (Kindratenko et Van Espen, 1996) :

O |cn| dcrit, ci-dessous, sont les descripteurs de Fourier.

5. ANALYSE DISCRIMINANTE ET CLASSIFICATION BAYSIENNE

5.1. Analyse discriminante
Lanalyse discriminante fait partie de la famille des mthodes indirectes de classification dites paramtriques (Herv, 1997). Le but est de prdire lappartenance dun individu x, dcrit par p variables, une classe parmi n classes C1 Cn dfinies priori (Bouveyron, Girard et al., 2005), (Kindratenko et Van Espen, 1996). On utilise des fonctions de dcision permettant de classer les individus dans une des classes existantes. On trouve diffrents types de discrimination. Lanalyse discriminante linaire (LDA) consiste sparer les classes par des frontires afin de regrouper les points classer autour du centre de gravit de la classe et crer aussi des frontires linaires entre les classes. Lanalyse discriminante quadratique (QDA) a le mme principe que LDA, except quau lieu de sparer les classes par des hyperplans, on les spare par des surfaces ellipsodes.

5.2. Classification Baysienne

L'approche baysienne a pour but de minimiser la probabilit d'erreur de classification. Elle consiste calculer les probabilits posteriori dappartenance aux groupes et affecter au groupe le plus probable. Ces probabilits sont estimes partir de la formule de Bayes (Bouveyron, Girard et al., 2005):

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Pour construire un classifieur, il reste complter la formule de Bayes par une rgle de dcision (Kindratenko et Van Espen, 1996). La rgle de dcision de Bayes conduit au classifieur optimal et s'exprime de la manire suivante :

tel que

Le choix final de la classe s'effectue donc en comparant les probabilits a posteriori d'appartenance toutes les classes et en choisissant la plus grande. En remarquant que le dnominateur de la formule [1] est le mme pour toutes les probabilits conditionnelles quelle que soit la classe, la rgle de Bayes peut galement se formuler de la manire suivante :

tel que

6. RSULTATS
Nous disposons dune base de donnes de 450 images de diatomes classes par genre et par espce. Les diatomes de la base subissent une srie de traitements permettant dextraire la diatome du fond, dliminer les points isols (filtrage) et de faire une rotation suivant le plus grand axe de la diatome (laxe qui relie les deux points les plus loigns du contour). Les rsultats obtenus sont encourageants mais des difficults restent surmonter pour certaines classes de diatomes reprsentant des formes assez proches (Figure 4). Nous introduirons des mesures qui prennent en compte les structures internes et les ornements des diatomes.

Figure 4. Exemple des diatomes dont le contour est semblable mais appartenant des classes diffrentes

7. CONCLUSION
Nous avons prsent une mthode pour la classification automatique des diatomes base sur une approximation polygonale du contour et lextraction des angles normaux dun contour 8-connect antihoraire. Notre approche est le premier pas vers la mise en place dun systme automatique de classification de diatomes. Sur une base de donnes dimages de diatomes de 450 images, nous avons obtenu des rsultats de lordre de 97% de bonne classification. En outre, notre systme prsente les avantages de rapidit, defficacit et dinvariance la translation. Des amliorations seront apportes ce systme en prenant en compte les structures internes et les ornementations des diatomes.

Bibliographie Bergevin, R. (2003). Projet de vision numrique aspects cognitifs : reconnaissance 2D. Universit Laval.
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Bouveyron, C., Girard, S., Schmid, C. (2005). Une nouvelle mthode de classification pour la reconnaissance de formes. 20 me colloque GRETSI sur le traitement du signal et des images, Louvain-la-Neuve, septembre, pp. 711714. Chalifour, A., Beauchemin, S., Bose, P., Nouboud, F. (1998). Analyse morphologique des filets de tricoptres : un problme dcotoxicologie et de gomtrie discrte. Vision Interface'98 , Vancouver, juin, pp. 479-486. Du Buf, J. M. H., Mann, D., Bunke, H. Automatic diatom identification and classification. Project homepage: http.//www.ualg.pt/adiac. Guo, Q., Chalifour, A., Nouboud, F., Campeau, S., Lavoie, I., Mammass, D., El Yassa, M. (2004). Diatom classification by image analysis. International Confrence : Science of Electronic, Technologie of Information and Tlcommunications, Setit : 15-20 mars. Herv, S. (1997) Mthodes statistiques de slection de modles neuronaux: applications financires et bancaires. Thse de Doctorat de lUniversit Pierre et Marie Curie - Paris VI. Kindratenko, V., Van Espen, P. (1996). Classification of irregularly shaped micro-objects using complex Fourier descriptors . Proceedings of 13 th ICPR, vol. II, pp. 285-289Perez, J., Vidal, E. (1994). Optimum polygonal approximation of digitized curves. PRL , vol. 15, pp. 743-750, 1994. Rennesson-Debled, I., Tabbone, S., Wendling, L. (2004). Approximation polygonale partir dune analyse multiordres des points de contour. 4 me Colloque International Francophone sur lEcrit et le Document. Pour citer cet article Abdelkader SIDDOUR, Fathallah NOUBOUD, Driss MAMMASS, Alain CHALIFOUR et Stphane CAMPEAU. Classification des diatomes par les descripteurs de Fourier du contour. e-TI - la revue lectronique des technologies d'information, Numro 4, 20 juillet 2007, http://www.revue-eti.netdocument.php?id=1374.

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