Cours de Microbiologie Générale

METABOLISME BACTERIEN

2ème année Faculté de Pharmacie de

Monastir
Pr. BAKIR Leila
 Objectifs du cours

 Définir le métabolisme bactérien

 Décrire le métabolisme énergétique

 Comprendre le métabolisme glucidique

 Décrire le métabolisme protéique

 Définir le transport des substances

 Définir les enzymes bactériennes

 Définir la respiration et la fermentation bactérienne

 Expliquer les réactions de l’oxydase, catalase, nitrate réductase

 Reconnaître le type métabolique d’une bactérie

 Citer les intérêts d’utilisation du métabolisme

 Plan du cours

METABOLISME BACTERIEN

1- Introduction
1.1 Aspect énergétique
1.2 Transport des substances
 Digestion
 Diffusion passive
 Pénétration active
2- Enzymes bactériennes
Définition
 Enzymes liées
 Enzymes libres
3- Métabolisme d’énergie
3.1. 1. Sources d’énergie
Organismes chimiotrophes
 Digestion
 Dégradation de petites molécules
 Dégradation des métabolites intermédiaires

3.2. Types respiratoires

 Notions classiques
 Notions actuelles (théorie de Mitchell)
 Respiration : aérobie, anaérobie
 Fermentation

3.3. Etude du métabolisme énergétique

3.3.1. Types respiratoires

3.3.2. Réaction de l’oxydase

3.3.3. Catalase

3.3.4. Nitrate réductase

3.3.5. Type métabolique

  Bactéries fermentantes (métabolisme fermentatif)
 Bactéries oxydante (métabolisme oxydatif)
 Bactéries inactives
 Bactéries alcalinisantes

4. Métabolisme glucidique
4.1 Catabolisme
4.1.1. Catabolisme du glucose
 Principales voies métaboliques
 Destinée du pyruvate

4.1.2. Catabolisme des disaccharides

4.1.3. Catabolisme des polysaccharides

5. Métabolisme des protéines

5.1 Catabolisme

5.1.1. Protéinases et peptidases

5.1.2. Dégradation des acides aminés

 Désamination
 Décarboxylation
 Cas particuliers
- Tryptophane
- Urée
- Arginine
6. Application du métabolisme
6.1 Applications industrielles
6.2 Application au laboratoire

Conclusion
Liste des figures

Figure 1 : métabolisme énergétique

Figure 2 : métabolisme des organismes chimiotrophes
Figure 3 : réaction de l’oxydase
Figure 4 : recherche du type métabolique (Hugh Leifson)
Figure 5 : catabolisme du glucose
Figure 6 : cycle de Krebs
Figure 7 : catabolisme des protéines
Figure 8 : métabolisme du tryptophane, urée, arginine
 METABOLISME BACTERIEN

1. Introduction
Le métabolisme d’une cellule c’est la somme totale des réactions chimiques qui
se produisent au niveau de cette cellule. C’est les réactions de synthèse
(anabolisme) et les réactions de dégradation (catabolisme).

1.1 Aspect énergétique (Figure 1)

Les bactéries puisent leur énergie pour réaliser leur métabolisme à partir de deux
mécanismes :
- la phototosynthèse à partir de la lumière
- l’oxydation de substrat chimique

Figure 1 : métabolisme énergétique

1.2 Transport des substances

Pour pénétrer la cellule bactérienne, le substrat doit traverser la paroi puis la
membrane cytoplasmique. Cela ce fait grâce à des enzymes comme :
- les enzymes de la chaine respiratoire situées au niveau de la membrane
cytoplasmique
- les enzymes du métabolisme situées au niveau du cytoplasme (enzymes libres
ou solubles).
 Digestion
Les molécules de grande taille (Poids moléculaire PM élevé) ne peuvent
pénétrer la paroi et la membrane cytoplasmique, elles doivent être « brisées » en
fragments de PM bas. Cette digestion est réalisée par des enzymes hydrolytiques
excrétées par les bactéries dans le milieu extérieur ou exoenzymes (à
différencier des endoenzymes qui restent dans la bactérie). Exemple : digestion
des protéines en acides aminés, digestion de polyosides en sucres simples…
 Diffusion passive
Elle suit les lois de la diffusion physique sans dépendance énergétique. Le flux
moléculaire va des zones les plus concentrées vers les zones les moins
concentrées jusqu’à équilibre.
 Pénétration active
Elle est indépendante du gradient de concentration. Elle fait intervenir des
enzymes appelées les perméases. Une perméase est spécifique d’un substrat
donné. Exemple : la perméase du lactose.

2. Enzymes bactériennes
Définition
Les enzymes sont des catalyseurs produits par un organisme vivant et qui
accélèrent les réactions chimiques et agissent à faible dose. On a les exoenzymes
et les endoenzymes bactériennes. Elles sont de nature protéiques, thermolabiles,
sensibles au ph (ph optimal pour chaque enzyme).
 Enzymes liées
Au niveau de l’espace périplasmique pour les bactéries à Gram négatif.
Exemple : les enzymes du système respiratoire qui se trouve au niveau de la
membrane cytoplasmique.
 Enzymes libres
Enzymes exocellulaires ou libres sécrétées dans le milieu extérieur. Exemple :
-les enzymes responsables de la dégradation de macromolécules comme
l’amylase.
- les enzymes responsables du pouvoir pathogène comme la coagulase.
3. Métabolisme d’énergie
3.1. Sources d’énergie
L’énergie est la plaque tournante du métabolisme cellulaire. Les réactions qui
fournissent cette énergie sont donc vitales pour la cellule.
3.1.1 Organismes chimiotrophes (figure 2)
Le métabolisme général se fait en 3 étapes :
 Digestion : des macromolécules à l’extérieur de la
cellule.
 Dégradation de petites molécules : en métabolites
intermédiaires. Exemple : pyruvate, acétylCoA, ATP...
 Dégradation des métabolites intermédiaires :
Dégradation totale des métabolites intermédiaires en
CO2 + H2O avec production importante d’ATP.
Au total, c’est des réactions d’oxydation de substrats organiques ou
inorganiques avec libération d’énergie (ATP) nécessaire aux différentes
réactions du métabolisme.
Figure 2 : métabolisme des organismes chimiotrophes
3.2. Types respiratoires

 Notions classiques
Traditionnellement lorsque l’accepteur final d’électron est l’oxygène
moléculaire, on parle de respiration et les bactéries sont aérobies. Lorsque
l’accepteur final d’électron est une substance autre que l’oxygène, on
parle de fermentation et les bactéries sont anaérobies.
 Notions actuelles (théorie de Mitchell)
Actuellement, depuis l’étude des mécanismes moléculaires on définit
mieux de façon plus précise ces 2 termes :
 Respiration
Les bactéries possèdent une chaine de transport électronique au niveau de
la membrane cellulaire qui entraine un flux unidirectionnel d’électrons
dans un sens (de l’extérieur vers l’intérieur de la cellule bactérienne) et un
flux équivalent de protons dans l’autre sens (de l’intérieur vers l’extérieur
de la cellule). Quelque soit l’accepteur final d’électrons.
- La respiration aérobie : quand l’accepteur final d’électron est
l’oxygène on parle de respiration aérobie.
- La respiration anaérobie : quand l’accepteur final d’électron est une
molécule autre que l’oxygène on parle de respiration anaérobie. Exemple
si l’accepteur final est un minéral comme les nitrates on parle de
respiration des nitrates. Si l’accepteur final est un composé organique
comme les fumarates on parle de respiration des fumarates.
 Fermentation
La chaine de transporteur électronique est intracytoplasmique qui
n’entraine pas automatiquement de flux d’électrons de part et d’autre de la
membrane cellulaire. Dans la fermentation l’énergie libérée est moins
importante que celle libérée au cours de la respiration.
 3.3. Etude du métabolisme énergétique

L’étude du métabolisme énergétique à un intérêt dans l’identification

bactérienne.

3.3.1. Types respiratoires

Cours sur la nutrition bactérienne (Figure 2)

3.3.2. Réaction de l’oxydase (figure 3)

Elle permet la mise en évidence de l’existence d’une chaine respiratoire

fonctionnant avec le cytochrome C membranaire qui a un potentiel redox
identique à celui du tétra-méthyl-paraphénylène diamine (TMPD).

-Réaction positive chez les bactéries à Gram positif. Exemple Pseudomonas

-Réaction négative chez les bactéries à Gram négatif. Exemple les

entérobactéries

La détection de cette enzyme permet d’orienter la recherche dans l’identification

bactérienne.

Figure 3 : Réaction de l’oxydase

3.3.3. Catalase

La catalase est une enzyme qui catalyse la dégradation du peroxyde d’hydrogène

(H2O2), produit toxique du métabolisme aérobie de nombreuses bactéries. La
recherche de la catalase est un test fondamental pour l’identification des
bactéries à Gram positif.

Exemple : réaction positive chez les staphylocoques (cocci à Gram positif) et

réaction négative chez les streptocoques (cocci à Gram positif).

La catalase

2 H2O2 O2 + 2 H20
3.3.4 Nitrate réductase

La réduction des nitrates ne doit pas être confondue avec la respiration des
nitrates. La recherche de la nitrate réductase consiste à rechercher après culture
dans un bouillon nitraté, la présence de nitrite ou la disparition des nitrates. La
réduction des nitrates peut être due à l’enzyme couplé à la respiration des
nitrates, nitrate réductase de type A, mais également à une nitrate réductase de
type B ayant un rôle dans le métabolisme de l’azote. Une bactérie qui respire les
nitrates possède donc toujours une activité nitrate réductase mais l’inverse n’est
pas vrai.

- La nitrate réductase de type B est capable de réduire les nitrates jusqu’au stade
nitrites qui pourront ensuite être réduits en ammoniac grâce à la nitrite
réductase.

- La nitrate réductase de type A est capable de réduire les nitrates jusqu’au stade
diazote (gazeux).

Cette recherche est mise en évidence par le réactif de Griess. Une coloration
rouge signe la présence de nitrites donc la présence d’une nitrate réductase et la
bactérie est dite nitrate réductase positive. Si pas de coloration rouge, l’ajout de
zinc permet de mettre en évidence la présence de nitrites dans le milieu qui ont
été oxydés par le zinc et non par la nitrate réductase et la bactérie est dite nitrate
réductase négative.

3.3.5 Type métabolique (figure 4)

Pour déterminer le type métabolique d’une bactérie on utilise le glucose comme

source de substrat car c’est le sucre le plus universellement utilisé par les
bactéries. Le milieu utilisé c’est le milieu d’étude de la voie d’attaque des
glucides (milieu M.E.V.A.G.) ou le milieu Hugh et Leifson (couleur vert). On
ensemence les 2 tubes, l’un des tubes est incubé en anaérobiose recouvert
d’huile de paraffine (tube dit « fermé »), l’autre est incubé en aérobiose sans
huile de paraffine (tube dit « ouvert »). L’incubation des 2 tubes est de 24h à
37°C. Le milieu vert au départ peut virer au jaune ou au bleu. 4 possibilités :
  Bactéries fermentantes (métabolisme fermentatif)
Les 2 tubes virent au jaune. Donc la bactérie peut utiliser le glucose en aérobiose
et en anaérobiose.
 Bactéries oxydantes (métabolisme oxydatif)
Uniquement le tube « ouvert » vire au jaune. Donc la bactérie utilise le glucose
en aérobiose et non en anaérobiose.
 Bactéries inactives
Les 2 tubes restent colorés en vert. Donc la bactérie n’utilise pas le glucose par
cette méthode.
 Bactéries alcalinisantes
Le tube ouvert vire au bleu. Donc la bactérie est alcalinisante.

Figure 4 : recherche du type métabolique (Hugh et Leifson)

4. Métabolisme glucidique
4.1 Catabolisme
Tous les glucides sont susceptibles d’être catabolisés mais le glucose est le plus
utilisé.

4.1.1. Catabolisme du glucose (figure 5)

 Principales voies métaboliques
Pour le glucose 3 principales voies métaboliques peuvent être utilisées :
- Embden Meyerhof (hexose diphosphate)
- Dickens –Horecker (hexose monophosphate)
- Entner - Doudoroff
Le glucose est métabolisé en pyruvate
 Destinée du pyruvate
En fonction de l’équipement enzymatique des espèces bactériennes on obtient
différents produits de fermentation à partir du pyruvate :
- entièrement oxydé en CO2 et H20 par le cycle de Krebs (Figure 6)
- fermentation alcoolique
-fermentation homolactique (exemple lactobacillus)
-fermentation en acides mixtes (exemple entérobactéries)
-fermentation des bactéries anaérobies strictes (fermentation butyrique,
fermentation propionique…)
Figure 5 : catabolisme du glucose
Figure 6 : cycle de Krebs
4.1.2. Catabolisme des disaccharides

Le catabolisme des disaccharides se fait par des enzymes spécifiques du

substrat. L’hydrolyse de ces disaccharides entraine la libération d’oses.
Exemple :
- la β galactosidase est l’enzyme qui hydrolyse le lactose
- la maltase est l’enzyme qui hydrolyse le maltose
La mise en évidence de l’activité enzymatique peut se faire à l’aide d’un substrat
chromogène, d’où l’intérêt dans le diagnostic. Exemple : Ortho-nitrophényl-β-
galactoside (ONPG) permet de détecter la présence de la β galactosidase car
l’ONPG est structurellement similaire au lactose.
4.1.3. Catabolisme des polysaccharides

Ce catabolisme fait intervenir des enzymes spécifiques du substrat. Exemple :

l’amidon peut être hydrolysé par des amylases exoenzymes libérées dans le
milieu extérieur et leur mise en évidence est un critère d’identification.

5. Métabolisme des protéines (figure 7)

5.1 Catabolisme

Les protéines sont des molécules à PM élevé, composés d’acides aminés avec
des liaisons peptidiques et la dégradation des protéines entraine la destruction
de cet arrangement. Les bactéries protéolytiques sont des bactéries de la
putréfaction et doivent leur activité à la sécrétion de protéinases exocellulaires
ou protéases. Exemple : Clostridium (bacille à Gram positif anaérobie stricte)

5.1.1. Protéinases et peptidases

La première enzyme qui attaque la protéine de PM élevé va la dégrader en

composés de petites tailles. Cette enzyme est appelée protéinase. Les
exoprotéinases hydrolysent la protéine aux extrémités C. terminale ou N.
terminale donc aux extrémités de la molécule. Les endoprotéinases hydrolysent
les liaisons situées à l’intérieur de la chaine peptidique. Les protéines dégradées
par les protéinases sont ensuite dégradées en acides aminés par les peptidases.

5.1.2. Dégradation des acides aminés

La dégradation des acides aminés se fait par désamination ou décarboxylation.

  Désamination
Libération du groupement NH2 le plus souvent sous forme d’ammoniaque.
Exemple : lysine désaminase et tryptophane désaminase.
 Décarboxylation
Libération du groupement carboxyle le plus souvent sous forme de CO2 +
amine.
Exemple : ornithine décarboxylase.
Figure 7 : Métabolisme des protéines
 Cas particuliers (figure 8)
- Tryptophane
- Urée
- Arginine
6. Application du métabolisme

6.1. Applications industrielles

L’application de l’étude du métabolisme présente un intérêt majeur dans
l’industrie pharmaceutique, alimentaire, alcoolique, lactique...

6.2. Application au laboratoire

L’application de l’étude du métabolisme présente un intérêt majeur au
laboratoire notamment dans l’identification bactérienne, le diagnostic…

Conclusion
L’application de l’étude du métabolisme bactérien permet de comprendre la
physiologie bactérienne, de connaître les caractères biochimiques d’une bactérie,
d’aider à l’identification bactérienne, à la taxonomie…

Liste des figures

Figure 1 : métabolisme énergétique

Figure 2 : métabolisme des organismes chimiotrophes
Figure 3 : réaction de l’oxydase
Figure 4 : recherche du type métabolique (Hugh Leifson)
Figure 5 : catabolisme du glucose
Figure 6 : cycle de Krebs
Figure 7 : catabolisme des protéines
Figure 8 : métabolisme du tryptophane, urée, arginine