Cours de Microbiologie Générale

ANATOMIE BACTERIENNE

2ème année Faculté de Pharmacie de

Monastir
Pr. BAKIR Leila
 Objectifs du cours
 Historique et place des bactéries dans le monde vivant

 Définir une bactérie

 Reconnaitre les différentes morphologies d’une bactérie

 Décrire les principaux moyens d’étude d’une bactérie

 Etablir le schéma général de la structure d’une bactérie

 Identifier les structures anatomiques constantes d’une bactérie

 Identifier les structures anatomiques inconstantes d’une bactérie

 Comprendre le rôle des différentes structures anatomiques

 Décrire les propriétés des différents éléments de l’anatomie bactérienne

 Citer les intérêts d’utilisation de l’étude de l’anatomie bactérienne

 Plan du cours

Le monde microbien

1- Historique, place des bactéries dans le monde vivant

- Règne des protistes

 Protistes supérieures
 Protistes inférieurs ou procaryotes
2- Distinction Protistes – Virus

- Définition de Lwoff (1953)

3- Rôle des bactéries :

 Bactéries d’intérêt médical : Maladies infectieuses

 Autres bactéries

- Transformation des matières organiques

- Bactéries des végétaux :

o Bactéries pathogènes
o Bactéries fixatrices de l’Azote

Anatomie fonctionnelle des bactéries

Introduction : définition d’une bactérie

1. Moyen d’étude
1.1 microscopie optique
 observation à l’état frais
 observation après fixation et coloration

1.2. Microscopie Electronique

1.3. Fractionnement des bactéries

  Procédés physiques
 Procédés chimiques

2. Morphologie bactérienne

2.1 Taille

2.2 Morphologie

2.3 Groupement

 Cocci
 Bacille

3- Anatomie bactérienne

3.1 Schéma général d’une bactérie

3.2 Les éléments constants

3.2.1 La paroi

 Définition
 Le peptidoglycane
 Paroi des bactéries à Gram positif
 Paroi des bactéries à Gram négatif
 Cas particuliers : mycobactéries, bactéries à paroi anormale
 Propriétés et rôle de la paroi

3.2.2 La membrane cytoplasmique

 Définition
 Structure
 Rôle

3.2.3 Le cytoplasme

3.2.4 L’appareil nucléaire

3.3 Les éléments inconstants

3.3.1 La capsule

 Définition, composition chimique

  Mise en évidence
 Fonction

3.3.2 Le glycocalyx

 Définition
 Rôle – propriétés d’adhésion

3.3.3 Les flagelles

 Composition chimique
 Fonction

3.3.4 Les Pilis

 Pilis sexuels
 Pilis communs ou fimbriae

3.5 Protéines fibrillaires de surface

3.6 La spore

 La sporulation
 Principales propriétés
Thermorésistante

Résistance aux antibiotiques et à certain antiseptiques

3.7 Autres éléments inconstants

Conclusion

Liste des figures

Liste des tableaux

 Le monde microbien

3- Historique, place des bactéries dans le monde vivant (figure1)

- Règne des protistes (tableau I)

 Protistes supérieures
 Protistes inférieurs ou procaryotes
4- Distinction Protistes – Virus

- Définition de Lwoff (1953) (tableau II)

3- Rôle des bactéries :

 Bactéries d’intérêt médical : Maladies infectieuses

 Autres bactéries

- Transformation des matières organiques

- Bactéries des végétaux :

o Bactéries pathogènes
o Bactéries fixatrices de l’Azote
Figure 1 : Découverte du monde bactérien les grandes dates.
Tableau I : Principaux caractères distinctifs entre cellule procaryote et
cellule eucaryote

Procaryote Eucaryote
(algues Animaux/Plantes/protistes
bleues/bactéries) supérieur

Noyau : Pas de membrane Membrane

1 filament ADN Chromosome individualisé
Lors de la mitose
Division Réplication ADN Mitose
Cytoplasme :
Organelle - +
Ribosomes + +
Réticulum endothélial - +
Membrane + +
cytoplasmique + -
Paroi + -
Structures
facultatives :
Cils, flagelles, + -
capsule, spore + -
Différenciation - +
tissulaire
 Tableau II : Distinction des protistes et des virus
(LWOFF 1953)

Protistes supérieurs et Virus

inférieurs (bactéries)

Unité de structure La cellule Le virion : particule

virale
(1000 fois plus petit
/ bactérie)

Acides nucléiques Deux types : Un seul type :

Présents ADN et ARN ADN ou ARN

Systèmes Présents : Absents :

Enzymatiques de Synthèse autonome des Parasitisme strict
Biosynthèse macromolécules et des d’une cellule
« liaisons riches en évoluée
énergie »

Reproduction Par division cellulaire : Par réplication :

A partir de la totalité de A partir d’un seul
ses constituants ; la matériel génétique ;
cellule naît toujours le virion ne naît
d’une cellule jamais d’un virion
préexistante préexistant

Croissance Présence Absence

D’une croissance : De croissance :
Réside en une La structure du
augmentation virion est
harmonieuse de tous les définitivement
constituants de la cellule organisée après la
synthèse de ses
constituants
 Anatomie fonctionnelle des bactéries
Introduction : définition d’une bactérie (figure 2)

Une bactérie est un être vivant unicellulaire de petite taille (généralement 1 μm

de diamètre et quelques μm de long). C’est une cellule procaryote c'est-à-dire
par comparaison à la cellule eucaryote est dépourvue d’un véritable noyau,
absence de membrane nucléaire, chromosome unique et absence d’appareil
mitotique. La cellule bactérienne est dépourvue de mitochondrie, de réticulum
endoplasmique et d’appareil de Golgi. Par contre la plupart des bactéries
possède une paroi rigide constituant qui leur est spécifique le peptidoglycane. Il
conditionne la morphologie des bactéries : forme sphérique : cocci ou coque,
forme cylindrique ou bâtonnet : bacille, forme hélicoïdale ou spiralée. Seule
exception les mycoplasmes n’ont pas de paroi.
Figure 2 : Définition d’une bactérie
 1. Moyen d’étude
1.2 microscopie optique
 observation à l’état frais
L’examen à l’état frais permet de voire la forme et la mobilité des bactéries ainsi
que la richesse en bactérie et leur mode de groupement. Une goutte de
suspension bactérienne est mise entre lame et lamelle et observée au microscope
optique objectif x 40.
 observation après fixation et coloration
Cette méthode permet de mieux apprécier la morphologie des bactéries. Il existe
de nombreuses colorations. La plus simple est celle au bleu de méthylène qui
utilise 1 seul colorant. La technique de coloration la plus utilisée est la
coloration de Gram (ou coloration double) qui permet de différencier les
bactéries en fonction de la structure de la paroi en bactérie à Gram positif
(colorée en violet) et bactérie à Gram négatif (colorée en rose).
Les colorations permettent d’étudier la morphologie, le mode de groupement des
bactéries, leur richesse dans la suspension mais ne permettent pas de mettre en
évidence leur mobilité car les bactéries sont fixées sur le frottis de la lame.
L’observation au microscope optique est réalisée avec l’objectif x100 avec
l’huile à immersion.
Il existe d’autres méthodes de coloration qui permettent de colorer
spécifiquement les différents constituants de la cellule bactérienne. Exemple :
coloration pour les flagelles.

1.2. Microscopie Electronique

Cette méthode permet l’étude de la structure fine des bactéries et essentiellement

utilisée pour des travaux de recherche.

1.3. Fractionnement des bactéries

Les bactéries peuvent être fractionnées et désintégrées par différents moyens :

 Les procédés physiques exemple : le broyage, les ultra-sons, les

variations de pression…
 Les procédés chimiques exemple : la digestion enzymatique,
l’action des antibiotiques ou des détergents…
La libération des différents constituants de la cellule bactérienne sont séparés
par des techniques physico-chimiques et peuvent être étudiés séparément. Ces
dernières années l’utilisation de nouvelles techniques de biologie moléculaire a
permis de mieux étudié la structure des différents constituants bactériens et
apporter des renseignements précieux.

2. Morphologie bactérienne (figure 3)

2.1 Taille

Les bactéries sont de taille variable de 0,3 à 5 μm.

2.2 Morphologie

Les formes les plus fréquemment observées sont les sphères : coque ou cocci,
les bâtonnets (bacilles), hélicoïdale…

2.3 Groupement

Les bactéries peuvent avoir des modes de groupement en fonction de leur

morphologie exemple :

 Cocci : en grappe de raisin, en chainettes…

 Bacille : en palissade, en virgule…
Figure 3 : morphologie bactérienne

3- Anatomie bactérienne

3.1 Schéma général d’une bactérie (figure 4)

Figure 4 : Schéma général d’une bactérie
 3.2 Les éléments constants

3.2.1 La paroi

 Définition
C’est l’enveloppe externe de la cellule bactérienne. Elle est rigide. Elle assure la
protection de la bactérie. Elle détermine la forme de la bactérie. Elle permet de
maintenir une pression osmotique élevée intracellulaire et ceci grâce a sa
rigidité et sa résistance physique est due à la présence d’une substance
complexe : le peptidoglycane. Toutes les bactéries ont une paroi qui diffère s’il
s’agit des bactéries à Gram positifs ou des bactéries à Gram négatifs. Seuls les
mycoplasmes n’ont pas de paroi.
 Le peptidoglycane (figure 5)
Le peptidoglycane ou mucopeptide ou mureine. C’est une macromolécule, de
très grande taille, elle entoure toute la bactérie. Elle est composée de chaines
polysaccharidiques reliées entre elles par de courts peptides d’où son aspect
réticulé. C’est un polymère :
- Les chaines polysaccharidiques sont constituées d’alternance de N. acétyl
glucosamine (NAG) et d’acide N. acétyl muramique (NAM).
- Les chaines tétrapeptidiques sont branchées sur le NAM. La composition du
chainon est variable en fonction des espèces bactériennes. La séquence la plus
fréquente est L alanine-acide D glutamique-acide diaminopimélique (DAP) ou
bien L lysine – D alanine. Les tétrapeptides sont reliés entre eux soit directement
(exemple E. coli) soit par l’intermédiaire d’acides aminés supplémentaires
exemple des ponts pentaglycine pour S. aureus.
La différence entre les bactéries à Gram positif et à Gram négatif dépend des
constituants de la paroi et de l’organisation même de la paroi. Il existe
d’importantes différences entre la structure moléculaire et la composition
chimique de la paroi entre Gram positif et Gram négatif.
Figure 5 : Le peptidoglycane

 Paroi des bactéries à Gram positif (figure 6)

La paroi des bactéries à Gram positif est généralement épaisse sur
laquelle sont fixés d’autres constituants :
- les acides teichoïques polymère de ribitol ou de glycérol phosphate
fixés sur la N acétyl glucosamine ; Ils ont un rôle immunogène et sont
utilisés dans le diagnostic indirect.
 - les polysaccharides sont responsables de la spécificité antigénique et
sont branchés sur la paroi. Ils ont une action immunogène et sont
utilisés dans le diagnostic direct et indirect.
- des protéines qui ont en particulier une activité enzymatique
- des acides lipoteïchoïques polymère de glycérol phosphate non lié au
peptidoglycane fixé au niveau de la membrane cytoplasmique. Ils ont
un rôle immunogène, un rôle dans l’adhérence des bactéries et ont une
faible action toxique.
 Paroi des bactéries à Gram négatif (figure 6 et figure 7)
Elle est plus complexe. Le peptidoglycane est une couche mince, plus
mince que chez les bactéries à Gram positif. Il existe une membrane
extérieure séparée du corps bactérien par un espace périplasmique. Le
microscope électronique montre une couche trilamellaire : la membrane
externe. Cette membrane externe est constituée :
- d’une couche interne de phospholipide
-d’une couche externe d’un polymère le lipopolysaccharide (LPS)
constitué de lipides (lipide A) liés à la glucosamine et à du phosphore sur
lesquels est fixé un polysaccharide complexe qui se développe à
l’extérieur de la paroi. Ce polysaccharide est immunogène (antigène O) et
son identification est utilisée pour le diagnostic direct et indirect des
bactéries exemple : les salmonelles. L’intérêt médical principal du LPS
est son effet toxique appelé endotoxine.
- de protéines (porines) qui permettent le transport d’éléments nutritifs
vers l’intérieur des bactéries. Cette structure permet une perméabilité
sélective de la paroi bactérienne.
C’est la richesse en lipides qui explique le caractère Gram négatif de ces
bactéries.
Le rôle de la membrane externe : contient l’endotoxine, action
immunogène (antigène O ou antigène somatique), action antigénique LPS,
lieu d’action de bactériophage, sensibilité à certains antiseptiques et
certains antibiotiques.
Figure 6 : Paroi des bactéries à Gram positif et à Gram négatif / l’appareil
nucléaire bactérien
Figure 7 : Représentation de la structure du LPS / capsule

 Cas particuliers :
- Paroi des mycobactéries : riche en lipides (60%) acides mycoliques et cires qui
sont liés à des polysaccharides et des protéines. Cette richesse en lipides est à la
base de la coloration de Ziehl Neelsen utilisée pour ces bactéries.
- Bactéries à paroi anormale : Si la paroi est altérée ou s’il y a absence de
peptidoglycane, la paroi perd sa rigidité et la bactérie tend à se lyser vu la forte
pression osmotique intracellulaire. Cependant la bactérie peut vivre en milieu
hypertonique et elle prend une forme globuleuse appelée protoplasme qui est
une bactérie dépourvu de paroi (perte ou destruction de la paroi par action
enzymatique par exemple). Le protoplasme est incapable de se diviser. Les
sphéroplastes sont des bactéries à Gram négatif dont la paroi est altérée (sous
l’action des antibiotiques par exemple) qui peuvent se diviser dans un milieu
adéquat.

 Propriétés et rôle de la paroi

- Paroi et coloration de Gram : C’est une coloration différentielle basée sur la
perméabilité plus grande de la paroi des bactéries à Gram négatif à l’alcool. Elle
consiste dans un premier temps de colorer le cytoplasme par le violet de
gentiane et l’action du lugol (solution iodo-iodurée) qui permet la fixation de
cette coloration. Dans un second temps, la décoloration par l’alcool, qui traverse
la paroi des bactéries à Gram négatif riche en lipide et permet la décoloration.
Par contre la paroi des bactéries dites à Gram positif ne se laisse pas traverser
par l’alcool et reste colorée en violet. La fuchsine est utilisée comme contre
colorant et colore en rose les bactéries décolorées par l’alcool et ces bactéries
sont dites à Gram négatif.
- Forme des bactéries : La paroi étant rigide, elle joue le rôle d’exosquelette et
elle confère la forme de la bactérie.
- Rôle dans l’antigénicité : la paroi est le support de l’antigène O ou antigène
somatique
- Paroi et antibiotiques : Plusieurs antibiotiques agissent au niveau de la paroi
exemple les bêta-lactamines.
- Point d’impact du lysozyme
- Récepteurs de bactériophage

3.2.2 La membrane cytoplasmique

 Définition
Elle est située sous la paroi. Elle délimite le cytoplasme.
 Structure
Elle a un aspect trilamellaire au microscope électronique comme toute
membrane biologique. Elle est constituée d’une double couche de
phospholipides avec des protéines dispersées.
  Rôle
- Elle permet les échanges entre la bactérie et le milieu extérieur. C’est
une barrière osmotique (transferts passifs) ; elle contient aussi des
systèmes de transports les perméases qui assurent la pénétration actives et
sélectives de différentes substances, exemple : acides aminés, sucres…
- Elle contient de nombreux enzymes, comme ceux du métabolisme
énergétique
- C’est le site d’action d’antibiotiques, exemple les polypeptides.

3.2.3 Le cytoplasme

Il se caractérise par une très forte densité et par l’absence d’organelles : appareil
de golgi, mitochondrie… Il contient de très nombreux ribosomes nécessaires
aux synthèses des protéines. Ces ribosomes sont constitués de protéines et
d’ARN.

3.2.4 L’appareil nucléaire (figure 6)

- Composition chimique : ADN (80%), ARN (10%), proteines (10%)

- Absence de membrane nucléaire d’où la différence avec la cellule eucaryote
- Le chromosome bactérien est un long filament unique, ADN bicaténaire
circulaire. Il est 1000 fois plus long que la bactérie. PM environ 3. 109 daltons.
- Le double brin d’ADN qui stocke seul l’information est disposé en boucle. Le
pied des différentes boucles est maintenu par une masse d’ARN qui ont un rôle
de structuration, l’ADN des différentes boucles est super enroulé (ADN gyrase).
Sur l’ADN sont fixés différentes protéines enzymatiques : ADN et ARN
polymérases.
- Rôle : Il porte l’information génétique pour les synthèses indispensables à la
vie bactérienne. Il permet la classification des bactéries par l’étude de l’acide
nucléique et surtout le rapport GC%
- C’est le site d’action de certains antibiotiques comme les quinolones, la
rifamycine…
3.3 Les éléments inconstants

3.3.1 La capsule (figure 7)

 Définition, composition chimique

C’est le composant le plus superficiel de la bactérie et sa présence n’est pas
indispensable à la vie bactérienne. C’est un polysaccharide.
  Mise en évidence
La capsule est non colorable par les colorants usuels. La mise en évidence par
l’encre de chine permet de montrer un halo clair entourant la bactérie.
 Fonction
- Support de la virulence chez certaines bactéries.
- Rend la bactérie plus résistante à la phagocytose
-Peu immunogène et pour préparer des vaccins à base de polysaccharides
capsulaires on ajoute des adjuvants de l’immunité exemple le vaccin anti
pneumocoque.
- Permet le typage sérologique bactérien d’où son intérêt dans le diagnostic
bactériologique de certaines bactéries comme pour les streptocoques. Il joue un
rôle important dans l’identification de certaines bactéries.
- Cette capsule peut être libérée dans l’organisme ce qui permet de la rechercher
par des techniques immunologiques et utilisé dans le diagnostic bactériologique
(recherche d’antigènes solubles bactériens).

3.3.2 Le glycocalyx

 Définition et structure
C’est un ensemble de d’exopolymère de structure réticulée lâche formée
d’un feutrage de fibres polysaccharidiques qui s’étend à partir de la
surface bactérienne dans son environnement immédiat. Le terme de slime
est souvent employé pour désigner ce genre de composé. Il entoure toute
la bactérie.
 Rôle – propriétés d’adhésion
- adhésion des bactéries entre elles.
-adhésion d’une bactérie sur les surfaces solides, dans l’environnement,
aux biomatériaux, sur la surface des cellules animales.
- c’est un facteur de colonisation très efficace.

3.3.3 Les flagelles (figure 8)

 Composition chimique
- Assemblage de molécules de protéines la flagelline.
- Attachées à la membrane cytoplasmique par une structure complexe et
mobile par rotation.
- Leur nombre et leur disposition varient selon l’espèce.
 Fonction
 - Assure la mobilité des bactéries
- Visible au microscope optique moyennant des techniques de coloration
spéciales
- Ils ont plusieurs micromètres de long
-La flagelline est antigénique et les flagelles sont le support de
l’antigénicité H qui a un intérêt dans la classification des salmonelles.
- Dans certains cas les flagelles sont implantés tout autour de la bactérie
(disposition péritriche), dans d’autres cas, ils sont implantés à une
extrémité de la bactérie (disposition polaire).

Figure 8 : Les flagelles

3.3.4 Les Pilis

 Pilis sexuels
Ils sont peu nombreux, longs, creux, renflés aux extrémités distales, codés
par des plasmides (exemple le facteur F) et interviennent dans la
conjugaison bactérienne.
 Pilis communs ou fimbriae
 - structures fibrillaires rigides de nature protéique disposée à la surface de
nombreuses bactéries à Gram négatif.
- vu uniquement au microscope électronique
- ils sont plus fin que les flagelles
- ils permettent l’adhésion aux cellules eucaryotes
- C’est un facteur de pathogénicité pour certaines espèces favorisant la
colonisation des muqueuses de l’hôte par les bactéries.
- ils permettent également la protection de la bactérie à la phagocytose et
favorise la virulence de la bactérie.

3.5 Protéines fibrillaires de surface

Assimilables aux fimbriae dépassent légèrement de la paroi de certaines

bactéries à Gram positif comme la protéine A de staphylocoque aureus.

3.6 La spore (Figure 9)

 La sporulation
Certaines bactéries dites sporulées sont capables quand elles se trouvent
dans des conditions d’environnement défavorables de donner naissance à
des spores qui résistent au froid et à la dessiccation. Quand les conditions
deviennent favorables (exemple milieu riche en éléments nutritifs), la
spore germe et redonne des bactéries végétatives identiques à celles qui
leur a donné naissance (c’est la germination). La spore a une paroi très
épaisse qui contient de l’acide dipicolinique sous forme de sel de Calcium
qui joue un rôle important dans la thermorésistance de la spore.
 Principales propriétés
- La spore est dans un état de déshydratation quasi complet. Toutes les
activités métaboliques sont au sommeil, les synthèses presques nulles
notamment enzymatique, la spore est « dormante »
-Thermorésistante : les techniques de stérilisation par la chaleur doivent
tenir compte de cette thermorésistance. La spore peut survivre à la
chaleur à 70°C ou plus.

-Résistance aux antibiotiques et à certain antiseptiques.

Les bactéries sporulées d’intérêt médical exemple les bactéries anaérobies les
Clostridium.
Figure 9 : La spore
3.7 Autres éléments inconstants

Les plasmides, les transposons.

Conclusion

L’anatomie bactérienne conditionne la forme des bactéries, leur résistance au

lieu externe et leur pouvoir pathogène.

Liste des figures

Figure 1 : Découverte du monde bactérien, les grandes dates
Figure 2 : Définition d’une bactérie
Figure 3 : Morphologie bactérienne
Figure 4 : Schéma général d’une bactérie
Figure 5 : Le peptidoglycane
Figure 6 : Paroi des bactéries à Gram négatif et à Gram positif / l’appareil
nucléaire bactérien
Figure 7 : Représentation du LPS / capsule
Figure 8 : Les flagelles
Figure 9 : La spore

Liste des tableaux

Tableau I : Principaux caractères distinctifs entre cellule procaryote et cellule
eucaryote

Tableau II : Distinction des protistes et des virus (Lowff 1953)