Notions de base de la Bioénergétique

et couplage énergétique
(rôle des coenzymes)
 Introduction générale

Les organismes doivent extraire de

l'énergie à et la matière à partir de la matière e
nvironnante
:Aliments et boissons
Dégradation des molécules organiques :

(Oxydation) notre organisme reçoit ses

besoins énergétiques (Origine moléculaires ?)

 (Conversion) autres formes d'énergie (fonctions

cellulaires et à leur existence)
Cassure des liaisons chimiques - Chimiotrophes
 La thermodynamique ou Bioénergétique

• Définition : La thermodynamique est l’étude

quantitative des échanges de chaleur et
d'énergie des équilibres chimiques

En biologie :
• L'application des lois de la thermodynamique
aux réactions biochimiques constitue ce que
l'on appelle la Bioénergétique
 Le premier principe de la thermodynamique

Selon ce principe : Il n'y a ni création, ni perte

d'énergie, mais uniquement des transformations
d'énergie.
En d'autres termes : le contenu total d'énergie
d’un système est constant
 Le métabolisme  Voies métaboliques
• Toute cellule est le siège
des milliers de réactions chimiques 
Interconversion de formes d’énergie
 constituent les voies métaboliques
• Voies ramifiées  Les réseaux de réactions où
sont transformés des métabolites
• Ces réactions qui s’accompagnent de transfert
de matière et d'énergie sont de deux types ? .
L’ensemble des réactions s'appelle métabolisme
Les deux types de réactions du métabolisme général

• Le catabolisme est l’ensemble des réactions de

dégradation au cours desquelles les molécules
complexes sont détruites.
Par contre
• L’anabolisme, est l’ensemble des réactions de
synthèse au cours desquelles des molécules
complexes sont produites à partir de molécules
plus simples.
 Le catabolisme ou Dégradation

Les voies métaboliques qui

décomposent
Les macromolécules organiques
 molécules plus simples
élémentaires
L'oxydation complète de ces
biomolécules donnent de
l’énergie « ATP » et des déchets :
CO2 , H2O , NH2 …
• Cet ensemble de processus de
dégradation est appelé :
Ex : L’oxydation du glucose
le catabolisme
C6H12O6 + 6 O2  6CO2 + 6H2O
Catabolisme – Dégradation « Dissociation »
• L'énergie incluse dans les
molécules organiques
(lumineuse  chimique ) est
grâce au catabolisme :
dissociation :
Dégradation :
Molécules complexes 
Précurseurs simples
• Cet ensemble de réactions de
biosynthèse s'appelle
Catabolisme
Ex : glycogène  Glucose
Protéines  Acides aminés
Relation oxydation totale et aérobie
Un organisme
autotrophe est
capable de
générer sa propre
matière
organique à
partir d'éléments
minéraux, par
photosynthèse. Il
utilise l'énergie
lumineuse.
L’anabolisme Biosynthèse « Assemblage »
• L'énergie libérée au cours
du catabolisme est
utilisée pour faire la
biosynthèse :
Précurseurs simples 
Molécules complexes
• Cet ensemble de
réactions de biosynthèse
s'appelle l’Anabolisme

Ex : Acides aminés

 Protéines
 Relation étroite ente Catabolisme – Anabolisme
Nécessité de couplge

Molécules organiques complexes

(Alimentaires ou Réserves )

Couplage ? Couplage ?

Molécules organiques
simples *
Comment l’énergie et les petites molécules produites lors du catabolisme sont le point
de départ des réactions d’assemblage des macromolécules spécifiques de la cellule ?
 Utilisation des éléments simples : Assemblage

L’énergie et les petites molécules produites par

le catabolisme sont le point de départ des
réactions d’anabolisme (Assemblage)
 Macromolécules spécifiques de la cellule
 Au cours de la division cellulaire  duplication de
l’ADN et transcription de l’ADN en ARN dans le noyau,
à partir des unités de base « les nucléotides »
 Traduction des ARN messagers en protéines par
assemblage des acides aminés par les ribosomes,
 Biosynthèse de sucres et de lipides complexes à
partir des sucres élémentaires et des acides gras, etc
 Résumé
• Toutes les réactions biochimiques du métabolisme font
intervenir des enzymes, protéines qui agissent comme
des catalyseurs (substance chimique qui accélère une
réaction sans être elle-même consommée au cours de
cette réaction) pour faciliter l’exécution des
transformations requises
• Ces réactions sont organisées en un réseau complexe
finement régulé de manière à répondre aux besoins de
la cellule et aux modifications de son environnement ( +
Repas ; Jeûne ; Anaérobie …)
• Ainsi, loin d’être un espace clos, la cellule est un lieu
d’échange et d’interaction avec le milieu extérieur
 Application du premier principe

• L’application du premier principe revient à

calculer la variation d’énergie par comparaison
entre les deux contenus, du système à l’état final
« EF » et à l’état initial «EI», « Variation de
l’énergie interne »

Variation énergétique interne « VEI » =

Energie du système « EF » - Energie du système « EI »
 Trois de variations énergétiques
• On dit qu'un processus métabolique est :
• Exothermique, s’il produit de l’énergie
la variation énergétique entre l’état initial et l’état final est
négative (« VEI » < 0)
• Endothermique, s’il absorbe de l’énergie
la variation énergétique entre l’état initial et l’état final est positive
(« VEI » > 0).
• Isothermique, quand la variation énergétique « VEI » est
négligeable

Chaque variation d’énergie du système

Au cours d’un processus doit être compensée par une variation
inverse dans le contenu d'énergie du milieu extérieur.
 Réactions réversibles –
Variation d’énergie ≈ 0  réversible

Ces réactions sont caractérisées par un rapport des

concentrations physiologiques de métabolites
proche de l'équilibre : se déroulent au voisinage
de l'équilibre.

Pour ces réactions, la moindre tendance à

s'éloigner de l’état proche de l'équilibre est
immédiatement rétablie par le très haut pouvoir
de catalyse des enzymes responsable « contrôle »
 Réactions réversibles –
Variation d’énergie ≈ 0  réversible
• Un processus ou « réaction métabolique » est
dit réversible si le système dans lequel il a lieu
peut être ramené à son état initial avec une
variation énergétique infinitésimale
« Isothermique ».
• Ces réactions sont donc facilement réversibles
et ont lieu dans le sens du besoin cellulaire à
chaque instant :
Exemple : la glycolyse < -- > la gluconéogenèse
 Caractéristiques des réactions réversibles

Substrat Produit , avec [S]/[P] ≈ 1

Ces réactions, qui se déroulent au voisinage

de l'équilibre, ne constituent pas des points
de contrôle du métabolisme.
L'activité des enzymes catalyseurs de ces réactions,
dans les deux sens, n'est pas modulable par des
modulateurs métaboliques, autres que les deux
concentrations de [S] et [P].
 Variation de l’énergie > 0  Impossible
Réaction impossible isolément dans le sens du flux
métabolique. Elle nécessite un apport d'énergie fournie
par une réaction qui lui est couplée.
Dans les réactions des voies métaboliques, le couplage
dépend de la présence d'un intermédiaire commun aux
divers composants de la réaction globale.
Cet intermédiaire commun est une molécule dont la
structure chimique lui confère une forte énergie libre
peut être transférée à une autre molécule.
La molécule universelle qui possède cette forte énergie
libre est l'adénosine triphosphate ou ATP.
 ATP, la monnaie énergétique de la cellule  Intermédiaire
Les réactions biochimiques du :
catabolisme et celles de l’anabolisme sont étroitement
couplées par l’intermédiaire de la phosphorylation
de l’ADP (adénosine diphosphate) + (Gain d’un ion phosphate)
en ATP, la monnaie énergétique de la cellule

ATP donneur
ADP accepteur
d’énergie
d’énergie
+/- « P»
Avec fixation
Transfert de
de Phosphate
Phosphate
la monnaie énergétique de la cellule
Enzymes, Coenzymes et
Cofacteurs
Coenzymes et Vitamines
 Définition:
• Une vitamine est une substance organique,
nécessaire en faible quantité au
métabolisme d'un organisme vivant,

• Elle ne peut être synthétisée en quantité

suffisante par cet organisme.
Les vitamines sont des
compléments indispensables aux
échanges vitaux.
 Classification:

Les vitamines

Hydrosolubles Liposolubles
 Vitamines
Origines alimentaires
hydrosolubles
Vitamine B1 • Légumes secs, poissons

Vitamine B2 • Œufs, poisson ,laitage

Vitamine B3 
• Levures , viandes, œufs, poisson
(ou PP)
Vitamine B5 • Champignons, viandes, poisson

Vitamine B6 • Blé, choux fleur , banane

Vitamine B8 
• Œufs, soja, mais, haricots
(ou H)
Vitamine B9 • Légumes vert , pois chiches , maïs

Vitamine B12 • Œufs et viandes

Vitamine C • Légumes et fruits

 Vitamines
Origines alimentaires
liposolubles

• Produits de laitiers, beurre , carottes

Vitamine A
• Légumes et feuilles vertes

Vitamine D • Poisson gras et produits laitiers

• Huile d’olive et amandes

Vitamine E
• noisettes

Vitamine K1 • Persil , épinards ,laitue et viande

Rôles physiologiques
des vitamines:
 Fonction coenzymatique
• Vitamine B1:
• Sa forme activé est le thiamine pyrophosphate qui sert
de coenzyme à des enzymes libérant des radicaux R-
CO- à partir de molécules carbonées plus complexes et
les transfèrent sur d'autres coenzymes ou substrats.
• Il intervient particulièrement dans la décarboxylation
oxydative des acides α- cétoniques en particulier le
pyruvate et l’α-cétoglutarate.
• Le type des enzymes est le complexe multi-
enzymatique de la pyruvate déshydrogénase et de l’
α-cétoglutarate déshydrogénase.
 Fonction coenzymatique
• La vitamine B2, correspondant à la riboflavine,
ou lactoflavine, est  nécessaire à la synthèse de la 
flavine adénine dinucléotide (FAD) et de la flavine
mononucléotide (FMN), deux cofacteurs essentiels aux 
flavoprotéines.
• Les déshydrogénases flaviniques catalysent les
réactions responsables de la formation ou de la
réduction des doubles liaisons.
R-CH2-CH2-R1 + E-FAD R-CH=CH-R1 + E-FADH2
 Fonction coenzymatique:
Vitamine B3 ou PP:
On la trouve sous sa forme active:
NADH, H+ + / NAD+
des déshydrogénases à
NADPH, H+ / NADP+.

Ces deux couples sont rarement interchangeables

car les produits peuvent êtres très différents.
 Fonction coenzymatique:
Vitamine B5:
• l’acide pantothénique, qui est le facteur vitaminique
se lie aux 'adénosine 5'-diphosphate et de la
mercaptoéthylamine pou former le coenzyme A.
• Ce coenzyme existe dans toutes les cellules. C’est
un activateur des acides gras dans les réactions de
dégradations. Il joue en même temps le rôle de
transporteur de radical acyle R-CO-
 Fonction coenzymatique:
• Vitamine B6:

• La vitamine B6 est une vitamine existant sous

plusieurs formes , le phosphate de pyridoxal
 étant sa forme biologiquement active.

• Transamination:
Aspartate + α-cétoglutarate Oxaloacétate + Glutamate
 Fonction coenzymatique:
• Biotine ou vitamine B8:
• La biotine est un coenzyme qui est réuni à
l'apoenzyme par une liaison covalente amide à un
résidu lysine.
+ /- Co2  Carboxylation
E-biotine + ATP + CO2 E-biotine-CO2 + ADP + Pi
 Fonction coenzymatique:
Vitamines Formes Rôles
actives
Vitamine B1 Thiamine Les enzymes clés du métabolisme
pyrophosphate oxydatif
(TPP)
Interviennent au sein du complexe
Vitamine B2 FAD
* Pyruvate déshydrogénase (oxydative
Vitamine B3 NAD de pyruvate  C.Krebs)

Vitamine B5 Coenzyme A
Vitamine B6 * Coenzymes des décarboxylases et des
Pyridoxal- Phos transaminases
phate
Vitamine B3 NADP * Intervient dans le cycle des pentoses
* Synthèse et élongation des acides gras
Physiopathologie:
LES ENZYMES
 Définition et Propriétés
 Catalyseurs de nature protéique
 Indispensables pour la réalisation du métabolisme
 Produites par les cellules (Gènes  Protéines)
 Modulables (selon la demande cellulaire)
 Agissent in vivo et in vitro, à faibles concentrations
 Spécifiques (spécificité double de S et de R°)
 Inchangés à la fin de la Réaction
----------------------------------------------------------------------
* N’affectent pas l’équilibre thermodynamique
* Diminuent l’énergie d’activation
* Stabilisent l’état de transition (S  P)
 Rôles

Elles sont indispensables

au métabolisme cellulaire :
« Anabolisme et Catabolisme »,

Rôle: augmentent la vitesse des réactions

qu’elles catalysent => indispensables …

Comment ?
La catalyse enzymatique
 Réaction simple

 Ce qui empêche la A <----> B

conversion d'une substance
chimique, c'est la barrière
énergétique qui les sépare:
 Entre les deux états il faut
dépasser la barrière « ET » état
de transition – coût de la
trasformation A en B
indépendamment de leurs
énergies internes
« Réactions endothermiques ou
exothermiques »
Dans les conditions de la vie cellulaire, peu de
molécule peuvent franchir la barrière
d'activation dans un laps de temps compatible
avec les processus biologiques.
Ex : Le demi-temps de désamination de
l'adénosine est d'environ 20000 ans !

Seule l'intervention d'un catalyseur biologique,

une enzyme, le permet, comme le montre le
tableau suivant …
Importance métabolique de la catalyse enzymatique
 Spécificité de l'association
protéine-ligand et Site Actif
Les enzymes ont une spécificité vis à
vis de leur substrat; Formation d'un
complexe  «ES» est due à l'existence
d'une complémentarité structurale
entre le site actif de l‘Enz. et une
partie du Substract : On parle
D’un complexe ES Stéréospécifique.
Système clé-serrure
Quels sont les facteurs qui expliquent
l'extrême spécificité de la
reconnaissance entre une protéine et
un ligand ?
 FORME ACTIVE :
Site actif = 2 parties  2 sites Affinité + Catalyse
Les protéines ont Site d’affinité
toutes une
conformation dite
native, obtenue après
repliement
Acquésition de leur
activité biologique; «
Enzyme « pouvoir
de catalyseur.
Structure unique
tridimensionnelle
Site catalytique

Site actif est exclusivement formé d’acides aminés

 Interactions impliquées dans le repliement de la chaîne

Quatre grands types :

1/ L'effet hydrophobe : Les acides aminés dont les -
radicaux sont hydrophobes ont plus d'affinité entre
eux qu'avec les molécules d'eau entourant la
protéine.
La chaîne a donc tendance à se replier de façon à les
regrouper entre eux au centre de la molécule, sans
contact direct avec l'eau. Inversement, les acides
aminés hydrophiles ont tendance à se disposer à la
périphérie de façon à être en contact avec l'eau.
 Les ponts disulfure
La cystéine un 20 acides aminé
contient un atome de souffre.
Deux cystéines peuvent former
une liaison covalente entre elles
par l'intermédiaire de l'atome de
soufre.
Cette liaison covalente peut relier
deux cystéines éloignées l'une de
l'autre sur la chaîne est appelé :
2/ Pont-disulfure
3/ Les liaisons ioniques
4/ Les liaisons hydrogène
 Les étapes de la catalyse enzymatique

Elle est décomposée

en 3 étapes majeures:
1- formation d'un complexe
(ES). Le complexe formé est 1
transitoire où les liaisons
entre E et S ne sont pas des
2
liaisons fortes mais des
liaisons hydrogène faibles.

Le terme de «complexe »
signale l’existence 3
d’interactions entre E et S
 Rôle de l’activité enzymatique

Au cours de cette première étape, l'enzyme est

capable de lier les réactifs (substrats) au niveau d'un
site particulier appelé site actif (Partie intégrante de
l'enzyme).
Le substrat et l'enzyme sont ainsi rapprochés et
orientés de façon à faciliter les mécanismes
réactionnels mis en jeu 
Formation d'un complexe
Enzyme-Substrat (ES)
entre l'enzyme et son substrat.
 Mode d’action

Le substrat et l'enzyme sont ainsi rapprochés

et orientés de façon à stabiliser l'état de
transition
faciliter les mécanismes réactionnels de
transition et à abaisser l'énergie nécessaire à
la réaction de conversion « à la catalyse
biologique
 Les enzymes ne fixent pas seulement un
ligand (un substrat) ; elles le transforment en
un produit lors d'une réaction chimique.
 Mode d’action – suite -
2- Réalisation de la conversion - Substrat  Produit
(Exemples :
transferts de protons et d'électrons, décarboxylation,
isomérisation …).
Cette étape deuxième fait apparaître les composés de
transitions : Produit
3- libération des produits de la réaction et de l’enzyme
Mode d’action
 Mode d’action – suite -

Site actif

Site d’affinité: « Reconnaissance » Site catalytique

Fixation Orientation Activation

 Spécificité d’action = Fixation + Catalyse
On distingue au sein du site
actif, les acides aminés qui
constituent le site de fixation
Ces acides aminés n'ont pas
de fonction chimique

De même, les acides aminés

qui constituent le site
catalytique sont non
impliqués dans le
reconnaissance
 Classification
des principales enzymes
 Lyases « (synthétases) »
(Réactions de condensation)
 Classification des enzymes

On trouve les classes suivantes qui : catalysent des

réactions de :
• hydrolyse (hydrolases),

• déshydrogénation, perte d’H2,

• de polymérisation (ligases),
• d'isomérisation (isomérases),
• de transfert de substrat (transférases),
• transfert de phosphate et d’énergie « kinase »
etc …
Les effecteurs de la catalyse
enzymatique

o La Température
o Le PH
o Les inhibiteurs
La température optimale et la dénaturation
La courbe montre,
que la température
favorable est très
proche de 37°C
(Température
optimale)
Lorsque la
température
s’éloigne de la
température
normale l'enzyme
perd sa structure
native (se dénature)
 perd sa structure
et ne reconnait plus
son substrat
La température optimale et la dénaturation

En dehors du
corps humain,
dans la
nature, des
enzymes
peuvent avoir
des
températures
Cette courbe montre l'existence d'un pH pour lequel l'activité de
l'enzyme considérée est optimale.

En effet, le pH du milieu détermine l'état d'ionisation des acides

aminés du site actif.
Cinétique enzymatique: Modèle de Michaelis-Menten
 Enregistrement de la cinétique enzymatique

L'enzymologie semble souvent purement

théorique, mais dans la réalité on analyse de
données expérimentales :
Mesures de la vitesse dans diverses conditions
(Variations des concentrations de substrat, en
présence de molécules qui augmentent ou
diminuent la vitesse ...)
Cela implique que la molécule du produit doit avoir
des propriétés physico-chimiques qui permettent
de la détecter d’une manière quantitative
 Enregistrement de la cinétique enzymatique

La cinétique d'une réaction enzymatique est la

variation quantitative de la concentration du
produit de la réaction en fonction du temps.
Mesure de l‘Absorbance, Densité optique
Densité d’une coloration : Folorimétrie
Mesure de l'émission de Fluorescence,
Comptage du nombre de désintégrations
après marquage radioactif ...
Caractéristiques de la Cinétique
enzymatique Vmax et KM
 Réprésentation «à double inverse »
de la cinétique enzymatique

Cette représentation de l'activité enzymatique est

beaucoup utilisée pour sa simplicité dans la recherche
de Km et Vmax d'un système E-S.
Elle consiste en un tracé de 1/V en fonction de 1/[S]. La
droite qui en résulte coupe l'axe des ordonnées en
1/Vmax et l'axe des abscisses en -1/Km .
 Représentation de Lineweaver & Burk
« Double inverse »

La meilleur extrapolation des données

expérimentales à une concentration infinie à l'aide
de représentations graphiques est celle dite des
"double inverse ». 

Cette représentation facilite la détermination

graphique des paramètres cinétiques Vmax, KM
D’où chaque couple (Vmax, Km) est caractéristique d'un
système enzyme-substrat.
 Les inhibiteurs de la catalyse enzymatique

Définition et caractéristiques générales des inhibiteurs

Toute molécule qui modifie la vitesse d'une réaction
enzymatique est appelée un Effecteur ou Modulateur
métabolique  Régulation  Homéostasie

Besoin d’énergie : Effecteurs positifs augmentant

l'activité enzymatique sont des Activateurs.
A l'inverse,
Excès d’énergie : Effecteurs diminuant sont l'activité
enzymatique sont des inhibiteurs – Réserves !
 Importance : Rôle régulateur

Certaines molécules peuvent, selon les conditions,

se comporter comme un activateur ou un inhibiteur
(Ex : l’ATP et l’ADP).
L'inhibition (et l'activation) de l'activité
enzymatique est un
mode de régulation primordial des voies métab
oliques
dans la cellule, d'autant que les inhibiteurs
naturels peuvent prendre de multiples formes :
antibiotiques, toxines, drogues, poisons ...tions
 Plusieurs types d’inhibition
 Les inhibiteurs compétitifs
L'inhibition peut être levée en
augmentant [S] dans le milieu
réactionnel.
Présentent
une analogie de structure avec
le substrat.
Grâce à cette analogie, ils sont
captés par l'enzyme au niveau
de son site actif.
Donc, nous avons une
compétition entre les deux
molécules un Substrat et un
inhibiteur vis-à-vis d’un site
actif de l’enzyme
Une fois fixés au niveau du
récepteur de l’enzyme,
Ces Inhibiteurs compétitifs ne
peuvent évoluer en produit.
 Les inhibiteurs compétitifs

- Analogues structuraux du substrat,

- Concurrencent le substrat dans la réaction enzymatique.
- Captés par l'enzyme au niveau de son site actif
- Ne peuvent évoluer en produit.
- Peut être par l’excès du Substrat

Ex = L’inhibiteur de l’acétylcholinestérase,
Certaines molécules antivirales ou
antitumorales sont des inhibiteurs compétitifs.
 Inhibition et caractéristiques de la
Cinétique enzymatique Vmax et KM
 Les inhibiteurs compétitifs
En augmentant la concentration en inhibiteur [I]
K'm augmente, mais Vmax reste la même.

En présence de ce type d'inhibiteur :

 Les inhibiteurs non compétitifs

Dans le modèle classique de cette inhibition ,

la fixation de l'inhibiteur, ne modifie pas la
manière dont se fixe le substrat.

Mécanisme : elle empêche les ajustements

conformationnels du site actif indispensable
pour que la catalyse se réalise …
L'inhibition non compétitive et enzymes allostérique

Cette inhibition ne peut être levée en présence

de fortes concentrations en substrat.
L'inhibition non compétitive est rare et on en
trouve des exemples essentiellement dans le
cas des enzymes à régulation allostérique.
 Les inhibiteurs non compétitifs
En présence de ce type d'inhibiteur :

1/Vmax augmente donc Vmax est diminuée :

une partie de l’enzyme se trouvant sous la forme EI et ESI,
conjointement au complexe ES.  moins de molécules d'enzyme
productives.
KM n'est pas modifiée : les sites de fixation étant distincts, la saturation
de E par le substrat n'est pas modifiée.
 ENZYMES ALLOSTERIQUES
Site actif

Site allostérique

R
T
 Les inhibiteurs allostériques

Une telle transition - dite allostérique - se traduit

cinétiquement par une courbe sigmoïde,
démontrant la capacité régulatrice des enzymes
allostériques qui sont, de fait, des " interrupteurs
biologiques – métaboliques ».
 Les inhibiteurs allostériques

• Ceux-ci se fixent sur des sites dits

allostériques, indépendants du site actif
Comme l’inhibition non compétitive
• Leur fixation entraîne un changement de
conformation de l'enzyme qui de ce fait
modifie son affinité vis-à-vis du substrat
Comme l’inhibition compétitive