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pathologique
Métabolom
Voie métabolique
Actuellement, il est établi que les exigences propres du corps, associées à des
facteurs environnementaux, vérifient les informations contenues dans l'expression des
gènes, le génome (ensemble des gènes) → transcriptom (ARN total) → protéome
(ensemble des protéines) et le produit de cette expression, les protéines génèrent des
métabolites et réalisent effectivement la voie métabolique (transport du substrat dans la
cellule, catalyse enzymatique de réactions, le transport hors de la cellule, la contraction, le
transport des produits chimiques et des signaux électriques, la réception des signaux, etc).
Le nombre des voies métaboliques est extrêmement élevé, juste une image des
voies métaboliques principales pouvant offrir un tableau très complexe sur ce sujet.
L’organisation des voies métaboliques dans les principaux processus
physiologiques permet une classification des types de métabolismes:
Métabolisme énergétique
Les métabolismes spécifiques dédiés aux principales catégories de
substances transférées entre l'organisme et l'environnement: glucides,
protéines, lipides, minérales, des xénobiotiques, le métabolisme de
l'oxygène
Métabolisme intégratif
1
NUTRIMENTS
Xénobiotiques
Digestion
Absorption
Transport
CELLULE
O2
Voie de détoxification et
élimination des catabolites Oxydation des substrats
énergétiques avec la production
des métabolites
CO2
H2O
Produites
résiduels ÉNERGIE
Processus de Mouvement
réflexion Support des processus
physiologiques
I. MÉTABOLISME ÉNERGÉTIQUE
I.1. introduction
3
soutenir ses fonctions biologiques (anabolisme), des activités qui nécessitent de l'énergie
utile, ce qui conduira à la diminution de l'entropie.
Pour cette raison le métabolisme peut être considéré comme le processus par
lequel la matière vivante reste à une entropie basse, s'opposant à la tendance générale de
l'univers d’augmentation de l'entropie. Ceci est réalisé grâce à la consommation continue
d'énergie, selon l'équation:
ΔG = ΔH – TΔS
ΔG0'- est l'énergie disponible pour la réaction dans des conditions physiologiques, les
concentrations [A], [B], [C], [D] ont la valeur égale à 1 mole/litre (1M) (à l'exception de [H +]
= 10-7 M).
Le mécanisme du maintien d’une entropie basse implique l'utilisation de sources
d'énergie à basse entropie - l'énergie chimique (organismes hétérotrophes) et solaire
(autotrophe).
La chaleur, avec une entropie élevée, ne peut pas assurer le développement de
réactions métaboliques.
4
- réactions d’hydrolyse:
saccharose + H2O glucose + fructose ΔG0= -5,5 kcal/mole
ATP + H2O ADP+Pi ΔG0= -7,3 kcal/mole
Ces réactions font de l’ATP le principal intermédiaire énergétique qui couple les
processus anaboliques à ceux cataboliques.
2. Carbamyl-phosphate
acyle
- 12,3
phosphate
6
4. Créatine phosphate
amidine
- 10,3
phosphate
5. ATP
(GTP, CTP, UTP, TTP)
anhydride
- 7,3
phosphorique
6. Acetyl-CoA
acylethio
- 7,7
ester
7
c) En tant que donateur d’énergie et composant chimique:
2.
L'hydrogène requis à la réaction est transporté dans les mitochondries par des
cofacteurs d'enzymes différents, qui, cédant l'hydrogène transporté, se régénèrent, et
peuvent participer à un nouveau cycle de déshydrogénation.
Les enzymes qui catalysent cette étape sont appelées oxydases. La cytochrome
oxydase a une importance particulière, étant une enzyme qui catalyse la dernière étape de
la chaîne respiratoire dans les mitochondries. Cette enzyme contient deux molécules
d'hème (Fe2+) et deux atomes de cuivre.
Les deux étapes : aérobie et anaérobie sont successives et interdépendantes.
L’étape anaérobie mobilise les atomes d’hydrogène des substrats différents et les
transfère par la suite à la phase aérobie, où ils réagissent avec l'oxygène, formant de l'eau
et libérant de l'énergie.
L'énergie est libérée aussi dans la phase anaérobie, mais la contribution
énergétique est inégale. Par exemple, l'oxydation du glucose :
a) étape anaérobie ΔG0`= - 78 kcal / mole
b) étape aérobie ΔG0`= - 608 kcal / mole
Si la plupart des cellules du corps humain utilisent l'oxydation biologique aérobie,
réalisant l'oxydation biologique où l’oxygène est l’accepteur final d’équivalents réducteurs
provenus des différents substrats oxydés. Les exceptions sont les globules rouges (pas de
mitochondries) et les tissus musculaires dans le travail intensif (anaérobie partielle et
temporaire) qui obtiennent de l'énergie en conditions anaérobies.
9
La réaction de phosphorylation endergonique:
"~ X" - composé intermédiaire énergisé qui permet le stockage temporaire d'énergie
"~ P" - composé phosphorylé macroergique autre que XTP
"Enz - Coox" - complexe déshydrogénase - coenzyme oxydé ou réduit
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acide 1,3-diphosphoglycérique acide 3-phosphoglycérique
enolase
Dans la première étape a lieu une oxydoréduction intramoléculaire; deux groupes d'alcool
forment un groupe carbonyle (il se forme une liaison énol d’esther phosphorique
macroergique)
Pyruvate kinase
tautomérisation
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3. La décarboxylation oxydative de l’acide -cétoglutarique:
thiokinase
+ GTP
Intermédiaires
Krebs, Membrane interne
Uréogenèse,
ASAT
Complexe
phosphorylation
Cristae
Figure 1. La structure générale des mitochondries avec l’accentuation des zones dans
lesquelles a lieu le couplage des réactions de phosphorylation avec les processus
énergétiques aérobies
12
En 1951, Lehninger a incubé NADH,H+ + O2, des mitochondries, Pi et ADP et après
un certain temps à trouvé l’oxydation du NADH + H+ → NAD+, consommation d'oxygène et
la formation d'ATP. La conclusion de cet essai a été que l'oxygène a oxydé NADH + H+, et
l'énergie résultant de la réaction d'oxydation a été utilisée dans la réaction de
phosphorylation de l'ADP à l'ATP.
Les mitochondries sont donc un système de catalyseurs qui collectent et
transportent différents équivalents réducteurs à la réaction finale de réduction d'oxygène,
avec la formation de l'eau. Ces équivalents réducteurs du cytoplasme sont transférés dans
la mitochondrie à l'aide de différents systèmes de transfert où sont situées des voies
métaboliques qui ont lieu spécifiquement dans les mitochondries, comme la β-oxydation
des acides gras et le cycle citrique.
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Protéines Glucose Fructose Galactose
Glucose-6-P
Triglycérides
Glycogène
Pyruvate Acides gras
Acides
aminés Acétyle CoA Corps cétoniques
14
tissus restants, GTP est remplacé par l'ATP. La réaction est catalysée par succinyl-CoA
synthétase ou thiokinase, une enzyme stimulée par l'AMP, l'ADP.
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6. Hydratation de l’acide fumarique à l’acide malique
La réaction se produit par l’addition d'eau pour former l'acide fumarique, réaction
catalysée par l'enzyme fumarase.
7. L'oxydation de l’acide malique à lacide oxaloacétique
Il s'agit d'une réaction de déshydrogénation, catalysée par la malate
déshydrogénase NAD+ dépendante, dans laquelle l'acide malique est transformé en
oxaloacétate avec la formation de NADH + H+. Cette réaction complète le cycle citrique,
l’acide oxaloacétique étant disponibles pour la condensation avec une molécule nouvelle
de l'acétyle-CoA, initiant ainsi un nouveau cycle de réactions.
Le bilan du cycle
Le bilan du cycle est donc l’oxydation complète du radical acétyle. Deux réactions
de décarboxylation ont éliminé les carbones sous forme de CO 2 et quatre réaction
d’oxydation ont transforme 8 hydrogènes en eau. Les carbones transformes en CO 2 ne
sont pas d’ailleurs ceux qui proviennent de l’acétyle-CoA, mais ce sont les deux
carboxyles de l’acide oxaloacétique initial. Ceci a pu être démontré par le marquage de
l’acide oxaloacétique au moyen du 14C.
Les hydrogènes sont transportes jusqu’à l’oxygène par les chaînes d’oxydation
phosphorylantes situées tout près du cycle Krebs.
La réaction totale qui a lieu dans le cycle de Krebs est :
Les coenzymes NADH et FADH2 entrent dans la chaîne respiratoire où sont oxydées
jusqu'à l’eau, le processus étant couplé à la phosphorylation de l’ADP.
Le cycle de Krebs génère alors :
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- l’acide oxaloacétique est le précurseur pour l’acide aspartique et l’asparagine. Ces
acides aminés sont utilises dans la synthèse des protéines, dans l’uréogenèse, la
synthèse des bases puriques et pyrimidiques.
- Beaucoup de composants du cycle sont précurseurs pour la synthèse de nouveau du
glucose (gluconéogenèse) et pour la synthèse de plusieurs acides amines.
- Réactions utilisées pour la synthèse des acides gras
- Réactions utilisées pour la synthèse de l’urée
Pyruvate carboxylase
Acide pyruvique + CO2 + ATP biotin acide oxaloacetique + ADP + Pi
NADH + H+ NADH + H+
Cytosol mitochondrie
NADH+H+ NAD+
Aspartate Oxaloacétate Malate
- cétoglutarate Glutamate CYTOPLASME
MATRIX MYTOCHONDRIALE
- cétoglutarate Glutamate
Aspartate Oxaloacétate Malate
NADH+H + NAD +
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Glycérol-3-phosphate
dihydroxyacétone phosphate
Glycérol-3-P déshydrogénase
CYTOPLASME
MATRICE MITOCHONDRIALE
Figure 5. Système de navette glycérol 3-phosphate
Grâce à ce système:
NADH + H+ FADH2
Cytosol mitochondrie
Dans l’organisme, la voie principale d’obtenir l’énergie est constituée par les
réactions d’oxydation des substrats, réactions qui mobilisent l’hydrogène des substrats
(NADH, FADH2) et par la suite, l’hydrogène réagit avec l’oxygène et donne l’eau.
L’eau est le produit final de la chaîne respiratoire. Le CO 2 résulte au cours des
réactions de décarboxylation qui n’ont pas une valeur énergétique.
La libération de cette énergie dans l’organisme ne se réalise pas dans une seule
étape (comme dans les systèmes inorganiques), parce que cette énergie libérée sous la
forme de chaleur détruit la cellule. Pour les besoins de la cellule, cette énergie doit être
libérée graduellement.
La possibilité de segmentation de la réaction est fondée sur la loi:
G = - nFΔE
- n = le nombre d’électrons transférés
- F = l’équivalent calorique de Faraday, F = 23,062
- ΔE = la différence entre les valeurs des potentiels redox de ces deux systèmes.
Cette loi prévoit que le passage d’équivalents de réduction (électrons) à partir d'un
donneur d'électrons (agent réducteur) à un accepteur d'électrons (agent oxydant) produit
une énergie utile, ΔG, qui est proportionnelle à la différence entre le potentiel du donneur
et celle de l’accepteur.
Les substances impliquées dans ce transfert d'électrons sont des systèmes redox.
Un system redox est le couple des états oxydé et réduit des mêmes substances, qui
peuvent passer entre eux, en présence d’un donneur ou d’un accepteur d’électrons.
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La disponibilité du système redox à donner et à recevoir des électrons est
caractérisée par le potentiel électronique = potentiel redox du système. Lorsque deux
systèmes redox sont mis en contact, il y aura un transfert d'électrons à partir du système
redox ayant une affinité électronique plus basse (plus négative) au système ayant l’affinité
électronique supérieure (plus positive), ce transfert étant une réaction d'oxydoréduction.
La comparaison des potentiels redox de différents systèmes d'oxydo-réduction se
fait par rapport à un système redox de référence, qui est l’électrode normale d’hydrogène.
Par convention, le potentiel d'oxydoréduction de l'électrode d’hydrogène est
considéré comme ayant une valeur nulle à 250C, pH = 0, [H] = 1M, pH2 = 1atm.
Selon l'équation de Nernst:
Quand [ox] = [red] E = E0, où E0 est appelé potentiel redox standard du système
a mesurer.
Dans le système biologique le pH = 7, donc l'électrode de référence doit avoir [H+] =
10 M et dans ce cas-là le potentiel redox physiologique normal mesuré est E0'.
-7
résultant la même quantité d’énergie que la quantité libérée par une combustion.
La chaîne respiratoire est située dans la mitochondrie, au niveau de la membrane
interne. L’essai d’isoler les composants de la chaîne respiratoire a entraîné la séparation
des deux composants solubles : cytochrome c et CoQ (ubiquinone) et 5 composants
insolubles, nommés complexes I – V. L’ensemble de ces composants rend possible
l’oxydation complète du NADH,H+ ou du succinate, en présence de l’oxygène jusqu'à H 2O,
oxydation accompagnée par la formation d’ATP.
H+
Flavoprotéine H+
H+
Fe – S protéine
Complex I
2H
2e- Cytochrome
Cytochrome b 2e- 2e- 2e- O2
Co Q Co QH2 Cytochrome a/a3
Cytochrome c1 c Cu2+/Cu3+
Fe-S protéine
Complexe II 2H
Complexe IV
Flavoprotéine Complexe III H2O
Fe- S protéine
O2-
2H+
Succinate
E-FMN+2H+
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Le complexe II transfère l'e- de FADH2 à CoQ. La coenzyme FAD est associée à
l'enzyme succinate déshydrogénase (FAD dépendante), à la glycérol-3-phosphate
déshydrogénase ou à l’acyle-CoA déshydrogénase.
La coenzyme Q est un dérivé de 1,4 bensoquinone, contenant une chaîne
composée de poly-isoprène (10 molécules d'isoprène).
La CoQ est située dans la membrane lipoprotéique interne des mitochondries et est
conçu pour transporter les équivalents réducteurs du NADH,H+ (complexe I) et FADH2
(complexe II), passant sous la forme réduite CoQH2. Les électrons d'hydrogène sont
transférés par la suite au système mitochondrial des cytochromes et le H+ passe dans la
matrice.
CoQH2 + 2cyt b(Fe3+)ox CoQ + 2cyt b(Fe2+)red + 2H+ (libérés dans la matrice
mitochondriale)
3+ + e
Cytochrome Fe oxydé Cytochrome Fe2+ réduit
- e
Le passage des électrons d’un système redox (cytochrome) à l'autre est basé sur la
croissance de l’électropositivité du potentiel redox. Ainsi, le système des cytochromes est
une séquence de réactions dans lesquelles les électrons passent d'un système ayant le
potentiel redox plus négatif à un système ayant le potentiel redox plus positif.
Le seul cytochrome qui a pu être séparé et purifié est le cytochrome c, le reste des
cytochromes étant fortement intégrés dans les complexes III et IV.
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La cytochrome oxydase (cytochrome a / cytochrome a3) est le cytochrome avec la
plus grande ressemblance à la structure de l'hémoglobine, et donc elle est sensible à
l'action inhibitrice de CO, HCN, de l'azide. Il est également le complexe du cytochrome qui
transfère des électrons directement à l’atome d'oxygène. Il contient deux éléments
étroitement liés, le cytochrome a et le cytochrome a3.
Cyt c
2e-
Espace
intramembranaire 2e-
2e-
CoQ
Membrane 2e- Complexe
Complexe I 2e - III
interne IV
Complexe
Matrice II
2e-
mitochondriale
½ O2 O2-
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Matrice
mitochondriale
membrane
mitochondriale
interne
Espace
Intermembranaire
H2PO4 3H+
H+
ADP3- ATP4-
Fo Fo
F1 F1 ATP4-
ADP3-
H+ H2PO4
PHOSPHATE ADP-ATP
TRANSLOCASE TRANSLOCASE
ATP SYNTHASE
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L'oxydation d’une molécule de NADH,H+ produit le passage de 10H+ de la matrice
dans l'espace intermembranaire, alors que l'oxydation d’une molécule de FADH2 produit le
passage de seulement 6H+. L’excédent de H+ dans l'espace intermembranaire, obtenu à
partir du transport actif, génère un potentiel similaire à celui qui existe dans une batterie.
La télécharge de ce potentiel est réalisée au niveau de l'ATP synthase, qui est un canal
ionique dans la membrane interne des mitochondries, qui s'ouvre à un certain potentiel
d’ions H+, une valeur qui contient suffisamment d'énergie pour soutenir énergétiquement la
réaction de la phosphorylation de l'ADP avec la formation de l'ATP.
Cit c
4H + 4 H+ 2 H+
Fe 2+ espace
intermembranaire
Acyle-CoA Enoyl- Co A
Pour la synthèse d'une molécule d'ATP il est nécessaire de télécharger 4H+ à
travers la membrane mitochondriale interne : un H+ pour la translocation d’une molécule
d’H2PO4- et 3H+ pour la réaction de phosphorylation de l'ADP en ATP.
Donc, l'oxydation du NADH + H+ dans la chaîne respiratoires produit 2,5 molécules
d'ATP et l'oxydation d'une molécule FADH2 produit 1,5 molécules d'ATP.
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3. Les agents qui réalisent le découplage de la phosphorylation de l'ADP de
l’oxydation dans la chaîne respiratoire (dinitrophénol, valinomicine) sont des substances
ionophore qui favorisent le transport des cations à travers les membranes et empêche
ainsi le potentiel électrochimique entre l'intérieur et l'extérieur de la membrane.
4. ATP synthase, purifiée et incorporée dans des vésicules membranaires
artificielles est en mesure de synthétiser l'ATP lors de l'établissement d'un potentiel
électrochimique à travers la membrane.
5. La sous-unité F0 de l'ATP synthase, purifiée et introduite dans une membrane
artificielle, provoque la membrane à devenir perméable aux protons.
1. Les besoins en énergie ne sont pas réalisés par stockage de l'énergie chimique
de l'ATP, mais par la mobilisation des substrats (glucides, lipides, protéines).
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différents substrats) aux processus consommateurs d’énergie (circulation, transport,
synthèse, etc.). Pour cette raison, la quantité courante d'ATP est très basse, pouvant
soutenir le besoin d'énergie du corps pour quelques secondes.
Complexe II
MALONATE
FADH2
Succinate FeS
Complexe IV
Complexe
Complexe I III
FMN, FeS cyt b, FeS, cyt c1 cyt. c cit.a cit.a3
NADH+H +
CoQ
Cu Cu
PIERICIDINE A ANTIMICINE A
AMOBARBITAL DIMERCAPROL Na Aside
ROTENONE H2S
CHLORPROMAZINE CO
CN-
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b. les bloquants du transfert électronique entre le cyt.b c, tels que: l’antimicine A,
le dimercaprol.
c. les bloquants de l’étape FADH2 CoQ (complexe II), tels que la carboxine, le
TTFA (chélateur Fe2+)
d. les inhibiteurs du cytochrome oxydase tels que H2S, CO, CN-, aside
3. Les inhibiteurs compétitifs de la succinate déshydrogénase, comme l’acide
malonique
4. Les inhibiteurs de la phosphorylation et de l'oxydation (bloquant le transport
des ions d’H+ dans l'unité F0 de l'ATP synthase). Ils ne changent pas le rapport P / O. Par
exemple l’oligomicine.
5. les inhibiteurs du transport de l'ADP dans la matrice et de l'ATP dans le
cytosol: par exemple l’atractiloside.
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