Compte-rendu dessai Noyer Anne : 2011 Etude et dveloppement dun modle de prvision des risques de projections dascospores.

Date : juin 2012 Rdacteur(s) : Lucile VERNAY, Benoit MOUSSERIN, Agns VERAEGHE Essai rattach laction n : 3.03.03.18 Titre de laction : lutte contre lanthracnose

1. Thme de lessai Afin dallger le travail en laboratoire en limitant les suivis de maturit et de projections en 2005, un premier modle prvoyant la projection des spores du phytopathogne Gnomonia leptostyla a t labor grce aux observations faites depuis 1999 au laboratoire. Cette premire approche a montr que les variables climatiques sont ncessaires pour prdire correctement les projections. Lhumidit relative de lair, les degrs-jours, la somme cumule des tempratures dont un organisme besoin pour se dvelopper, ainsi que la dure dhumectation sont pris en compte dans ce modle. Ces travaux ont t amliors en 2009 en intgrant des zones forts risques de projections, un seuil de temprature entre lesquels les champignons se dveloppent. 2. But de lessai Pour cette anne 2011, lobjectif est damliorer ce modle et de permettre une prvision suivant la mto prvisionnelle. Il a fallu dans un premier temps le tester laide la mthode ROC (Receiver Operating Characteristics) afin dvaluer ses points positifs et ses limites. Pour cela, les donnes prvues sont compares avec celles obtenues en laboratoire. Par ailleurs, lintgration de la maturit dans le modle est utile afin de connatre avec prcision les moments o le champignon est mature, et donc les moments forts risques de projection. 3. Facteurs et modalits tudis Un suivi de maturit des prithces, ainsi quun dnombrement rgulier des projections de spores aprs chaque pluie ont t raliss en laboratoire. En fin de saison, lorsque tous les prithces sont matures et que tous les spores ont t projets, les rsultats obtenus sont compars avec ceux donns par la modle de prvision, laide de la mthode ROC, afin de vrifier la robustesse du modle. En ce qui concerne la mise en place du modle sur la maturit du champignon, les donnes utilises sont celles recueillis depuis 1999, grce au suivi en laboratoire. Lutilisation darticles scientifiques permet daborder la modlisation de la maturit des ascospores en fonction de la somme des degrsjours sous la forme dune sigmode. 4. Matriel et Mthodes Dispositif exprimental o Suivis terrains 1

Deux cadres contenant des feuilles mortes de noyer contamines par lanthracnose lanne prcdente, sont placs au sol sur une parcelle, dans les conditions du milieu alentours. Le suivi de maturit consiste prlever un chantillon de feuilles mortes contamines. Chaque semaine, une observation au microscope permet de dfinir le niveau de maturit des prithces et donc de dfinir la priode risques de projections. Le suivi des projections consiste dposer cinq lames sur le cadre et de les relever aprs chaque pluie. Ces mmes lames sont ensuite observes au microscope suivant une mthode dfinie afin de dterminer le nombre de spores projets. o Reprsentation graphique des rsultats En fin de saison, lorsque tous les spores observs en laboratoire et sur le modle ont t projets, une reprsentation graphique des deux courbes permet de rendre compte de la corrlation des donnes. Traitement statistique des rsultats o Analyse de la robustesse du modle de prvision des risques de projection danthracnose La mthode ROC est choisie pour tester ce modle. Elle est base sur la prsence dun indicateur (le taux de projection cumul), un seuil (dlimitant la zone risque en bas et en haut), une rfrence (donnes de projections rellement observes), des prdictions (donnes issus du modle). Elle sert valuer la vracit des rgles de dcision binaire, ici : projection risque (traitement=1) ou non risque (pas de traitement=0). Le but est de connatre la capacit du modle discerner sil faut traiter (1) ou non (0) et si ses affirmations sont identiques celles obtenues par observation en laboratoire. Ces rsultats sont donc compars laide dun tableau de contingence qui regroupe les donnes vrais : ce que dit le modle est en accord avec ce observ, et faux : le modle ne dit pas la mme chose que la ralit. Il est intressant davoir le minimum de faux dans ce tableau. Cette premire approche permet dors et dj de connatre la justesse de lanalyse. Ensuite, la courbe ROC est ralise et donne la performance du test en faisant varier les deux zones risques. Il est donc possible de savoir quels sont les seuils de risques dfinir pour obtenir le modle le plus robuste. Cette valeur est laire sous la courbe, plus cette valeur est suprieure 0.5. Plus il est possible daffirmer que le modle fait de bonnes prdictions, donc est robuste. o Mise en place du modle sur la maturit des prithces Pour raliser ce modle il faut trouver les paramtres les plus proches des observations faites au laboratoire : ce sont la date partir de laquelle commence le calcul des degrs-jours et les tempratures minimales et maximales en dehors desquelles la maturation est stoppe. Lalgorithme de Levenberg-Marquardt est utilis pour rsoudre ce problme doptimisation. Ainsi, Les dates de dpart testes sont le 1er Octobre, 1er Novembre, 1er Dcembre et 1er Janvier. Les tempratures minimales testes vont de 0C 10C, celles maximales vont de 15C 35C. Les seuils de temprature optimaux sont ceux qui donnent le meilleur compromis entre la maximisation de la moyenne des R et la minimisation de leur cart-type. Le modle est ensuite implment sous R selon lquation de Nelder. 5. Rsultats dtaills Robustesse du modle de projection

Graphique.1 : Courbes ROC pour les annes 2008 et 2010 Les valeurs des aires sous la courbe sont respectivement de 0.8136 pour lanne 2008 et 0.9803 pour 2011. Pour les annes tudies, le modle fait de trs bonnes prvisions et arrive avec trs peu derreur classer les donnes dans les zones traitement=1 ou pas de traitement =0 . Aussi, les couples seuils (8 ; 90) et (10 ; 90) semblent tre adquats puisquils prsentent les meilleurs valeurs daires sous la courbe (le plus en haut gauche) et couvrent le maximum de risque de contamination suite aux projections. Pour le couple seuil (30 ; 70) il effectue un classement quasiment optimal pour lanne 2010, mais ne couvrent pas tous les risques qui peuvent tre observs sur le terrain. Au vu de cette analyse, le modle semble fiable Suivi des projections 2011

Graphique.2 : Sortie graphique du mod le pour l!anne 2011 et obser"ations #en "iolet$ pour %ette m&me anne. La sortie graphique du modle et des observations de maturit et projection des spores 2011, montre que le modle na pas suffisamment bien expliqu les projections. Lentre dans la zone risque est observe 10 jours aprs celle observe en laboratoire. Malgr la robustesse du modle, pour cette anne 2011, la prvision est assez loin des observations ralises. Cela sexplique par une anne particulire du point de vue climatologique. Le mois davril a t parmi les plus chaud depuis 100 ans, suivi dun mois de juin avec de fortes prcipitations et des tempratures fraches. Ces facteurs semblent tre lorigine du dcalage des projections par rapport au modle. Plusieurs moyens permettraient lamlioration du modle actuelle. La principale est la prvision de lvolution des risques en fonction de la mto prvisionnelle. Aussi, des travaux sur lintgration de la pluie ont t raliss. 3

Mise en place et optimisation du modle de maturit

(ableau.1 : )es 10 meilleurs rsultats de l!optimisation des param tres biologiques et la solution retenue #en "ert$.

En ce qui concerne leffet des tempratures minimales et maximales, le seuil de temprature ne semble pas avoir beaucoup dinfluence sur les rsultats (meilleures donnes pour des tempratures de 8 et 16C). En revanche, la date un effet notable puisque tous les meilleurs rsultats sont obtenus pour les calculs dbutant le 1er Janvier. Il serait intressant de regarder la pluviomtrie ou lhumidit relative de lair.

Graphique.3 : *od le sur la maturit des prith %es sur R pour l!anne 2011+ a"e% %omparaison a"e% les obser"ations ,aites en laboratoire. Le modle implment sous R, pour lanne 2011 explique bien les donnes pour cette anne, la valeur leve du coefficient de dtermination renforce cette affirmation. 6. Conclusions de lessai Dsormais un modle fiable intgrant la maturit et la prvision des projections de spores danthracnose existe. Par ailleurs, une premire version de notice dutilisation a t rdige. Pour lanne suivante, le but est de proposer ce modle diffrents techniciens afin de tester sa complexit de fonctionnement et de lamliorer, si ncessaire. Ces exprimentateurs auront comme rle de dfinir les problmes rencontrs lors de la mise en action du modle ou encore lors de la lecture de la notice dutilisation afin damliorer son fonctionnement. Le but final est de pouvoir mettre disposition ce modle dans la plate-forme de modlisation Inoki. Il est donc important de savoir sil est ncessaire de raliser des observations dans les annes futures, ou si les modles (projection et maturit) suffiraient eux seuls. '